1640年，明清松锦之战爆发，1642年洪承畴在松山被俘，祖大寿在锦州投降。松锦之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。1644年，驻守山海关的明将吴三桂为了对抗李自成而降清。清摄政王多尔衮指挥八旗劲旅，日夜兼程入关，以吴三桂为前导，击败大顺农民军，进占北京。
同年9月，清顺治帝迁都北京，祭告天地祖宗，表示他已是全中国的君主。接着，清军南下剿杀农民军，北方的地主、官僚纷纷迎降，勾结清军，镇压农民军。与此同时，在南方，一些明朝遗臣拥立皇族建立了几个小朝廷，史称南明（弘光、隆武、绍武、永历）。此外还有李自成的大顺、张献忠的大西政权。清朝于1645年灭大顺、南明弘光；1646年灭大西、南明隆武、南明绍武；1662年灭南明永历；1664年消灭大顺残余势力。清朝入关后历经二十多年的战争，基本统一全国。1683年，清政府统一台湾后，在台湾本土内正式设立台湾府，隶属于福建省管辖。
清军在进军江南的过程中，手段残酷，特别是“留头不留发，留发不留头”的剃发令，激起江南人民的强烈反抗，各地燃起抗清的熊熊烈火。清廷残酷镇压，在扬州、嘉定、江阴等地进行了大肆屠城，史称“扬州十日”、“嘉定三屠”。剃发是清朝为了巩固自己的政权所采取的手段，但超出了当时汉人的心理承受力。“身体发肤授之父母，不可损伤”，是千年以来的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。剃发不仅有违传统，也是一种侮辱。因此这项政策遭到了传统知识分子和下层民众的激烈反抗。“扬州十日”、“嘉定三屠”一向被并列为清军入关后的两大暴行。
清代国母孝庄
在清军入关、统一全国的过程中，有一位非常重要的女性—孝庄皇太后。她一生培育、辅佐顺治、康熙两代君主，是清初杰出的女政治家。她姓博尔济特氏，名布木布泰，出生于蒙古科尔沁部，是贝勒寨桑的女儿。十三岁时，嫁给后金四大贝勒之一的皇太极为妻。1636年皇太极改号大清称帝，被封为永福宫庄妃。1643年，他的儿子福临（当时只六岁）即位，是为顺治帝，孝庄被尊为皇太后。顺治帝亲政后，很想有番作为，也颇为中原文化所吸引，但终因他周围尚未形成一支以他为主导的强有力的政治势力，致使他在与朝中反对汉化的勋旧大臣的较量中败下阵来，英年早逝。孝庄皇太后用她超人的智慧和威望，使得政权平稳过渡。1654年，她八岁的孙子玄烨又嗣帝位，为康熙帝，她被尊为太皇太后，史称“孝庄文皇后”。在她的教导下。玄烨健康成长，一个未来杰出帝王的特质，在少年时代打下了根基。鳌拜集团铲除后，孝庄放手让玄烨理政，让他在实践中得到锻炼，又一再提醒他要谨慎用人、安勿忘危、勤修武备等。对于祖母的教诲玄烨非常尊重，重大事情无不先征求意见，然后施行。孝庄生活俭朴，不事奢华，她总是把宫中积蓄拿出来赈济，全力配合、支持孙子的事业。
在他们的携手努力下，清王朝从动乱走向稳定，经济从萧条走向繁荣，为平定三藩、统一台湾和边疆用兵等大规模战争奠定了物质基础。清王朝在康熙朝形成第一个黄金时代，其中包含了孝庄的一份功劳和心血。
孝庄是清朝历史上一位举足轻重、颇受关注的人物。在明末东北各族各部的混战中，她作为政治联姻的纽带出嫁。在后金的一步步成功中，她逐渐卷入一场又一场政治斗争的旋涡，并展示出了她卓越的政治才华，逐步确立了稳固的地位并成为清初政坛上的一个一言九鼎的人物。她一生经历清初三朝，正是由乱到治的关键历史时期。她全力辅佐皇帝，调和清宫内部矛盾和斗争，对稳定清初社会秩序，促进国家的统一作出了重大贡献，后世尊称她为“清代国母”。
康熙智擒鳌拜
康熙即位的时候只有八岁。顺治去世，遗诏命鳌拜与内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆共同辅佐康熙皇帝，为辅政大臣。鳌拜早年就曾随皇太极征讨各地，战功赫赫。他仗着自己掌握兵权，又欺负康熙帝年幼，独断专横、飞扬跋扈。
康熙帝满十四岁的时候，亲自执政。这时候，另一个辅政大臣苏克萨哈和鳌拜发生争执。鳌拜怀恨在心，勾结同党诬告苏克萨哈犯了大罪，奏请康熙帝把苏克萨哈处死。康熙帝不肯批准，鳌拜在朝堂上跟康熙帝起了争执。康熙内心非常生气，但是一想鳌拜势力不小，只好暂时忍耐，寻找机会。
从那以后，康熙帝决心除掉鳌拜。他派人物色了一批十几岁的贵族子弟担任侍卫，这些少年个个长得健壮有力。康熙帝把他们留在身边，天天练习摔跤。鳌拜进宫去，常常看到这些少年吵吵嚷嚷在御花园里摔跤，只当是孩子们闹着玩，并不在意。有一天，鳌拜接到康熙帝命令，要他单独进宫商量国事。鳌拜像平常一样大模大样地进宫去。刚跨进内宫的门槛，忽然一群少年拥了上来将鳌拜团团围住。鳌拜虽然是武将出身，力气也大，可是双拳难敌四手，被这些少年打翻在地。
鳌拜被抓进大牢，康熙帝宣布鳌拜三十条罪状。大臣们认为，鳌拜专横跋扈，擅杀无辜，罪行累累，应该处死。康熙帝念及鳌拜的功劳从宽发落，改为将其终身监禁。
三藩之乱
清军入关后需要对付李自成起义的力量和南明政府的反抗，自身兵力有限，所以不得不依靠明朝的降官。于是，在明朝降将中，耿仲明、尚可喜、吴三桂三人取得的功劳最多，所以均受封为王。他们所率领的军队成为八旗以外的重要力量。清军统一全国之后，把八旗基本力量放置在北方，以保卫京师及驻防各重要地区，而南方就暂让给他们去镇夺。吴三桂驻守云南，尚可喜驻守广东，耿精忠（耿仲明之孙）驻守福建，这样便形成了三藩。三藩拥兵自重，把持地方财政，欺压百姓，俨然已经成了一个单独的王国。
康熙亲政后，敏锐地察觉到三藩已经成为国家的心腹大患，把它列为自己必须要解决的三件大事（三藩、漕运、河务）之一。虽然，康熙帝认识到三藩问题的严重性，但是当时财力和兵力有限，并不敢贸然行动。康熙十二年（1673年）3月，尚可喜主动请撤藩归老辽东。康熙立即抓住机会，答应了尚可喜的请求，并对他的行为表示赞赏。康熙的行为引起了其他两位藩王的警戒，于是他们也相继请撤藩归辽东以为试探。康熙以“撤亦反，不撤亦反”，果断下令撤藩。11月，吴三桂发动叛乱，耿精忠、尚可喜的儿子尚之信及广西将军孙延龄先后响应，清政府军事上并无准备，一时，三藩占据了云南、贵州、广西、广东、福建、湖南、四川等省，以及湖北、浙江、陕西、甘肃等部分地区。
1675年，吴三桂与清军的对抗到了顶峰。吴三桂在湖南沿江布置防御工事，不敢再向北发展，康熙帝抓住机会调整战略、安排兵力。他首先坚决打击吴三桂，而对其他的叛变者却实行招抚，通过分化反叛力量而孤立吴三桂。1678年，尚之信、耿精忠及陕甘的王辅臣相继投降。同一年，吴三桂在衡州称帝，国号周，年号昭武，开科取士。不久吴三桂病死，吴三桂的儿子吴世璠在贵阳即位，改年号洪化。1680年，吴世璠逃到云南。次年，清军攻入云贵省城，吴世藩自杀，历时八年的三藩之乱被平定。不久之后，朝廷在福州、广州、荆州设八旗驻防，以加强对南方的控制。
平定三藩，对于清廷来说，是真正完成统一、确立稳定的皇朝统治的标志。
康、雍、乾盛世
1661年，爱新觉罗·玄烨即位，是为清圣祖，年号改为康熙。他是清朝入关后的第二代皇帝，在位六十一年，是中国历史上在位时间最长的皇帝。他八岁登基，十岁丧母，在其祖母孝庄太后的教导下长大成人。他虽年幼，却年少老成，十六岁便铲除了鳌拜，继而平定三藩叛乱，稳定了西南边陲；重农治河，兴修水利，发展了农业；收复台湾，扩大了大清的版图；北拒沙俄，签订了《尼布楚条约》；西征蒙古，进一步稳定了大清的西北疆土。
康熙大帝好学上进，勤于政事，雄才大略，崇尚节约。他还组织编辑与出版了《康熙字典》、《古今图书集成》、《全唐诗》、《康熙皇舆全览图》等图书、历法和地图，为中华民族保存了丰厚的文化遗产。由于他的文治武功，我国多民族统一的局面得到巩固发展，社会经济出现了繁荣。
1722年，爱新觉罗·胤禛即位，是为清世宗，改年号为雍正，是清朝入关后第三位皇帝，在位十三年。雍正即位之初，吏治废弛，贪污腐败已然成风。他克服多方面的阻力，在全国上下大规模清查亏空，设立会考府，实行耗羡归公，实行养廉银制度，取缔陋规等多项工作。由于他态度决断，雷厉风行，清朝的财政状况在短时间内得到明显改善，官吏贪污、吏治腐败的坏况都有很大的转变，有“雍正一朝，无官不清”的说法。另外，雍正还对赋税制度进行了重大改革，实行“摊丁入亩”，规定“地多者多纳，地少者少纳，无地者不纳”，取消了人头税。这项措施对社会经济的发展起了积极的作用。
可以说，雍正给他的继任者乾隆皇帝留下了充裕的物质基础、廉洁的干部队伍和清明的吏治环境。清高宗乾隆，名爱新觉罗·弘历，是清朝入关后的第四位皇帝，在位六十年，后禅位于十五子颙琰（yóng yǎn），即嘉庆帝，自己成为太上皇，他是寿命最长的皇帝。乾隆自幼就接受汉族传统文化教育，四书五经，诗词歌赋，书法绘画，无一不精，文化修养很高，作诗多达四万首。乾隆也认为自己在军事上颇有成就，因此自称“文治武功十全老人”。
乾隆即位后，以“宽猛相济”理念施政，平定蒙古、新疆地区的叛乱，完善治理西藏，修建海塘，并主持编撰《四库全书》。但是其晚年好大喜功，任用大贪官和珅，大兴土木，又六下江南，耗费国家大量人力物力，整个清王朝也在乾隆末期由盛转衰。
文字狱
1711年，有人告发在翰林官戴名世的文集里，有对前明政权表示同情的语句，并且书中用了南明的永历帝的年号，朝廷据此下令把戴名世打入大牢，判了死刑。这个案件牵连到他的亲友和刻印他文集的，共有三百多人。另外有不少类似的案件，完全是牵强附会，挑剔文字过错，甚至为了一句诗、一个字也惹出大祸。有一次，翰林官徐骏在奏章里，把“陛下”的“陛”字错写成“狴”（bì）字，雍正帝见了，马上把徐骏革职。后来再派人一查，在徐骏的诗集里找出了两句诗：“清风不识字，何事乱翻书？”于是挑剔说，这“清风”就是指清朝，这一来，徐骏犯了诽谤朝廷的罪，把性命也送掉了。因为这些案件完全是由写文章引起的，人们就称之为“文字狱”。
