1、王阳明与湛若水
王阳明（1472年-1529年）的本名是王守仁，世人也会称其为阳明先生，字伯安，余姚人。他是明代时期最著名的学术大师，是二程、朱熹、陆九渊之后的另一位大儒，“心学”流派的重要代表人物。王阳明不只是以他的学术成就为人称道，他官途坎坷却还是屡建战功，曾经在短短30多天的时间内，在谈笑之间平复一场危及江山社稷的叛乱。
正德元年（1506年），王阳明在兵部主事任上因卷入宦官刘瑾与科道官戴铣等人的政治斗争，而遭贬谪至贵州龙场任驿丞。这为他提供了一个潜心学术、反思检讨理学的大好机会，于是他埋头研究《易》，创建龙岗书院。1508年龙场悟道标志着王阳明终于成功构建起“心即理”—“知行合一”—“致良知”的基本理论框架。正德四年（1509年），王阳明应邀在文 明书院讲学，首倡“知行合一”之说，各方弟子纷纷前来求教，从此王阳明的“知行合一”论风行各地，令学术界耳目一新。
湛若水（1466年-1560年）是明代哲学家，字元明，号甘泉，增城（今广东增城）人。湛若水早年丧父，由母亲抚养成人。湛若水自幼时就很聪明，后从师于陈献章 ，潜心学习研究心性理学，数年之间学业大进，后与王守仁同时讲学，各立门户，与王阳明是挚友。王阳明主张“致良知”，而湛若水主讲“随处体认天理”，强调以主敬为格物功夫，著有《湛甘泉集》。
2、东林书院
东林书院创建于北宋政和元年（1111年），当时是北宋理学家程颢、程颐嫡传弟子杨时长期讲学的地方。
明朝万历三十二年（1604年），由东林学者顾宪成等人重新修复并在此聚众讲学，他们倡导“读书、讲学、爱国”的精神，引起全国学者普遍响应，一时名声大噪。东林书院甚至人多时学舍都不能容下，一时盛况空前，成为江南地区人文荟萃的地点和议论国事的主要舆论中心。
传闻当年被罢黜里居的顾宪成、高攀龙等人先后主盟东林书院，聚众讲学。东林书院基本上是以程朱理学为宗，反对王学末流的放诞、任性、不务实求学、无所归宿的陋习，主张人人提倡气节，个个求真务实。
在讲习学术之余，他们还讽议朝政，针砭时弊，锐意图新；主张志在世道，躬行实践，反对空发议论，脱离实际。东林书院因此倾动朝野，海内一些存有济世之心的士大夫等都仰慕应和，都归附东林书院，时人称之为东林党。但是这也招致了反对者主要是宦官的忌恨，导致了后来东林党人与阉党的激烈斗争。如今，这里不仅已成为历史的见证，而且还是当地文史馆成员的学术交流之地。
“风声雨声读书声声声入耳家事国事天下事事事关心”是为人耳熟能详的对联，此联为明东林党领袖顾宪成为东林书院所撰。上联将读书声和风雨声融为一体，既有诗意，又有深意。下联有齐家治国平天下的雄心壮志。风对雨，家对国，耳对心，极其工整，特别是连用叠字，读起来琅琅上口。后来人们用以提倡读书人读书不忘救国，至今仍有积极意义。
明末党争中，东林党的主要对手是万历皇帝身边的宦官们和齐、楚、浙诸党，又由于到了天启时期这三党大多依附于大宦官魏忠贤，所以有时这三党也会被直接划入“阉党”体系。万历后期，双方从大礼议事件的“国本之争”为起点，继之以三大案（梃击案、红丸案、移宫案），斗争不断。天启年间，宦官魏忠贤专政，人称九千岁，诸党争相依附之，对东林党人实行血腥镇压，又拆毁全国书院，许多东林人物被迫害致死，朝野忠良尽去，还殃及边防将帅，如熊廷弼、袁崇焕等。明思宗继位后，对东林党的迫害才告暂停，东林党与阉党之争，一直延续到1627年崇祯帝朱由检登位以后，魏忠贤遭到弹劾，被流放凤阳，在途中畏罪自杀。
3、嘉靖之毁、万历之毁、天启之毁
书院的自由讲学与统治者的文化专制制度不相容，明中叶后日趋腐败的政治必然遭到儒家士大夫的批评，双方的矛盾越来越严重。所以，从嘉庆、万历以后，朝廷先后四次下令禁毁书院。但是，因书院有广泛的社会基础和强大的生命力，很快又得以恢复。
早在嘉靖十六年（1537年）书院蓬勃发展的时候，御史游居敬上疏指责南京吏部尚书湛若水私自创建书院，倡导邪学，并且收一些无赖之徒作为学生，建议禁毁湛若水创办的书院，以儆效尤。次年，也就是嘉靖十七年（1538年），礼部尚书徐赞再次上书建议禁毁书院，朝廷准奏。嘉靖十六年、十七年连续两次禁毁书院，是因为当时的在朝执政者多尊崇朱熹学说，而反对王阳明、湛若水的学说，于是自然将矛头直指王阳明、湛若水讲学，反对王阳明、湛若水创建书院、聚徒讲学。他们就成为以政治手段打压学术发展的始作俑者。
明朝末期第三次禁毁书院是在万历七年（1579年）张居正执政期间，因为常州知府施观民为苛敛民财私自创建书院，被定罪。而且此时的士大夫竞相讲学，张居正非常厌恶，因此先后禁毁书院达64处。但是，张居正禁毁书院的主要目的还是加强思想控制，他认为书院是“群聚党徒”的地方，“空谈废业”，实际上是害怕书院的讲学会撼动朝廷的统治地位。
明朝第四次禁毁书院就是因为东林党人与魏忠贤之间的斗争而引起的，此次禁毁书院的活动更是扩及全国，具有非常明显的政治目的。明代书院从沉寂多年到中期的空前昌盛再到末期连遭禁毁，书院的命运忽上忽下，这也正好印证了封建社会后期统治者的不安心理，当时的社会已经潜伏了深层的危机，值得深思。
4、八股文
八股文是明代规定考试的答卷必须用的文体，又被称为“时文”、“时艺”、“制艺”、“制义”、“八比文”、“四书文 ”。八股文包括第一是“破题”，用两句话点破题目要义； 第二是“承题”，承接破题的意义而阐明之； 第三是“起讲”，为议论的开始； 第四是“入手”，为起讲后的入手之处； 第五是“起股”，又称“提比”； 第六是“中股”，又称“中比”； 第七是“后股”，又称“后比”； 第八是“束股”，又称“束比”。八股文的考题主要摘自“四书”，所议论的内容也要根据朱熹的《四书章句集注》的作答，不允许作者自由发挥，其形式要求严格，甚至字数都有限制，这严重地限制了文人的创新性与思想灵活性。八股文后来成为人们要求废除科举制的最大原因之一，其后来的僵硬化在一定程度上也标志了古代书院的没落。
（六）清代
清朝是由女真族建立起来的封建王朝，它是中国历史上继元朝之后的第二个由少数民族统治中国的时期，也是中国最后一个封建帝制国家，中国古代书院发展到清代也经历了一个历史性的变革。1911年，辛亥革命爆发，清朝被推翻，从此结束了中国2000多年来的封建帝制。
1、官学
清代最有名的官学非国子监莫属。隋文帝时期创设了专门的教育行政机构，被称为国子寺。隋炀帝时，将国子寺改称国子监。从此，国子监成为中国古代教育史上的重要机构。国子监历经唐宋元明朝，直到清朝末期光绪三十一年（1905年）废国子监，设学部，改国子监祭酒（学官名，为国子监的主管官）为学部尚书之前，国子监一直保有教育行政职能和中央大学双重身份。
因此，国子监既是中国古代掌邦国儒学训导政令的行政机构，又是中央级的唯一一所全国最高学府。但是国子监发展到清末就成为卖官机构。北京国子监始建于元初大德年间（1297年—1307年），历经了元、明、清三代，有700多年的历史。历代封建统治者都十分重视国子监，把国子监看做培养封建统治人才、储备后备力量的大本营。国子监的学生通称为监生。清代国子监还会接受外国留学生，当时的琉球、俄罗斯等国家经常派遣留学生来国子监学习，而且在清朝受到很好的待遇。
在古代，平时国子监大门是不开启的，只有皇帝到来时，才为皇帝出入而开，国子监师生平时只能走两边的侧门。国子监的中院是国子监的主要部分，进了太学门就是其主要部分，太学门上的“太学”二字是乾隆御书。在国子监的“辟雍”殿西的圆水池旁，高矗一棵古槐，它的主干呈罗锅状，上部向南倾斜，而且在主干北侧的罗锅部位还有很像被用利器砍过的痕迹，其实是原有一大枝断掉的缘故。人们叫此槐为“罗锅槐”。这里面还有一个典故。因“辟雍”殿是清乾隆年间修建的，是皇帝讲学的地方，由大学士兼国子监事务的刘墉主持修建。辟雍竣工后，其“辟雍泮水”是我国古建的精华，刘墉陪乾隆及众官员视察。众人来到辟雍西，立刻就看到这棵明显的罗锅古槐。因相传平时刘墉经常给乾隆出难题，刘墉是个罗锅，乾隆就灵机一动，说：“众位爱卿，你们看此槐像谁？”
众官心里明白，却不好回答。乾隆又说：“此槐罗锅，有失大雅。”于是下旨，砍掉罗锅槐，其意思是象征杀掉刘墉。刘墉爱惜古槐，就说：“万岁，使不得，此老槐虽相貌丑陋，但是年代久远的古槐。在国子监里，终日听圣人经典，饱含国学文 墨之气，虽表陋而内秀。
现在辟雍落成，以后将经常聆听圣上教诲，乃是大大的忠臣也。”乾隆听了，只好说：“罗锅失雅，砍去修直。”北京国子监的复苏槐还有一段佳话。据说复苏槐是元代国子监祭酒许横亲手种植。清乾隆十六年，时逢乾隆母亲的寿诞，本已枯死的古槐突发新绿，乾隆帝咏诗赞其瑞，朝中大臣也纷纷赋诗作画颂扬，称为“复苏槐”。古槐与国子监内松柏相映，形成“松节槐荫”一景。
清朝还有宗室官学，即宗学和觉罗学。宗人府管辖的宗学和觉罗学，对象是皇室后裔和其他觉罗氏后裔。内务府管辖的咸安宫官学、景山官学，对象是皇城禁卫军的内三旗子弟。八旗学校重点是学满文与骑射，是为了维护八旗子弟的固有传统，同时也兼习汉文和经史之学，以增强他们的文化素养。另外清代还有八旗官学，它是为拥有特权的基干统治队伍——八旗子弟设立的学校。
2、私塾
私塾是民间举办的蒙学。私塾的办学一般有三种形式：一是由富裕人家聘请教师前来自己设立的“家馆”，专教自家子弟及亲友子弟。二是由一村一族集资建立的村学或族学，延请教师教其子弟。
三是塾师在自己家里，或借祠堂、庙宇，或租借他人房屋设馆，招收附近学童就读，这一类才是严格意义上的私塾，在蒙学教育中最具有代表性。
3、书院
清朝的统治者虽然极力尊重汉学，但是书院在清朝的发展总体上的趋势没落的。虽然如此，在清朝还是出现了不少有特色的书院。到了道光年间，清朝还出现教会书院。
（1）黄宗羲和甬上证人书院
在康熙七年（1668年），甬上证人书院由明清之际杰出的早期启蒙思想家、著名教育家黄宗羲在宁波创办。当时，他应众人的请求，到宁波讲学，所以甬上证人书院原名为甬上证人讲社，又被称为甬上讲经会或者甬上五经会。甬上证人书院没有固定的地址和讲学堂，一般都会接寺庙、祠堂或者是在学生家里讲学，非常像一个流动的讲学团体。
黄宗羲在甬上证人书院讲学期间，非常重视穷经、读史、经世，还有天文、地理、数学等自然科技知识。他提倡学生应当独立思考、自由发挥，不能完全相信讲学的人，也不能盲从一家之说，力图改正明末时期浮躁浅薄的鄙陋学风。这都体现了黄宗羲明显的实学思想和初步的民主意识。
（2）颜元和漳南书院
颜元是明末清初著名的早期启蒙思想家和卓有贡献的教育家，反对空谈，重实践，因此而改号习斋。颜元本人不喜交际，不追逐名利，一心潜心自修，一边侍弄庄稼花圃一边读书教学。起初的漳南书院由郝文灿主持，因为求学的人越来越多，他觉得有必要另寻高人、另觅师长，否则不能满足求学生的要求和愿望。
在康熙三十三年（1694年），郝文灿不远数千里到河北博野拜访颜元，想要聘请他前去主持漳南书院。开始颜元没有答应，但是经过郝文灿的反复请求，他终于答应前往漳南书院任教。但是因为漳水地区经常洪水泛滥，最终将院舍冲毁，颜元在漳南书院任教四个月之后就返归故乡。
（3）阮元和诂经精舍
阮元是清代著名的考据学派的代表，这一学派又被称为乾嘉学派。阮元从青年起就决定穷经经学，他兴趣广泛，学习自然科学和西方数学、天文学。在嘉庆五年（1800年）阮元任浙江巡抚时，在杭州西湖以前编纂《经籍纂诂》时的50间旧屋里创立新型书院，取名为“诂经精舍”。他大胆进行书院改革，专门学习经史辞赋。到了道光元年（1821年）阮元任两广总督时又在广州城北粤秀山上开“学海堂”。
（4）王夫之与船山书院
王夫之（1619年-1692年）是中国明末清初杰出的哲学家、思想家，字而农，号姜斋，别号一壶道人，是湖南衡阳人，与顾炎武、黄宗羲同称明清三大学者。王夫之晚年居衡阳的石船山，学者称其为“船山先生”。
明崇祯年间，王夫之求学岳麓书院，师从吴道行，崇祯十一年（1638年）完成学业。在校期间，吴道行把湖湘家学教给他，并且还传授给他朱张之道，较早地影响了王夫之的思想，形成了王夫之湖湘学统中的济世救民的基本脉络。
