为重振水师，他命令在湖北新堤的造船厂，要不分昼夜，不惜任何代价尽快为他修复旧船、赶造新船。上次派彭玉麟回师湖北，其实际目的也是派彭玉麟到金口修复船只，另外让他到湖南去招募新勇，扩充水军。对于那多条被困在鄱阳湖内的舢板，他更是心急如焚。因为这些舢板没有辎重大船随行，不但无法冲出鄱阳湖，甚至连自身的生存都出现了很大困难。为了解决这一问题，曾国藩亲自跑到江西省城南昌，与巡抚陈启迈商量，央求他为湘军造长龙船三十号，交给内湖水师使用。经过一番努力，到1855年7月份，湘军的外江水师又扩充到十营五千人。基本上恢复了原来的规模。同时，内湖水师也扩充到八营四千人，供给吃饭问题也基本得到解决。曾国藩急忙令彭玉麟化装成商贩，经过太平军的控制区，与内湖水师取得联系。然后由他带领这支队伍驻扎在南康府，伺机冲出湖口，与外江水师会合。
这期间，江内水师也增加了战船，解决了供应和军饷。开赴湖口，攻击湖卡。7月，湖内水师统领萧捷三在湖口战死。曾国藩调彭玉麟从湖北赶往江西。彭玉麟此时正在湖南省亲，闻命启程，扮作商人穿越太平军控制的地区，步行数百里赶到江西南康府接任水师统领任。自此以后，湘军水师正式分为内湖水师和外江水师，分别由彭玉麟和杨载福统带，成了湘军水师的定制。
为适应湘军的水战，太平军也在九江设立船厂，制造战船。至咸丰六年三月（1856年5月），已经制造了数百条战船。这样的发展形势让曾国藩感到不安。他怕太平军水师过于强大，自己无法对付。于是命令杨载福侍机歼灭之。太平军水师因为是初建，很难抵挡湘军的攻击，所以他们避开了外江水师的力量。杨载福选了三百名死士冲入太平军水师营中，把他们的船只全部烧毁，长江水域又全部为湘军水师控制。曾国藩的努力终于没有徒劳。
经过此番调整，湘军的实力更加雄厚。水师力量的加强是明显的，陆师力量留在江西由曾国藩直接指挥的部队比原来减弱了一些。但罗泽南部开赴湖北，胡林翼以这支湘军为主体不断扩充，使这支部队的力量不亚于曾国藩亲自指挥的陆师。胡林翼原为曾国藩的部下，他的军队主力是曾国藩的部队，他与曾国藩关系密切，在“中兴名将”中地位与曾国藩相埒（liè），被人称之为“曾胡”。他们的部队一在长江上游，一在长江中游，相互照应，互为犄角，成为太平军的两个死对头和主要敌人。他们在以后鄂、皖、赣、湘数省的作战中相应契合，成为了太平军失败的主要原因。
要钱没钱要粮没粮，命悬一线
一般情况下，能做事的人总是能得到领导的垂青，有什么要求也很容易得到满足，因为他为领导解决了问题。此时的曾国藩，却是被他的领导——咸丰帝冷落了。在江西，由于战事的不顺利，湘军在给养上也遭遇到了很大的麻烦。最初，曾国藩筹饷的基本办法是留下比中央财政所能提供的更多的资源，也就是说，曾国藩会同地方大员制定出了一些新的收入政策，来保证军饷的发放。主要措施包括：
设置一些不受户部直接控制的新的地方岁入项目，将这些所得截留；
部属一旦就任抚督之后，便将岁入权集中在自己手中，避开户部的干预，将其中的一部分用于湘军的供给；
卖官鬻爵——在湘军兴办之初，湖南巡抚骆秉章为了支持曾国藩，把这一项权力交给了曾国藩。这样，出售官衔所得成为早期湘军主要经费来源之一。
随着湘军人数的增加，到了后来，这三项措施用到了极致，也无法保证军队的供给，湘军欠饷情况非常严重。因为欠饷，军士们士气低落，开小差的，图谋不轨的，不乏其人。内部军心不稳让曾国藩尤为担心。由于曾国藩没有地方大权，他所带的湘军在江西又属外来军队，所以，很多当地官吏都视曾国藩的湘军为额外负担。用得着时，供给还算及时，用不着时，供给就变得拖拖拉拉。打了胜仗没有奖励，如果战败，则备受讥笑，供给更是不用说了。曾国藩虽然挂了一个兵部侍郎和团练大臣的头衔，但那些大大小小的地方官一直存有戒心，经常阳奉阴违，硬磨软抗，有时甚至还为曾国藩设计陷阱，让他自己往下跳……这些乱七八糟的事情叠加在一起，千头万绪，让曾国藩困顿无比。虽然曾国藩的意志一如既往的坚定，但每每遇到这样的麻烦，也感到束手无策，忍不住长吁短叹，甚至会激起愤怒。
“彭寿颐事件”和“毕金科事件”是最让曾国藩愤怒的两件事。
当初，曾国藩初入江西时，陈启迈任江西巡抚。陈启迈是湖南人，并且跟曾国藩一样，也曾为翰林院官。按说，他们既是同乡，又是同年，陈启迈应该格外关照曾国藩。但事实并非如此。陈启迈经常跟曾国藩过不去，动不动就以不给饷来要挟。曾国藩为了顾全大局，一直忍气吞声。比如。陈启迈不经曾国藩同意，擅自调动湘军，忽东忽西，忽南忽北，朝令夕改，制造摩擦；羁押湘军营官副将周凤山于长江县；刑辱参将李成谋于芷江县……这些，曾国藩都忍了。孰料，陈启迈越做越过分。有一次，万载县有一个叫彭寿颐的举人，在乡下办团练，对抗太平军很有成效，打过几次小胜仗。曾国藩很赏识此人，想把这支民间力量纳入湘军。陈启迈听说后，故意以一个莫须有的罪名，将彭寿颐押进大牢，严刑拷打。曾国藩实在气极了他很快收集了陈启迈许多罪名，向朝廷参了一本。罪证确凿之下，朝廷将陈启迈革职查办。不料，新上任的巡抚文俊仍跟曾国藩过不去——事后看来，地方大员跟曾国藩的冲突，主要来源于利益。巡抚是一个省的当家的。不当家，哪知收支的艰难呢！一个当家的跟一个要钱的人产生矛盾，也是最正常不过了——湘军有一支驻守江西樟树一带，领军的叫毕金科，文俊很长时间不给这支湘军供给。眼看毕金科部弹尽粮绝，快支撑不下去了。文俊让人传话，如果毕金科部能拿下景德镇的话，马上就给他们发饷。在这种情况下，毕金科和他的部属只好以死相拼。在数万守城的太平军面前，毕金科带领一千多人攻城，无异于以卵击石。结果毕金科部全军覆没，毕金科本人也战死。消息传到曾国藩这里，曾国藩恨得咬牙切齿，这明显就是借刀杀人啊！数年之后，曾国藩攻克景德镇，特地在毕金科丧命的地方立下石碑一块，亲自撰写碑文。文中对于毕金科遭受陷阱一事，仍旧忿忿不平。
在江西长达两年多的时间里，曾国藩就是以如此的坚韧、全力地“挺”了下来。
一般来说，个性藏在可测之镜的下方。只有在紧急时刻，才真正立体地显露峥嵘；而军事上的比拼，跟很多其他东西一样，在最关键处，往往浓缩成为个人性格的比拼——在那段时间，一种决不放弃的精神支撑着曾国藩和湘军。在这样的对峙中，曾国藩将自己的操守和习性发挥到了极致。一种强大的张力支撑着他，让他如磐石一样顽强，直至转机到来。
天京内讧
历史总是在不断地交替上演。终于，在1856年6月以后，岌岌可危的曾国藩迎来了转机，太平军又一次失去了良机——由于清军绿营的江南大营围攻天京甚急，太平天国东王杨秀清命石达开领军东援解围，太平军的主力从江西撤回了江苏。湘军的危急局面得到了缓和，曾国藩又有了喘息的机会。这个时候，湖南又一次显示了它后方基地的作用。在湖南巡抚骆秉璋和左宗棠的指挥下，刘长佑、肖启江统率五千湘军前来增援江西。不久，曾国华又从湖北率一支人马绕道湖南进入江西境内；曾国荃也从老家招募了一支湘军前来支持……身处绝境的曾国藩发自肺腑地感叹：天助我也！这样，曾国藩结束了自己被包围的局面。在江西，与太平军的战斗重新陷入胶着状态。
1856年9月，一个令曾国藩及其部署都瞠目结舌的消息被狂奔进南昌大营的探子传来——天京内讧！韦昌辉杀掉了杨秀清——先是东王杨秀清逼宫，假托天父下凡附身，要求洪秀全封自己为万岁。洪秀全一气之下，秘密指令北王韦昌辉迅速从江西前线回到天京，杀掉了东王杨秀清，并且大规模屠杀东王部属！太平军陷入内乱！
苦险困境多时、一向冷静无比的曾国藩这一回几乎控制不住自己的情绪了——他变得欣喜若狂：像一个濒临死亡的落水者，攀上了一根漂过来的树枝；又像一条本来已经上岸的鱼，一个翻身，又潜回了水中。曾国藩用颤抖的声音一个劲地刨根问底，一直问到探子张口结舌无言以对为止。中军大帐一片沸腾，所有湘军将士都幸灾乐祸、兴奋无比。然后，都以一种鄙夷的口气谈论着太平天国。太平天国的争权夺利、自相残杀，不仅削弱了自己的力量，也让命门暴露在光天化日之下，让人们对于这个政权有了更清楚的认识。湘军看到了希望的曙光，也增添了胜利的信心。
不久，接二连三的消息陆续传来：太平天国翼王石达开从湖北前线赶回天京，阻止韦昌辉的进一步屠杀；韦昌辉与石达开发生了争斗，石达开弃城出走；韦昌辉杀了石达开全家，进一步威逼天王洪秀全；石达开在皖南起兵讨韦，天王又杀了韦昌辉，太平天国另一员大将秦日纲死在纷乱之中；事件平息后，石达开又奉诏回天京辅政，天王继续不理朝政，天王的兄长安王、福王对石达开的疑心很重，翼王石达开再一次弃城逃往安庆……
