唐开元元年（713）八月三日，六祖在国恩寺召集众弟子说了一番禅理，端坐到三更时分，对门徒说：“吾行矣。”便“奄然迁化”（圆寂），享年七十六。《坛经》载，当时“异香满室，白虹属地。林木变白，禽兽哀鸣”（白虹：巨星殒落，其光炽白如虹。乃一代伟人逝去之象）。
唐宪宗元和七年（812），诏谥惠能为“大鉴禅师”。存放其真身的塔称“元和灵照”（或称“元和正真”）。唐代王维、柳宗元、刘禹锡等文学大家都先后为惠能撰写过长篇碑文，记述其事迹。
宋太宗加谥惠能为“大鉴真空禅师”，诏新师塔曰“太平兴国之塔”。宋仁宗曾迎惠能真身入大内供养，加谥为“大鉴真空普觉禅师”，最后宋神宗再加谥为“大鉴真空普觉圆明禅师”。
六祖圆寂后，他的弟子们为他保留了“真身”。
在惠能之前，中国佛教无论哪一个教派，僧人死后基本上都是按天竺法火化遗体的；若是名僧，则从烧后的骨骼中捡取碎骨，奉为神奇的传世“舍利”。比如有关唐三藏的舍利就一直众说纷纭，有说在陕西，有说在南京，有的则说已流失到日本。相传今天广州六榕寺花塔下就埋藏着佛祖的舍利子，还曾流传“佛牙放光”的神话。惠能开创的南宗，不按天竺旧例火化而改用全身葬法。
惠能圆寂后，广、韶、新三郡争迎真身，一时解决不了。人们于是在六祖故居国恩寺所在的龙山前焚香祷告：“香烟指处，师所归焉。”只见香烟直贯曹溪。于是六祖真身与所传衣钵回归南华寺。龙山前自此有香灯冈。清？简炳骥《新州竹枝词》咏：“年年重九醉龙山，浮白欢呼万事闲。好是香灯冈外望．炉烟犹忆注韶关。”
唐后五代时，刘氏割据岭南建南汉国，每年正月十五上元灯节，就会迎六祖真身入韶州城为民祈福。
今天人们去游南华寺，看到寺中所供奉的这具“真身”坐像，通高80厘米，结跏趺坐，腿足盘结在袈裟内，双手叠置腹前作入定状。头部端正，面向前方，双目闭合，面形清瘦，嘴唇稍厚，颧骨较高。心中难免感到困惑：这真的是六祖的“真身”么？肉身存放了一千几百年，能不腐化么？
是的，这是六祖的“真身”，但它只是“真身”的“壳”，与一般人心中有关“真身”的概念并不相符──肉身早已腐化无存了。
说真又不真，什么回事呢？这得说说“真身”的制法，据传是这样的：
高僧圆寂后，将其遗体脱去衣服，背后用铁条撑持，让他盘膝而坐，然后用上好福州漆加香粉涂漆尸身，干后再漆，如此加漆达数十次之多，尸身便会罩上了一层厚约一两分的漆壳。在漆壳的底下留一个小孔。完成了上漆之后，把尸体放在底部有孔的大缸里，上面再盖上大缸，深埋地下。如此过了三几年，尸体自然腐化成水，由下部的小孔排出，并由缸底的孔排出缸外，这时漆壳内就只剩下一副骨骼，而外表就成为发亮的“真身”。
六祖真身在历史上曾经历过三番劫难。
第一次遭劫牵涉到禅宗南北两派的对立。相传惠能死后，其嫡传弟子神会在洛阳菏泽寺宣扬南宗教义，遭到北宗门徒的仇视，曾三次谋杀神会，但都没有成功；又派人入岭南，要割取惠能的头颅。刺客找到南华寺，刀砍真身颈部，猛听得锵然有声，寺僧闻声惊觉，刺客扮成“孝子”仓皇脱逃。
六祖的真身坚硬如铁么？不是，那是因为尸颈有铁块包裹着。据《坛经》记载，六祖生前曾告诉门徒，说自己身后五六年，会有人来取自己的首级。六祖圆寂后，门徒为供存其真身，特地建造了“灵照塔”。其“门人忆念取首之记，遂先以铁叶漆布，固护师颈入塔。忽于塔内，白光出现，直上冲天，三日始散……师入塔后，至开元十年（722）壬戍八月初三日，夜半，忽闻塔中如拽铁索声，众僧惊起，见一孝子从塔中走出，寻见师颈有伤……”
第二次遭劫在南宋末年，这次是被戮穿了胸腹，此事见文天祥《南华山》一诗后的附记：“六祖禅师真身，盖数百年矣。为乱兵割其心肝，乃知有患难，佛不免，况人乎！”当时文天祥被元兵押解上燕京（今北京），途经南华寺，目睹惠能真身遭此大劫，作诗感叹“佛化知几尘，患乃与我同。有形终归灭，不灭惟真空”，并写下附记。不过那真身当时只是个漆像“壳”，乱兵应该是挖不到心肝的。
第三次遭劫在上世纪60年代文革破四旧之时，有红卫兵打算把六祖真身抬到街上当众“解剖”，看看是否死人骨头。幸好事前寺中众僧将真身隐藏起来，谎称真身早已被其他人抬走扔掉了，才幸免于难。
六祖真身是佛门中的“法物”，历唐宋元明清千余年，人祸兵灾，寺庙屡经兴废，竟能保存至今，也可谓奇迹。今天南华寺所供“真身”，体内用铁枝支撑，大部分用泥草填充，枯骨尚存数根，容貌仍如生前，堪称弥足珍贵。
