佛教源起于公元前6世纪的印度。据说释迦牟尼本为王子，因见人不能免除生老病死的痛苦，遂出家探索人生真理，后在菩提树下悟道，开始为众生说法。然而当时的印度，婆罗门教的势力极大，他们非常重视人出生的阶级并以咒术密法控制信徒。释迦牟尼认为这种方法是邪门歪道，严格禁止门徒使用，在《长阿含经》中，曾明白宣示，反对邪魔外道的神通法术。
在释迦牟尼说法的初期，他力求将所悟及的智慧精义，用大家并不十分了解的语言阐述，结果信众茫然了。为了更好的传播他的教义，释迦牟尼便采用了一些“方便法门”，于是，他创建了大小乘之分。先是传播“小乘”，小乘佛教讲究修自身的公德，使自己得以脱离轮回苦海，这是度己的工夫，比较符合一般民众最切身的现实利益。大约不到10年的时间，当信众水准提高后，释迦牟尼就开始讲授“大乘”，这是度人的工夫。其中专讲智慧，亦即梵文的“般若”一事，竟达22年之久。尽管如此，释迦牟尼在大乘之上，据说还保留了一个“最高乘”，也就是指金字塔的顶尖，这个“最高乘”就是禅宗，这不论从人类社会或智慧结构上看，都恰如其分。
释迦牟尼入灭后，佛教渐为社会大众所接受并传播开来，婆罗门教也吸收了佛教教义，形成了印度教。而很多印度教、婆罗门教教徒，也加入了佛教徒的行列。
这里之所以强调“释迦牟尼入灭后”，是因为不久佛教就开始分化。以当时印度人民的文化水准而言，对释迦牟尼佛深奥的大乘精义，确是很难接受。但是小乘佛法追求自我的福德功果，却深入人心，为人民所接受。于是某些有心人又渐渐在小乘中吸收了婆罗门教的咒术密法，以满足大众的通俗趣味，以及对神秘力量的好奇。这种做法显然与释迦牟尼的初意相违背。为自圆其说，那些将婆罗门咒语纳入佛教的人士，遂提出释迦牟尼是应身佛，另有法身佛毗卢遮那以密咒真言传道，人修持后“即身成佛”的理论。为了区别于尊崇释迦牟尼佛的显宗，他们自称密宗，反正释迦牟尼本人创造了大小乘的两级体制在先，现在此派人士又在释迦之外造个密宗也不足为奇。
从此，佛教就分为显宗和密宗两类。显宗是释迦牟尼所说的各种经典，主张弘法悟道；密宗则是毗卢遮那佛所传的秘法，以真言密咒修持。密宗的主要经典是《大日经》，主张即事而真，即身成佛。另有《金刚顶经》详述如何应用这些理论，指出人之淫、怒、痴、狂等，都是达到真实的“方便法门”。
在公元7世纪左右，佛教在印度大盛，密宗成为主流。释迦牟尼创建佛教，本来也有移风易俗的因在内素，可是到了最后，被易的却是他自己。经济基础决定上层建筑，有什么样的社会环境，就有什么样的思想体系与之相适应，巫蛊盛行的印度，给密宗提供了土壤。
到了8世纪，密宗传至东印度，又融入了印度教性力崇拜的形式，以男女双身修法，作为成佛的手段。
公元11世纪，信奉伊斯兰教的军队大举入侵印度，直斥佛教的荒谬。他们毁僧灭寺，佛教徒也纷纷放弃了早已变质的信仰，改信伊斯兰教或印度教，违背了理想的初衷，佛教也就没有了继续存在的理由。至12世纪末，佛教基本便在印度绝迹了。
