诸葛亮接着又叫马岱进帐来，附在他耳边，低声传了一个密令，最后嘱咐道：“我死以后，你可按计行事。”马岱领计出去了。
过了一会儿，杨仪进来，诸葛亮把他叫到床前，给了他一个锦囊，秘密地嘱咐道：“我死后，魏延一定会反；待他反时，你与他对阵，再打开这个锦囊，那时，自有杀魏延的人。”
诸葛亮一一调度了，便昏了过去，一直到晚上才苏醒过来，连夜表奏后主。
后主闻奏大惊，急忙命尚书李福当晚就起程到军中去向诸葛亮问安，并询问后事。李福日夜兼程来到五丈原，入帐见诸葛亮，传后主之命。
问安过后，诸葛亮流着眼泪说道：“我不幸在大业未成的半途死去，虚废了国家大事，得罪于天下。我死以后，你们要尽忠尽力，辅佐后主。国家以前的制度不要改变，我所用过的人，也不可轻易废掉。我的用兵之法，都已传授给了姜维，他自会继承我的遗志，为国出力。”
李福听完了诸葛亮的话，便辞别，匆匆地赶了回去。
诸葛亮强支病体起来，让左右的人扶他坐上小车，出寨到各营询视，回到帐中，病势更加沉重，便叫来杨仪吩咐道：“马岱、王平、廖化、张翼、张嶷等，都是宁死尽忠之士，久经沙场，多负勤劳，完全可以委用。我死之后，凡事都要像过去那样依法而行，要慢慢退兵，不可过急。你深通谋略，不必我多嘱咐。姜维智勇兼备，可以决断我之后的事。”杨仪哭泣着受命。
诸葛亮吩咐相关事宜之后，坐在病榻上，强撑着身体给后主写了一封遗表。
写完后，吩咐杨仪说：“我死之后，不可发丧，可教后军先走，然后一营一营慢慢退兵。如果司马懿追来，你可以布成阵势，等他到了，将我以前所雕刻的木像，放在车上推出，司马懿见了，一定会退兵。”
这晚，诸葛亮让人将他扶出帐来，仰观北斗，他远远地指着一颗星说道：“那便是我的将星。”
众将正在慌乱之间，忽然尚书李福又来了，看到诸葛亮昏厥，已不能讲话，便大哭起来道：“我误了国家大事！”过了一会儿，诸葛亮又醒了过来，睁开眼睛寻视众人，见李福站在床前，便说道：“我已知先生复来之意。”
李福说道：“我奉天子之命，请问丞相百年后，可任大事的人。上次因过于匆忙，忘了咨询，所以复来。”
诸葛亮道：“我死之后，可任大事的人，蒋公琰比较适宜。”
李福道：“公琰之后，谁可继承？”
诸葛亮道：“费文伟可继承。”
李福又问：“文伟之后，谁可继承？”
诸葛亮不答。众将到近前来看，已经咽了气。
时建兴十二年八月二十三日，汉丞相诸葛亮病逝于军中，终年54岁。
再说司马懿以为诸葛亮已死，探查到五丈原蜀营中已空无一人，便忙亲自引兵来追。到山脚下，见蜀军不远，更加奋力追之。
这时忽然山后一声炮响，喊声大震，只见蜀军全部回旗返鼓，树影中飘出中军大旗，上面写着一行大字“汉丞相诸葛亮”。
司马懿不由大惊失色，定睛看时，只见中军几十员上将，拥出一辆四轮车来，车上端坐着诸葛亮，羽扇纶巾，鹤氅皂绦。
司马懿大惊道：“诸葛亮还活着！我轻入重地，落进他的计中了！”急忙勒马往回跑。
背后姜维大叫道：“贼将休走，你中了我们丞相之计！”魏兵魂飞魄散，弃甲丢盔，抛戈撇戟，各逃性命，自相践踏，死者无数。
司马懿奔走了有五十多里，背后两员将赶上，扯住马环叫道：“都督勿惊！”
司马懿用手摸摸脑袋问：“我还有头吗？”
二将道：“都督休怕，蜀兵已经离远了。”
司马懿喘息半晌，神色方定，睁开眼睛一看，原来是夏侯霸和夏侯惠，这才舒了口气，与二将寻小路赶回本营寨去。
过了两天，乡民奔走相告说：“蜀兵退入谷中之时，哀声震地，军中扬起白旗，诸葛亮果然死了，只留姜维带1000兵断后。前日车上的诸葛亮其实是木人。”
司马懿听说后叹道：“我能料诸葛亮生，却不能料诸葛亮死也！”因此蜀中人有谚语道：“死诸葛惊走活仲达。”
司马懿确信诸葛亮已死，才又带兵追赶蜀军，走到赤岸坡，见蜀军已去远了，才引大军回去。
一路上看到诸葛亮安营扎寨之处，前后左右，整齐有法，司马懿叹道：“真是天下奇才啊！”
从历史上看，诸葛亮与司马懿皆才智过人之人，然而如果将两人再作比较，司马懿就远远逊色于诸葛亮了。
司马懿不仅在作战布阵方面不是诸葛亮的对手，就是在用智用谋方面，也远远不及诸葛亮。
诸葛亮设谋往往能举一反三，在斗智中经常是在别人思维可能考虑到的最后限度之外再去设谋，因此总是高人一筹。
这种深谋远虑不仅司马懿望尘莫及，即使把历史上很多著名的谋臣将相拿来作比较，也很难找出能与诸葛亮相匹敌的。
一代名相的逝世，对于蜀汉政权来说，无疑是一颗闪烁着万丈光芒的巨星陨落。刘备惨淡经营数十年所建的蜀汉，此时已处于风雨飘摇之中。
诸葛亮死后，魏延果然造反，杨仪令先锋何平引兵到南谷讨之。何平出马大骂：“反贼魏延在哪儿？丞相新亡，骨肉未寒，你就敢造反！”
又扬鞭指着魏延部下道，“你等军士，都是西川之人，川中多有父母妻子，兄弟亲朋。丞相在时，不曾薄待你们，现在不可帮助反贼，宜各回家乡，听候赏赐。”
众军一听，大喊一声，散去了大半，只有马岱所领的300人不动。魏延大怒，挥刀纵马，直取何平。何平带军飞奔而去。
魏延、马岱带兵往南郑杀来，姜维挺枪立马于门旗之下，高声大骂：“反贼魏延，丞相当初曾识你脑后有反骨，料你日后必反，每每想要杀你，却怜你英勇，所以姑且留用，不曾亏待于你，如今却果然造反。”
这时，杨仪在门旗影下拆开诸葛亮留给他的锦囊，见上写如此如此。
杨仪大喜，轻骑到阵前，手指魏延道：“你若是敢在马上连叫三声‘谁敢杀我’，就算你是真正的大丈夫，我就把汉中城池献给你。”
魏延大笑道：“这有何难！诸葛亮在时，我尚怕三分；如今他已经死了，看天下谁能与我为敌？别说连叫三声，就是连叫三万声，又能怎样？”
于是当即便在马上大叫道：“谁敢杀我？”
一声未叫完，脑后一人厉声应道：“我敢杀你！”手起刀落，斩魏延于马下。
众人都惊骇不已，斩魏延者，乃是马岱。原来，诸葛亮临终之际授马岱以密计，只等魏延喊叫时，便出其不意斩他。
之后，杨仪等人便扶诸葛亮灵柩回到成都，后主带文武官僚，全部挂孝，出城十公里迎接。
后主放声大哭，上至公卿大夫，下至山林百姓，男女老幼，无不痛哭，哀声震地。后主命扶柩入城，停在丞相府中。诸葛亮之子诸葛瞻守孝居丧。
杨仪入朝，呈上诸葛亮遗表。后主阅后大哭，降旨卜地安葬。费文伟奏道：“丞相临终时，命就葬于定军山，不用墙垣砖石，也不用一份祭物。”后主从之，择当年十月吉日，亲自送灵柩到定军山安葬，降旨封诸葛亮谥号忠武侯。
诸葛亮之死，是蜀汉国的巨大损失。在三分天下中，诸葛亮犹如蜀汉国的一根顶梁柱，这根柱子一倒，整个蜀汉国就有垮掉的危险。人们忘不了这个为国为民、鞠躬尽瘁、死而后已的父母官；忘不了诸葛亮那大智大勇、超乎常人的智慧和力量。
上至朝廷皇帝，下至百姓，顷刻间陷入极度悲哀之中，人们纷纷要求设庙堂纪念这位受人尊敬的丞相、智通鬼神的圣人。
由于民间自发私祭的人越来越多，因此刘禅终于下诏，在河阳修建诸葛亮的相庙，命为武侯祠，供人们祭拜。
诸葛亮死后，蜀汉国延续了近30年。263年，蜀汉政权在曹魏三路军的攻击下终于灭亡了，诸葛亮之子诸葛瞻在蜀汉政权中曾任传中、尚书仆射和军师、将军等职。
在魏军进攻洛县，即今四川绵阳。绵竹，即今四川绵阳西南时，诸葛瞻因坚决抗击魏军而战死沙场，其十几岁的儿子诸葛尚也不辱先祖之英名，面对强敌临危不惧，愤然冲入敌阵，直至战死。三代忠烈，皆为蜀汉政权献出了宝贵的生命。
诸葛亮一生的历史活动，表现了忠诚、勤勉、开明、智慧。因而他不仅受到历代封建统治者的推崇和赞扬，也颇受广大人民群众的尊敬和爱戴。
