《黄遵宪与日本友人笔谈遗稿》郑子瑜除完成自己的授课任务外，将大部分时间用于整理、研究、标点、校订《黄遵宪与日本友人笔谈遗稿》。他为这份遗稿倾注了心血，连公共假日也沉浸其中。郑子瑜曾在《南洋学报·黄遵宪研究专号》上谦逊地回忆： “实藤先生负责查考笔谈的年月日，以及由一字查考笔谈人物的全名，又校录笔话里全部的日文(即初次笔谈)，出力最大，贡献也最多；佐藤三郎先生曾协助实藤先生抄写笔话本子，应居次功；至于我，只不过校录初次见面以后的全部笔话和总其成而已。”(见《南洋学报·黄遵宪研究专号》第五页，郑子瑜著《黄遵宪与源桂阁等笔话的编校》一文)由于遗稿是即席谈话的实录，大都字迹潦草，而且又难免漏字和笔误，加上年代久远，蠹虫侵袭，许多笔迹难以辨认，校阅的艰辛，是旁人很难体会的。
郑子瑜向实藤提议，考虑到黄遵宪的重要历史地位，先将与他有关的笔谈部分爬梳抉剔整理出来，尽快公之于世，以满足研究之需。
《黄遵宪与日本友人笔谈遗稿》终于在1968年5月，由早稻田大学东洋文学研究会出版。这是一件学术界具有重大意义之事，黄与大河之间的友谊，又一次在郑与实藤的合作中体现出来，他们相互尊敬、平等地建立的深厚友谊将成为中(新)日交往史上令人注目的一页。难怪实藤惠秀在该书序文中说：“日、中人士合编共著的东西，在明治时代有的是；但在昭和时代，我和郑先生或者可以说是首倡吧！”
这部极为珍贵的遗稿所反映的中日两国文人毫无拘束地畅所欲言，使后人可清楚看到他们当年坦诚的促膝交谈。其中涉猎颇广，关于政治、经济、历史、文艺、风俗等种种谈论，为研究中日关系史提供了珍贵的史料。黄遵宪在笔谈中某些卓识，使学者们叹服。如台湾著名学者潘重规在第一届国际《红楼梦》会议上说： “一百年前，我国大诗人驻日本使馆参赞黄遵宪先生，对日本汉学家说：‘《红楼梦》乃开天辟地、从古到今第一部好小说，当与日月争光，万古不磨者。恨贵邦人不通中语，不能尽得其妙。’这一番话，早已获得全世界文人学者的首肯。从这个月在美国威斯康星大学首届国际《红楼梦》研讨会的召开，更证明《红楼梦》这部小说的崇高地位。”(潘重规“第一届国际《红楼梦》研讨会”1980年6月5日台北《中国时报》)而苏州大学钱仲联在重订《人境庐诗草笺注》时，也曾增补许多“笔谈”史料。日本《大安》、台北《中央日报》、北京《光明日报》纷纷发表文章，加以评论，称赞说： “此书为研究黄遵宪提供了一份珍贵的资料”(东京《大安》杂志)，“是中日文化交流的历史证物”(北京《光明日报》)；“中、日两国在近代史上的恩怨极为错综复杂，像黄(遵宪)、大河内(辉声)以及郑(子瑜)、实藤(惠秀)这样互相尊重、平等地建立深厚友谊的例子尚属罕见。”(台北《中央日报》)《黄遵宪与友人笔谈遗稿》的出版，标志着“黄学”已经开创了国际间通力合作的先例，正如郑子瑜在该书序二中所言： “我和实藤先生的国籍不同，对于笔谈遗稿以及对于某些问题的看法也未必能完全一致，可是我们却都以为不同民族之间，应该互相友爱，过去是如此，现在是如此，将来也是如此。这一点，是彼此都信守不渝的。我们愿意携手合作，共同编校此笔谈遗稿，其动机也在于此。”(《黄遵宪与日本友人笔谈遗稿·序二》)
