英国政府继罗斯之后，于1845年5月19日又派出了探险家约翰·佛兰克林前往南极探险。他们所使用的探险船，就是詹姆斯·柯拉克·罗斯于南极探险时所使用过的艾尔帕斯号和泰拉号，不但构造非常坚固，而且十分适合于极地航行。
佛兰克林为这次探险做了充分的准备，两艘船上装满了备用的物资，至少足够在冰海上航行3年。然而，1845年7月底，自从一艘捕鲸船在巴芬岛北部的兰卡斯特海峡遇到过这两艘船后，佛兰克林的船队便行踪不明了。
两年过去了，但是仍然没有佛兰克林探险队的消息，在各地的酒店社交界的宴会上，大家都很担忧地谈论着佛兰克林船队。虽然两艘船的装备相当充分，但是随着时间的消逝，也终有告罄的时候。不安愈来愈深，大家都揣测他们可能已经死了，于是英国国内要求搜寻他们的呼声，日渐高涨，致使原本不大理会此事的英国海军，不得不采取行动。
英国政府还作出承诺，凡是找到佛兰克林队员的人，不计人种及国籍，都颁发两万英磅的奖金。
派遣救援队的申请批准下来后，英国海军立刻组织了大规模的救援队，全力前往北极搜寻。其中，第一队是陆上队，第二队从白令海开始搜寻，第三队即是由着名的南北极探险家詹姆斯·柯拉克·罗斯指挥。
第一队负责搜寻加拿大以北的陆上地区，第二队则从白令海开始搜寻，航向指向海峡的北部和西部海域。然而，两队很快地都因为冰雪和暴风的阻扰而无法行动，最后终于在1849年停止寻找佛兰克林的探险队。
从1848～1849年冬天，由罗斯指挥的第三队，都在索美塞得岛的东北部度过。他们驾驶着雪橇，在索美塞得岛步行深入300公里以上，不停地打听佛兰克林等人的消息，但是却一点结果也没有。1849年，罗斯只好返回英国复命。
从1845～1849年，佛兰克林失踪已有4年，几乎所有寻找佛兰克林船队的人，都放弃了继续寻找的念头，只有佛兰克林夫人仍然抱着希望，期望有人能找到她的丈夫。
1850年，为搜寻佛兰克林探险队，英国海军又动员了10艘船和数百人，向冰海、陆地和海面展开大规模的搜索。这一次的行动非常仔细，不但使得有关北极的地理更加明了，也发展了极地探险的技术。然而，他们真正的目标是佛兰克林船队，却仍然没有发现他们的踪影。
其中，由佛雷休·奥斯丁上校所率领的9艘船队，进入了流冰中，发现了一个命名为比基岛的地方，他们在沿岸登陆，寻找扎营的地点。
在这里，加入奥斯丁队的美国海军上尉J·D·赫本所指挥的两艘帆船队员，却在荒凉的小岛上，发现了人类留下的痕迹。接近一看，原来是铁制的射击台和仓库的残墟。仓库中有排列很整齐的肉类罐头，绳子也堆积如山，并有许多空罐子散乱丢弃在附近，这些景象很明显地告诉人们这儿就是佛兰克林船队最初的冬营地。
而且，他们还在附近发现了3个墓碑，其中1个墓碑上刻有粗糙的字体，上面写着约翰·托林敦，乃是泰拉号的轮机长，其他两个墓碑则是艾尔帕斯号的海员。那么，其他的人那里去了呢？
1853年，哈得逊湾公司的约翰·雷博士为解开这个谜，从加拿大北部出发，往北缓慢步行前进。雷博士和他的队员于1854年4月，到达贝里湾，贝里湾位于巴芬岛西部，亦即加拿大最北端的布提亚半岛底部。在这里，为了获得食物，经常有很多爱斯基摩人驾着雪橇来来往往。
雷博士向爱斯基摩人询问探险队的下落，爱斯基摩人都告诉他，数年前在贝里湾大约250公里的西边，有大约40个白人一起往南步行。至此，佛兰克林队终于有了消息。
爱斯基摩人说，这些白人把两艘很大的船抛弃，拖着雪橇和小船向着巴克河的方向前进，途中因为饥饿和坏血病，可能已经遇到不幸。
到底这些爱斯基摩人是否真的看过那两艘被抛弃的船呢？如果有，那些船在什么地方呢？
循着爱斯基摩人指引的路径，雷博士在威廉岛的东北岸外，发现了许多衣服的碎片，以及艾尔帕斯号和泰拉号船上的东西，由此可知，爱斯基摩人的报告足以可信。雷博士尽可能在贝里湾收集所有的情报，然后改向西北前进。途中，他每遇见一个爱斯基摩人，便向他询问有关佛兰克林队的消息。
有一个爱斯基摩人的话，令雷博士万分沉痛。根据雷博士的询问，爱斯基摩人一共在陆地上发现了30个人的遗体和许多墓碑。于是他又从巴克河的河口，往西北走一天的路程，终于在接近加拿大本土的一个岛上，发现了五个人的遗体；小船已经被翻过来当做避难的小屋，这些遗体分散于帐篷及小船下。
最让震惊的是，有的尸体甚至被切成一块块，放在锅子里，显然这些饥饿的人们也表演了一出“人吃人”的惨剧。
由于雷博士的报告，全英国的人都知道了这个悲惨的事实，困扰人心达7年之久的秘密终于解开了，英国政府的不安也暂告平息。
雷博士由此从英国政府那里获得一万英镑的奖金。因为和雷博士见面的爱斯基摩人都没有见过一个活的白人，并且在发现遗体的地点附近，也没有发现活的白人，佛兰克林探险队全部死亡已成为事实。
但是，佛兰克林本身的遗体并未发现，佛兰克林夫人及其他许多人，都留有结果如何的疑问。而且，其余一百名探险队员的最后结果又如何了呢？这大概是英国政府将奖金减半的原因吧。
佛兰克林夫人请求官方寻找丈夫的希望没有实现，她决定自己出资寻找丈夫。她买进一艘较小的蒸汽船狐狸号，开始准备工作。不久，曾经参加过搜索工作的李奥帕德·马克林托克便指挥着狐狸号，由大西洋进入太平洋，依次搜寻散布于北极圈中的各个小岛。
截止1857年7月1日，佛兰克林出航已过了12年。这一天，狐狸号安静地从苏格兰的亚伯丁出港。月底，狐狸号使到达格陵兰，马克林托克带着爱斯基摩人和35只狗，离开狐狸号开始进行冰上搜索。
8月初，一行人又从格陵兰最北端的丹麦殖民地犹柏拿维克启航，12天后，便穿过麦尔维湾，经过布满流冰的水域，进入兰卡斯特海峡。至此，冰层封住了狐狸号的前进路线，他们只得在那儿度过冬天。马克林托克在他的日记上如此记述：
“虽然并非没有脱离冰海的希望，但还是被漂流到北纬635度的地方。一直到第二年4月25日，我们才从冰海脱离，那是因为强烈的东南风在冰上掀起很大的波浪，把冰层给打碎了，造成激烈的摇晃，船员们都被弹到甲板上。大家原以为船会被打坏，情况非常危险，幸好我们有独特的尖形船头和装在小机船上能够随时开动的蒸汽机，所以才能够脱离冰海。”
狐狸号在冰海上漂流了242天，行程2000公里，最后到达巴芬湾的西南端。
其间，狐狸号曾返回格陵兰补充食物，接着再把船首指向西北前进。这一次，狐狸号成功地横越过麦尔维湾，于1858年7月27日进入旁多湾，马克林托克一行人登陆后，便前往卡帕洛利托克村拜访爱斯基摩人。但没得到确切的信息。
马克林托推想，佛兰克林一行人一定通过了兰卡斯特海峡及巴罗海峡，然后在比基岛度过冬天。
于是，马克林托克便将狐狸号驶向比基岛，但是他在那里并没有获得任何线索，接着，他又指挥狐狸号继续南下，前往威廉岛。
狐狸号在距离威廉岛还有250公里的地方，又被冰层封住，冰的压力就像是虎钳一般，使得他们必须先注意船本身的安全，而无法进行搜索工作。然而，情况在稍转好以后，马克林托克不等船从冰层中脱离，跳下狐狸号，便带着两位船员和一个爱斯基摩人，开始冰上旅行。
马克林托克一行人用一部雪橇载着行李，向南方的布提亚半岛前进。过了十几天，从威廉岛往罗斯海峡走大约50公里，于1859年3月进入维多利亚岬，他们在那里遇到了正在狩猎的爱斯基摩人。
询问的结果是：多年前有两艘白人的船被流冰破坏，在威廉岛的西北岸沉没，船上的海员全部都离船登陆，然后从陆地向巴克河前进，最后可能全部死亡，这证实了雷博士的发现是事实。
马克林托克认为，如果没有更多的搜索队员和装备，必定无法更进一步获得更多的资料，于是就改向北方前进，返回狐狸号。
1859年4月20日，两支搜索队从狐狸号再度出发，一队是由马克林托克指挥，另一队则由霍普森率领。他们从狐狸号前往维多利亚岬，后在维多利亚岬分开，马克林托克队横越过罗斯海峡，前往威廉岛，然后又改向南方，沿着岛的东海岸前进。
根据爱斯基摩人的说法，艾尔帕斯号和泰拉号沉没的地方在马克河。
马克林托克队在威廉岛上期间，曾与大约40个爱斯基摩人接触，他们发现了令人吃惊的东西，那就是刻有佛兰克林和军官们姓名的首字母和家徽的银制食器。
他们在达巴克河并没有找到佛兰克林队的行踪，因此，只好又返回威廉岛。接着为了要和霍普森队碰面，又继续朝向西岸前进。
5月份，马克林托克准备乘温暖的初夏回英国休息一阵子，再继续寻找佛兰克林队。正在这个时候，他们刚好到达威廉岛的西南岸，发现哈谢尔岬的海面上散布着许多白骨，附近还有许多欧洲人的衣服碎片。于是就在当地到处挖掘，终于发现了用羊皮纸制的船员手册，和两、三封私人的信件，但是却始终找不到佛兰克林探险队的公文记录。
不久，马克林托克队又发现了一艘9米长的小船残骸，里面有两副人骨、书本、古老的怀表、衣服、红茶和巧克力等，但是却没有任何记录，最奇怪的是，装着小船的雪橇却是朝向北方，似乎与艾尔帕斯号和泰拉号的船员们弃船后的南进方向不相符。当时，船员们必定是想要寻找哈得沙湾公司的前进基地要求帮助，不知何故，这种努力却失败了。这些雪橇会联向北方，也许是有少数人企图重新返回船上之故。
马克林托克知道要解开佛兰克林队的谜，“还需要一番努力，因此决定将雪车朝向北方，他一面前进一面推测徘徊于威廉岛西北海岸的霍普森队的行动，马克林托克后来在他的日记中如此写着：
“过了哈议谢尔岬约五公里的地方，陆地很快地往下沉降，在离开海岸很远的地方。有很多小湾和小山小丘，我们前进到那里，在沿岸看到了许多重叠的冰，最后终于发现了我们希望发现的东西。在距离哈谢尔岬大约20公里的地方。我发现霍普森队所做的小石堆，和留给我的报告书。”
原来，1859年5月6日，霍普森队到达威廉岛西北岸的维多利亚岬，走到突出于维多利亚海峡的一个地方，又发现了很大的坟墓，而且还在堆积着的岩石周围，发现了烹饪用的炉子、丁字镐、帐篷、圆钟以及航海用具等装备。霍普森队在那里详细地搜索后，发现一个箱子里有一排弹药，这些弹药曾经打开过，不知何故又放四箱子里，这些弹药究竟有何意义，霍普森把弹药打开后，有两封信暴羹出来。信的内容如下：
“皇帝陛下的船艾尔帕斯号和泰拉号，在北纬70度5分，西经98度23分的冰上过冬。它通过威灵顿海峡，到达北纬77度，又经过康瓦力岛的西方再回来，公元1846～1847年，都在北纬74度43分28秒，西经91度39分15秒的比基岛过冬，由约翰·佛兰克林担任探险队的指挥，全体人员精神愉快。由2位军官及6位士兵组成的本队，在公元1847年5月24日星期一离船。”
这封信的后面是哥瓦上尉和大副维克斯的签字。在报告书外侧，还有一段文字显然是一年以后的记录：
“1848年4月25日，陛下的船艾尔帕斯号和泰拉号，于4月22日离开这里，在大约离开25公里，亦即威廉岛北北西的地方被放弃。自1846年9月12日以后，这两艘船就被封闭在冰中，船上105位军官和士兵，都在海军上校克洛基的指挥下，在北纬63度37分42秒，西经98度41分的地方登陆。约翰·佛兰克林于1847年6月11日死亡。到这一天为止，探险队已有24名队员死亡。”
报告书上还有资深军官克洛基上校，和艾尔帕斯号舰长詹姆斯的签字。后面，又追记了一句“明天26日，将要向巴克河前进。”
霍普森发现这份报告书上的日期有错误，因为在比基岛的石墓碑上，刻有1845～1846年冬天的日期，显然探险队应该是第一年的冬天在比基岛度过，第二年才到达威廉岛的。
虽然发现了上述资料，但佛兰克林到底是怎样死亡的，在什么地方死亡的？探险队的其他人员是死是活？诸多疑点一直都是未解之谜。
