如果说魏源对于四家诗采取兼容并蓄的态度，那么他对《古文尚书》则攻击不遗余力。他说：“夫《毛传》尚可与三家诗并存，若伪古文之臆造《经》、《传》，上诬三代，下欺千载。今既经钦定《四库全书提要·古文尚书疏证》，下严词斥驳，实证凿然，便当黜之学校，不许以晚出十六篇出题考试，不许文章称引，且毁伪孔《传》、伪孔《疏》，别颁新《传》、新《疏》，而后不至于惑世诬民。至马、郑《传》《注》之故背今文，臆造古文说者，亦不足以相代。则欲立学宫，舍西汉今文家专门之学，其将谁归？”
在中国的文化史上，《尚书》有三种版本。一种是汉初伏胜传授的《尚书》二十九篇，通称今文《尚书》。伏胜的主要弟子为大、小夏侯和欧阳。另一种是景帝时，鲁恭王刘馀从孔子旧宅的墙壁中取得的一册《尚书》，比伏胜所传多十六篇，因是用蝌蚪文书写的，通称古文《尚书》，西晋永嘉之乱时亡佚。东晋元帝时，豫章内史梅赜献出孔安国所传古文《尚书》，共四十五篇。唐孔颖达为此书作疏。三是东汉杜林献漆书古文《尚书》，传授给卫宏，贾逵作训，马融作传，郑玄作注。对梅赜献出的古文《尚书》，宋吴棫即怀疑它是伪作。清初阎若璩（1636-1704）继宋朱熹、明梅鷟之后，着《古文尚书疏证》，举出一百多条例证，证明它确系伪作。后丁晏着《尚书馀论》，考定伪古文《尚书》出于魏王肃之手。但毛奇龄着《古文尚书冤词》，却认为它不是伪作。《四库全书总目提要》则说：古文《尚书》“虽梅赜所依托，然去古未远，训诂皆有所受”。可见《尚书》的版本情况复杂，为历代治《尚书》者聚讼的焦点之一。今本《十三经注疏》中的《尚书》，是今、古文《尚书》的混杂本。
魏源认为，对于东晋晚出的所谓孔安国传本古文《尚书》，阎若璩已“昌言排击，尽发症结”；即东汉杜林的漆书古文《尚书》，也“不可信”，并列举了五条理由作为论证。魏源进一步指出，东汉杜林本及为杜林本所作的马融《传》、郑玄《注》，均“依托无稽，实先东晋梅《传》而作伪，不惟背伏生、背孔安国，而又郑背马，马背贾[逵]，无一师传之可信”。又说：这些传、注，“皆以世俗之腹度圣贤之心，视西汉今文家谊不可同年而语”。
既然东晋梅赜本是伪本，推而上之，东汉杜林本也是伪本，那末，魏源认为要怎样才能获得真版《尚书》呢？他探本寻源的理想途径是：“知东晋梅赜之伪，以返于马、郑古文本，此齐一变至鲁也；知马、郑古文说之臆造无师授，以返于伏生、欧阳、夏侯及孔安国问故之学，此鲁一变至道也。”
在版本上探本寻源，正是魏源撰写《书古微》的动机。
他自述道：“予既成《诗古微》二十二卷，复致力于《尚书》，坠绪茫茫，旁搜远绍。”
他自认为《书古微》有四大收获：补亡、正讹、稽地、象天。其中补亡一项，“谓补《舜典》而并补《汤诰》，又补《泰誓》三篇、《武成》二篇、《牧誓》一篇，以及《度邑》、《作雒》为《周诰》之佚篇”。共“补亡”十篇，是魏源在《尚书》版本学上作出的一项建议，或称一项贡献。其余正讹、稽地、象天三项，则是魏源在诠释《尚书》方面提出的见解，为治《尚书》者提供了一些新的材料和一种新的思路。
魏源在《尚书》版本问题上的最终目的，如上所引，是想恢复西汉伏胜、欧阳、夏侯的今文《尚书》和孔安国的古54文《尚书》的本来面貌。他说：“安国从欧阳生受业，尝以今文读古文，又以古文考今文。司马迁亦尝从安国问故。是西汉今、古文本即一家，大同小异不过什一，初非判然二家也。”魏源以孔安国曾从欧阳生受业为理由，认为今文《尚书》与古文《尚书》“初非判然二家”，一笔“会通”了今文经学与古文经学在《尚书》一书上的鸿沟，但是，他没有详细地指出二者“小异不过什一”之所在。此其一。
其二，伏胜所传今文《尚书》本早已亡佚，孔安国所传古文《尚书》本也早已亡佚，即马融《传》、郑玄《注》亦已亡佚，正如魏源自己所说，“坠绪茫茫”。那末，魏源的所谓“鲁一变至道”，就多少有点空对空，西汉今、古文《尚书》究是何种面貌，仍然令人难以祛疑。魏源“旁搜远绍”，自称“全赖有《史记》、《汉书》及伏胜《大传》残本三者为之命脉”。至逝世前两年的咸丰五年，魏源花了二三十年的努力，才最后完成《书古微》，勤则勤矣！可是，正如齐思和所指出的，《史记》等书，“汉儒早已见之于前，微特伏胜不敢以之补经，即马、郑亦不敢以之补经，而魏氏于千载之后，古书残缺之馀，独知此即《逸书》之残卷，有何据哉？魏氏欲复伏胜今文，结果更紊今文之面目，殊为多事。此所谓向壁虚造者也”。齐思和还指出：“此外，如尽更《大诰》至《洛诰》诸篇之次弟，以《梓材》为《鲁诰》，皆逞臆而谈。自来说经之儒，尚无如此诞妄者，此所谓逞臆武断者也。魏氏訾马、郑诸儒为虚造臆说，而其书逞臆武断之弊，较前儒更甚。此则今文家之通病，固不仅魏氏为然者矣。”这些批评，是很尖锐的，却是有理有据的。
总之，魏源的《书古微》与《诗古微》一样，都是在混同今文经学与古文经学，于《诗》则提出三家诗与《毛诗》“并存说”，于《书》，则提出今、古文“大同小异说”。虽然在他发掘《诗》、《书》的古微方面做了大量的工作，有扶微之功，但都不过是在古文经学已占传统地位，被广泛诵读，而今文经学已成绝学的情况下，要为今文经学争取它应有的一席之地。
《书古微》，约完成于魏源青年时期的道光初年。他自己说：“予据《大传》残编，加以《史记》、《汉书》诸子所征引，共成《书古微》。”这话是道光二年（1822）说的。但是，他作《书古微序》，却到了咸丰五年（1855），即他逝世前两年。可见，他很重视自己的这部着作，一生中常有修订增补。他的其他着作，大部分在生前即已付梓，唯独这部花费了许多心血的《书古微》没有出版。到他死后的光绪四年（1878）八月始有淮南书局刻本。
《书古微》是一部以考证为主的书，虽然魏源发掘了一些《尚书》的微言大义，也都是引用古人的用事与言谈为据，但是，他是个思想家，不免在考证中引发出一些自己的思想来。
例如，他认为，《尚书·吕刑》有“着谊一，微谊二”。
《吕刑》在《史记》中作《甫刑》，因为据说此一刑律是周穆王命甫侯制定的。全篇的第一部分，用历史的经验说明建立和执行法度的重要性，和滥用刑罚的危害性；第二段说明“五刑”的内容和审理案件的原则；第三段说明“慎刑”的意义。这么一篇中国最早的律书，魏源说，孔夫子把它“录之于《书》，则知圣人用世，肉刑必当变”。这也许是孔子删《书》的一项大义。可是，魏源紧接着说：“匪直此也，《春秋》讥世卿，恶其以贵族妨贤路，则知选举必当变；《春秋》合伯、子、男为一等，使国无过大过小，以杜兼并，则知封建必当变；录《费誓》、《秦誓》于篇末，示费将代鲁，秦将代周。田、韩、赵、魏以陪臣代诸侯，秦起戎翟，以并天下，则知天下大势所趋，圣人即不变之，封建亦当自变。”——这是他说的“着谊”。
他说的“微谊”，一是：“夫子以《秦誓》继《甫刑》，知皋陶、伯益之后，将继稷、契、禹而代兴也。惟王变而霸，道德变而功利，此运会所趋，即祖宗亦不能听其不自变。”二是：“夫子删《书》，始自唐、虞，以人治，不复以天治。虽天地亦不能不听其自变。”
本来是写《甫刑发微》，却牵扯到《春秋》上去，牵扯到《费誓》、《秦誓》上去，牵扯到《甫侯》与《秦誓》这些篇目的排列次序上去，牵扯到孔子删《书》的目的上去，这些，都与吕刑相去甚远。这是为什么？是魏源不知文章的剪裁吗？当然不是，而是他要借鸡生蛋，借一种刑律来表达自己的另一种思想。什么思想？肉刑当变；前一代灭，后一代兴，封建当变；王道变霸道，道德变功利，祖宗之法在变；天治变人治，天地之道在变。一句话：变。变是“运会所趋”，祖宗和天地都“不能不听其自变”。
这种天地“自变”、人心思变的思想，是中国19世纪中叶一种极其宝贵的思想，与近代西方的唯物思想有不谋而合之处。《书古微》所表达的，与他在《默觚》中所说的“三代以上，天皆不同今日之天，地皆不同今日之地，人皆不同今日之人，物皆不同今日之物”，是一致的；是他期望重振“圣武”，期望“师夷长技”，期望国家船坚炮利，期望发展民营商业资本和民用工业的哲学基础。
《书古微》谈的，并非全是“古微”，掺进了魏源本人的哲学思想和长期愿景。
