面对嘉、道年间的社会现实，魏源注重“变”，主张“革”，强调“行”，提出“便民”。但要怎样才能争取朝廷上下的有识之士的同情、理解、支持，进而实行变革呢？他要有思想理论武器。
武器从哪里来？限于时代、限于身世，他只能从他熟悉的儒学中去寻求武器。
他继承了清初顾炎武等人的经世致用的思想，认为读书治经不仅仅是为了应付科举，为了功名利禄，更应是为了“治国平天下”。因此，他明确地提出了“以经术为治术”的口号，通经是为了致治，致治必须通经。
他于二十五岁书赠筠谷从兄的对联，颇能说明这一思想：能致用便为实学；识时务不是愚人。
故他写道：“三代以上，君师道一，而礼乐为治法。”他在这里所说的“君道”、“治法”是近义词。他进一步解释说：“曷谓道之器？曰礼乐。曷谓道之断？曰兵刑。曷谓道之资？曰食货。”礼乐、兵刑、食货，虽然被魏源分别称为“道”的“器、断、资”，其实都是“道”的基本内容，亦即“治”的几个重要方面。他阐述“治”与“经”的关系说：“道道·形诸事，谓之治而制事，谓之经·；以其事。”着·笔之方策，俾天下后世得以求·的中间环节是“·重号是引者所加”治“与”经“道”与“事”。道是治术，事是政事。以道去办政事，则天下治；经是过去的道与事的记载，读经就是为了求道，为了办好新事，以达到新的治。这是对“经”的一种崭新的概念，一种准确的解释。
因此，他认为，士人“通经”的最后目的，是“能以《周易》决疑，以《洪苑》占变，以《春秋》断事，以《礼》、《乐》服制兴教化，以《周官》致太平，以《禹贡》行河，以《三百五篇》当谏书，以出使专对，谓之以经术为治术”。一句话，在魏源看来，儒家的经典是办内政、外交的教科书，是一切方策的智慧总汇与新方策的本源。
“以经术为治术”的口号，体现着魏源由治经转入经世的思想轨迹，或者说，是他经世初期留下的、割不断的经学情结。他所说的《周易》、《洪苑》等等，是古人的智慧与实践的结晶，无疑为后人留下了极可宝贵的、可资学习和借鉴的思想财富。可是，在19世纪中叶，时代已经和正在发生很大变化，仍然把一两千年前的古董拿来作为经世的武器，这显然是相当书呆子气的。提出“以经术为治术”的口号，是魏源在找不到新武器的情况下的无可奈何的出路。
“以经术为治术”还是一种比较笼统的说法。魏源对于自己的经世要求，找到了怎样的“经术”作为理论根据呢？
换句话说，他以怎样的“经术”来支撑自己的“经世”要求呢？这就是他师从刘逢禄时所学的公羊今文经学。
自汉武帝为统一学术思想，独尊儒术以后，《诗》、《书》、《易》、《礼》、《乐》、《春秋》被称为经书，均以当时通行的隶书写成，称今文经学。汉朝廷在学宫设五经十四博士，传授今文经学。以战国时的大篆、小篆写的经书，称古文经学。西汉时期，今文经学盛行，汉武帝为巩固封建专制主义，尤其提倡董仲舒、公孙弘两位《公羊》学大师的整套《公羊》学说。至西汉末年，王莽才在学宫设立《左传》、《毛诗》、《周礼》、《尚书》四个古文经学博士。从此，古文经学与今文经学势不两立，宗派斗争时常激化。在以后的岁月里，古文经学派渐占优势，至魏、晋年间，今文经学几乎已经销声匿迹了。两派的观点很是相左：古文经学派认为孔子是历史学家，“六经皆史”，故偏重经书的名物训诂，偏重考证，然渐趋烦琐；今文经学派认为孔子是政治家，六经是指导政治的学说，故偏重经书中的所谓“微言大义”，然渐趋臆解。
清初，为加强思想统治，朝廷提倡义理之学，使之成为官方学术，成为在社会政治上占统治地位的思想，成为科举取士的主要依据。但陈腐的义理之学已不能再有所创新。与此同时，由于清朝大兴文字狱，以钳制士人的思想，士大夫们被迫将精力转入与古文经学和名物考据、文字训诂中去，到魏源出生前后的乾隆、嘉庆年间达到极盛，被称为乾嘉学派。乾嘉期间的汉学专治古文经学，逐渐形成了几个流派，而于皖派的戴震时达到了高峰。乾嘉汉学虽然名家辈出，名着迭见，为整理古籍和发展汉语语言学作出了重要贡献，但逐渐脱离经学本身内容，进行烦琐的考证，领域亦渐趋狭窄。
魏源生活在一个大动荡的时期。至道光初年，他已敏锐地察觉到，讲究义理的宋学与注重考证的汉学均无利于“救时”。他“恶夫以饾饤为汉、空腐为宋”，尤对汉学进行了猛烈的抨击。他说：“自乾隆中叶后，海内士大夫兴汉学，而大江南北尤盛。苏州惠氏[惠士奇、惠栋父子]、江氏[江声]，常州臧氏[臧琳]、孙氏[孙星衍]，嘉定钱氏[钱大昕]，金坛段氏[段玉裁]，高邮王氏[王念孙、王引之父子]，徽州戴氏[戴震]、程氏[程瑶田]，争治诂训音声，爪剖析，视国初昆山、常熟二顾[顾炎武、顾栋高]及四明黄南雷[黄宗羲]、万季野[万斯同]、全谢山[全祖望]诸公，即皆摈为史学非经学，或谓宋学非汉学，锢天下聪明智慧，使尽出于无用之一途。”他还进一步说：“曾有以通经致用为诟厉者乎？以训诂音声蔽小学，以名物器服蔽三《礼》，以象数蔽《易》，以鸟兽草木蔽《诗》，毕生治经，无一言益已，无一事可验诸治者乎？呜乎！古此方策，今亦此方策；古此学校，今亦此学校。宾宾焉以为先王之道在是，吾不谓先王之道不在是也，如国家何？”说汉学“尽出于无用之一途”，“无一事可验诸治者”，这对乾嘉学派是何等尖锐而深刻的批判！他质问道：“彼钱谷簿书不可言学问矣，浮藻饾饤可为圣学乎？”戴震是皖派古文经学的奠基人，他花了八九年的时间，将后魏郦道元的《水经注》重新整理，“俾还其旧”。但，魏源发难，大喊“近世赵一清《水经注》为戴氏所剿”。理由是：“考赵氏书未刊以前，先收入《四库全书》”，“戴氏在四库馆时先睹预窃”。又说：“《四库提要·水经》一门，即系戴氏所纂，于赵书……戴氏既窃之而又斥之，盗憎主人。”还说：“戴氏臆改《经注》字句，辄称《永乐大典》本”，实则“皆系伪托《大典》，而《大典》实无其事”。这样的揭发，可说是无情的当头棒喝！对于戴震的高足段玉裁，魏源指出：“段氏校《史》、《汉》、《孔传》本，异同甚核，惟于《尚书》经师家法不明，专据马、郑本为真古文，因为《史记》之不同马、郑者，皆武断为今文。”魏源如此攻击戴、段，固有学术上去伪求真的考虑，更意在破除对乾嘉学派的迷信。
对于当时官方提倡而士子研究者少的宋学，魏源指责道：“托玄虚之理，以政事为粗才，而不知腐儒之无用亦同于异端。”“释、老不可治天下国家矣，心性迂谈可治天下乎？”这样的批判也是很尖锐的。
魏源对汉学、宋学的这些批评，从治国“急务”的角度考虑是正确的，有道理的。但从学术的角度考虑，则不免有些武断，有些偏激。
然则，魏源的理想的治经道路，是如何的呢？他认为，经学研究必须“复古”，这就是，从当前盛行的训诂声音“进于东京[指东汉]的典章制度”，这一“变”，他称为“齐一变至鲁”；然后，“由典章制度以进于西汉微言大义”，这一“变”，他称为“鲁一变至道”。只有“复”到西汉经学的微言大义，才是治经的正道，魏源称此为“今日复古之要”。
为什么要这样“复古”？他的理论根据是：“文质再世而必复，天道三微而成一着。”
他极赞西汉今文经学的盛况，说：“西汉经师承七十子微言大义，《易》则施[雠]、梁丘[贺]、孟[喜]、京[房]，皆能以占变知来；《书》则大小夏侯[夏胜、夏建]、欧阳[生]、儿宽，皆能以《洪苑》匡世主；《诗》则申公、辕固生、韩婴、王吉、韦孟、匡衡，皆以三百五篇当谏书；《春秋》则董仲舒、隽不疑之决狱；《礼》则鲁诸生、贾谊、韦元成之议制度，而萧望之等皆以《孝经》、《论语》保傅辅道。求之东京，未或有闻焉。其文章述作，则陆贾《新语》以《诗》、《书》说高祖，贾谊《新书》为汉定制，《春秋繁露》、《尚书大传》、《韩诗外传》、刘向《五行》、扬雄《太玄》，皆以其自得之学，范阴阳，矩圣学，规皇极，斐然与三代同风，而东京亦未有闻焉。”——这是魏源理想中的经学盛世。因此他希望今天有这样的“潜心大业之士”——“明允笃志君子”出现：“由董生《春秋》以窥六艺条贯，由六艺以求圣人统纪，旁搜远绍，温故知新，任重道远，死而后已。”
然而，西汉今文经书，至清代，早已亡佚。他说：自“郑学大行，骎淫遂至《易》亡施、孟、梁丘，《书》亡夏侯、欧阳，《诗》亡齐、鲁、韩，《春秋》邹、夹、公羊、谷梁半亡半存，亦成绝学”，以致“谶纬盛，经术卑，儒用绌”。那么，魏源要“复”的西汉今文经学，就只能是“孤学”、“绝学”、“半存半亡”的《公羊》学了。
《公羊》今文学，至清代“成为经学，重二千年矣”。当时，治这一绝学的重要领头人，是乾隆时期江苏武进人庄存与（字方耕）。他曾官至礼部侍郎、内阁学士，虽身居高位，却治学不辍，于《易》，着《八卦观象篇》、《彖象论》、《彖传论》、《系辞传论》、《序卦传论》等，旨远而义近，举大不遗小；于《书》，着《尚书既见》，“剖析经义，深得孔子序书、孟子论世之意”；于《诗》，着《毛诗说》，“详于变雅，发挥大义，凡毛、郑异说者，多是毛而非郑”；于《礼》，着《周官记》，“独重《周官》”；于《春秋》，着《春秋正辞》，“专主公羊、董子，虽略采《左》、《谷》及宋、元诸家之说，而无何劭公[休]所讥‘倍经任意、反传、违戾’诸弊”，“尤足阐明家法，示治《公羊春秋》者以途径”。可见，庄存与治经，基本上崇奉今文经学，但家法并不严密，仍羼杂“是毛”、“重周官”一类古文经学的内容。他“在乾隆末，与大学士和珅同朝，郁郁不合，故于《诗》、《易》君子小人之进退消长之际，往往发愤慷慨，流连太息，读其书可以悲其志云”。其后，他的侄儿庄述祖、外孙刘逢禄和宋翔凤等继承了他治《春秋》的遗绪，并有新发展，于是复苏了今文经学，形成了常州派。龚自珍、魏源则是刘逢禄的弟子。
刘逢禄着《公羊春秋何氏释例》，崇敬董仲舒、何休，倡导“大一统”、“张三世”、“三科九旨”之说。魏源谓刘逢禄“群经家法俱在”。梁启超说：“其法亦用科学的归纳研究法，有条贯，有断制，在清人着述中，实最有价值之创作。”《春秋》三传中，《左传》和《谷梁传》以记事为主，唯《公羊传》以阐明大义为主。
例如，《春秋·隐公元年》：“元年，春，王正月。”对于这样一个简单的记时句，《公羊传》却大做文章，说：“曷为先言‘王’而后言‘正月’？王正月也。何言乎‘王正月’？大一统也。公何以不言即位？成公意也。何成于公之意？公将平国而反之桓，桓幼而贵，隐长而卑……隐长又贤，何以不宜立？立适以长，不以贤；立子以贵，不以长。桓何以贵？母贵也。母贵则子何以贵？子以母贵，母以子贵。”这一大篇议论，都是以“王正月”三字生发出来的。东汉何休作《公羊解诂》，进一步就“大一统”三字解释说：“统者，始也，总系之辞。天王者，始受命改制，布政施教于天下，自公侯至于庶人，自山川至于草木昆虫，莫不一一系于正月，故云政教之始。”按照这样的解释，“大一统”大概是事情“都从这时（正月）开始”的意思。
但，在西汉，董仲舒作《春秋繁露》，其《三代改制质文》篇说：“何以谓之‘王正月’？曰，王者必受命而后王。王者必改正朔，易服色，制礼乐，一统于天下。”“统”字的意义在这里起了微妙变化。董仲舒进一步说：“三代改正，必以三统。”何谓三统？按董氏的说法，夏以寅月（农历正月）为岁首，叫建寅，尚黑，称为黑统；商以丑月（农历十二月）为岁首，叫建丑，尚白，称为白统；周以子月（农历十一月）为岁首，叫建子，尚赤，称为赤统。继周而兴的三个朝代，必须相继尚黑、尚白、尚赤：三统一定如此循环不止。
又，《春秋·隐公元年》有“公子益师卒”的记载。《公羊传》云：“公子益师卒，何以不日？远也。所见异辞，所闻异辞，传闻异辞。”本意是说，何以不写公子益师死的日期？因为大家的所见所闻不同，说法不一，无法纪录。可是何休《解诂》云：“所见者，谓昭、定、哀，己与父时事也；所闻者，谓文、宜、成、襄王，父时事也；所传闻者，谓隐、桓、庄、闵、僖，高祖、曾祖时事也。”这样，他把“所见、所闻、所传闻”与《春秋》所记载的十二公时的事联系了起来。《解诂》还说：“于所传闻之世，见治起于衰乱之中”，“于所闻之世，见治升平”；“至所见之世，着治太平”。这样，又把“所见、所闻、所传闻”演变成为了“三世说”。魏源之后的康有为根据三世说，进一步推演出由“据乱世”进至“升平世”，再进至“太平世”的社会进化论。
由“王正月”到“大一统”，由“大一统”到“三统”，由“公子益师卒”到“所见、所闻、所传闻异辞”，到“十二公三世事”，再由“十二公三世事”到“据乱世、升平世、太平世”，足见所谓“微言大义”，都是后人根据《春秋》的所谓“微言”衍化出自己想象的“大义”，以影射时政、傅会时政，或作为正面议论时政的依托。《公羊》今文经学的特点，就是这种“微言大义”学，是种“托古改制”学。
魏源既服《公羊》今文学，所以他盛赞董氏的《春秋繁露》于“三科、九旨灿然大备，远在胡母生、何劭公《章句》之上”。还说：“抉经之心，执圣之权，冒天下之道者，莫如董生！”因此，魏源撰《董子春秋发微》，意欲“发挥《公羊》之微言大谊，而补胡母生《条例》，何劭公《解诂》所未备”。
魏源盛赞庄存与，说他在“乾隆中以经术傅成亲王于上书房十有馀载，讲幄宜敷，茹吐道谊”。他的着作“崒乎董胶西之对天人，醰乎匡承相之述道德，肫乎刘中垒之陈今古，未尝凌杂析，如韩[婴]、董[仲舒]、班[固]、徐[干]数子所讥，故世之语汉学者鲜称道之。呜呼，君所为真汉学者，庶其在是，所异乎世之汉学者，庶其在是。”
如上所述，所谓“三统”、“三世”，是何休、董仲舒等后人对《春秋》“王正月”、“公子益师卒”两记事句的牵强傅会，是后人从这两记事句中找到了“大义”。然而，它们既然已被部分士大夫所认同，也就成为了一项思想资料，被不同的人作了不同的利用。董仲舒用它来巩固汉朝的统治，魏源、康有为用它来宣传变法。
抛开笼罩在“三统”、“三世”说头上的层层神秘面纱，“三统”、“三世”说有一个思想核心：即“三统”是依次变易的，“三世”也是依次变易的。魏源信奉《公羊》今文经学，宣扬《公羊》今文经学，正是运用“三统”、“三世”的“变易”思想来面对19世纪的中国现实的，来作为他要求改制以兴利除弊的理论基础的。
所以，他驳斥“通三统之义不见于传文，止见何氏《解诂》，疑非公羊本义”的论调，坚决扞卫“三统”说，指出：“三统”说“皆公羊先师七十子遗说，不特非何氏臆造，亦且非董、胡特创也。无三科、九旨则无公羊，无公羊则无《春秋》，奚微言之与有”。所以，他称颂董仲舒“《三代改制质文》一篇，上下古今，贯五德、五行于三统，可谓穷天人之绝学”！
所以，他将“三统”说上升为历史观，认为“史家正统之例，则实本《春秋》通三统之义”。但是，他又说：“太古之不能不唐、虞、三代，唐、虞、三代之不能不后世……故忠、质、文皆递以救弊，而弊极则将复返其初。”他把“三统”说衍化成为历史循环论了。
魏源主张“贯经术、政事、文章于一”，把经术与政事贯穿在一起，实即“以经术为治术”。但，统观魏源的全部着作，他赖以充当治术的经术，只有《公羊》今文学，甚至可以说，只有《公羊》今文学的“三统”、“三世”说。
魏源的今文学着作《董子春秋发微考》，今未见刊本，无法窥其全貌，只留下一篇叙，从中可以了解魏源的经学主张。好在龚自珍、魏源等提倡今文经学，魏源主张在治经上“复古”，其意本不在经学本身，更不是主张在政治上复古，恰恰相反，他们是借尸还魂，借西汉《公羊》今文学来宣传“变”的必然性，来宣传改革创新的必要性。故梁启超说：
“龚、魏之时，清政既渐陵夷衰微矣，举国方沉酣太平，而彼辈若不胜其优危，恒相与指天画地，规天下大计……虽言经学，而其精神与正统派之为经学而治经学者既有以异。”今人齐思和说：“晚清的今文运动，本为一政治运动”；“其学术上之价值盖微”。——魏源的有关今文经学的一些论述，基本上体现了这个特点。
