法捷耶夫作为拉普领导人之一，曾赞同和执行过拉普的错误的方针政策，宣扬过“辩证唯物主义方法”和一些其他的口号。他开头对联共（布）中央的关于改组文艺团体和解释拉普的决议有一定的抵触情绪。正好这时有关部门草拟了一个关于解散拉普的文件向各文学团体征求意见（这个文件没有保留下来），其中大概主要讲了拉普存在的问题。法捷耶夫见了特别生气，便给卡冈诺维奇写信，说这个文件是对他的一种侮辱，在它上面签名表示同意就等于承认“我的至少八年的党内生活”不是用来为社会主义和党的事业而斗争，而是用来搞宗派主义和小团体主义。因此请求卡冈诺维奇把这个文件提交中央审议，以便能够看到这是否是党的意志，而对他来说“党的意志才是不可违背的”。后来当法捷耶夫了解到解散包括拉普在内的各个文学团体和成立统一的苏联作家协会的决定确实是以斯大林为首的党中央的重要决策后，服从了党的意志，思想似乎搞通了，这可从他在斯大林会见作家的集会上的表现看出来，当时他显得异常活跃，既领唱歌曲，又主动说快板，看来情绪很高。
在拉普的一些领导人当中，斯大林比较看重法捷耶夫，吸收他参加第一次苏联作家代表大会筹委会。1933年5月在筹委会主席格隆斯基患病的情况下，经斯大林同意，他被任命为筹委会副主席，参与领导筹备工作。法捷耶夫还和尤金一起被委以起草苏联作家协会章程的重任。在1934年八九月间召开的第一次苏联作家代表大会上他被选入新成立的苏联作家协会的领导机构——主席团。
在代表大会闭幕前后的三四年里，法捷耶夫基本上都是在乌法、索溪以及远东等地度过的。这一方面可以说是“创作出差”，另一方面也是由于他与前拉普的朋友们关系不甚融洽。从1937年起，他同在高尔基逝世后担任苏联作协主要领导的斯塔夫斯基进行了一场斗争。这一年的3月联共（布）中央书记安德烈耶夫会见他时问到他对斯塔夫斯基有什么看法，他毫不客气地说斯塔夫斯基“多疑”、“文化水平低和不聪明”，“不信任人”等等。安德烈耶夫写信给斯大林，建议撤销斯塔夫斯基的职务，由法捷耶夫代替他。后来法捷耶夫又与A.托尔斯泰和卡拉瓦耶娃联名发表文章对作协和斯塔夫斯基进行了尖锐的批评。于是联共（布）中央出版部正式向中央作了报告，说现在作协的领导人正在把这个创作团体愈来愈变成官僚机构，斯塔夫斯基在领导作协方面，“已在政治上和组织上遭到失败”，“他开始鼓励本来就严重存在的勾心斗角和宗派主义”。联共（布）中央于1938年三四月间连续召集作家开会听取意见，最后作出了让斯塔夫斯基“长期休假”的决定。1939年1月在中央政治局的会议上才确定法捷耶夫出任作家协会主席团责任书记，2月作协书记处开会，选举他担任上述职务。斯塔夫斯基和法捷耶夫都是受到斯大林信任的人。如上所说，斯塔夫斯基开头只是被勒令“长期休假”，十来个月后才正式决定由法捷耶夫取代他。这说明斯大林作这样的决定是经过反复掂量和慎重考虑的。
现在回过头来讲一下1937年的大清洗中法捷耶夫的表现。文学界曾有各种流言，有人说当年某些作家被捕是经法捷耶夫同意的，逮捕令上有法捷耶夫的签字。有人甚至说某些作家是因法捷耶夫的揭发检举而受到镇压的。这些说法都是没有根据的。即使当时抓人需经作协领导同意（实际上这是不可能的），也不会去找他签字，因为这时他还不是作协的主要负责人，只是由三十七人组成的主席团的成员之一。法捷耶夫的传记作者茹科夫经过长时间的调查，翻阅了被捕作家的档案，没有发现法捷耶夫的签字，也没有看到由他署名的任何检举材料。可是却有事实证明，法捷耶夫本人却遭到过诬陷。1937年作协曾收到四份揭发他与托洛茨基分子有联系的材料，使得他不得不在作协党委的会议上为自己进行辩护，他家里一直保存着他在这次会上的发言稿。
在这场大清洗中，法捷耶夫思想上是有矛盾的，一方面他像许多人一样，认为这场运动是必要的，曾和一些着名作家一起发表文章赞同对“反苏维埃的托洛茨基主义中心”的人员的判决，另一方面看到有些他了解的人遭到清洗时不免对这种做法产生了怀疑，有时站出来替他们说好话。例如他曾写信给党的监察委员会替原属于“山隘派”的作家伊万·卡达耶夫辩护，说他从来认为卡达耶夫是一个“正直的、胸襟坦白的人，因此现在觉得此人与人民的敌人有联系的可能性不大”。1937年在讨论开除利别进斯基党籍的会上，法捷耶夫挺身而出，表示愿以党证和脑袋担保他是一个正直的共产党员。尤其是在他成为作协的主要领导人后，更是利用各种方法保护作家。例如1939年上面决定要授予一批作家勋章。斯大林问法捷耶夫和巴甫连柯可以授给哪些人，法捷耶夫把一些本人受怀疑或有家属被镇压的作家列入名单，这样做实际上是为了保护他们。
法捷耶夫成为作协的主要领导人后，开始与斯大林有更多的直接接触，关系更加亲密了。据说1939年12月斯大林过六十岁生日时，他曾应邀到斯大林家里出席祝寿的宴会。他在工作中努力领会斯大林的意图和贯彻党的文艺政策，在处理作协的日常事务方面花费了许多时间和精力。当时文学界在经过大清洗后思想情绪没有完全恢复正常，文学创作还没有大的进展，甚至出现了一些在不同程度上有问题的作品。某些作家对作协的工作表示不满，纷纷向主管意识形态的中央书记日丹诺夫告状。上面提到过，当时书记处曾于1940年9月起草了一个题为《关于苏联作家协会主席团的工作》的决议草案，对主席团的工作提出批评，特别是指责作协放过了一些“思想上有害的和反艺术的作品”。斯大林不大可能不知道起草决议这件事，这说明他对自己新选定的作协领导人并不太满意，但不知何故，后来没有形成正式决议。
在战争后期的1944年2月，作协主席团召开了扩大会议，决定解除法捷耶夫的职务，选举吉洪诺夫为主席团主席。对为什么这样做有不同的说法。流传较广的说法是法捷耶夫当时正在写长篇小说《青年近卫军》，这是给他的“创作假”。这种说法未必完全符合事实，因为如果是“创作假”，那就无需撤销他的职务，只要有人暂时代理就行了。比较可能的原因是上面（主要是斯大林）对他的工作表示不满，最后决定“换马”。
可是吉洪诺夫也不说理想的人选，他担任作协领导人后无所作为。1946年联共（布）中央发动对《星》和《列宁格勒》两杂志以及阿赫马托娃和左琴科的批判，吉洪诺夫作为作协主要负责人对问题的出现应承担领导责任。于是如上所说，联共（布）中央决定改组作协的领导机构，成立书记处以取代原来的主席团，经斯大林同意，由法捷耶夫担任总书记。据西蒙诺夫说，“总书记”这个称号是斯大林想出来的。就这样，法捷耶夫作为总书记，又回到了作协的领导岗位上。对他来说，1944年被撤职自然是一件不愉快的事，但是“因祸得福”，一方面使他免于承担《星》和《列宁格勒》两杂志的问题的责任，另一方面又使他得以较快地完成《青年近卫军》的创作。
在这之后，法捷耶夫这位新任的作协总书记在全党的总书记斯大林领导下，一如既往地贯彻中央的方针政策，积极开展工作。这样一直到斯大林逝世，在两人的相互关系上没有出现大的波澜。
从以上所述可以看出斯大林与法捷耶夫之间的关系并不那么简单。法捷耶夫为人正直，襟怀坦白，不说假话。他相信党，对党有深厚的感情，如上所说，他自称“党的士兵”，而且像爱伦堡所说的那样，是一个“勇敢的、守纪律的士兵，从来不忘记总书记的权力”。有时他在一些重大原则问题上思想一时不通，但是只要这是党的意志，是“总司令”的命令，就表示服从和坚决执行。他之所以受到斯大林的喜爱和赏识，这可能是一个重要原因。尽管他有时工作上的表现不完全符合斯大林的要求，斯大林也曾表示过不满甚至一度撤销他的职务，但是始终没有失去对他的信任，最后还是起用他。
法捷耶夫并不像当时文学界某些人那样，对斯大林盲目崇拜，阿谀奉承，用各种方式给斯大林唱赞歌。他作为一个作家，没有写过直接歌颂斯大林的作品。还有一件事可以说明这一点。据科洛索夫回忆，1940年在为青少年创作社会政治活动家的传记委员会的会议上，有人问法捷耶夫，斯大林的传记是否由他来写？法捷耶夫回答说，他不写传记，理由是如果一位艺术家心中考虑斯大林会不会喜欢，就无法动笔。茹科夫根据这些事实得出结论说：“法捷耶夫作为一位作家，不是斯大林的歌颂者”。与此同时，法捷耶夫也不是一个毫无主见、唯唯诺诺、惟命是从的人，在一些具体问题上敢于坚持自己的意见，甚至与斯大林进行争论。有这样两件事可以说明这一点。一件是1947年5月斯大林和其他领导人接见作协负责人，当时法捷耶夫提出了调整稿酬问题。斯大林说这个问题已经研究过了，并作了决定，意思是不必再讨论了。法捷耶夫说解决得不合理，坚持要重新研究，并说明了理由。斯大林最后同意了。另一件事上面已经提到过，它发生在1950年审批斯大林奖金获奖作品的会上。他与斯大林在是否应该给女作家科普佳耶娃的长篇小说《伊万·伊万诺维奇》评奖的问题上发生了争论。斯大林列举小说的优点，主张授予奖金。法捷耶夫不同意，认为小说写得很糟，从艺术的角度看不合格。斯大林坚持自己的意见，说“反正我认为应当给小说授奖”，法捷耶夫仍不同意，不高兴地说：“那就随您的便吧。”最后小说只被授予三等奖。如果换一个人，不用说是善于领会领导意图、见风使舵的人，就是比较世故的人，也不会在会上当众同斯大林进行争论，更不会用“不敬”的口气同斯大林说话。而斯大林似乎并没有生气，耐心地和带着好奇听法捷耶夫争辩。从这件事可以看出两人的性格和相互之间的关系。
法捷耶夫在担负领导作协的繁重的行政工作的同时，仍坚持写作。卫国战争期间他曾到前线采访，发表过一些特写。1943年法捷耶夫受共青团中央的委托，开始写反映乌克兰克拉斯诺顿在被德国人占领期间地下组织“青年近卫军”英勇的对敌斗争的小说。小说取名为《青年近卫军》，与1944年底基本完成，1945年在报刊上连载，1946年出了单行本，接着被改编成电影在全国上演，受到读者和观众的热烈欢迎。然而事情突然发生了转折。1947年，斯大林看了根据小说拍摄的电影后，发现不仅在电影里，而且在小说里“有一系列不完善的地方”。于是《文化报》和《真理报》先后发表文章对小说提出批评。《真理报》在题为《“青年近卫军”在小说里和舞台上》一文里，在肯定作者“成功地再现了克拉斯诺顿的英雄们的面貌”的同时指出：“小说没有写出能说明共青团的生活、成长和工作的最主要的东西——这就是党和党组织的领导和教育的作用……在法捷耶夫的小说里有个别从事地下工作的布尔什维克，可是没有布尔什维克的地下‘管理部门’，没有组织。”显然文章传达了斯大林的意见。
法捷耶夫受到批评后，心情是比较复杂的。一方面，他知道这是党的意志，是‘总司令“的指示，应该服从，曾对维什涅夫斯基说：“我将重写小说，一次不成，将写两次、三次。一定执行党的指示。”另一方面，他心里总觉得不舒服，这样说道：“你们以为我在看到报上说《青年近卫军》没有正确描写年长一代时心里愉快吗？当然很不愉快，但是我不能不承认，这批评是客观的……在三个不眠之夜后，我决定像每个作家应该做的那样去重写自己的书。”
法捷耶夫花了三年多的时间修改自己的小说，新版本于1951年出版。他本人对自己花这么多的时间修改小说也曾流露过惋惜之情，说过这样的话：“你瞧，新增了十章，如果不这样做，我能写一部不比《毁灭》差的中篇小说。”但是总的说来，他自己对第二个版本是肯定的。1956年初，他在小说即将再版时又认真地说了一遍，深信他付出的时间和精力没有白费，觉得新的章节与以前的叙事有机地融为一体，甚至为过去小说里没有这些章节而感到奇怪。这就是说，最后他从思想上完全接受了斯大林的批评。
