由于双方力量的悬殊，萍浏醴起义失败了，但其打响了共和的第一枪，其影响深远。同盟会为此付出了惨重的代价。东京同盟会本部会员“每日到机关请命投军者甚众，稍有缓却，则多痛哭流泪，以为求死所而不可得，苦莫甚焉”。同盟会本部即行派员归国策应，五天之后，即12月17日，当宋教仁亲往黄兴寓所问及此事，黄兴答称“已派多人往各省经营”，所谓“已派多人”，实指杨卓林、宁调元、谭人凤、胡瑛、段书云、孙毓筠、权道涵、廖德璠、李发群等人。宁调元在岳州被捕；胡瑛等九人由于奸人郭尧阶的告密，先后在汉口被捕；杨卓林等三人在扬州被捕，权道涵等在南京被捕。杨卓林则为清吏惨杀，余则监禁。应清廷之请，孙中山因是役而被日本当局驱逐出境，赵声、倪映典等人被解除军职，刘揆一、柳际贞、王胜等十多人以五百两至一千两赏金悬赏通缉。被监禁的有宁调元、胡瑛、权道涵、段书云等五十多人，在战场上牺牲或因此役被惨杀的同盟会会员计有刘道一、禹之漠、魏宗铨、杨卓林数十人，因株连被害的无辜群众逾万人。
不管怎样，萍浏醴起义向我们展示了这样一幅前所未有的图景：在中国历史长河中的一个时刻，激进的学生运动与农民武装暴动走到了一起。这两个团体显然起着不同的历史动力作用。由于官方排挤与镇压，学生们走到了统治者的对立面；而农民、工人则始终处于阶级矛盾之中。他们的反抗也许具有不同的渊源，但毕竟形成了带有部分相同观点与诉求的革命运动，这也是我们把它称为“辛亥革命前奏”、“共和第一枪”的主要原因所在。
萍浏醴起义对封建统治者的打击是相当沉重的。起义一开始，整个清王朝便乱了阵脚，急令端方、张之洞、岑春煊、吴重熹速派兵联合镇压；先后调遣的湘、鄂、赣、苏军队也是匆忙上阵；而地方官员更是乱作一团，驻地守兵都是倾巢出动，向清政府求援的函电一封接着一封。上自清朝皇室，下至各省的督抚大员，一直到下级的官兵，在起义大军的强大攻势面前，一时都是手足无措。湖南省开赴萍浏醴的常备军有的甚至行军至中途大半都拖枪逃走，在参战的军队中，也吓得目瞪口呆，不敢交战。包括一些派往镇压的清军将领也是非常的惶恐，甚至连湖南省派往浏阳的道员俞明颐听到清军失败的消息也痛哭不止，标统吴廷瑞甚至在家哭闹着不肯赶往前线。
昔日那些声威显赫的督抚大员在起义大军压境之时，因为调兵失灵，争功诿过，引起激烈的争吵，出尽了洋相。大买办盛宣怀担心借有巨额股款的安源煤矿被义军占有，给自身的经济利益带来损失，因而心急如焚，频频发电报催军机处和各督抚迅速派兵镇压。江西省巡抚吴重熹却把责任一股脑儿推给湖南省巡抚，认为萍乡的起义军，实际上是那些先在醴陵、浏阳起事，后流窜到萍乡的。军机处训斥吴重熹“事前既毫无觉察，事至又意存推诿，尤为非是”。但吴重熹也不甘示弱，反复为自己辩解。他在致军机处的电文中说：“若果匪由萍起，则醴陵之矿局洋人，何以尚由醴陵避回萍乡安源？”吴重熹有几次竟闹到不通过军机处这条渠道而另请外务部向皇帝代奏的地步。同样，由于吴重熹坚持认为赣地没有“匪事”也引起了湖广总督张之洞的不快，他在给萍矿道台林志熙的电文中发牢骚说：“无匪则鄂军驻防萍境为多事，自不必以有用之兵，久居无事之地”，“鄙人性情向来尤专作费力不讨好之事”。由于吴重熹与军机处的要员和封疆大吏之间矛盾冲突，其结果造成了赣抚的频繁换马。
其实，远在京都的军机大臣和地处“九省通衢”的湖广总督又何尝知道一个兵员匮乏、坐在火山口上的督抚所面临的窘境。当时江西全省只有常备军6营，每营500人，巡防队16营，每营300人，连马队1营，水师3营，总兵力也是在10000人以内。巡防营不足5000人，分别防守在14府州。吴重熹本来还想增强防守的兵力，但又因为军饷等各项开支难以落实。当时只有从省城抽调兵力，而当时省城也只留守了常备军一营，若有不测，省城未免空虚。而臬司秦炳直虽然是由清廷直接指定率队赴萍乡督剿，但是由省垣至萍乡600里，山路崎岖，一路上又没有好安营扎寨之所，到萍乡至少需要七八天，而且江西省来的电报只通到临江府的樟树镇为止，通往萍乡的电报又是由湖南省接转，军队之间消息的传达一般得第二天才能到，而南京方面的军队要经九江换船至南昌，更是远水救不了近火。
在起义大军的沉重打击之下，清朝皇室及其官僚也预感到末日将临，只得埋怨自己的臣属镇压不力。这种恐惧的心理，驱使他们发出一道又一道指派下级官员的函电，一直到起义被镇压下去之后，清廷仍向各总督下有“严查军器私运进口”的谕旨。正如上海的一家报纸所评论的：他们担心中国南方和长江流域“伏匪”“蠢动”，“再起风潮”，“北京官员仍为之战栗不已”。起义军对清廷的打击之沉重，由此可见一斑。
同样，这次起义对帝国主义的打击也是很沉重的。大军初起，在湖南的所有外国人皆避乱至长沙。他们虽然出动了大批军舰妄图一举消灭义军，但是却掩盖不住自己卑怯的心理。事后，《捷报》记者哈迪佐惠在给他的同僚们信里心有余悸的写道：“我刚好就住在发生暴动的地方，并且可以告诉你们，这次暴动比一般无关紧要的骚乱要可怕得多”，惊呼“事变的严重性，远远超过一次地方性的骚乱。”他们甚至以讹传讹，说龚春台曾到过美国。的确，由于起义军来势极猛，打击目标明确，清室存亡未卜，因而引起国内外舆论的普遍关注。
更值得一提的是，此次起义出现了一些新因素，对以后革命党人的活动影响深远，主要有以下三方面：
一是克服了革命派社会基础狭窄、停留在知识界圈子内打转的局限。有鉴于此，江西革命党人在1907年以后，实行了学界、会党群众和新军士兵的大发动。在运动会党中，大力注意了对会党的改造；在运动新军时，纠正了只联络个别军官的片面做法，而致力于对广大新军士兵的发动；对于知识分子和青年学生的发动，除了一般的革命宣传鼓动外，又着重对他们充当革命指导者的历史任务、运动会党群众和新军上兵等策略水平的提高。
二是建立了统一的、严密的秘密组织系统。严酷的现实教育使革命党人逐渐懂得了与黑暗、野蛮、残暴的封建专制主义统治进行斗争，决定了这场斗争的残酷性、复杂性和长期性。要取得这场你死我活的斗争的胜利，非建立坚强、严密的组织不可。此后，所有先后建立起来的革命团体，都明确规定“严守秘密主义，非洞悉人之肺腑，不得动以说词。如甲联络乙，乙联络丙，各以其最亲近者联络之，非知己者不得邀引”。根据这一精神，江西革命党人在新军各营中，设立了标、营、队代表制，逐级领导，单线联系；在学校等单位也推行了单线的代表制，非常秘密。正是由于组织上采取了上述措施，江西革命党人才能在任何变幻莫测的恶浪狂风中吹不散、打不断，坚持长期韧性的搏斗，使革命团体屡仆屡起，表现了顽强的生命力。
三是实施革命组织秘密会议的决议，全力运动新军，不轻率发难。“以运动军队为主，不轻率发难”，是江西革命党人一贯奉行的战略方针。之后，他们在很大程度上抑制住了辛亥革命时期资产阶级革命家中那种常见的急躁情绪和侥幸心理，置“外界之讥评”、“不名誉之耻”而不顾，坚持在新军中长期积蓄力量，待时以动，终于一举而敲响了清王朝的丧钟。
1906年萍浏醴起义虽然失败了，但是“野火烧不尽，春风吹又生”，从1907年5月至1908年4月，在孙中山的直接领导下，同盟会在华南和沿海地区连续发动了六次武装起义。光复会还在浙江、安徽发动了两次起义，1910年2月同盟会又发动了广州起义，1911年4月27日发动了广州黄花岗起义，最终在1911年10月10日爆发了武昌起义，史称“辛亥革命”。
