可方孝孺反问：“请问成王现在哪里？”朱棣道：“他已自焚而死。”方孝孺接着问：“那为何不立成王之子？”朱棣道：“国家应当有一个年纪大的国君才行。”方孝孺不依不饶：“为何不立成王之弟？”朱棣说：“这些都是我们朱家的事情，先生不必为此多虑。”随即示意左右把文房四宝交给方孝孺，说道：“我的即位诏书，非出自先生的大手笔不可。”
方孝孺接过笔砚后，狠狠地甩在地上，斩钉截铁地说：“死即死耳，诏不可草！”，一直压着怒火的朱棣终于爆发了：“你不怕死，难道你就不怕被诛灭九族？”方孝孺回答道：“便十族奈我何！”朱棣勃然大怒，他无法容忍一个手无缚鸡之力的读书人，竟敢如此强硬顶撞他。
盛怒之下，朱棣当场命人用刀把方孝孺的嘴割破，一直割到两耳根，然后又关回监狱。随后的日子，朱棣开始大肆逮捕方孝孺的宗族门生，每捕到一批人，都让他们一个个从方孝孺眼前走过，方孝孺心中虽痛，可他却假装镇静，头都不抬。
朱棣把方孝孺的九族全部捕获之后，方孝孺仍不肯降服。此时，怒火中烧的朱棣已完全失了理智，他疯狂地将方孝孺的朋友、学生乃至一切与方孝孺有关的人单独列为一族，与九族加起来合称“十族”，共计873人，当着方孝孺的面，全部磔杀（砍成碎块）于市。方孝孺是最后一个受刑，被磔杀于聚宝门（今中华门）外。行刑前，他还写下一首绝命词：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用猷。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉，庶不我尤！”。
如今，奉天门遗址遗存的一块丹陛石上有一块深红的颜色，传说是被方孝孺留下的血迹染红的，人们至今还把它叫做“方孝孺滴血石”。
●朱棣迁都之谜
杀完人后，朱棣松了一口气。他重建了被烧毁的奉天殿，而在这座宫殿里，朱棣并不自在，朱元璋和朱允炆魂魄以及众多怨魄似乎一直在大殿内环绕，让朱棣寝食不安。朱棣不停地吃斋拜佛，在寺庙里，朱棣装着甚至连一只蚂蚁都不敢误伤。
朱棣总觉得死后无脸葬在父亲的孝陵旁，不过让他欣慰的是朱元璋晚年就有迁都的想法，所以迁都北京从朱棣一登基时就开始考虑了。永乐元年（1404年），朱棣登基后立即改北平为北京。
永乐四年（1406年），群臣“请求”建北京宫殿，朱棣高兴地答应了。永乐七年（1409年）后，朱棣多次北巡，长期住在北京，而太子朱高炽在南京行监国之事，天下奏章都要送往北京行在所，这时北京已成为实际的政治中心。
永乐十四年（1416年），朱棣正式下令在元大内宫殿遗址上营建北京宫殿，所有建筑均照南京宫殿规制；到永乐十八年（1420年），北京宫殿落成。这年九月，朱棣下令以北京为京师，正式迁都北京。至此，南京宫殿正式结束王朝皇宫的使命。
朱棣在位期间，并没有放松对建文帝的搜寻，他派户科都给事中胡滢遍行全国各地长达16年，秘密寻找建文帝的下落。有人推测，搜寻建文帝也是朱棣派郑和下西洋的主要任务。而朱允炆当年到底是逃走还是自焚而死，至今都是个史谜，也许永远不得人知。
●建文帝下落之谜
近些年，越来越多的证据都推测朱允炆在“靖难之役”中没有死，而出逃到了其他地方，至于死后葬在何处，则有各种说法。20世纪90年代，南京前湖紧靠皇城的一段明城墙倒塌，在城墙内发现了神秘的通道，这说明当年皇宫里很可能有一条和城墙连通的密道，供紧急情况下使用。
不妨根据一些记载设想一下那传奇的历史场面：朱棣大军破城的那天，朱允炆正要自杀，被翰林院编修程济拦住，程济说与其自杀，不如逃走，这时少监王钺拿出一个箧子，说是朱元璋临终时留下，如临大难就打开它。
建文帝见到祖父留下的东西，悲鸣不已，铁箧打开后，里面是三张度牒，分别写着三个名字：应文、应能、应贤。箧内袈裟、帽、鞋、剃刀，应有尽有，还有10锭白金。“应文”便指朱允炆了，在场的还有吴王府教授杨应能，监察御史叶希贤，便是“应能、应贤”了。箧内还用红颜色写着两行字：“应文从鬼门出，余从水关御沟而行。薄暮，会于神乐观之。”
建文帝等人剃了发，穿了袈裟，假扮和尚，从密道逃出皇宫。临走之前，朱允炆连忙让人焚烧宫殿，让其他人各自去逃命，而马皇后和几位妃子心甘情愿地跳入火中而替皇帝去死。
从此以后，建文帝一行人过上了流亡苦旅，云游到云南、湖北、四川、广东、贵州、浙江，终无消息。直到朱棣死的前一年的一个晚上，朱棣已睡下，突然听说胡滢回来了，急忙起身穿上衣服，在卧室单独召见，二人一直谈到四更天，至于具体谈的什么，没有详细的记载。但可以肯定的是胡滢打听到了建文帝的确切消息，并且表述，事隔多年后，建文帝已经没有重夺帝位的想法了。朱棣终于放心了，从此再也不究问建文帝踪迹了。
●五百年风雨废都
朱棣迁都北京后，南京降为留都，由皇族和大臣驻守，以保证南京也有个形式上的朝廷。但南京宫殿渐趋冷落，数百年间，南京明故宫屡遭损坏。
明英宗正统十四年（1449年）夏六月天降雷雨，谨身殿、华盖殿等被雷电击中起火后烧毁。明宪宗成化二十一年（1485年）五月，南京刮飓风，太庙的树被连根拔起，太庙大祀殿和皇城各门兽吻被毁。明世宗嘉靖元年（1522年）七月，南京下暴雨，江水泛滥，整个南京城及皇城都受到不同程度的损坏。
公元1644年，李自成攻陷北京，崇祯帝的弟弟朱由崧逃往南京，在南京建立南明小朝廷，这时明故宫已相当破败，朱由崧只能在武英殿“登基”了，因为三大殿已荡然无存。清军平定江南以后，清政府将明故宫改为八旗兵驻防城，明故宫建筑遭到很大破坏。
公元1684年，康熙皇帝首次南巡，到达江宁（南京），见到残破不堪的明故宫大为感慨，作《过金陵论》一文写道：“道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣残壁矣！……顷过其城市，闾阎巷陌未改旧观，而宫阙无一存者，睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶！”可见此时的明故宫已经没有一座完整的建筑了。太平天国战争期间，明故宫又经受了一次较大的破坏，除了地下埋藏的石构件以外，只剩下一片残垣碎瓦、蛇鼠出没的废墟了。
康熙三十八年（1699年），经康熙批准，又拆迁了南京明故宫宫殿殿琉璃瓦，九龙藻井，丹陛等物发往浙江普陀山法雨寺建成九龙大殿，目前法雨寺中还保留了原本为明故宫的丹陛、九龙藻井以及大量的屋顶琉璃瓦、琉璃构件，每一件都非常珍贵。其中最为弥足珍贵的是被安置在法雨寺九龙殿内中间顶部的九龙藻井，九条木雕金龙依然完好，张牙舞爪、栩栩如生，虽然经过多次修葺，但还基本保持原样，充分反映出南京明故宫建筑风格重气势而不追求过分华丽的“简朴”风格。
从法雨寺九龙殿保留的明故宫琉璃构件（包括瓦当、滴水、正脊、垂兽、截兽、正吻等）以及明故宫遗留的构件来看，其装饰风格已为中国明清官式建筑打造了样板，影响其后几百年至今。
1911年，英国人法雷斯又从明故宫遗址中拆走七块石刻和三对石狮，运往下关扬子饭店进行装饰。到了1929年，为了迎接孙中山先生灵柩安葬中山陵，新建了中山东路和逸仙桥，中山东路横跨奉天殿广场，把遗址分为南北两部分（目前南部为白下区管辖，北部为玄武区管辖），这时的明故宫遗址仅存午门与地下柱础等少量的遗迹了。
原国民党主席林森，好古玩古，对明故宫和明孝陵的建筑遗址钟爱有佳。1932年，他修建自己的别墅“桂林石屋”时，竟然从明故宫遗址上“调用”了一批精美石雕装饰在石屋前。
南京解放后，刘伯承、陈毅等同志即邀请有关专家、学者座谈，征求保护意见。与会者一致认为这是我国历史上重要的明朝皇宫遗址，应该予以保护，因此决定将约350个石柱础就地深埋，埋入路北侧中轴线及其两侧；将中山东路北侧约60万平方米的地面辟为南京军区教练场进行保护；并将当年被英国人法雷斯劫至下关扬子饭店的石雕运回，陈列在奉天门遗址。
现在这座由七块石雕组成的石屏风，虽然不知其原来的准确用途，但是精美程度比中都雕刻都有过之而无不及。20世纪90年代南京军区教练场迁出明故宫遗址，现在明故宫遗址已经被开辟成了明故宫遗址公园，供大家参观。
这座作为洪武、建文、永乐三朝的明初皇宫，实际使用长达54年，可最终还是走向毁灭。南京明故宫是北京故宫的蓝本，朱棣在北京修建的故宫是完全按照南京明故宫的形制修建的，明代的北京故宫相当长时期各个部分的名称都和南京明故宫一样，到明中晚期和清代才有所变化。
现在北京故宫大部分建筑虽为清代重建的，即便如此，还是没有改变明代皇宫的整体形制。而南京明故宫并没有留下详细的图纸，考古学者只能根据遗址零散分布的遗迹，大概推测出其分布状况。
即使如此，我们还是能从北京故宫看出当年南京明故宫的辉煌。厚重潜伏的历史底蕴，古风犹存的历史遗迹，明故宫依然散发着她那种历史赋予的高贵气质，无言地叙述那永不磨灭的悲壮历史。明故宫遗迹隐藏的神秘，深深地吸引着后人，并从中感受和想象这座皇宫点点滴滴。
