庇隆回国，阿根廷人民对他寄予了极大的希望。6月10日，阿根廷《人民日报》发表社论，称“庇隆的到来是阿根廷人民的共同要求，他的到来很快会使残破不堪的阿根廷经济再次复苏，人民的生活将会有重大改善。。。。。。”
为了让庇隆通过宪法程序，“真正地和正式地行使他的无可争辩的领导”权力，坎波拉总统和索拉诺·利马副总统一起，主动让位，他们向议会提出辞职。议会接受了辞呈，决定重新选举总统和副总统。
毫无疑问，庇隆肯定会当选为总统，但谁将担任副总统候选人，人们开始议论纷纷了。
很快，人们就十分清楚了庇隆的意图，他想使伊萨贝尔也成为埃娃那样的女政治家。
这样一来，一切都显得顺理成章了。在8月4日召开的庇隆派正义党全国代表大会上，庇隆夫妇被推选为正副总统候选人。庇隆是正义党主席，但因健康原因没有参加会议，于是正义党第一副主席伊萨贝尔正式接受了大会的提名。同时，她表示，自己将决不辜负各位代表的殷切期望和重托。
然而，实际上，伊萨贝尔不论是资历和能力，还是声望和影响，都不足以出任阿根廷副总统。在阿根廷国内甚至正义党党内，都有许多人反对她成为国家第二号人物。他们认为，伊萨贝尔才具十分平常，而且文化修养低、出身卑微，又缺乏政治经验。有些人不赞成伊萨贝尔出任副总统候选人，甚至放风造舆论，说什么伊萨贝尔本人并不想当副总统候选人。
伊萨贝尔闻风后，并不着急，而是沉着迎战。她首先出面辟谣，表示绝不屈服于流言和旧势力，接着，她强调妇女参与政治是当之无愧的“革命行动”，她将坚决地去做党代会要求她去做的事情。然后，她又奔赴各省，硬着头皮勇敢地到一些抵制她的地方去开展竞选活动。实际上，在“伟大的”庇隆的荫庇下，伊萨贝尔根本不用操心去与其他政党的候选人苦斗了。
本来，在阿根廷的政治体制中，只有总统才握有最高的权力，副总统只不过是一个漂亮的陪衬。然而，伊萨贝尔和庇隆毕竟是多年同床共枕的老夫妻，再加上总统本人已年近八旬，这样一来，历史就自然而然地给伊萨贝尔提供了领导国家、施展抱负的契机。她表示，自己一定要突破传统习俗对妇女所作的种种限制，她要充分地履行自己的职责。同时，她还希望全体阿根廷妇女与她通力合作，以便使她能和男人一样平等地实施她的政治抱负。
庇隆第三次出任总统时，年龄已高达78岁。他不但是国家元首，而且还担任正义党的领袖。繁重的政务与党务很快就压垮了这位年近八旬的老人。岁月毕竟不饶人啊！他的支气管炎复发了，并且还威胁到他的心脏和血液循环系统。幸亏有一位非常出色的心脏病专家精心护理，才使他艰难地渡过了1973年。
1974年6月16日，已是三天两头不能去总统府亲理政事的庇隆总统又染上了流行性感冒。几天后，庇隆的流感发展成喉炎和呼吸道感染，接着，便引起心脏病复发，病情十分危急，庇隆已经不能公开活动了。此时，正在欧洲访问的伊萨贝尔闻讯后立即中断原定访问日程，火速赶回阿根廷。
阿根廷宪法第七十六条规定，如果总统生病、出国、死亡、辞职和离职，行政权由副总统行使。理所当然，第一夫人的地位和作用陡然上升了。伊萨贝尔回到布宜诺斯艾利斯的第二天，阿根廷政府发表了庇隆的病情公报，宣布总统旧病复发，需要绝对休息。
紧接着，各部部长、三军司令和最高法院院长被秘密地召集到总统官邸开会。庇隆当着大家的面，签署了移交总统权力的证书。随后，在最高法院院长的主持下，第一夫人宣誓就任总统。会后，议会里传出了第一夫人掌权的消息，各政党均表示支持按宪法程序行事。
其实，预感到生命大限将近的庇隆，早就在开始扶持第一夫人了。为了扩大伊萨贝尔的政治影响，庇隆常委托她在公众集会上宣讲重大的政策问题或代表他会见外宾，出国访问。伊萨贝尔还于1973年5月访问遥远的中国，以及参加签字仪式。
1974年7月1日，即在庇隆移交权力的第二天，庇隆总统溘然长逝了。
当天晚上，伊萨贝尔签署法令通知议会，她已按宪法规定担任国家总统。伊萨贝尔成为自共和国体制兴起以来世界历史上第一位女总统。
然而，伊萨贝尔登上总统宝座后，日子过得并不轻松惬意。因为她是依靠自己丈夫的扶持和声望才登上权力之巅的。庇隆的谢逝，对于她来说，犹如倒了一棵大树，使伊萨贝尔没有了靠山，执政基础也大为削弱了。而且，更主要的是，她从老总统那里继承的不仅是最高权力，也继承了阿根廷当时在政治、经济以及社会治安方面的一副烂摊子。她本人既缺乏治国安邦的才干，又没有凝聚各派力量的声望，特别是不能很好地控制军队，因为阿根廷历来就有依靠枪杆子左右国家局势的历史。为此，伊萨贝尔的处境显得尤其艰难。
阿根廷自从1955年以后，政权就反复更迭，很不稳定。不管谁执政，国内从来没有真正安定过，经济危机起伏，暴力横行不断，人民生活苦不堪言。
庇隆回国后，虽然下了大力气着力整治，但因时间较短，又加上他年老体衰，仍无多大的起色和成效。他离开人世时，这个只有2 500万人口的阿根廷就欠下了100亿美元的外债。
面对这一艰难局面，伊萨贝尔总统并不气馁，她勇敢地迎着困难而上，发誓要把庇隆开创的事业继续进行到底，从根本上把国家治理好。
她开始全身心地投入到工作中。她努力争取职工工会的大力支持，非常注意和拥有四百万会员的工会搞好关系。她执政后签署的第一个法令就是批准给工人增加工资。
此外，她还竭力讨好陆、海、空三军，十分重视军队工作。上任不久，她就分别拜访了三军司令部，并不惜花大量时间参加三军的各项活动。
从表面上看，这一阶段由于伊萨贝尔的热情、诚意和忠于职守，这个国家似乎在她身后团结起来了。但没过多久，令人烦恼的事就纷至沓来。
“庇隆主义青年联盟”等六七个极左派组织公开宣布，要“武装对抗”政府，甚至叫嚷什么“进攻目标是掌握权力的人”。一时间，暴力、恐怖活动甚为猖獗。不到三个月，就有近百人死于非命，闹得举国上下人心惶惶，鸡犬不宁。接着，国内第二大政党———激进党宣布停止支持政府。随后，一些当初因不愿承担破坏法制的罪名而在口头上表示支持而实际上在暗地里观察动静的政党与人士，也相继表示对政府失望。
由于一些政党和组织不再支持现政府，再加上暴力、绑架事件层出不穷，伊萨贝尔同时在几条战线敢于应付了两个月之后，终于精疲力尽，力不从心，支持不下去了。
1974年9月13日，伊萨贝尔只好将总统权力临时移交给参议院议长伊塔洛·卢德尔。第二天，女总统由三军司令的夫人陪同到内地休假。
伊萨贝尔在空军的一个山地疗养院休息了一个月之后，又回到了玫瑰宫总统府。但一些军政要员仍竭力让女总统继续休假，企图把她拖到任期届满。
然而，她坚决要求返任，置玫瑰宫内外的政治漩涡于不顾。就这样，她一直英勇地斗争着，凭着坚强的意志管理着这个危机四伏的国家，并同她的反对派展开了一系列斗争。
