在准备书稿的几年里，达尔文的身体总是时好时坏。通过几次水疗，他的精神暂时好转很多，整个人也轻松不少。1857年，他在慕尔公园疗养期间，称赞了水疗的良好治愈作用。他说：“现在，我可以活动自如，甚至可以像一个虔诚的基督教徒那样转圈和用餐。我的睡眠质量也提高了。而且，我发现水疗能让人的大脑彻底地安静下来，这种功效实在出色极了。”
从达尔文的这番话里，我们也能听到一些言外之意：这部包含着许多数学运算的著作，很伤脑筋。1858年3月，他跟虎克这样写道：“今天早上，我的工作很不顺利，进度很慢，我感觉有些烦闷。我的天！这些物种和变种，已经让我痛苦不堪！”
有一次，他跟一个庄园的邻居拉伯克聊天，提到了变种计算问题。对方也是一名博物学家，在谈话的过程中指出了他的一处错误。在以后的两三个星期里，他的情绪很低落。用达尔文自己的话说，他感觉自己快成了全英国最不幸的人！他异常忧郁，觉得自己就是一个最不起眼的动物。因为自己的盲目和一些幻想，他烦恼透了，最后忍不住大哭起来。发泄完以后，他又重新开始计算。
在他虎克的书信里，涉及他这段经历，他写道：
那些书我还没再一次审查，我找到了正确的原则，那些数据需要重新计算一遍，只要这两项工作一天没完成，我就得沉下心坐着，一直坚持到最后。对于拉伯克，我想向他表示最衷心地感谢，因为他及时地指出了我的错误。
由于长期的繁重工作，达尔文的身体越来越吃不消了，身体状况日渐恶化。1858年4月，他再次去了慕尔公园，在那里接受为期两周的治疗。这段时间，他仍然在跟赖尔通信，和他探讨大量地质方面的问题。不过，在一次的书信结尾出现了这样的话：
我不想再继续写下去了。我的身体状况比以往更差了。我得暂时放下这些工作，好好放松一下，多出去走走，多吃点饭，而且多读一些小说。
确实，在这一次的疗养期间，他终于给自己放了假。他给妻子写道：
昨天，我去树林里散步一个半小时。我沿着林间小径一直往前走，这种悠闲的感觉真是一种享受。树林里的景色美极了。苍劲的松树上抽出了新芽，一些年龄很大的白桦树已经开花了，深棕色柔荑花很漂亮。落叶松也是生机盎然，松叶茂密而柔软，看起来很秀丽。最后，我忍不住在草地上躺了下来，还睡着了。后来，听到了一阵鸟鸣声才醒过来。醒来以后，我发现松鼠在树上蹿来蹿去，两只啄木鸟在愉快地歌唱。这种场景真令人愉悦。我感觉自己的身心已经陶醉在这宁静的景致里，完全把鸟兽的来源问题，放置一旁……”
1856年年初，赖尔给达尔文提出了一个建议：尽量完整地阐释进化论。达尔文接受了这个主张，开始写他的物种一书。这和后来的《物种起源》一书是两码事。他在准备这本内容详尽的书时，赖尔提议要他先将观点和研究概要公诸于世。这样一来，可以在理论上取得优先权。但是，达尔文认为这个办法，可行性很小。因为他的进化论学说，是有许多小论点组成的。而每个论点，都需要加上事实的阐述。如果舍掉这些证据，对他而言是无法接受的。
因此，达尔文给赖文回信说：“对于优先权而从事的写作，我痛恨不已，但是，若是真有人在我之前发表这些理论，我确实会非常懊恼。”可是，我们应该看出赖文的提议是很有道理的。一时之间达尔文左右为难，这种做法有悖于他的一贯原则：他从来不会写出一条没有事例证明的空洞理论。这时候，他想到了虎克，他向这个一直支持他的朋友，倾诉了自己的烦恼和犹豫，并向他透露，自己并不想出版理论概要。
虎克否定了他的看法，并在回信中明确了自己的立场：
到最后，一切的真相都会被事实证明。所以，我觉得您的顾虑是多余的。看到您这样的观点，我感到很不安。因为在我看来，这个想法是不正确的。
达尔文在极大的矛盾中苦苦挣扎，最后，他还是放弃了写作理论概要的念头。他的日子又回到正常的轨道上来：搜集详尽充分的事实依据，完成一部有关物种的鸿篇巨制。直到1858年6月，达尔文再一次陷入了不安。赖文的预言应验了！另一个人提出了达尔文的理论！那个人叫华莱士，是一位航海家，同时也是一位动物标本搜集家。他完成自己的理论后，恰好将自己的手稿寄给了达尔文，请他帮忙检阅。华莱士的理论比达尔文更进了一步。那时，达尔文已经继续从事书稿写作两年了，已经完成了十个章节，也就是完成了整个书稿的一半。
华莱士是一个了不起的年轻人。他出生于1823年，家境贫寒，从十四岁起就自谋生计。他先后从事过许多职业，当过铁路工人、土地测量员、承包人，还做过国民学校的教师。在植物学方面，他是自学成才。他阅读过许多植物学书籍，十八岁起就开始制作植物标本。在从事教学职业期间，他跟一位年轻教师志同道合，交往甚密。这位年轻人和他的爱好相同，对自然科学和游览很感兴趣。在他的熏陶下，华莱士迷上了搜集甲虫。
达尔文对华莱士的影响很大。他的《一个博物学家的航行日记》一书，受到这位年轻人的推崇。华莱士在写给好朋友贝兹的信中还极力地称赞了这本书：“这本书的一切内容我都喜欢，叙述内容都是我感兴趣的问题，叙述风格也极其质朴，看不出丝毫的矫揉造作和功利。达尔文的《创造的痕迹》一书，他也仔细阅读过，他对书里提及的物种起源问题很是重视。另外，看了达尔文的《航海日记》以及有关对洪堡德旅行的描写，引发了他想去亲近大自然的想法，而且这种念头越来越强烈。
1848年，他同贝兹一起，开始了自己的梦乡之旅。他们带着自己的积蓄，乘着轮船前往巴西。之后，他们沿着亚马孙河河口一路游览各个支流。当时，一些国外的蝴蝶和鸟类的搜集品在英国非常畅销。因此，这两个年轻人，将他们的搜集品卖给一个前往英国做生意的经纪人，以此来支付以后的旅行费用。
这次旅行对于华莱士和贝兹而言，不仅仅是一种谋生手段。在他们内心深处充满了对于热带风物的热爱。在旅途中，华莱士萌发了探索物种起源的念头。于是，他找来九个当地向导一起沿着里奥内格罗河一路向上游走去，接着，他又沿着沃佩斯河（奥内格罗河的支流）来到了哥伦比亚。在亚马孙河流域旅行四年，他收获颇丰，不仅得来了丰富的搜集品，还亲眼看见了尚未开化的野蛮人。
旅行结束以后，他踏上了回国的征途。至于那一大批量搜集品，他决定出售一部分，然后把剩余的部分当做美洲各种动植物机体展览出来。可是他没能如愿，他乘坐那艘轮船着了火，他的全部收藏品在这场大火里化为灰烬，就连他花费许多心血写成的旅行日记也一并葬送火海。后来，华莱士和船上的所有人员都被救上小艇，在汪洋大海中漂泊了七百海里后，终于遇到了一艘轮船。这艘船搭救了他们，并把他们送回了英国。
然而，华莱士没有被这次的不幸遭遇打垮。他在赫胥黎教授的帮助下，他得到了另一次去马来群岛长途旅行的机会，这一次，由政府提供津贴。1854年，华莱士从英国起程前往该岛。在那个岛上，华莱士一待就是八年。在这八年里，他得来大量的搜集品，并将这些都运回了英国。生活在岛上的日子也给他亲近自然提供了便利。他经常去群岛各地实地考察，掌握了大量的第一手资料。这些资料，为他后来撰写有关马来群岛的博物学著作帮助很大。另外，他的两卷本《动物的地理分布》一书的写作，也得益于这段时期的经历。
当华莱士还在马来群岛工作期间，就开始跟达尔文进行书信往来。他们的往来还得从华莱士发表的一篇文章说起。这篇文章名叫《控制新物种出现的规律》，1855年发表在伦敦的一家博物学杂志上。这篇文章虽然影响力很小，但是意义重大，因为它牵扯了达尔文跟“华莱士的事件”的真相。
这篇文章所探讨的问题，正是达尔文那个时期的研究课题。在文章里，华莱士试图去阐述物种起源问题。当然，他在进行理论证明的时候，不仅借助了自己的丰富经验，而且也翻阅了许多文献史料，其中，达尔文的《航海日记》也在他的参照之列。
但是，华莱士的论文发表以后，并没有引起什么关注。1856年10月，就论文的命运问题，华莱士写信向达尔文请教。因为学术界的反应实在让他失望，所以从苏拉威西给达尔文寄信的时候，华莱士心事重重。
达尔文看到华莱士的信后，马上就写了一封措辞亲切的回信。他告知华莱士，那篇论文的内容他已经看过了，非常同意他的观点，还告诉他自己研究这个领域已经二十年了，但是这个理论涉及的内容太广泛，他无法在书信中详细讨论。
从达尔文和华莱士两个人通信可以看出：达尔文先于华莱士开始研究物种起源问题，关于这一点，华莱士本人也非常清楚。因此，达尔文在书信中，对于这方面的理论从未向华莱士提及。也就是说，华莱士得出选择的思想，完全是自己努力的结果，跟达尔文没有直接关系。另外，这种说法，也得到了达尔文朋友赖尔和虎克的极力赞同。不过，为了慎重起见，我们有必要弄清楚华莱士得出结论的过程。
1858年1月25日，华莱士来到了特尔纳特岛，这是一个位于安波那岛北部的小岛屿。他达到那里以后，就染上了疟疾，而且很严重。所以一旦疟发作，他就只能停下手头的工作。不过，这也给他思考问题提供了时间。他想起了各种类型的问题，耗费他精力最多的还是物种起源问题。他当时的生存状况，让他想起了马尔萨著作里的话：灾难、饥饿、疾病和战争，是影响人类繁衍的重要因素。
正是这句话，激发了他的灵感。他马上明白了一个道理：一些适应性强的动物会存活下去，而那些适应能力差的，只会面临灭顶之灾。于是，物种起源和生物适应性的疑难一下子迎刃而解。就在当天晚上，等疟疾给他带来的痛苦稍有缓解后，他赶紧把自己的想法付诸于文字，接下来的两个晚上，他又就此问题作了详细地阐释。这些文字，后来就成了《论变种无限地离开其原始类型的倾向》一文的手稿。论文完成以后，华莱士就把它寄给了达尔文，让他变成了这篇论文的第一个读者。
然而，达尔文读完论文以后，在内心掀起了轩然大波。因为，华莱士的思路和他完全一致：都把“生存斗争”原则应用于解释物种起源问题。达尔文在写给赖尔的信中，表现出了极大的震惊，并称这件事情是一次“惊人的巧合”。
尽管他们之间存在着许多相同点，不过，还有存在一个本质性的差异：达尔文的观点是从家养动物的人工选择中得出的，最后把这个选择原则应用于自然界。而华莱士则是从自然界入手，认为在家养状况下得到的变种或多或少是不稳定的，因为物种总是表现出要返回到原始物种的形态。
即使存在这些区别，情况对达尔文仍然很不利。如果华莱士发表论文在先，达尔文之后再出版自己的著作，难免引起别人的误会，逃脱不了抄袭之嫌。因此，为了避免这种被动的局面，需要在发表华莱士的论文的同时，把达尔文很早的研究成果也一并发表出来，以此取得理论上的自主性和优先权。赖尔同虎克商议以后，就给达尔文写信，向他提供了这条建议。
因为这件事的影响，达尔文的身体状况越来越差。此段时期，他简直是祸不单行。他的家里又传出了噩耗：他的一双儿女都染上了重病。其中一个因为患上猩红热已经不治身亡。
1858年7月1日，林纳学会紧急召开会议。这次的会议，达尔文缺席了。华莱士事件加之家庭的不幸遭遇，已经让他不堪承受，再经不起任何波折。因此，在会议召开的前一天，他把全部材料都派人交给了虎克。会议当天，赖尔和虎克将达尔文的材料交给了书记宾尼，同时还附上了一封书信。
