马步芳祖上，居住在河州西乡摩尼沟。《秦边纪略》中说：“河州，晋所名也。汉曰大夏，隋曰枹罕，唐曰安乡。……盖黄河入中国，始于河州，禹之导河积石是也。”自古以来，河州就为边防重镇。明代二十四关，皆设于河州西南，“近有起台，远有保安，尤远有归德”，诸关皆山险地，林木茂密，筑堡屯兵，为边关商道要冲。
马步芳的曾祖马积名，妻马氏，妾马氏，生七子五女。据说，马积名原籍狄道西乡，元时迁居摩尼沟。
西北回族多姓马，大都由西域迁徙而来。明时，恒州刺使马庆祥，在其所著《石田集》中有诗云：“昔我七世上，养岛洮河西。”洮河西，指的就是河州这一地区。马积名的祖上，可能是随蒙古大军东征的“西域亲军”的战士。《草原帝国》写道：“成吉思汗还曾指挥过征讨甘肃西夏唐兀惕王国的战争。因为西夏国王尽管是他的臣仆，却逃避派军赴花剌子模作战的义务。《秘史》中记载说，在接到有关这事的邀请后，唐兀惕大臣之一阿沙敢还曾代表他的国王野蛮无礼地回答说：假使成吉思汗没有足够的军队，他就不配掌握最高的政权。这种大言顶撞会令人难以忘记的。在处理了花剌子模事件之后，世界征服者便对这种背信行为实行报复。1227年，成吉思汗的大军先后占领临洮、河州、西宁等地，并对西夏国都兴庆府进行包围。成吉思汗的夏季营帐，就驻扎于隆德县境的六盘山上。这年8月18日，72岁的成吉思汗去世。稍后，都城兴庆府被攻克，根据遗嘱，城中百姓全部被屠杀，剩下的居民，则被封赏给成吉思汗最美丽的妃子也遂——这次战役中，她一直伴随汗王。屯牧于河州地区的养马军户，自然也受也遂管辖。这些养马军户，都从中亚随军迁徙而来，与历史上所称的“花门贵种”一样，在习俗形貌上有别于当地汉民。
马海晏是马步芳的祖父，字德庵，生三子四女，长子马麒，次子马麟，三子马凤，祖辈务农，仅得温饱。到了马海晏成年，始兼营商务。初时往来于兰州与河州之间，从事“驮脚”。渐有余资后，改营商务贸易，远至陇东、陕西一带贩运货物。那时候，陕甘道路不靖，常有盗贼出没，劫人财物。马海晏自幼习武，常以流星致胜，“商贾多依赖之”，不及十稔，家业渐富。中年后，即弃商攻读《古兰经》，致力于伊斯兰教务活动，在西乡一带颇有名气。马海晏的为人，宅心仁厚，轻财好义。他的性格，可用“慷慨好义，乐善好施”八个字来概括。到了中年，他的这个可贵的性格，更是扩大了范围。对于家乡的回汉百姓，认识的还是不认识的，只要有人向他求助，他都给予帮助。没有向他求助的，他只要发现，也必定主动施舍救助。他经常在早晨或傍晚时分，登上高地或站在自家的屋顶上，四处瞭望观察。倘若有一家或几家的烟囱不冒烟时，他便直奔这些人家，关切地问道：“你家今天为什么不做饭了，或许遇到了什么困难？希望你一定将真话告诉我，我一定尽力帮助你！”那些未生火做饭的人家，把原因给他讲了之后，他就引那家的人到自己家中，给些需要的钱财什物，然后说道：“快些拿去，把困难解决了。下次再有难处时，希望早些给我说一声！”这是种极优秀的道德品质，堪称人道博爱的风范！所以，家乡的人，无论老幼，对这位慈祥仁爱的马海晏，没有不敬重的。大家都称他“二爷”，因为他排行老二。
清同治初年，河州牦牛沟阿訇马占鳌，带头举起义旗，反抗清政府。马海晏是马占鳌的表兄，又是他的姑夫，起义之初，马占鳌就请他赞襄军事，因为马海晏不但有过人的胆识，还长于军事谋略。在进攻河州城的战斗中，他排兵布阵，就有卓越表现，马占鳌就令他做回民军的“前行”官，军中称他为“前行大人”。“前行”，就是今天所说的“前线总指挥”。
清朝咸丰年间，在西北陕西、甘肃、新疆三省的广大区域内，回民军有三个主要的战斗据点：陕西渭南的白彦虎，甘肃金积堡的马化龙，河州的马占鳌，肃州的马文禄，新疆迪化（乌鲁木齐）的妥明。其中，马化龙的号召力最大，马占鳌部队的战斗力最强。河州地接牧区，民风强健，人们爱好狩猎，每家男子都备有猎枪、骏马，而且骑射非常精熟。《陕甘劫余录》中说：“河州回颇勤俭，故较盈实，平时多置抢御匪，暇时射猎，其枪多不离身。常有赴亲友处，负枪于背，跃马而行，遇飞鸟而过，背枪击之，无不击落。”马海宴也是一位好猎手。他能在骑马飞驰中，“一马三枪”，连射三弹，弹无虚发。古时猎枪，多为火枪，能在马背上用牛角、药壶装填火药铅弹，就十分不易，而能连发三枪，枪枪命中，就难上加难了。
马海晏所创造的战争奇迹，就在太子寺会战一役。
1871年（清同治十年)，陕甘总督左宗棠在残酷镇压金积堡马化龙的回民后，集中了七十多营骑、三万五千人的优势兵力，兵分三路，向河州推进。马占鳌一再求抚，但左宗棠坚决不允。农历八月间，湘军在洮河上搭建浮桥完成，各营相继渡河，进攻三甲集。马占鳌部在黑山头逐垒，固守回民军不支退却，湘军逼近三甲集。
十月初八，康家崖浮桥又成，湘军两路大军会攻三甲集。马占鳌部坚壁固守数昼夜，最后不支退却。三甲集为河州门户，这道天然屏障的丧失，使战斗进入了艰难时期。但是，三甲集周围百余里以内，皆为崇山峻岭，路径狭小，大军运动困难，这种复杂的山区地形，也给回民军诱敌深入，开展运动战，提供了有利条件。
湘军和回民军，在认真准备七十天之后，便开始了太子寺大会战。
腊月二十七，马占鳌部七阿訇趁夜色，在党川铺北偷筑三垒，横亘于甘南部建字两营之间，湘军粮道梗塞。24日，湘军提督傅先宗进攻三垒，而回民军转攻石梁坡，总兵李占椿战毙。27日，回民军再攻石梁坡、薛家坪，总兵、游击、都司、守备、主簿多人战毙。此时，已到残腊年关，湘军休战，各营准备过年。马占鳌、马海晏、马永瑞、马荣、马悟真等回民军首领，于正月初一召开紧急会议，他们决定在新路坡以东山梁，再筑三垒，切断湘军粮道，并在附近寻求战机，进行决战，以求生路。马海晏建议在烂泥沟四庄的清军核心阵地，偷筑一垒，以为掎角之势。因为烂泥沟四庄设统帅部，是湘军的指挥中心。在此处筑垒最难，但善战者应从最关键处入手，打击清军中枢神经，就有可能使战局变活，一举击溃湘军，转败为胜。
马海晏主张，挑选五百名弹无虚发的猎手，组成一支敢死队，讲明此次行动的利害关系，采取自动报名方式，严格选拔，力求“以小我的牲牺奉献，拯救数百
万回族大众之生命”。
这道命令发出后，回民军中报名踊跃，一日之间，便选拔出了五百名勇士。
同治十一年一月初四，夜幕笼罩四野。二更时分，马海宴集结起五百名敢死队员，每人携带充足的枪支弹药，每人一杆枪一把刀，一汤瓶水，二百五十人每人背负四块青砖，二百五十人每人携五尺长的一根木桩。携带绑扎妥当之后，马海宴亲自在前带队，众人衔枚急奔，在夜色之中潜入四庄阵地，开始构筑简单营垒。正月天气，河州滴水成冰。他们先用砖块围住木桩，然后将汤瓶中的水浇上去，青砖便与木桩迅速冻结在一起。到天色微明时，便筑成了一座速成的营垒。马海晏对营垒中的五百勇士，下达死命令，他以无比坚定的口吻说道：“现在工事业已完成，胜败之数，是真主的定夺，我们回回只有依赖真主的护佑了！希望大家以哀军求胜的心情，进入阵地等待。从现在起，不准任何人以任何理由开枪，在我的号枪没有发出前，不论哪位如果提前开枪，就由督阵官马福旺立刻将他的多罗砍下来！”
马福旺是马占鳌的亲四阿爸，是马占鳌的军师。他与马占鳌同年所生。马占鳌之父福良早已去世，大叔福荣中年夭折，二叔福禄早亡，家中只有祖父马绪宗、四子马福旺、长孙马占鳌祖孙三代相依为命过活。马占鳌自幼非常聪明，且有大志，祖父十分疼爱他。在他的父亲去世后，就送他去清真寺读经学阿文，后去西安大学习巷清真寺深造，成绩优异，毕业穿衣后，回乡成了回教经师，西北人都称他为“牦牛沟阿訇”。马福旺做督阵官时，执法如山，他的命令，军中没有人敢不遵从的。
一月初六清晨，一抹红霞照亮了苍苍莽莽的黄土群山。有哨兵慌忙到军营报告：“昨夜回回军，在阵前偷筑了一座营垒！”提督傅先宗，昨日率队轮番猛攻新路坡三垒未克，身体有些疲惫，但他不敢怠惰，立即出营观察。只见对面山包之上，突然出现了一座银光闪闪的冰堡。这座堡垒，在苍茫如海的万山丛中，是那样的弱小无助。他不知马占鳌为何在湘军阵地上筑此孤垒？岂不是来送死？他立即命令总兵杨世俊仍攻新路坡三垒，自己率队攻拔这座营垒，将它四面包围起来。
包围越来越小，营垒中的回民军仍无丝毫反应。傅先宗疑心这是一座空堡，是马占鳌心理战之一。大队人马便毫无顾虑地包围上来，距离营垒也只二三十米的距离了。
营垒中的马海晏，依然沉着等待。他清楚地看见身穿黄马褂，手执令旗的傅先宗，立在阵地高处督阵，首先瞄准了他，待他站定后，立即点燃药捻，“砰”的一声枪响，傅先宗立仆阵前，真是弹无虚发！这时，二百五十名敢死队员排枪齐发，枪声震山野。密集前行的清军队列中，就有二百多人伤亡。紧接着，第二次二百五十枝排枪齐射，第三次排枪齐射……清军一批接一批倒地，后队阵脚大乱，仓皇掉头逃跑。马海晏首先挥舞战刀冲出。五百敢死队员也一齐亮出战刀，如猛虎一样冲出堡垒，齐声喊杀追击。阳光之下，雪亮的刀锋银辉炫目，汇成一股汹涌奔流的黄河怒潮。进攻新路坡三垒的清军，见四庄傅军溃退，紧急回头救援。回民军得知清军大败，立即挥刀冲出三垒，追杀清军。站在大树顶观战的马占鳌，见各垒得胜，急令回军全线反攻。四野喊杀震天，枪炮声响彻大地。清军兵败如山倒，人马自相践踏，溃不成军。
新路坡的辉煌战绩，使回民军信心倍增。在加紧准备了五天之后，于十一日夜猛攻董家山。清军在新败之余，自然不敢恋战，各营纷纷后退。这一夜，大风扬沙，月色昏暗，回民军不停追杀，党川铺清军再次溃退。提督徐文秀、总兵郑守南相继阵亡。徐文秀身中三矛，郑守南背中一刀，其余总兵、参将多人，也在混战中毙命。到了后半夜，夜深月落。清军敌我难分，混乱不堪，几乎全军覆没。只有百余兵弁，突出重围，绕道逃回狄道城内。身为前线督军的前山西按察使陈浞，在接到报告后，立即连夜派出报马，驰禀安定左宗棠行辕。左宗棠阅报，大惊失色，急命驻军狄道的前福建布政使王德榜，接统傅军，又令河州总兵沈玉遂接统徐文秀军残部。
太子寺大会战，以回民军的全胜而落幕。
在这次会战中，湘军损失惨重。战死提督二人，总兵八人，副将四人，参将三人，游击三人，都司四人，守备一人，主簿一人，共计折损将官二十六人之多，湘军损兵之大前所未有，其战事惨烈程度，也为湘军战史所仅见。
清廷因湘军在河州大败，连连下旨申斥左宗棠，并准备以李鸿章更换左宗棠，担起西北剿回大任。但是，左宗棠没有料到的是马占鳌、马海晏在党川铺大胜的当夜，就将傅先宗、徐文秀等将官的尸体清洗干净，用黄绫包裹，全部运送过洮河，抬到王德榜的军营之中。并派出首领多人，前往三甲集陈浞行营乞抚，哭求官军暂缓进攻，愿随从左宗棠先前提出的准抚各条，先呈缴马匹军械，然后到左宗棠安定行辕投诚就抚。
太子寺会战后，马占鳌召集西乡及河州八坊的回族首领密议。马占鳌说道：“这次清军惨败，我军大获全胜，但我们获十次胜仗不算多，如果严重失败一次，那就后果不堪设想！以我本人的看法，失败了求抚，实在不如打胜求抚来得真诚有力。如果朝廷诚心收抚我们，大家还可以过太平日子，河州百姓也可从此死里求生了！”
马海晏也对大家说道：“我们造反了十年，这顶反叛的帽子不好脱下来，如果趁此胜利机会，我们向朝廷求抚获准，把这顶反叛的帽子脱下来，那就再好不过了。如若再继续反抗下去，终究不会有好结果的。”
身为回民军的主帅主抚，“前行”官也极表赞成，他俩的意见是有决定作用的。但也有人想继续作战，趁胜夺取安定大营。慕寿祺所著的《甘宁青史略》中有这样的记载：“自傅先宗、徐文秀相继阵亡，河州回民以官军无战斗力，谋攻安定大营，马占鳌曰：‘诸君何昏聩乃尔，古之大盗张角、黄巢、闯献之徒，近者四五年，远不过十年，皆消失于无形。自咸丰初，洪秀全起事，盘踞十三省，蹂躏六百余城，湘军出而平之。甘肃军兴十年，锋镝之毒遍地，而磐石之安无期。长此以往，不惟汉族仇怨日深，回族亦无立锥之地，是岂不可已乎？果如诸君所欲，往攻安定大营，即使一战而胜，百二山河为吾所有，谁以一丸泥封函谷关，使关东将帅不复西来？去一左宗棠，将有无数左宗棠在其后，河州弹丸地，何能与天下抗？君子见机而作，不俟终日。今日之事，舍降别无生机。吾意已决，诸君无复言。’”
左宗棠在当时战场形势下，认为“剿亦不能，抚亦有益”，决计收抚马占鳌回部，为己所用。他除了催缴回民军马械外，又提出了人质条件，要求马占鳌嫡系儿子，入居安定大营，以防诈降。这可难坏了马占鳌，因为他的长子全福年龄尚小。
一日傍晚，马占鳌的长子全福跟随他母亲从田间回家。马占鳌站在路口等他，心想，全福年龄虽小，但已满十三岁，如果他愿意去做人质，其人选再好不过。马占鳌叫住全福，对他说道：“目前我们河州的投诚，总算有了头绪，但你去一趟安定大营，事情才更会圆满的。”全福说道：“阿达，你把我许成古勒巴尼了”。马占鳌心疼地说道：“儿子，我们诚心向公家投诚，公家也实心收抚我们，你去一趟安定大营，只是表示我们投诚的实意，绝没别的意思。”全福听了，默默地点头应允。
就这样，马占鳌又挑选尕乡约马全祥陪同前往，一路照看。第二日清晨，马占鳌将全福少爷连同一只梅花公鹿送至洮河沿，乘坐一只牛皮大筏，冲开浮冰，顺流北去。到了兰州，再换乘快马到安定大营。他们在公鹿角上挂了一幅红布，上书“天下太平”四字，又赶上从河州专门挑选的五十匹河曲骏马，到行辕外求见。这也是河州回族的风俗拉马投诚，表示讲和投诚的诚意。
左宗棠厉声问道：“你俩是什么人？”马全祥镇定地回答道：“禀告大人，小民是马占鳌派来求抚的。”左宗棠又指着跪在前面的马全福问道：“这个娃儿是什么人？”马全祥回答道：“是马占鳌的长子马全福。”左宗棠“嗯”了一声，又问道：“你们为何不早来求抚？”马全福回答道：“丞相不来，暗无天日，向哪里去求抚；丞相来了，拨云见日，所以才来求抚。”
左宗棠好大喜功，经常自比武侯诸葛亮。绰号“家麻雀”的马全祥能言善辩，巧妙地送给他一项“丞相”的高帽子戴。左宗棠在镇压太平军、捻军之后，清廷赏封二等恪靖侯，加太子少保衔，命他以钦差大臣身份督办陕甘事务，人称“左宫保”。在剿平金积堡之后，又赏骑都尉世职，补授东阁协办大学士衔。这“协办大学士”，即就是民间所说的丞相。
左宗棠哈哈大笑，捋须直乐，说道：“嗯，这就对了！马全福，我希望你尽忠大清，除暴安良，本部堂就赐名你为马安良，字翰如吧。”
这年7月上旬，左宗棠由安定移营，进驻兰州省城。河州回军首领马占鳌、马海晏、马永瑞、马荣等人，应召由河州前往晋见左宗棠。随同前往的还有几位首领的少爷，其中就有马海晏长子马麒，他们是送交大营做人质的。马占鳌等人，自缚其臂，脚戴铁链。又备有梅花公鹿一对，上挂书有“皇上万岁”和“天下太平”的红绸条幅。同时携带着应缴纳的马匹武器及金银财宝，作为晋见礼品。那一日，左宗棠高坐行辕麒麟帐内，身穿黄马褂，戴珊瑚顶双眼花翎，面南而坐。十数名身穿黄马褂、腰挂佩刀的提督、将军衔的武将，在两旁屏息“站班”。帐外甬道两旁，布满亲兵、卫士，他们刀矛高举，手执洋枪，禁卫森严。马占鳌等人，皆神情自若，视若无睹。左宗棠一见，心中暗暗称奇。他喝问左右道：“是谁绑缚了他们？”马占鳌等人表自道：“罪犯自知罪孽深重，特地自缚前来领罪！”左宗棠大为感叹，忙命军士为他们松绑，并设宴款待他们。当晚，左宗棠又与马占鳌密探，当他读了马占鳌在清同治十年马化龙一家八十余口被杀后所写的《七律》：“龙战乾坤未销，彼天何事纵天骄？袛堪孽境留冤狱，安有爰书载赦条。舆论至公千载定，君门虽大九重遥。公然杀将屠城事，说与妻孥破寂寥。”左宗棠大为赞赏马占鳌的才华，他决定以民族团结为重，收抚马占鳌，为国家所用。
后来，左宗棠改编河州回民军为旌善马队三营骑，任命马占鳌为督军，马安良、马海晏、马永瑞、马荣分别任营骑管带，授六品军功，归河州镇节制。按湘军编制，每营骑五百人，马夫二百五十人，共计一千五百人，战马一千五百匹。这支精锐骑兵，在平定河湟之后，又追随刘锦棠远征新疆，转战天山南北，多次参加了平定新疆、收复伊犁的战斗，其战功赫赫，其战斗力最为俄国人所称道。
到了1900年（清光绪二十六年），时任武卫后军统领的董福祥，统领甘军赴京勤王，参加了庚子之役的战斗。其时，马占鳌已经亡故，由其子马安良率领西军三营旗，开赴京畿。马海晏及其子马麒，以及马福禄、马福祥兄弟，追随马安良抵抗英法联军，转战于杨村、廊坊一带。后退入京城，抵御八国联军入城。在正阳门与俄军血战中，马福禄中弹死难，所部由马福祥节制。时局危殆，慈禧太后携光绪皇帝出逃，马海晏扮成车夫，驾驭骡车出城，一路守夜护卫，备受艰辛。路经宣化，马海晏病故，其子马麒承袭其职。慈禧太后及光绪皇帝，在风陵渡渡河时，由于风浪很大，慈禧面有惧色。马安良挺身护卫，马福祥、马麒掌舵划桨，博得了慈禧太后的赏识。这为马安良、马福祥、马麒等回族将领日后飞黄腾达铺平了政治路径。
1902年（清光绪二十八年），慈禧、光绪由西安启驾回京。马安良、马麒也由西安返回甘肃。马安良驻军河州，马麒驻扎于巴燕戎格厅的扎什巴镇。那时，洋人痛恨攻打过使馆的董福祥的甘军，提出要把甘军全部解散。于是，清廷照办，甘军撤销编制。董福祥罢官为民，遣返甘肃原籍，但仍核准保留三营兵马，以资镇守河州。后来，在马安良的提携下，马麒升任花翎衔循化营参将。
1911年（清宣统末年），辛亥革命爆发，全国响应，陕西革命军也占领西安，马安良追随陕甘总督长庚、陕西巡抚升允，准备援陕“勤王”。他扩军增营，招募了大批回族、撒拉族农民入伍从军，组成“精锐西军”，马麒推举马安良为总统，自任帮统。马麒与兄弟马麟一起率军东下，先后在长武、冉店桥以及邠县（今彬县）永寿梁一带与革命军作战。也曾镇压宁夏起义军，攻占了宁夏城垣，并包围了西安城。但后闻知甘肃省承认共和，马安良、马麒因风转舵，即率部卷旗西返。
1912年（民国元年），民国初造，马麒先与甘肃巡警道赖恩培结为义兄弟，又以金佛像等重金贿赂袁世凯任命的甘肃省临时都督赵维熙，谋夺得西宁镇总兵一职。同年9月，马麒、马麟部脱离了马安良精锐西军的隶属关系，成了一支独立的宁海地区的地方武装。到了1913年，马麒又在护理甘肃督都张炳华的支持下，赶走了西宁办事长官廉兴，兼代了青海蒙番宣慰使，不久由北洋政府正式任命。后来，代理大总统冯国璋，授予马麒陆军中将衔。马麒的宁海军，也由三个营扩编为五个营，按陆军新军编制，取消了旧营旗番号，成为“宁海巡防军马步兵全军”，共十三营，其中马队九营，步队四营，分中、左、右三路，各设统领。又设流动马队四队，分别为矿务马队、杂务马队、站台马队和玉树巡防营马队一营。同时，购买新式枪炮，成立大炮营和机枪营。各路统领及各营管带、哨官，都由家族亲属或亲信担任。马麒自兼中路统领，但他实际的行政职务为甘边宁海镇守使、青海蒙番宣慰使，两使署合署办公，形成了与甘肃督军分庭抗礼的政治局面。这是因为，北洋政府对蒙番宣慰使的权力范围，并无明文规定，马麒却利用这一职务，将自己的势力范围扩展到了青海整个蒙藏地区，其声望与军事实力，均居陇上八镇之首。
