广州起义失败后，全国各地出现了反苏、反共、反人民的白色恐怖。桂系派兵搜查了汉口苏联领事馆，大捕共产党人，武汉大学也被搜查，前财政厅长詹大悲、教育厅长李汉俊被枪决。各地苏联领事纷纷下旗回国，工人罢工和民众集合游行均被禁止。
国民党右派和桂系利用广州起义，向汪精卫集团发起攻击，称此为“汪派与中共合演的双簧戏法”。吴稚晖等借题发挥，一口咬定汪精卫就是共产党，监委邓泽如提出拿办汪精卫集团的主张。汪精卫见势不妙，即避往医院，拒不见客，白崇禧亲往法租界联系，部署捕杀汪精卫等，顾孟余、陈公博、甘乃光、王法勤、王乐平、潘云超、陈树人等的住处受到搜查，各省在右派主持下的国民党省党部，也涌现出一片反汪和讨伐张、黄的声浪。
汪精卫集团势孤力薄，处境非常尴尬，不惜用自己的手打自己的耳光，用广州分会的名义免去张发奎、陈公博、黄琪翔、朱晖日职务，改任缪培南为第四军军长。汪精卫自知站脚不住，离沪赴法。黄琪翔也引咎下台，离粤赴法。
张发奎致电蒋介石，表示拥蒋，愿以党员资格补过。李济深和桂系的目的是夺取广东地盘。在西江的黄绍竑、东江的陈铭枢、陈济棠两路进兵广州。这样一来，北伐军中两支声名赫赫的劲旅——“铁军”和“钢军”，在五华、岐岭等地杀得天昏地暗，双方伤亡均在万人以上。桂军虽胜，元气大损。张部被击败后，退入江西，被蒋派人收容，真可谓“鹬蚌相争，渔翁得利”。陈公博、张发奎不得不离开广州。桂军重回广州，李福林解职赴沪。黄绍竑到广州后，仍用代理分会主席及代理第八路军总指挥名义，下令通缉汪精卫、陈公博等。
桂系想抬出胡汉民出山，与蒋抗衡，南京一时拥胡之声大起。蒋便庇护汪精卫集团，扩张自己的力量。关于处分粤委一案，决定接受中央监委会意见，汪精卫、陈公博、顾孟余、甘乃光4委员停止出席四中全会，留待第三次全国代表大会决定处分；陈树人、王法勤、王乐平、潘云超等委员照常行使职权。蒋介石偏袒粤委，引起胡汉民、孙科、伍朝枢等与蒋介石之间的极大矛盾。胡乃一偏狭之人，一方面对蒋袒汪不满，一方面也不愿为桂系所用出面抗蒋。故以“出国考察”为名，与孙科、伍朝枢等一起去了土耳其。西山派元老许崇清、张继、谢持、居正等也发表了对蒋愤愤不满的宣言后，相偕去了日本，转赴欧洲游历。
蒋介石的两个政敌汪精卫和胡汉民相继退出政坛，李宗仁不便再独自与蒋对着干。四中全会要在南京召开，在宁的驻军是亲桂的周凤歧部。李、白料想蒋介石等未必敢贸然入宁。不料，蒋早有胜算，命贺耀祖部开回南京，把驻南京的桂军全部赶往汉口。
12月3日，四中全会预备会议在上海召开。李宗仁等便在会上提出弹劾汪精卫、顾孟余、陈公博案，指控他们对广州事变有主使嫌疑。汪精卫等则指责桂系把持特委会，蒋介石恐趋于决裂，发出洋洋长篇“致各委员书”。汪派为保存自己，急不可耐地抢先抛出《请蒋复任国民革命军总司令案》。在预备会期间，蒋、李、汪施展三角斗法。但李宗仁力不能逮，《请蒋复职案》获得正式通过，并决定取消特委会和军事常委会。但蒋介石又同意李宗仁等《关于处分汪等九委员提案》，并同意四中全会将在宁召开。
蒋介石随即由沪抵宁。并于1928年1月9日发出复职通电，谓“自8月退职后，纠纷益盛，不容计私人得失，继续旧职”；全体将士要“勿口诵心违，弃党携式。”李宗仁心纵不悦，也不愿徒招反感，做于事无补的笨事。而白崇禧仍不甘休，与程潜一起在武汉发出通电，以反对粤委员出席会议为名，抵制四中全会召开。李宗仁以“调和”姿态，致电武汉的白崇禧、程潜：“如大众赞成粤委员参加，彼不反对，于蒋绝对服从。”李、白用一个唱红脸、一个唱白脸的办法息事宁人。
汪精卫曾在上海同蒋介石、李宗仁晤谈时，提出4月15日举行二届四中全会，会议地点定在南京，然其悄然离沪去汉，虽然蒋氏等一再恳催，终无下文。而蒋氏则决计单独行动，在4月14日召集留沪的中央执、监委赴南京。因武汉方面中央执监委不去，蒋氏遂将四中全会改为“谈话会”。时参加会议有张人杰、吴稚晖、李石曾、蔡元培、丁惟汾等。会上提出了：（一）、以南京为国都；（二）、取消不合法之中央党部；（三）、取消汉口伪政府；（四）、取消跨党分子党籍等八项方针。17日，蒋氏主持召开的中政会议决定，加派萧佛成、蔡元培、李石曾、邓泽如、何应钦、白崇禧、陈可钰、陈铭枢、贺耀祖9人为政治会议委员，推选胡汉民为中央政治会议主席。蒋介石兼任国民党中央政治会议主席和军事委员会主席，谭延闿任国民政府主席。党权军权重新落入蒋介石手中。
胡汉民于1925年因涉嫌廖仲恺刺杀案、被蒋汪驱逐到苏俄。1926年4月回国后，一直住在上海，然其反共之心不死，争夺国民党领袖欲望尤烈。蒋氏组府正需要人，汪氏既然与己公开决裂，自然要利用胡之威望了。胡也乐得出山，蒋胡一拍即合。
18日，南京国民政府在丁家桥原江苏省议会会址举行了成立大会，开始办公。
该日，南京国民政府举行定都庆典，时蒋介石、吴稚晖、张人杰、胡汉民、柏文蔚、蒋作宾、蔡元培等人出席了典礼。蔡元培代表国民党中央党部授印，胡汉民代表国民政府接印。蒋氏于会上发表演说道：“自从总理仙逝之后，中国共产党差不多没有一天不是想消灭我们国民党，想破坏国民革命，想捣乱国民革命军，想推倒我们国民政府，要把他们的共产党来代替我们国民党，想把他们共产党的劳动政府来代替我们国民党政府。老实说，在共产党的心目中，早已没有我们国民党和我们国民党的党员了，早把我们国民党当作是他们共产党的一个附属品了。看我们的党员，像看待小孩一样，随他笑骂，随他欺骗，使得我们国民党一天不安稳，自相残杀。他们共产党员加入国民党里来，好比小说里所讲的孙悟空钻入人的肚子里打筋斗，使得他五脏起了分化作用，肚子痛得不得了。所以，我们国民党的同志，实在不能容忍了，再不能让共产党用阴谋、盗窃、挑拨等下流行为来消灭我们国民党，来破坏我们国民事业。所以我们中央监察委员会全体会议，就毅然决然地将共产党种种阴谋、卖党卖国的证据，统统向中央执行委员会及全国同志揭发出来，要中央执行委员会赶紧共同一致的起来驱逐共产党，使我们来重新组织一个纯粹三民主义的国民党。”蒋介石讲到此，挥拳痛骂道，“现在汉口有一班叛党的党员，勾结共产党，情愿受鲍罗廷的支配，假冒我们国民党的招牌，来骗一般的民众，来破坏国民革命，想把我们国民党的党权政权统统抓在他们手里！现在，我们的生命已经操在共产党手里，共产党的斧头镰刀已经架在我们头上了。这个时候，如果我们再不用决绝手段把他赶走，还想用什么和平法子来解决，那不啻是我们自杀！要晓得共产党是非打不走的，非我们去消灭他，他就要来消灭我们；非我们去杀他，他就要来杀我们！”
同日，蒋氏发出《上国民政府电》内称：
“……今幸全体监察委员会，举发叛徒阴谋，清源正本；中央政治会议，继续写总理遗志，奠都南京……”
同日，南京国民政府发表了《建都南京宣言》。向国民揭示革命方略。同日，国民政府又发表了《告国民革命军全体将士文》内称：
“国民政府此次接受中央政治会议决议，定都南京，目的在恢复党权政权，于三民主义之下，自由施行职权，以实现总理之遗训。总理在世之日，所焦心苦虑者，为如何建设自由独立之中华民国，更进而实现世界各民族之平等自由，国内各阶级之平等自由。因军阀专恣于内，帝国主义凌逼于外，甚至勾结一气，以摧遏三民主义之进行，乃不得不先定扫除一切建设障碍之大计，毅然以出师北伐为建国之先着。不幸出师未捷，贲志以终，遗训昭昭，以此重大责任，付诸手造之中国国民党，付诸平生所依之蒋中正同志。总理既逝，本党秉承遗志，出师北伐……转战七省，遂定江汉，四十年来，本党军事成绩之伟大，盖无过于今日者，虽然苟无认识主义，效命党国之全体将士，则蒋同志亦一手一足之力耳，深切言之，此种伟大之成绩，实由于全体武装同志之一心一德，更深切言之，实为主义的成功，军纪的成功。武昌之役，南昌之役，以及肃清东南诸役，吾武装同志之为党国牺牲者，不知凡几，天上英魂，地下碧血，所望为生者之奋斗，最后之成功，故吾侪未死之余生，实负党国之重托，昔程婴生而公孙仵臼死，死者为其而，而生者为其难，国民革命之孤儿，今实保抱于武装生存之同志，故吾人对于武装之同志，既备具尊敬，而又加勉于将来也。”
继之，举行阅兵典礼，胡汉民发表就职演说，其和国民革命军将士呼吁“一切拥护蒋总司令，以巩固革命阵营，打倒反革命势力。”
蒋氏于阅兵后亦发表演说，其道：
“今天虽是国民政府成立的一个纪念日，也可以说是我们国民党恢复党权中兴的一个纪念日，并且可以说是我们中华民族开始独立、自由、平等的一个纪念日。”
蒋氏提高嗓门道：
“各位将士要明白，现在我们革命的环境，是很恶劣的，是很危险的。我们南京位处在上海、汉口之间，上海是各帝国主义者的根据地，时用强横手段压迫我们；汉口现在被共产党占据，勾结了赤色帝国主义者，来搞乱我们的后方。所以我们现在正处在赤、白帝国主义者夹攻之下，而奉、鲁军阀又时时向我们进攻。所以，我们要向这种恶劣的环境冲出一条血路！”
时蒋介石、胡汉民、张人杰、伍朝枢、古应芬等12人被推选为国民政府常务委员。胡汉民为政府主席，蒋介石为军队总司令。吴稚晖为国民革命军总政治部主任，钮永建为国民政府秘书长。并请汪精卫、谭延闿来南京行使职权。
南京国民政府发布的第一号命令就是“清党”，明令通缉的第一人即鲍罗廷，另有陈独秀、林祖涵、毛泽东、周恩来、郭沫若、吴玉章、刘少奇、徐特立、邓演达等达197人。至此，宁汉正式分裂，处于对峙状态。
