剑桥大学在19世纪前半叶有许多方面与今天迥然不同。几座古老的学院楼舍虽然经历了风剥雨蚀，在近150年的岁月里没有多大变化，但是周围的环境却变得无法辨认了。过去是一个仅有大约8千居民的死气沉沉的集市小镇，如今已发展成为10万人口的小城市。从前镇内狭窄街道上曾经回响着的得得马蹄声和嘎嘎车轮声，今天却充塞着各式各样大大小小的机动车辆，如果你想在人行道上与人边走边谈，非得高声喊叫不可。在达尔文时代，自行车这种大学生普遍采用的代步工具还没有发明。你要么步行，要么就在经济条件允许的情况下租匹马骑，或者付费用由马房代养自己的马。
但是最显著的变化还是大学生活。在19世纪30年代，靠奖学金上学的学生比现在少得多，当然没有公费生。因此绝大多数大学生都得交学费，而且还要自理食宿，这就是说，当时的大学生们的家庭生活比较富裕，最起码得能承担起学费和食宿费。遗憾的是，这些富家子弟却并非个个头脑聪明，有不少人不能了解家长的初衷，在学校里也就是混混而已，所以那些不能领悟教授所传授的知识的人，便经常毕不了业。某些劣等生出钱买学位的不良风气曾一度很盛行，但到19世纪末，这种做法就完全被禁了。
那时，大学里的社交活动在学生生活中占有重要地位。人们认为，应当教会学生们懂得人情世故，使他们毕业后能在社会上立足，并有些起码的经验。所以包括所有学生在内，都经常在自己的房间里举行社交聚会，邀请气味相投的朋友在一起饮酒作乐，甚至大量酗酒，不喝则被认为不够朋友、不讲交情。那些不参加聚会的，或者未能做东的都被视为不够高尚的人。另一方面，学校当局对异性接触表示不满，并制定了一些规章制度予以限制，大学生因为这方面有失检点而不准外出或者勒令退学者也屡见不鲜。
锻炼身体被认为是“必须做的事”，学校提倡学生从事体育活动，结果许多大学生由于沉溺于运动而花掉大量的时间，远远超过用在学习上的时间。同时，教师们也肯对那些擅长运动的学生在考试时高抬贵手，不少学生就由于这个缘故而得到令人垂涎的“及格”。
在爱丁堡大学读了两年以后，达尔文的父亲看出达尔文并不想当医生，因此就主张达尔文改学神学，将来做一名牧师。父亲以为达尔文再不学好一种专业，就可能成为一个游手好闲的人。而要想做一名牧师，就必须进一所英国大学，取得学士学位。本来决定让达尔文从爱丁堡直接去剑桥在1827年秋季学期开始他的学习。这个学期开始于10月的第一周，是大学新学年的开始。当时英国大多数大学实行一年三个学期的制度。但是，什鲁斯伯里中学的巴勒特博士告诫达尔文的父亲，他的儿子十有八九不能通过入学考试，因为这需要相当多的拉丁文和希腊文知识，这些课程自达尔文离开什鲁斯伯里学校后就再也没有接触过。达尔文后来也回忆说：“自从我离开学校之后，我就没有看过一本经典著作。说起来好像是不能令人相信的，我狼狈地发现在这两年中，我已经把所学到的几乎每一件事情，甚至希腊字母都忘掉了。”因此，父亲就聘请了一位叫温特的家庭教师先生，为达尔文补习古典文学、希腊文、《圣经》等过去半忘的中学课程。这样一来，达尔文就得苦干几个月，每天学习5小时，每周学习5天。功夫不负有心人，艰苦的努力得到了报偿，这年年底他比较轻松地通过了考试，剑桥大学接受了他的申请。达尔文在春季学期开学时，于1月8日星期二，进入了基督学院，开始了新生活。
这时，达尔文的哥哥伊拉兹马斯正在该校，不过他学的不是神学，而是攻读医学博士学位。达尔文到了剑桥，同哥哥一起租住在悉尼街烟草商人培根家的楼上。在基督学院的必修课程是数学和古典文学，即古代希腊和罗马的著作。他还勤奋地温习过去荒废的中学课程，不久就能翻译浅近的希腊书籍，如荷马的作品和希腊文《圣经》等。哥哥伊拉兹马斯在获得医学博士的学位后，即回伦敦去了，所以两兄弟相处的时间不长。
后来达尔文承认，虽然有一段时间他成功地使父亲相信他对学习感兴趣，但他并没有真正打算去当牧师。其实他对英国国教和罗马天主教所传播的教义都已失去了信仰。他发现《旧约全书》中头一部分《创世纪》第一章和他从科学实验中学到的东西是无法得到统一的。由于同样的原因，他也不能相信圣母玛利亚的单性生殖和基督创造的种种奇迹。他认为，科学同基督没有任何关系，他不相信自己的所作所为有过神的启示，进化论与信仰上帝是完全没有冲突的，只不过对于上帝的认识，不同的人有不同的解释罢了。一个人的宗教信仰，本质上是个人的事情。正因为这种宗教观，达尔文对宗教问题保持了缄默的态度。
所以，尽管他的进化论招致某些高级教会人士的尖锐抨击，但在某种意义上讲，他仍然是一个虔诚的教徒，至死不渝。他从来没有定期去教堂做礼拜——有一段时间，大约有11年之久。他除了给孩子们行洗礼外，从未去过教堂，但人们总是认为他是一个履行教义的好教徒。事实上，他一生中，尤其是最后的20年，他捐赠大笔款项给教堂。他给唐镇教堂的复活节赠款总是相当慷慨，每当复活节时，他还要赠送妹夫查尔斯·兰顿（凯瑟琳的丈夫）牧师一张支票。对于《新约全书》中《四福音书》，即《马太福音》、《马可福音》、《路迦福音》和《约翰福音》所写的许多东西他始终感到怀疑，这使他常常感到苦恼。
“这些东西可能是很有道理的，”有一次他和好朋友、杰出的科学家、对教义也有怀疑的托马斯·赫胥黎说，“就像基督的存在可能是有道理的一样。但是虚构使事实模糊不清了，所以我不能对《圣经》中所写的一切都相信。”
达尔文勇敢地向错综复杂的神学攻坚长达两个学期，这证明他虽然不太专心，却还是一个有耐性的学生。他注意到亚当·塞治威克教师在被任命为牧师之后，却又放弃神学而专门从事地质学的研究。这启发了他，说不定自己也可以走这条路。
在剑桥的三年期间，用达尔文自己的话来说：“就学院的功课来说，我的时间算是完全白费了。”哲学、数学等，达尔文都不感兴趣。有时，他耐着性子去学，只不过是为了应付考试而已。
达尔文曾努力学习数学。1828年夏季，他到巴茅茨跟一位私人教师学习数学，但进步很慢。后来达尔文对此十分懊恼：“这样没有耐心学习数学是很愚蠢的，在以后的年代中，我深深悔恨我学的数学很不够，至少对那些大的主要数学原理应该有所理解。”关于经典学，除了听少数必修的学校课程的讲授以外，他几乎没有去细心钻研，听课也几乎是有名无实的。尽管如此，在入学的第二年，他还是比较顺利地通过学士学位的初次考试。
在剑桥最后一年，为了争取学位考试的最后及格起见，达尔文停止了一切研究活动，专心地去温习、攻读必修的经典学、小代数和几何学等课程，以及神学家威廉·柏利（1743—1805年）著的《基督教教义证验论》和《伦理学》。他经过努力，彻底地掌握了这些书的内容，并能完全准确无误地默写出全部《证验论》。达尔文认为，柏利的《自然神学》和这本《证验论》的逻辑，就同几何学一样是非常严密明晰的，是剑桥大学课程对自己的思想教育唯一有一点益处的部分。当时只是为了应付考试而去学习，并没有钻研其理论前提有无实证和是否正确，依样照搬加以背记。由于达尔文很好地解答了柏利著作的试题，在几何学方面做得也不错，在经典学方面也没有惨遭失败，所以取得了名列第10名的好成绩，获得了神学学士学位。这对于一心想使达尔文成为一名牧师的父亲来说，是莫大的宽慰，但这种宽慰瞬间便消失了，因为父亲已掌握了达尔文在学校里的表现，在他的脑海里形成了印象——达尔文可能像放弃医学那样，放弃牧师这个职业。父亲的担心并非是没有道理的，事实上达尔文已经不止一次地提出过这个令他实在不能容忍、不能接受，也是他最担心的问题。
达尔文进入剑桥大学后不久，学校的社交活动开始吸引他。从少年时代起，他就是一个活泼快乐的孩子，喜欢同好朋友一起玩，爱好户外活动，就是入剑桥后，每逢节假日，他还是要到梅庄舅父韦奇伍德那里打猎游乐。所以，他追求那些完全投其所好的消遣就非常自然、不足为怪了。他热爱骑马，枪法较准，便与一些纨绔子弟一起组织即兴越野赛马，在剑桥与纽马克特之间奔驰，周末就到沼泽地带去狩猎。
他还变得过分热衷于纸牌赌博，最喜欢玩21点。在剑桥的第二年，他享受到一些作为二年级的学生还没有享受过的特权。在他的房间里打牌和晚宴已成为学院里的话题。包括少数贵族在内的许多名门子弟都来参加，其中有些成为他终身的朋友，他们在达尔文未来的事业中，都曾助过一臂之力。
应该提到，达尔文父母两家的祖先都节制饮食。特别是韦奇伍德一家，由于是虔诚的教徒，多数都滴酒不沾。但是在达尔文的晚餐聚会上，学生们如果不喝掉相当数量的酒就绝对不会尽兴。达尔文作为热情的东道主，为朋友们准备了葡萄酒和雪利酒，他们自然也让他一起喝上一两杯。他从来没有喝醉过，但他已对好酒上了瘾，而且此后再也没有戒掉，到了中年他就对酒完全成了内行。如果他妈妈活着的话，肯定会强烈反对儿子这个新养成的不良习惯。但是，达尔文的父亲却毫不在意，反而常常在假期打开一瓶酒和儿子共饮。
“学喝酒是男子教育的一部分，”一次他富有哲理地意味深长地对达尔文说，“但是，同时也应该知道过量喝酒的危险。喝得适量不但不会对人体产生危害，实际上，往往对健康有好处。酗酒则能毁坏一个人的身心健康。”
在剑桥，达尔文对艺术的兴趣又重新开始表现出来了。他经常去菲茨威廉美术馆，那里的极其珍贵的艺术品，特别是那里收藏的蚀刻画使他十分倾倒。后来他竟成了这种艺术的专家。婚后，他在家中墙上挂了许多精美的蚀刻画作为装饰。他还以很大的兴趣去欣赏雷诺兹爵士（1723—1792年，英国著名画家）的作品。伦敦美术馆收存的许多画给予了他很大快乐，尤其是这里收藏的意大利著名画家索巴斯坦·德尔·皮奥姆波的画引起了他的一种崇敬的感觉。这种兴趣，持续了若干年之久。
他原来对于音乐的爱好这时也完全得到了满足，他参加各学院定期举办的室内音乐会，英皇家学院教堂的琴声和唱诗班的演唱都给他带来了极大的乐趣。
“每当我听到那里的音乐时，都会感到无限愉快，以致脊背有时会颤抖起来，”他有一次说道，“单就为了能坐在富丽堂皇的学院教堂里听美妙的歌唱，我也会非常高兴地在剑桥过一辈子。”
由于明显地不辨音调，他便经常受到同他一起欣赏音乐的朋友们的无情取笑。当他不能分辨出他如此喜欢的乐曲时，他们就拿他开心。他把舒伯特（1797—1828年，奥地利作曲家）和舒曼（1810—1856年，德国作曲家）的作品混为一谈，也分不清汉德尔与珀塞尔（1659—1695年，英国作曲家）的作品，有相当长一段时间，在他的印象中，所有的风琴乐曲都是巴赫的作品。更令人遗憾的是，他连低声哼哼或用口哨吹出几节乐曲都不能。就连他自己都说：“音乐为什么能引起我的兴趣，真是不可思议的事情。”
一位后来成为著名钢琴家的剑桥时代的亲密伙伴，常常以与原作不同的速度弹奏一些古典乐曲的片断，然后问他能分辨出多少个曲子，以此来逗弄他。达尔文若能在20支曲子中说对3支就算不错了。即便如此，他一生始终保持着对音乐的酷爱。在晚年，最使他高兴的事，就是在唐镇的客厅里听妻子弹钢琴。
达尔文假日在家时多次与父亲长谈，试图说服老人允许他另选职业，但都没有成功。而且父亲的态度却愈加坚决，认为他应当继续学习成为牧师。他在爱丁堡学医不成，父亲已经白白花掉好大一笔钱，现在他不想重蹈覆辙。
这样一来，达尔文为不让父亲过分失望，他抽出一部分时间，全神贯注地攻读必修课程，目的是能通过学位考试。但是，也就是在剑桥大学的三年期间，也许更正确些，应该说是在最后的一年中，达尔文把自己训练成了一个自然科学家。
在基督学院中，有他的中学同学、什鲁斯伯里中学校长的儿子托马斯·巴特勒、姑表兄威廉·达尔文·福克斯，后来结识的圣约翰学院学生查理士·惠特利及其表兄约翰·马利斯·赫伯特。五人常常结伴到野外散步郊游，对昆虫发生了兴趣，开始捕捉甲虫等，分类制成标本收藏。
1828年暑假，达尔文、托马斯·巴特勒和约翰·赫伯特等去北威尔士卡那郡的巴尔默思城海滨，他们除了钓鱼、散步、爬山和划船外，大家还拿起捕虫网，提着酒精瓶，随时随地去捕捉昆虫，贮放在瓶中，为达尔文的研究爱好效力。达尔文认为，捕捉昆虫是“为了科学”。但是，此时他的行为仅仅是一种热情，因为他并不能解剖它们，也很少对它们进行认真的研究。
由于达尔文过分地热爱昆虫学，他又结识了几位志同道合的青年，其中有三一学院的学生艾伯特·韦，后来成为著名的考古学家；还有哈雷·汤姆森，后来成为一位重要的农学家、国会议员、一家大铁路公司的主席。他们经常集体到校外的泽地上、河岸边、枯草下、树皮上、青苔中和垃圾堆里等各处搜集稀奇的昆虫品种，制成标本收藏。达尔文回忆起这段生活非常兴奋，“一种搜集甲虫的兴趣似乎暗示了未来生活的成功”！
在剑桥大学时期，达尔文在昆虫采集工作上下了许多功夫，可以说没有一项工作比搜集昆虫更使他热心，更感兴趣的。他搜集到了许多特殊的昆虫，后来，伦敦的昆虫学专家詹姆士·法朗士·斯蒂芬编著的《不列颠昆虫图集》中，有一种蛾和12种甲虫的图样和资料，就是达尔文在这时采集的。
有一次，达尔文在一棵老树的树皮下面看到两只罕见的甲虫，便用两只手一手抓了一只。就在这时候又瞧见了第三只新种类的甲虫，达尔文舍不得让它逃走，便把抓在右手的那只投在嘴里，再用右手去抓第三只。哎呀！它排出了一些极辛辣的汁液，烧痛了达尔文的舌头，他只好把它吐掉。结果这一只甲虫跑掉了，而那第三只也没有捉到。
达尔文一直就是这样热心地搜集昆虫，而且创造了两种采集方法。一种方法是在冬季刮下老树木上的苔藓，把它放进一个口袋里；另一种方法是搜集船底下的废物，里面有从各处带来的水草。他从这些材料里获得了一些不常见的标本。达尔文曾经说过：“诗人看见自己的处女作被刊出时是异常快乐的，当我看见斯蒂芬的《不列颠昆虫图集》里印有‘查理·达尔文先生采集’几个字的时候，心头的快乐真是不亚于诗人呢！”
达尔文在基督学院学习时，和他结下永久友谊的不仅是一些与他年纪相仿的大学生。他最要好的朋友，当然也是最重要的朋友，决定了他以后事业的朋友，就是植物学教授约翰·斯蒂文·亨斯罗牧师。亨斯罗生于1796年，起初在剑桥大学任矿物学教授，后改任植物学教授。他在1818年被选为皇家学会会员。1819年，他同地质学教授亚当·塞治威克牧师创办剑桥大学哲学会，后来改称自然科学者协会。每星期五集会一次，俗称聚餐会，大都在亨斯罗家中。在没有进入剑桥大学前，达尔文就从哥哥那里了解到这位有名的植物学教授，听说他学识广博，通晓各门科学。到剑桥大学之后，达尔文便去听了他的植物学课，并且立刻就对他的演讲和图解感到了兴趣。亨斯罗教授每周都在家里接待同学和科学界的朋友，搞聚餐会。达尔文经表兄福克斯的介绍，受到邀请，并参加了哲学会。当时达尔文是最年轻的会员，是被破例接纳的。以后，达尔文经常去他那里聚餐，很快就同他熟识了。在这里，达尔文又结识了很多年长而且志同道合的教职员，其中有著名动物学家伦纳德·詹宁士，天文学家兼哲学家威廉·休厄尔（1794—1866年）。休厄尔是皇家学会会员，后任三一学院院长，还是科学史作家，著有《归纳科学史》。他在生物学中鼓吹“自然神学”，反对进化学说，因此以后成为达尔文的劲敌。此外还有剑桥伊曼纽尔学院教育家兼导师理查德·道斯和基督学院的导师马尔麦特克·拉姆齐等。
经过一段接触，亨斯罗很快了解到，达尔文除了对他也相当熟悉的矿物学很有研究外，生物学方面的知识也相当渊博。于是两个人的友谊得到了很大的发展，人们可以经常看到他们形影不离，或在城里漫步街头，或去周围的乡村考察植物和地质。达尔文因此得了他一生中的第二个绰号。在什鲁斯伯里学校，人们叫他“瓦斯”，而现在和他年龄相仿的人都叫他“与亨斯罗在一起走的人”。
亨斯罗教授不但知识渊博，而且思想冷静、性情沉稳、态度谦恭可爱，没有一点浮夸的习气。他还具有天才的杰出的判断力，善于从长期不断的细小观察中找出结论。他虔诚信教，待人仁慈厚道。有一次，达尔文在潮湿的板面上观察一些花粉粒，发现管子裸露出来了，于是马上跑去告诉他这个奇怪的发现。他面对这种众所周知的现象，不但没有取笑达尔文，而且还耐心地解释花粉粒发育的过程，并肯定这是一件有趣的现象。这使达尔文一点也感不到难堪，反而为自己发现了一件如此非常的事实而欣然自喜。
达尔文除了跟随亨斯罗到野外去考察旅行，了解了所去地区动植物分布情况和稀有品种外，还经常同詹宁士等到校外泽地和森林一带捕捉昆虫。达尔文后来曾说：“我推论在我身上一定有某些方面比普通青年稍为优越，不然的话，那些人，比我年长得那么多，比我的学术地位高得那么多，是决不肯同我交往的。”可以说，他的“优越之处”，就是他的这种孜孜不倦、一丝不苟的研究精神，也正是这种精神，使他成为了一位伟大的自然科学家。
亨斯罗精通植物学、昆虫学、化学、矿物学和地质学，他长期不断地观察和研究自然。达尔文在同他的来往中学会了对自然的观察和研究，也就是由于他的鼓励和指导，达尔文才真正成为了一位自然科学家。可以说，达尔文在剑桥时期，与亨斯罗教授建立的友谊，是对他一生的科学工作最有影响的一件事。
比达尔文年长15岁的剑桥大学教授休厄尔是一位极有天才的学者，对于达尔文来说，他是前辈。他不仅通晓天文学，对哲学也颇有造诣。就是在达尔文与亨斯罗经常交往的日子里，他也常去亨斯罗那里作客。很快他就发现了达尔文的惊人才能。虽然他在生物学方面主张自然神学，后来成为达尔文推行进化论学说的劲敌，但当时却是积极支持达尔文放弃牧师这个职业从事科学研究的，实际上他对达尔文未来的事业起了定向的作用。
“当牧师显然不适合你的专长，你应该从事自然科学研究。”他告诉年轻的达尔文，“你有没有考虑过，毕业后留在剑桥，攻读你感兴趣的科目？你可能很快就会取得会员资格。”
“我确实十分爱好科学研究，但是父亲却不希望我这么做。”达尔文诉说自己的想法，“他一心想把我培养成牧师，希望我能够在教会里找到出路。”
“这会耽误你的前程的，你应该耐心和气地劝说你父亲，我想他能同意你的请求。”休厄尔满有信心地出着主意。
达尔文仔细考虑了几个月，在1829年的圣诞节假期，他向父亲提起了休厄尔的建议。休厄尔对儿子的事如此热心，深深打动了达尔文的父亲，但他仍然不想改变原来的计划。
“我不反对你搞搜集，研究自然。”他说，“但是你在古典文学和神学学习上已经花费了很大功夫，如果不充分利用这些知识，多么可惜，岂不罪过吗？”
“让我放弃科学研究才是最可惜的。”达尔文心平气和地解释，力图让父亲放弃原有的观点。“说句心里话，我在这方面花费的时间比用在古典文学和神学上的还要多，我酷爱科学研究。”
“你可以把研究自然作为一种爱好，”他父亲接着说，“对一个人来说，有点其他爱好比只干自己的专业要有益得多，我还是主张你去当一个牧师。”
虽然达尔文未能说服父亲，但很快命运却对达尔文另有安排。
达尔文的第三个学期已经开始，毕业考试已近在眼前。但是大多数大学都有一条规定：一个大学生若没有修完三个学年共九个学期的课程，即使成绩“及格”，也不能取得学位。达尔文是1828年春季学期入学的，学习期未满。虽然通过了毕业考试，与多数人比成绩还相当不错，但是校方看过他的学习报告之后，便要求他在剑桥再学两个学期，然后才能授予文学学士学位证书，派任为牧师。这两个学期对于达尔文来讲，是他一生读书最努力的时期。在这两个学期内，没有校方规定的真正要念的课程，因此，他就有时间去念动物学、植物学、矿物学等。亨斯罗又鼓励他研究地质学，所以当达尔文假期回到什罗普郡的时候，考察了几个地区，并且把环绕什鲁斯伯里的一些地区的地图着了颜色。在达尔文初步学习之后，亨斯罗又介绍了一位地质学教授亚当·塞治威克（1785—1873年）牧师给他。达尔文真是幸运极了，塞治威克教授是三一会会员、第一流古生代岩石权威人物。他们的相识，使塞治威克教授成为达尔文一生中最重要的朋友之一，达尔文在地质学上的研究及探索工作都是塞治威克教授教导出来的。
1831年夏，达尔文离开剑桥不久，塞治威克就邀他同去北威尔士进行地质考察，五年前他和姐姐卡罗琳考察过这里的一些地方。这可不是一般的荣誉，因为塞治威克教授的考察被认为具有重大的科学价值，他带去的人通常都是声誉很高的杰出的地质学家。这次旅行在教会达尔文如何研究一处地方的地质方面，具有决定的意义。二人经过兰果伦、罗辛、康韦、班戈和卡彼尔库里格等村镇，沿途详细考察和研究古代岩石层的地质和化石等。达尔文听了塞治威克教授的实地讲解，学习到极为丰富的知识和研究方法，理解到对整个地区进行地质调查的重要性，熟悉了采取岩石标本、寻找化石以及绘制地质图的方法。旅行结束时，达尔文离开了塞治威克教授，一个人凭借指南针和地图又走了许多地方，最后才回到自己家里。
达尔文对这次与塞治威克教授的出行，曾经这样说道：“这一次旅行对我有决定性的意义，使我知道了怎样调查研究一处的地质。塞治威克常常让我循着同他平行的路线前进，告诉我带回岩石的标本，如何在地图上做下地层的符号。”这次考察后，达尔文带回了很多化石，研究这些化石时，他对进化原理的兴趣又复活了。
也是在剑桥大学的最后一年里，达尔文曾以极大的兴趣仔细阅读了两本书，即德国自然科学家、植物学家兼旅行家弗里特里赫·洪保德（1769—1859年）的名著《南美旅行记》和著名天文学家约翰·赫歇耳（1792—1871年）的《自然哲学研究入门》。这两本讲自然科学成就的书对达尔文有极大影响。达尔文在老年时曾经这样说过：“这两本书激发了我的雄心壮志，使我热烈渴望在建筑高贵的自然之宫方面，尽力做出一点极其微小的贡献。没有一本其他书籍，能够像这两本书那样对我发生过如此重大影响。”达尔文还把洪保德著作中关于特纳里夫岛壮丽景色的精彩记述抄录下来。特纳里夫岛是非洲西北部的大西洋中加那利群岛的主岛，以风景优美的特纳里夫峰著称，是西班牙的属地。在一次与亨斯罗等人集体到乡村作远足旅行时，达尔文向众人介绍了特纳里夫岛的壮观景色，激发了几位同行者的热情，相约一起搭伴到该岛考察、观光。为此达尔文努力学习西班牙文，制定了去特纳里夫岛的日期和考察计划，但后来因为“贝格尔”舰的航行，这个计划没有实现。
达尔文后来回忆剑桥大学生活时说：“在剑桥大学这三年，可以说是我一生中最幸福快乐的日子，因为那时我的身体十分健康，而且几乎经常是朝气蓬勃、兴致盎然。”
剑桥大学毕业后，达尔文又面临对将来的职业作出抉择的问题，他进退维谷。虽然重返剑桥继续学习其所爱好的自然科学，进而取得皇家学会会员资格的前景仍然对他有着极大的吸引力，可他又觉得自己单独进行研究，有可能取得更大的成就。但是除非他能创造奇迹使父亲改变主意，否则这两条路哪条都走不通。他从姐姐们那里听说，父亲已与利奇菲尔德大主教联系，正在计划下次复活节授予他副主教的职务。
达尔文与塞治威克教授在北威尔士做完了短期地质调查旅行，便一个人回到家里。发现一封亨斯罗教授的信，这封信已经来了好几天了。教授在信中解释说，海军部请他推荐一位年轻的博物学家，陪同英国军舰“贝格尔”号的官兵去南美海岸进行科学考察。并告诉他，自己已推荐他作为一位自然科学家，志愿参加“贝格尔”舰的环球旅行，去考察和研究南美洲和太平洋各岛屿的自然史。亨斯罗认为，达尔文已经充分具备调查、采集、观察和研究的本领，而且是一位十分热心并有壮志的青年，不能错过这次良好机会，并且鼓励他要勇于担任这项工作。
“舰长罗伯特·菲茨罗伊是一个出色的人物，而且是我的老朋友，”亨斯罗信中写道，“我已经同他取得联系。他准备把自己在船上的房间让出一部分归你使用，但他已说明不付薪水，只供食宿。我已经告诉他，在我所知道的有可能参加这项工作的人选中，你最合适不过了。我这样说并不是认为你是一个完美的博物学家，但是我认为你能够胜任这项艰苦细致的工作，并能把值得记载的东西写进博物学中去。”
在信的末尾他写道：“这次航行的时间预定为两年，如果带上你喜欢的足够的书，你愿意干什么都可以。”
这种直截了当的邀请不能不使达尔文十分激动，他一直想出去旅行，去观察大自然。在读了洪保德撰著的《南美旅行记》一书以后，他还专程去过伦敦，向商人探询关于去加那利群岛的船期和票价。现在，有了这样一个机会，他便立即决定接受这一机会。他把信给父亲看了，并当着父亲的面，立即表示了自己的心愿“我要去”。不过，父亲并没有被他的热心打动，还是同往日一样，立场难以动摇。
“我坚决反对你参加这样不计后果的冒险行动，”父亲严肃地说，“你对航海不熟悉，事先又没有作好准备，你的性情脾气能否与舰长合得来，我表示怀疑。况且还会影响你将来当牧师。”
最后父亲严厉地宣布：“我明确地告诉你我的态度，不准你去。”
达尔文知道，他现在已经过了21岁，可以作出决断，选定自己应走道路的权利。可是他一向是一个孝顺儿子，对父亲真诚的爱使他不能采取过激的作法。再者，他也明白，如果违反父亲的愿望，父亲肯定不会给他钱用，将来也不可能给他所需要的任何经济上的援助。就这样，他强忍住泪水复信给亨斯罗，向教授道歉，说明不能成行的理由，为这次确实难得的良好机会惋惜。
但是，达尔文的父亲还是给他留下了一线希望。因为他曾附带说过：“要是你能够找到一位有见识的人，他劝你去，那么我也将允许你去。”
1831年9月1日，达尔文找到了这样一个人，那就是舅舅乔赛亚·韦奇伍德。达尔文被邀去梅庄参加斑雉射猎期第一天的活动，他随身带着亨斯罗的信，本来只是想给小表姐埃玛看看而已。而她听了达尔文的伤心事之后，并不想让这件事情到此为止，她把信交给了父亲。舅父乔赛亚知道达尔文有机会去环球旅行时，认为这可以增长他的知识和才干，所以当即表示赞同信中的意见，并对达尔文父亲的意见作了研究分析，认为他没有完全拒绝。
“你父亲没有其他道理，他只是怕这次航海会妨碍你成为牧师，依我看，航海对这个职业不但不会有什么坏影响，相反倒有好处。”在达尔文详细说明了父亲不同意的理由后，他说道：“我马上用车送你回什鲁斯伯里，我们可以在那里详细研究这件事。”
可是必须承认，射猎斑雉对舅甥两人的吸引力都实在太大了，乔赛亚想出了一个变通的办法，即把他的意见写在信里，连同外甥的便条一起让一个男仆人火速送给达尔文的父亲。
幸运的是，达尔文的父亲对内兄一向怀有深深的敬意，认为他是最有见识的人，也就对内兄信中提出的合乎逻辑的理由作出了让步。他把仆人打发回梅庄，带去自己简短的回答，极其友好地表示他现在收回反对意见，完全赞同此事。
“我想你这次胡闹需要一大笔钱吧？”第二天在达尔文从梅庄回到家里后，父亲对他说。
“你已经答应给我的数目就足够了，爸爸，”儿子回答道，“而且登上‘贝格尔’号后我还得想方设法才能花掉那么多钱呢。”
“可人家告诉我你很机灵。”父亲反唇相讥，咧着大嘴笑了。
第二天，达尔文急忙赶到剑桥去见亨斯罗等人，告诉他们父亲已经同意。再由剑桥到伦敦去见“贝格尔”号的舰长，很快就办妥了一切。这是1831年9月11日。然后，达尔文又回家一次，同父亲和姐妹们告别。10月24日，到达船上。但是一直到12月27日环球航行才开始，因为在此之前两次起航都遭遇到飓风的阻碍。
