其实，城中也在时时注意城外燕军的动静，徐增寿得知燕军已进至金川门时，便欲举兵响应，因行事不同密被人发现。建文帝大怒，擒之并亲手将其腰斩，尸体弃于路旁。
然而，建文帝败局已定，一切努力也难挽狂澜。金川门上的谷王朱橞、曹国公李景隆，望见朱棣的麾盖，下令开门迎降。户科给中事龚泰此时也在城上督兵防守，拒不从命，从城上投下自杀而死。
门卒龚翊知大势己去，恸哭而去。士气正盛的燕军欢呼鼓噪，一涌而入金川门。金川门内本用枪支顶住，垛满的枪支密无缝隙。门锁虽开但枪支如林，先冲进来的燕兵被后面的大队挤上前去，被枪扎死的不少；燕兵如潮水一般冲入城内，各处的官军都只有徐辉祖等还带兵与燕军展开了巷战。但很快就失败了。一些朝臣也纷纷弃官逃跑，四年的战事已进入尾声，南京城里一片混乱。
朱棣除派兵占领皇宫和各要害之处，又分别派了一千余骑兵前往护卫周王、齐王。周王与燕同母所生，与燕王最为亲近，因此他最担心在城破时他们遭害。
周王见大兵来到，不知道是燕兵，以为死期临近，仓卒恐怖，等知道是燕军来护卫营救，顿时大喜，说：“我不死矣。”周王随燕兵来见朱棣。
朱棣听说周王来到，迎出营外，二人相见大哭。周王说：“奸恶屠戮我兄弟，赖大兄救我，今日相见，真再生也。”说罢二人并辔来到金川门，下马，握手登上城楼。
懿文太子妃常氏在军中与朱棣说了一席话之后，便没人再理她了。燕军拔营攻城，她也悻悻返回了京城。但这时京师已是一派惨状，大街小巷满是燕军士兵，激战过的地方横尸流血，没打过仗的地方也是一片狼籍。更令她惊骇的是在她走近皇城时，就发现宫中火光冲天，浓烟滚滚，可叹往日一派繁盛而又肃穆的红墙黄瓦的宫殿已是一片火海。
朱棣与周王在城楼上遥望宫中大火冲天，忙下令前往救人。宫中早已乱成一团。燕兵冲进金川门的消息一传来，太监宫女就躲的躲，逃的逃了。燕兵冲进宫
来，高墙深院中竟看不见个人影。只见三个男孩子坐在宫门哭泣。虽然这三个孩子穿得很普通，衣服的颜色也不显眼，但却看得出不是民家子弟。而且宫中岂是一般人可随便来的？监督搜宫的命将这几个孩子带走。
宫中的火烧得很奇怪，有人说是建文帝命人点的火，建文帝及皇后妃嫔都投入火中自焚了。但为什么翻遍了瓦砾却找不到建文帝的尸体呢？军士们确实从灰烬中曳出一具尸体，已是体无完肤，面目全无了。有人说这就是建文帝的尸体，有人则说这是马后的尸体。谁也无法确认，只有不了了之。但是如果这尸体不是建文帝的尸体，那建文帝又到哪里去了呢？他可还是当今的天子啊！搜宫的燕兵来向朱棣报告，说不见皇帝的踪影，只从灰烬中找出了一具不知是谁的尸体。朱棣叹说：“小子无知，果然若是痴騃耶？吾来为扶翼尔为善，尔竟不亮而遽至此乎？”其实谁也没肯定那尸体就是建文帝之尸。但如果建文帝不死，朱棣又何以自处呢。自己竟如此与皇帝的宝座无缘吗？真的“周公辅成王”吗？朱棣遣周王归第，分命诸将守京城及皇城，而自己则驻营龙江。他下令安抚臣民，严肃军纪。
有士卒在市场上拿了鞋不给钱，立即被处斩。关于建文帝，朱棣虽口说建文帝已死，但心中却放不下这段心事。他下令继续搜宫，并命搜捕奸臣齐泰、黄子澄，并开列“奸臣榜”。
朱棣所驻之龙江北临长江，在京师外廓之内，内城之外。战斗已经停止，小皇帝或死或逃下落不明，但看来大局是定了。于是赶到龙江朱棣营门表示投降的越来越多。最先向朱棣叩头劝进的是兵部尚书茹瑺。茹瑺早就与太常卿黄子澄不协。
在建文朝，刑部尚书暴昭与黄子澄相一致，极力排挤茹瑺，指其赃罪，致使茹瑺被罢黜为河南布政使。后来黄子澄罢官，茹嫦才又被召回任兵部尚书。黄子澄既被朱棣列为奸党，自为茹瑺提供了一个进身机会。
接着来投降的文臣有吏部右侍郎蹇义、户部右侍郎夏原吉，兵部侍中刘倠、右侍郎古朴、刑部侍郎刘季篪，大理少卿薛，翰林学士董伦、侍讲王景、修撰胡广、编修吴溥、杨荣、杨溥、侍书黄淮、芮善、侍诏解缙、给事中金幼孜、胡，兵部侍中方宾，文选郎中陈洽，刑部员外郎宋礼，周子助教王达、邹缉，吴府审理副杨士奇，桐城知县胡俨等。
被列入奸臣榜的郑赐、王钝、黄福、尹昌隆也前来归附，自称被奸臣所累，
请求宥罪。茹瑺、李景隆又为张紞毛泰亨请求宽免，都先后授官或仍任旧职。对那些仍然抗拒不降的，朱棣又开列了第二批名单指为奸臣，他们是：徐辉祖、葛成、周是修、铁铉、姚善、甘霖、郑公智、叶仲惠、王琏、黄希范、陈彦回、刘璟、程通、戴德彝、王艮、卢原质、茅大芳、胡子昭、韩永、叶希贤、林嘉猷、蔡运、卢振、牛景先等，共五十余人。
迎附的官员已经迫不及待了。他们希望朱棣早即帝位，自己便成了开国元勋。
十四日，诸王及文武官员们纷纷上书请求朱棣即位。
到了十五日，诸将又向朱棣上劝进表，劝朱棣即位，朱棣心中高兴，但表面依然不允。
十六日，诸王与文武群臣相继又向朱棣劝进。朱棣还是推辞，朱棣越是谦让，诸王心中越是急切！在中国君主政治中，最虚假的莫过于这个“三推让”之礼了。
上下人人心里明白是在演戏，但戏还要演得像。朱棣仍然“不允所请”。这天，群臣又来劝进，朱棣说了如下一番话：“昔天运衰微，四海鼎沸，强弱相噬，百姓无主，天命我皇考平定天下，以安生民，勤苦艰难，创造洪基，封建子孙，维持万世。岂意弃臣民之日，体犹未冷，而奸邪鞠凶，祸起不测，图灭诸王，以危社稷。予以病躯，志耗力疲，惟欲高枕，以终余年，奸邪一旦起兵见图，令人震惧，不知所为。
“群臣告予曰：‘太祖高皇帝创业艰难，陵土未干，而诸王见灭，宁能束手受戮，以弃社稷乎？予彷徨无指，顾望求生，而天下之兵日集逼。形势之危，犹侧立于千仞崖之上，而推使其下也，可为悚惧。勤苦百战，出万死一生，志清奸恶，以匡幼冲，其乃殄灭于今，遂自焚陨。群臣劝予即位，予思天位惟艰，有如幼冲弗克负荷，几坠丕图。非虚为谦让，诚思皇考创业艰难，欲推择诸王有才德可以奉承宗庙者立之。主宰得人，天下之福，予虽北面，且无忧矣。”朱棣批评建文帝误国，提出必须有才德的人挽救太祖创建的基业。如果有合适的人主宰天下，即使不当皇帝，也无可忧虑了。当然群臣会说有才德的人非朱棣莫属。朱棣本人难道心里不是想的舍我其谁吗？群臣还要把这出戏唱到底，他们稽首固请，说道：“殿下德为圣人，位居嫡出，当承洪基，以安四海。虽谦德有光，复谁与让？且天命所钟，孰得而辞？殿下宜蚤践大位，使臣民有所依凭，毋逊硕肤，以虚天下之望。”朱棣觉得时机成熟了，他才打算起驾入城。第二天十七日，朱棣
像以往一样早早就起了床，众将士也都整好鞍马，准备随朱棣一同进城。
朱棣骑在马上，手揽着缰绳，缓缓的马步将他的身体有节奏的轻轻地颠摇着，更显出他的几分自得。朱棣今年是四十三岁了。长期军旅生活炼就了他强健的体魄，阳光晒成微紫色的皮肤，结实的肌肉紧裹在合体的戎装里。两绺略带虬曲的胡须分在左右，一绺长髯飘在胸前。当年袁拱不是推算他年过四十，髯长过胸便会登九五之位吗？这句话如今就要应验了。
朱棣那一双眼角略为上挑的凤目极为有神，他抬眼向前望去，一边是郁郁葱葱的钟山，一边是雄伟的城关。如今他把这一切都抓在手中了，如同牵住缰绳，将马骑在胯下一样。旌旗在空中飘舞，发出呼呼啦啦的声音，身后是威武的将士大队人马，眼前路旁是匍匐拜倒的人群，朱棣真是得意极了。
忽然，从路边的人群中突出一人，横在朱棣的马前，朱棣不禁一怔，他身边的武士向前刚要阻拦，只见那人施过礼后从容说道：“大王且留步，翰林编修杨荣有话要奏秉。”此人敢在路上拦马，定是有要事要说，朱棣命道：“请讲。”杨荣说：“殿下先入城耶？先谒孝陵耶？”朱棣心中一惊，为什么没先想到这一层呢？自己以奉太祖皇帝宝训而起兵，又以恢复祖制号召天下，怎能不谒陵便入城呢？再说当初起兵揭出的一条理由就是由于奸臣阻挡，太祖病时不能侍药，死时不能会葬。朱棣心想，要不是杨荣进言，几乎误了大事！但朱棣毕竟是玩弄权术的老手，脱口说出：“此行正为谒陵。”尽管有了三推让，朱棣还是太心急了一点，他决定马上谒陵，做个样子给天下臣民看。朱棣将马头一拨，浩荡人马便向孝陵开去。
在孝陵，朱棣煞有介事。免不了要发一番感慨。既然已说此行是为谒陵，那么礼毕之后只好揽辔回营了。但这时迎附的文武诸臣已经迫不及待了。他们早已准备好的法驾不能今天就这样落空了。他们把法驾卤薄摆放在路上，并捧来了皇帝宝座，拦住了朱棣的马，一定要让他登辇。
这法驾卤薄是专供皇帝使用的，是最高等级的仪仗，其他任何人都无资格使用，朱棣再一次辞让之后，在诸王及文武群臣的拥护下，终于登辇，顿时万岁之声山呼雷动。朱棣坐在辇上，还要再次表白，说：“诸王群臣以为奉宗庙宜莫如矛，然宗庙事重，予不足称。今为众心所戴，予辞弗获，勉循众志。诸王群臣各宜协心，辅予不逮。”燕王朱棣随后登上奉天殿，即皇帝位。文武百官和在京军
民自然少不了一番热烈隆重的庆贺，无需赘述。
明成祖建元“永乐”，以明年为永乐元年，改建文四年为洪武三十五年。翰林儒臣初拟年号为“永清”，明成祖自改为“永乐”，取天下永远康乐之意。帝王年号一般取与前代不相重复者，像“洪武”这个年号，乃明太祖朱元璋所自定，与以前历代帝王都不重复。
但“永乐”这个年号，十六国时前凉的张重华即曾使用（346-353），北宋末年方腊起义时也曾用过。但他们使用的时间都比较短，又处于乱世，知道的人不多，所以明成祖也使用了这个年号。后人甚至称明成祖为永乐皇帝。他可能至死也不知道，他这个年号以前即被人数次使用。
在中国历史上，大体从明成祖开始，年号就几乎成了皇帝的小名，或者说是代号，到清代更为流行。这种习俗有一个演变的过程。在汉武帝以前，中国的帝王没有年号，只有谥号，即帝王死后，根据他生前的行为和功业立号以易名，例如周武王、周厉王、汉武帝、汉哀帝等等，谥号几乎就是这些帝王的代称。
年代久远了，用作谥号的那些常用字多有重复，使用起来已不方便，唐代遂为之一变，大行庙号，即皇帝死后升附太庙，追尊他为某祖某宗，例如唐高祖、唐太宗、宋太祖、宋太宗等等。于是，唐代以后直至明代以前，庙号就几乎成了皇帝的代称。
后来，什么祖、什么宗的也太多了，用起来也不方便了，所以明清时期年号大行，以至于人们几乎记不得这些皇帝的谥号和庙号，而只知道他的年号。大概因为明成祖是少有的雄才大略的帝王，所以从他那时起，以年号代称皇帝的习俗就基本形成了。
还有一个有趣的现象，颇引人注意，即明成祖即位后将先师庙改称为文庙，将历代受祭祀的周公从文庙中撤出，仅祀于文华殿之东室。古代立学都要祭先圣先师。唐代以前，都以周公为先圣。汉代立学开始庙祀孔子。唐代，有时以孔子为先圣，周公为先师，有时以周公为先圣，孔子为先师，但均能同时受祭。
燕王起兵，声称说要“周公辅成王”，但他即位之后，却未言行一致，将周公的身价大大降低，这到底出自一种什么心态，让无法猜测。可能的一种解释是，他即位后并没有“周公辅成王”，而是自己当了皇帝。当学子们祭拜周公时，自然会联想到周公辅成王的可敬，明成祖所谓“周公辅成王”的欺世盗名。稍有点
明史知识的人就会明白，明成祖的这种心理是他一生许多重大举动的重要潜在原因。
明成祖在即位前，多次向建文帝上书，用的都是建文年号。但当他称帝后即予革去，实际上就是否认了建文帝。对建文帝所实行的一些制度、所上的一些尊号、改用的一些名称，明成祖悉数更改，一般的是恢复洪武时旧制。
建文帝曾“更定内外大小官制”，明成祖令尽复洪武旧制。明成祖恢复洪武旧制，显得明成祖才是明太祖的正统继承人。对建文帝更改洪武官制一事，明成祖曾叹息着对群臣说：“只如群臣散官一事，前代沿袭，行之已久，何关利害，亦欲改易。且陵土未干，何忍纷纷为此！”所谓“散官”，明代也称阶官，即虽有其名但闲散无职事的官。其制始于汉代，到隋代才有了“散官”之名。
建文时，京城各门和宫中诸殿的名称都已改过，明成祖下令全部恢复洪武时旧名。建文时所上的谥号也重新改谥。建文帝追尊他的父亲朱标为孝康皇帝，庙号兴宗，明成祖则仍称朱标为懿文皇太子。
朱标的元妃常氏，建文帝尊为孝康皇后，明成祖复称她为敬懿皇太子妃。建文帝的生母吕氏，建文帝尊为皇太后。明成祖入金川门那天，曾把她迎至军中，向他的这位皇嫂述说了一通不得已才起兵的原委，后来让她和其子胶一起寄居懿文太子陵，仍称她为懿文太子妃。建文帝的另外两个弟弟允熥和允都被废为庶人。
最惹人关注的是对明太祖和马皇后的改谥。建文帝上给明太祖朱元璋的谥号是“钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝”，马皇后原有谥号为“孝慈高皇后”。
在古代，谥字越多表示越尊崇。明成祖为了表示自己是明太祖的正统继承人，以极其隆重的礼仪对他的父母重新上谥号。
为了安抚归降诸臣，让他们免除遗虑，明成祖将建文时诸臣的千余封章奏取出，命解缙等人检查一遍，凡是关于民生之类的都保留下来，其它凡是有所干犯的都烧掉，以解除诸降臣的顾虑。人们现在所看到的《明太祖实录》是经三修而成的。对建文时所修的《明太祖实录》，明成祖说它“遗逸既多，兼有失实”，送命儒臣重修。
对这件事，后世学者多有考辨，说法不一，但都认为明成祖的这种说法不是他的真意。简单地说，明成祖的真实用意在于：通过重修《明太祖实录》，把自己打扮成合法、正统和为明太祖所中意的皇位继承人，从而永远改变“篡逆者”
的形象。
明成祖一即位，就命曹国公李景隆为监修，以解缙为总裁官，重修《明太祖实录》，于永乐元年六月改修完毕。后来，明成祖对这个改后的本子还不满意，又命姚广孝为监修、杨士奇为总裁官再次改修。今人所看到的《明太祖实录》，就是经三修而成的，头两次修的已被焚毁。“实录”向来被认为是研究历史的第一手资料，但因这种一改再改，从而有不少失实之处，给后来研究这段历史的人带来很多困难。
明成祖刚刚兴兵之时，身边只有八百壮士。建文朝廷“以天下制一隅”，明成祖则以一隅抗天下，经过三年艰苦卓绝的转战，终于推翻了建文帝，自己登上了帝位，他自然忘不了那些为他舍生忘死打天下的将士。当南京的局面稍为稳定以后，他便对将士们大行论功封赏。
从征将领封公者两人：朱能为成国公，食禄五千二百石，子孙世袭；丘福为淇国公，子孙世袭。另外，张玉因在东昌战死，追封为荣国公。张玉和朱能是明成祖夺天下的得力助手，所以恩典尤为优厚，对他们的父亲、祖父和曾祖父都追赠王号，是极为荣宠的封典。
封侯、封伯者各十余人。其中，张玉的儿子张辅封为信安伯；因潭渊也先期战死，其子谭忠封为新宁伯。他们的子孙都可世袭，只是因他们的功劳大小不同，有的可袭原职，有的则只能承袭指挥、同知等职。在明代，靖难功臣封公、侯、伯者，其嫡长被称为爵主，可主一个家族的是非曲直。这些人实际上是明成祖扶植起来的一批新贵，是他的重要统治基础。
对其它从征将士分等封赏：一等是奇功，二等是首功，三等是次功，四等是大旗下功，除封官加职以外，还赏赐银两、文绮等物。大规模封赏以后，明成祖“虑功臣封有遗缺，令丘福等议”。丘福等人认为对个别将领封赏太轻，于是又增封了一个侯、四个伯。例如李彬，原封伯爵，丘福等人认为其功不在房宽之下，而房宽已封侯，明成祖遂将李彬封为丰城侯。
这些创业功臣都受到重用，他们的子孙也享有不少特权。
尤其值得一提的是姚广孝。他虽未亲临战阵，但却是靖难的第一功臣。明成祖为燕王时，身边多是武人，出谋划策主要依靠姚广孝。促使燕王下决心起兵的是他，燕王统兵在外转战，主要由他辅佐世子居守北平。“李景隆、吴高、平安
之师，前后数十百万，皆计却之。”使燕王一直无后顾之忧，且可从后方得到源源不断的补给。姚广孝的作用很类似刘邦打天下时居守关中的萧何，甚至更有过之。
但奇怪的是，姚广孝却辞而不受，只接受了一个僧禄司左善世的僧官。“道衍”是他的僧号，人们一直称他为道衍和尚。这时明成祖命恢复其姚姓，赐名“广孝”。明成祖让他蓄发，意在使其还俗，姚广学坚执不肯。明成祖赐给他宅第，他也推辞不要。明成祖赐给他两个漂亮的宫女，他一个多月未接近她们，也不与她们说话，也不说让她们走，明成祖只好将这两个宫女召回。
永乐二年立太子，明成祖命姚广孝为资善大夫、太子少师，并以同官追赠他的父亲和祖父。他平时住在僧寺，上朝时着朝服冠带，退朝后仍穿僧家缁衣。姚广孝是中国历史上一个非常奇特的人物，他以皇帝的宾客自居，关键处总能见到他的身影，但却不贪图高位。
明成祖赏赐给他的金帛无数，但他都散发给“宗族乡人”。只是到他死了以后，明成祖才得以尽情地对他进行追封，追赠他为“推诚辅国协谋宣力文臣，特进荣禄大夫、上柱国、荣国公，谥恭靖”。在明成祖所封赠的文臣当中，没有哪一个能与姚广孝的这种封号相比。
在靖难之役期间，凡与此事有关而被建文帝罢黜的诸臣，明成祖令仍任原职。
即使与靖难无关而被建文帝罢黜的诸臣，有的仍任以职事，有的年老体弱，则命以原官致仕，分品级赐予钱钞，以作道里费，让他们回乡“优游暮年”。
明成祖入京师，监察御史尹昌隆被列为奸党，将就刑时，他大呼冤枉，谓自己曾上疏劝建文帝，以皇位让明成祖，“奏牍尚存，可复案也。”当燕兵南下时，尹昌隆曾上书建文帝说。“今事势日去，而北来章奏有周公辅成王之语，木若罢兵息战，许其入朝。彼既欲伸大义于天下，不应便相违戾。设有蹉跌，便须举位让之，犹不失藩王也。若沈吟不断，祸至无日，进退失据，虽欲为丹徒布衣，不可得矣。”明成祖见此章奏后，颇受感动，不仅未杀他，还命他为北平按察使司。
都督徐增寿因暗中助己，被建文帝所杀，明成祖痛悼不已。遂追封他为武阳侯，不久又进爵为定国公，子孙世袭。徐达的长子已袭封为魏国公，其次子徐增寿又世为定国公，故徐达之后“一门二公”，为明代功臣中所仅见。
明成祖也没有忘记那些有功的普通百姓。像北平、保定、通州等地协助燕军
守城的妇女，有的运砖、运石，有的运水浇城，在抵御南军中都有功劳，因此而分级受到赏赐。例如：“保定运砖石妇女，每名赏钞一百贯，绢一正，棉花三斤。”
明成祖取南京时，舟工是周小二。明成祖并没有忘掉这位为自己操舟的人，“擢上海县民周小二为巡检，赐采帛二表里，钞百锭，蠲其徭赋三年。”燕军渡江，舟工很多，但周小二船上乘的是明成祖，所以他得到特殊的升赏。
此事虽小，但表明，凡是为明成祖夺天下做出过贡献的人，不论功劳大小，都受到了不同的升赏。这与那些忠于建文的人形成了鲜明的对比。
燕王朱棣的大军不费吹灰之力就进入了南京城，建文帝逃跑，踪迹都没有。
建文帝手下的大臣们对燕王的有四种态度：第一种是逃跑。根据《明史》记载，在燕军攻入南京城内的当天，“一夕朝臣缒城去者四十多人”。这些大臣的姓名已难以详考。
第二种是投降，这也是人数最多的一种。燕王进入南京的当天，兵部尚书茹常就率领群臣投降，并且请燕王立即登极称帝。在这些降臣当中，之后成为一代名臣的夏元吉、骞义、杨荣、杨士奇、杨溥、胡广、解缙等人。
第三种是抗节不屈的大臣。在大势已去的情况下，这些人为中国传统的君臣大义所驱使，不肯投降燕王，想尽办法来抵制燕王，明知不可为而为之。这些人是不多的，但是也是最有骨气的一类。打比方徐达的长子徐辉祖，当燕军人金川门之后，他率兵抵挡了一阵，但是很快就败下阵来，之后，他回到自己父亲徐达的祠堂里，不出迎。燕王亲自将他召来询问，他一句话也不说，一直没有表现出一点拥戴燕王的意思，燕王命法司审问他的罪状，他也不回答，只是用笔写了两句话，即他的父亲徐达是开国功臣；与明太祖赐予的铁券中有免死的话。燕王非常恼怒，但是念及徐辉祖是自己的内兄，又不愿担当破坏祖训的罪名，因此没有杀他，只是削去徐辉祖的爵位，将其囚禁在府邸中。也有一个叫连楹的御史，他佯装投降，伺机接近燕王要行刺，最后被燕王的护卫杀死。
第四种就是自杀殉难的。他们看到自己为之效忠的皇帝被推翻，生死未卜，又不愿当降臣，于是一死了之。打比方曾经当廷殴打徐增寿的御史魏冕，当宫中火起的时候，有人劝他投降燕王，被他呵斥一顿，马上自杀。和魏冕一起殴打徐增寿的大理寺丞邹瑾，也和魏冕一样自杀殉难。当时自杀的建文旧臣很多，这里不用一一列举。这后两种人给燕王很大的震动，他下决心要用软硬两手来处置建
文帝的旧臣。除了优待降臣以外，还得用铁腕手段来对付那些不愿意归顺于他的人。这就不可避免地酿成后来的一幕幕悲剧。
明成祖起兵之初，所说的“除奸恶”，主要指齐泰、黄子澄二人，并没有涉及其他的大臣。这种做法可能出于一种策略上的考虑，不愿树敌太多。现在情况不同了，他登极当了皇帝，慢慢地和与他作对的朝臣进行秋后算账。因此朱棣一下子就列出了左班文臣中的奸恶 29 人。这人中包括很多明初的著名大臣，有太常寺卿黄子澄，礼部侍郎黄观，大理少卿胡闰，寺丞邹瑾，户部尚书王钝及侍郎郭任、卢迥，刑部尚书侯泰、侍郎暴昭，侍郎黄福、工部尚书郑赐，吏部尚书张沈，御史曾凤韶、谢升、王度、尹昌隆，宗人府经历卓敬、修撰王叔英等人，由此可见，建文帝时期的六部九卿大臣几乎全部都被列入到奸恶之中。在这些人中，王钝、郑赐、尹昌隆、黄福四人曾迎驾归附，自称为奸臣所连累，明成祖命其仍任原职。由于李景隆和茹常为吏部尚书张沈求情，所以张沈仍担任吏部尚书，其它的人则一律不予宽宥。不久，又揭榜于朝堂之上，将徐辉祖、葛成、周是修、姚善、铁铉、茅大方、刘璟等人列入奸臣榜，连同上次所列，一共有五十几人。
事实上，后来又有一些官员被惩治，根据郎瑛的《七修类稿》记载，共计有124 人被明成祖列入奸臣榜。
显而易见，建文朝文武官员的主要人物几乎都被囊括到了奸臣榜当中。除此之外，牵动面特别大的还有，明成祖公开发出赏格，同意军民人等绑缚那些未降附的奸臣，并且分级升赏。因此，不少人因擒获奸臣得到官职，各地有不少人乘机公报私仇，抢劫财物，造成了非常大的危害。明成祖不久就发现了这样做的弊端，下令制止，但是这股风还是过了很久才得以停息。
明成祖对这些奸恶区分首从，对“首恶”严惩，从犯者只要悔罪降附，就予以宽宥。在惩治这些“首恶”的过程中，手段无所不用其极。
黄子澄被列为“首恶”中的第一人。当明成祖率兵进入南京时，黄子澄和齐泰名义上被建文帝驱逐出京城，事实上是奉建文帝的密诏，出城募兵。黄子澄准备和苏州知府姚善一起到海外借兵，期图后举。而姚善以为不可，因此黄子澄便自己南下，结果在太仓准备坐船出海时被武士汤华擒拿，解送京师。明成祖听说抓住了黄子澄，下令亲自审问，黄子澄抗节不屈，开口闭口仍称朱棣为“殿下”，不是称“陛下”，遭到左右侍从的都呵斥。黄子澄大义凛然地说：“臣知殿下以兵
力取富贵，不知殿下即此位……况富贵瞬息，何足重轻！殿下向来悖谬，不可为训，担心子孙有效尤而起无足怪者。”明成祖听了黄子澄的一番话，十分生气，命将他的宗族老少 65 人、妻族外亲 380 人全部逮捕，押到黄子澄面前。很多人哀号震天，黄子澄见此情景很难过。明成祖命他将自己的罪状写在纸上，他奋笔写道：“本为先帝文臣，不职谏削藩权不早，以成此凶残：后嗣慎不足法。”明成祖见了他写的更是恼怒异常，马上命令将他的双手砍去，然后接着对失去双手的黄子澄说道：“汝虽未入岛夷，足迹已至海上。”遂命再将他的双脚砍去。此时的黄子澄已经是手脚全无。砍了黄子澄的手脚，明成祖还不解恨，又命人将黄子澄磔杀，即把黄子澄的肢体一节一节地砍掉，直到把人杀死。黄子澄的一家人不分老少，都斩首，姻亲都被发配边疆戍边。仅黄子澄的一个儿子改名为田经，迁居到湖广咸宁（今湖北咸宁），黄子澄才没有绝后。又因为黄子澄曾躲藏在袁州知府杨任家中，杨任受此牵连，也被磔杀，两个儿子也被斩首，亲属发配边疆戍边。
另外一个“首恶”是齐泰，他奉诏到外地募兵，以图复兴。那时悬赏捉拿齐泰的风声很紧。齐泰原来是骑一匹白马，他担心被人认出来，就用墨汁把马染成黑色。由于匆忙赶路，马浑身出汗，马身上的墨汁脱落，最后被人认出，在安徽的广德被人抓获，送往京师。齐泰也是不屈被杀，一家人被“族诛”，从兄弟齐敬宗死难，叔父齐阳彦、齐时永等发配戍边。他的子 6 岁，免死，配给功臣家为奴，仁宗时才被赦还。
铁铉，字鼎石，河南邓州人。当明成祖连败李景隆，乘机南下的时候，不料在济南被铁铉所阻。没过多久，铁铉和盛庸又在东昌大败燕军，致导燕王彻底放弃了取道山东南下，直捣南京的战略计划。当明成祖在南京称帝后，铁铉率残兵驻守淮南。燕将用计将铁铉擒获，在十月间押解京师。明成祖亲自审问，铁铉反背着双手坐在大殿上，一直在谩骂。明成祖让他回头看着自己，铁铉就是不回头。
明成祖盛怒之下，命将铁铉的鼻子、耳朵割下来，但是铁铉还是谩骂不止。明成祖被他激怒了，让“碎分其体”，磔杀于市，铁铉死难时年仅 37 岁。铁铉的父母皆 80 岁，明成祖命将其发配到烟瘴蛮荒的海南。铁铉的长子福安，年 12 岁，被发配到河池戍边（今属广西）；次子康安，年 7 岁，刚开始发往匠铺，后被杀死。
铁铉的妻女都被发往教坊司。充作女乐，事实上就是官妓。
陈迪是建文时期的礼部尚书，明成祖将他召来责问，陈迪抗辩不屈，骂不绝
口。他与他的儿子陈丹山、陈凤山等 6 人同日被杀。临刑之前，陈迪仍然是骂声不断，明成祖命人将凤山等人的耳鼻割下，煮熟后让陈迪去吃，并且问他味道如何。陈迪答道：“忠臣孝子的肉，香美无比。”并继续骂朱棣。明成祖命人将他们6 人都凌迟处死。人们在收尸时，发现陈迪的衣带里有遗诗一首，这样写的：“三受天王顾命新，山河带砺此丝纶。千秋公论明于日，照彻区区不二心。”陈迪死了后，陈迪的妻子管氏同时自缢而死，幼子陈珠才 5 个月大，乳母将他藏在水沟中，这才幸免于难。
建文帝的遗臣中有许多人死得都很惨烈。特别是他们的妻女，更是受到百般折磨凌辱。黄子澄的妹妹和齐泰的两个外甥媳妇、一个姐姐都被发往教坊司，在那里被人任意奸污，有的还生了孩子。依据《奉天刑赏录》中就记了这些事情：
“永乐十一年正月十一日，本司（教坊司）右韶舞邓诚等于右顺门口奏，有奸恶齐泰的姐与两个外甥媳妇，又有黄子澄妹，四个妇人，每一日一夜，二十条汉子守着。年小的都怀身，节除（夕）夜生了个小龟子，又有个三岁的女儿。奉钦：
依由他。小的长到大，即摇钱的树儿。又奏，黄子澄的妻生一个小厮，现在十岁也。又有，史家有铁铉家个小妮子。奉钦：依都由他。”这些被罚作官妓的女子都被刺了字，在教坊司任意受人糟蹋：因此这时已经是永乐十一年，黄子澄妻子生的那个孩子 10 岁，明显是被罚入教坊司后，被人奸污所生的。
铁铉的两个女儿也被发往教坊司，但是数日始终不受辱。她们二人各赋诗一首，交给铁铉往日的一个同官。这位官员将铁铉二女的诗呈给明成祖，明成祖知他们二人志不可屈，动了恻隐之心，因此将其赦免。这是比较幸运的例子，但是大多数建文遗臣的妻女却没有被赦免。她们有很多人被折磨死在教坊司，有的死者尸体就被拉出去喂了狗，有的女子被配给家奴。假如这个家奴不是太凶残，身份虽然低贱些，但是对于这些女子来说就算是比较好的下场了。而有些女子的下场就极为悲惨。例如谢升的妻子韩氏，被送往淇国公丘福军营中，“转营奸宿”，对受罚的女子来说，不论是在身体上，还是在心理上，都是一种莫大的折磨。可是，比起这些被明成祖诛杀的建文遗臣来说，最为后人提及的、最惨烈当属被诛十族的方孝孺了。
建文朝主持变法的方孝孺，在诸臣中被祸最惨。
方孝孺的确是朱允炆最亲近的辅臣之一，朱允炆遇到军国大事，总是要征求
他的意见。这位年轻的皇帝酷爱读书，有何疑难之处，就让他为自己讲解。临朝奏事，或行或不行，经常交方孝孺在御前拟旨批答。朱棣起兵北平，讨逆的诏檄也都出自方孝孺之手。朱允炆将他视为当朝的士林领袖，言听计从，非常尊重，因此而君臣相处甚谐。尽管方孝孺的父亲为太祖朱元璋所杀，但是他视朱允炆为知遇之君，忠心不二。正因这样，也就埋下了日后这场悲剧的祸根。
当初朱棣离北平出师南下的时候，道衍和尚送至郊外，曾经跪在朱棣面前密托：“方孝孺素有学行，城下之日，彼必不肯归降，幸勿杀之。杀了方孝孺，天下读书的种子就绝了。”朱棣点头应允了。城破以后，方孝孺拒不迎降，闭门不出，并且为朱允炆披麻戴孝，昼夜啼哭。
朱棣很希望方孝孺能为自己所用，但是他却不肯屈从。当被镇抚伍云等强迫拉着来见朱棣时，他竟身着丧服，悲声恸哭，声彻殿陛。德庆侯廖永忠的孙子廖镛和廖铭曾经受业于方孝孺，是他的学生，所以被朱棣传来劝说他。他对廖镛等人训斥道：“小子们跟我数年，难道还不知道义之是非吗？”朱棣记得道衍和尚的话，不想杀他，只将其系入监狱，并派人反复劝谕，但是始终无法达到目的。
朱棣要拟即位诏书，一些廷臣推荐方孝孺，因此朱棣召他出狱，他又当廷号哭起来。
“先生不必自苦，朕只是想效法周公辅成王的故事罢了。”朱棣站起身来，从殿上踱步而下，耐着性子劝解。
方孝孺反问说：“成王安在？”“彼自焚死。”朱棣回答。
“何不立成王之子？”方孝孺追问。
“国赖长君。”“何不立成王之弟？”“此朕家事。”朱棣已很不快，示意左右送上笔札，“诏天下，非先生草不可。”方孝孺接过笔来，投于地下，边哭边骂说：
“死即死耳，诏不可草！”朱棣脸色一变：“即死，先生独不顾九族乎？”“便十族奈我何！”方孝孺以更大的声音答道。
朱棣顿时十分生气，恨其嘴硬，立命左右将方孝孺的嘴割破，直割到两耳，复下狱中，大捕其宗族门生。每逮系一人，就将其拉到方孝孺跟前，让方孝孺看一看，但是方孝孺却连头都不回。
杀人不眨眼的朱棣被面前这个手无缚鸡之力的文人气得差不多发狂，在方孝孺九族之外，又以其门生、朋友算作一族并诛，谓之“诛十族”。当差役奉诏逮
系其妻郑氏时，郑氏和诸子已自缢而死。受此案诛连被捕的人多得令人吃惊，只磔杀于市的就有八百七十三人，谪戍缴死者不可胜计。方孝孺的弟弟方孝友受诛连被杀，方孝孺看着他慷慨就刑，泪流满面。方孝友口占一诗道：阿兄不用泪潸潸，取义成仁在此间。
华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。
那时的文人士子对此皆感叹不已，称其确实不愧为方孝孺之弟。
方孝孺最后受戮，磔杀于南京聚宝门外，死时只有四十六岁。他就刑时气宇轩昂，谈吐自若，赋《绝命词》一首：天降乱离兮，孰知其由。
奸臣得计兮，谋国用猷。
忠臣发愤兮，血泪交流。
以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉兮，庶不我尤！方孝孺还有两个女儿还没有婚嫁，被逮系至京时，二人联袂投秦淮河而死。
对这样一位忠烈之士，由朱棣授意编纂的《明太宗实录》则做了相反的描述：
方孝孺被执，朱棣指着宫中烟焰，对他说：“此皆尔辈所为，汝罪何逃！”方孝孺叩头祈哀。朱棣命左右勿令遽死，于是收之。后来齐泰、黄子澄并就执，和方孝孺同伏辜，于是戮于市。后代史家大都认为这种记述出自修撰实录时杨士奇等人的曲笔，不可全信。
在方孝孺之前，中国还没有所谓“诛十族”之说，最重的也只是“诛九族”，这已是令人发指的残暴了。朱棣竟诛方孝孺“十族”，残暴程度是空前绝后！因此，后人有的否认朱棣“诛十族”之说，但是这血写的历史毕竟无法抹去。对所谓“九族”的解释，历代有些歧异，明清时期一般是指犯人的上四代和下四代，加上本人这一代，不管历代的解释有何不一样，门生、朋友从来未被作为一族，但方孝孺一案确实株连到他的朋友、门生。
御史郑公智与编修林嘉猷都曾经“师事孝孺”，是方氏门生，曾经任巩昌通判、河南参政的郑居贞是方孝孺的朋友，这些人都受株连死于方案。方孝孺死以后，他的学生廖镛、廖铭收其遗骸，安葬在南京聚宝门外的山上，二人随后也被执杀。
方孝孺一介儒生，面对专制君主的屠刀视死如归，抗节不屈，真能感天地而泣鬼神，所以受到了许多后人的景仰和赞颂。被称中国“第一思想犯”的李贽在
《续藏书》中保存了一首诗，为明初曾任过刑部尚书的魏泽所作，表达了一代文人对方孝孺的悲悼之情：笋舆冲雨过侯城，抚景令人感慨生。
黄鸟向人空百啭，清猿坠泪只三声。
山中自可全高节，天下难居是盛名。
却忆令威千载后，重归华表不胜情。
在建文诸臣中，方孝孺本不同于黄、齐，而被祸甚于黄、齐，他触怒朱棣之处无疑只有一个，他对朱允炆忠心不二的程度，已经无法见容于新君。朱允炆对他也真的知遇之恩，就方孝孺的个人气节而言，历史上实在很少，作为建文诸臣的代表，他正应了中国的一句古话：士为知己者亡。
明成祖屠杀建文帝遗臣的行动中，还有一件常为后人所提及的事情就是“瓜蔓抄”。所说的“瓜蔓抄”，即就是顺藤摸瓜，也就是相互攀附，广加株连，滥杀无辜。这件事的起因始于御史大夫景清行刺明成祖。
建文初年，景清曾经担任过北平参议。燕王和他交谈，他都能侃侃而淡，言论清晰明了，颇受燕王的赏识。没过多久，景清调任回京，升为御史大夫。
明成祖称帝以后，建文帝的旧臣被杀、自杀的不少。景清是忠于建文帝的，金川门失陷后，他曾经和方孝孺一起约定，宁可为建文帝殉节，也决不向明成祖称臣。方孝孺等人十几天后都已慷慨殉难了，但景清因为与明成祖有旧，仍被委任原来官职。在朝中呆了很长一段时间。景清本计划殉难，们明成祖没有杀他，他觉得可以利用明成祖对他的暂时信任来找寻时机，伺机刺杀明成祖。为建文帝报仇，景清之所以这么长时间没有采取行动。即没有合适的时机，又想等时间过去长一些，好让明成祖放松警惕，这样他行刺成功的机会就大得多。
一天早朝时，景清身怀利刃，穿着红色的朝服上殿。打算刺杀明成祖。在此之前就已经有人借异星赤色，冲犯帝座为名，要明成祖提高警惕。明成祖虽然此前没有杀景清，但对他也不是很信任。等到看见景清穿着红色的衣服上朝，就觉得景清有些异样。那时，大臣上朝的时候，通常都穿青色的朝服，红色的朝服只有在重大节日庆典的时候才穿。可想而知，其他朝臣都穿着青色的朝服在大殿上列班，唯独景清穿着一身红色朝服，明显那么与众不同，任凭谁都会把注意力集中到他的身上。景清选择穿红色朝服行刺明成祖，可能还有一层含义，即是红色代表着死亡，他打算穿着红色朝服行刺，表明他已经作好了牺牲的准备。明成祖
命令侍卫搜查景清的身体，最后搜出了一把匕首。景清还未来得及靠近明成祖，行刺行动就被挫败。明成祖诘问景清，为什么要行刺他。景清义愤填膺地说：“欲为故主报仇耳！”还边说边骂。明成祖十分生气，命人将他的牙齿全部打掉，但景清仍然是骂不绝口，且还将一口血水向殿上喷去，明成祖的龙袍上被喷上斑斑点点的血迹。此时把明成祖惹火了，他马上命令侍卫将景清剥皮实草，械系于长安门，用铁刷子将景清身上的肉一块一块地刷掉。景清的肉被刷光，骨头被打碎，明成祖还不解恨，而且灭其族，“籍其乡，转相攀染，谓之瓜蔓抄，村里为墟。”
景清的街坊邻居都因此受到株连。此种打击面比“诛十族”还要宽。由于“十族”
还有明确的界限，而这种瓜蔓抄几乎没有任何界限可言。只要与犯人有点这样或者那样的关系，就都有可能被株连。
比如，青州教谕刘固以前因为母亲年老，上书乞归。景清致书刘固，要他回京任职。由于因为这种引荐关系，刘固也受到牵连。刘固和他的儿子刘超、弟弟刘国、母亲袁氏同日受刑于聚宝门外。刘固的儿子刘超臂力过人，临刑时仰天一呼，全身用力一挣，捆绑他的绳索都被挣断。刘超立即夺过刽子手的屠刀，连杀刑场上十余人，后来因为寡不敌众，被磔杀于聚宝门。
此风一开，无辜受牵连而被杀的人就很多。大理寺少卿胡闰抗节不屈，他和长子都被杀，次子发配边疆戍边，4 岁的幼女入功臣家为奴。受胡闰牵连，他的宗族乡亲又有很多人被无辜抄没家产，有的直到被杀都不清楚原因为何。胡闰是饶州（今江西鄱阳）人，因遭“瓜蔓抄”之祸，家乡一片凄惨的景象。根据吕毖的《明朝小史》记载，“文皇（即明成祖）既抄没其一族，男女二百一十七人。
所在之地，在府城西隅硕铺坊，一路没人居住。雨夜闻哀号声，时见光怪。尝有一猿，独哀鸣彻夜。东西皆污池，黄茅白苇。稍夜，人不敢行。”御史高翔是陕两朝邑人，明成祖即位后，他穿着丧服入见，说话时多有不敬。明成祖大怒，除了将其“族诛”外，还挖开了他家祖先的坟墓，然后掺上一些牛马的骨头，一起焚烧成灰扬掉，这就是“锉骨扬灰”，高翔的“亲党悉戍边”。其田产分给附近百姓，征收特别重的赋税，以令这些老百姓“世世骂高御史也”，其祖上的墓地旧址被称为“漏泽园”。连同种他们家田地的普通百姓都受到牵连，这样的惩治政敌的方法实在是前所未闻。
受“瓜蔓抄”的影响，当时告发诬陷之风一时盛行，有的人居然以告讦而得
官。比如，丁珏本来是山阳（今江苏淮安）的一个普通老百姓，乡里之人准备酒食祭祀田神，原本是一件很平常的事情，可是丁珏却诬告这些百姓，说他们“聚众为妖，坐死数十人”。明成祖还认为丁珏对自己很忠心，于是马上授予他御史的官职。
明成祖对建文帝旧臣的这场屠杀一直延续了十余年，只是有时候紧一点，有时候松一点。明成祖后来也看到“瓜蔓抄”株连的人太广了，便不时地故意进行宽大处理，以示自己“不念旧恶”，有的人被告讦的犯人亲属也未予追究治罪。
练子宁是建文帝时候的右副都御史，由于当廷责骂明成祖，被割掉了舌头。
他也遭到了“瓜蔓抄”的厄运，宗族“弃市者一百五十一人，又九族亲家之亲被抄没戍方者，又数百人。”钱习礼是练子宁的姻亲，当时没有被株连。永乐九年，钱习礼中进士，选为庶吉士，不久改任检讨。乡人告他是练子宁的奸党，钱习礼听说后整天惴惴不安，非常担心再受株连。大学士杨荣乘机向明成祖说到这件事，明成祖对钱习礼不仅未予惩罚，反而笑着说：“使子宁在，朕犹当用之，况习礼乎！”于是这场风波才算平息。此事发生距明成祖称帝已经十年了，尚且有人借“瓜蔓抄”之祸告讦，足可见“瓜蔓抄”之风在当年是多么兴盛。明成祖这种宽大处理的话，既是为平息“瓜蔓抄”之风所做的一点政治表态，必然也是对建文旧臣及其亲属的一种安慰了。
永乐七年（1409 年），新中的进士王彦向朝廷自陈，说自己家与奸恶外亲有牵连，可是明成祖未予治罪，当时的明成祖已经不愿意再因此事过多株连，搅乱安定的政治局面。
胡广是永乐时期著名的内阁学士，由于母亲亡故，回江西吉水奔丧。回朝后，明成祖问他：“百姓安否？”胡广回答道：“安，但郡县穷治建文时奸党，株及支亲，为民厉。”这番话说明，在当时那种彻底清算建文遗臣的风气中，当时政治风潮已经是席卷全国，株连面太广了。胡广的话对明成祖多少有些触动，明成祖后来数次晓谕刑部，不要多杀，大概也是出于安定局势，平息“瓜蔓抄”之风的想法吧。
实际上，明成祖即位当年就曾经诏谕刑部，说：“有罪者既已服诛，无罪者各安职业，而内外军民，屡执无罪之人，以希幸赏，恶不可长。速谕止之，违者抵罪。”可是旧社会的政治风向标向来是以最高统治者的一己好恶为准的，正所
谓“上有所好，下必甚焉”。政治运动的潜规则岂是皇帝的一纸诏书能够破除的？
因此，虽然明成祖自己不愿意打击面太广，但是下面的人为了向皇帝表忠心、显政绩，哪里会在乎老百姓的身家性命呢？“瓜蔓抄”这场政治迫害运动虽然被明成祖亲手发动起来，那它的进程可就由不得明成祖来控制了，因此“瓜蔓抄”之风屡止不息。永乐九年（1411 年）九月，明成祖再次诏谕三法司，“凡死罪必复奏”，明显是要将死刑复核权重新收归皇帝，这明显是慎刑的标志，在一定程度上还是起到了平息“瓜蔓抄”之风的作用。可是即便如此，在“瓜蔓抄”政治运动的惯性作用下，这年，浙江黄岩县的农民还告发当地的豪民，说他仍旧保存了建文帝时期奸恶士人上给楚王的书稿，应予治罪。明成祖知道了此事，说道：“此必与豪民有怨而欲报之。朕初即位，命有司，凡建文中上书有干犯语言，皆朕未即位以前事，悉毁之，有告者勿行。今复行之，是号令不信矣。况天下之主，岂当念旧恶了明成祖这番话说得倒是冠冕堂皇，可是他是不是那种不念旧恶的人，这可是有目共睹的事情了，否则“瓜蔓抄”之风如何能兴盛十余年呢？从这件事情得知，普通百姓到这时还为一些琐事进行告讦，可见此风久刮未止。但明成祖毕竟已经即位 10 年了，统治基础已经很稳定，建文帝已经没有死灰复燃、东山再起的希望了，这时明成祖才能认真地显示一下他的不念旧恶之心了。
明成祖屠戮建文遗臣，既残酷，牵连面又广，不知道有多少人含冤死去，这件事是明成祖一生的一块大心病。永乐二十二年（1424 年），也就是明成祖驾崩的那一年，新进士邢宽被点为状元，实际上就是和明成祖的心理因素有关。邢宽与“刑宽”音相同，取刑罚宽大仁慈之意。这恰恰从反面告诉人们，明成祖在处理建文帝遗臣方面并不怎么宽宏大量。
建文帝的下落到底怎么样，成为一桩历史疑案。这个问题不仅长期困惑着明成祖，而且困扰了后来的很多代皇帝，并成为后代学者长期讨论不休的问题。有的人说建文帝已死于火，有的说他逃亡在外，有的人还冒充建文帝，再加上文人好异，加以附会渲染，更令人真假难分。
有一种说法流传较广，直到嘉靖、万历年间还常常为人说起，并笔之于书。
郑晓在《吾学编》和《今言》中有五六处提到此事。根据郑晓的记载，正统七年（1442），有一个僧人来到田州（今广西田阳）士官官府，自称是建文皇帝，说他从四川到云南，又来到广西，因年纪已老，希望能把骸骨埋在祖墓旁边。官员
们一听大吃一惊，立即上报朝廷，而且把他送往京师，宫中的人称他为“老佛”。
朝廷大臣连连上疏，怀疑他是冒充的，故意惑众。因老宦官吴亮侍奉过建文帝，英宗便命吴亮前去见一下这个僧人，看是真是假。一见面，那个僧人便说；“你不是吴亮吗？”吴亮故意说：“不是。”僧人说：“我往常御便殿，你进饭食，吃的是子鹅。我扔到地下一片鹅肉，你的手还提着一只壶，像条狗一样趴在地下把那块肉吃了，你怎么说不是吴亮呢！”吴亮听后伏地大哭，回去以后自径而死。
英宗知道后，把僧人迎到西内，老死宫中，葬于西山，不封不树。
这个传说并不完全是凭空编造，而是由杨行祥假冒一事敷衍而成。仔细翻阅一下《明实录》就会看到，在正统五年（1440）十一月“丁巳”，有僧年九十余，自云南到广西，绐人曰：“我建文也。张天师言我有四十年苦！今为僧期满，宜亟还邦国。”以黄纸为书，命其徒清进持诣思恩府（今广西武鸣）土官。知府岑瑛执送到总兵官。柳溥械至京，会官鞠之，乃言其姓名为杨行祥，河南钧州白沙里人，洪武十七年度为僧，历游两京、云南、贵州到广西。上命锦衣卫锢禁之，凡四踰月，死狱中。其同谋僧十二人俱谪戍辽东边卫。
建文帝出生于洪武十年（1377），至正统五年（1440）为 64 岁，杨行祥年已经 90 余，自然容易被识破。有的书记载为杨应祥，有的书记载为杨应能，实际上都本于这一件事。更何况，建文帝既然逃跑在外，他决不会再回来自投罗网。
对照《明实录》中上面的这条记载，有关这类的传说自然不攻自破。
还有一种说法，严震直是建文时的工部尚书，明成祖即位后任命他为工部尚书，奉使去安南，“见建文君，悲怆不食，吞金而死。”这个说法纯系捏造。《明实录》中记载，洪武三十五年（建文四年）九月“壬辰”，“工部尚书严震直卒。”
但他并没有死于安南，而是死于山西泽州（今晋城）。这在《明史》中有准确记载：“成祖即位，召见，命以故官巡视山西。至泽州，病卒。”严震直刚到山西就病死于泽州，原本没到安南。
这些传说虽然不可信，但是它也说明了一个问题，士人大都同情建文帝，直到明中期，士大夫还不断编造出一些关于建文帝疑踪的传说。有很多建文遗臣逃散各地，他们变更姓名，隐居僻乡，操各种不同的职业，不时还吟诗怀旧，更为建文疑踪增加了神秘色彩。其中流传最多的是关于河西佣，补锅匠和云门僧等人的传说。
所说的河西佣不知是怎么样的人。建文四年冬天，他便开始在金城（今甘肃阜兰）行乞，后到河西鲁家为佣工，因此被称为河西佣。他整天穿一件破葛衣，后以工值买了件羊皮袄，但仍要把旧葛衣套在外面。干活累了，有的时候还吟诗，夜里还不时啼哭。临死时嘱咐他的主人，不要埋葬他的尸骨，火焚后，等到西北风起将骨灰扬掉即可。主人从其言。
补锅匠以补锅为业，常常往来于夔州和重庆一带，当地的老百姓大都认得他，称他为老补锅。无论到哪个地方，不过三天就出去。常宿寺庙，遇阴雨天即买酒自饮。有一天，在夔州他突然遇见一个人，相顾愕然，接着相抱痛哭，入山中密语一天，然后离去。补锅匠还能写古诗，诗后题马二子，或马公，或塞马先生，后不知所终。
云门僧隐居会稽（今浙江绍兴），经常泛舟赋诗，回来就烧掉。还有个被叫为东湖樵夫的人，以卖柴为生，卖柴时“口不二价”。空闲时用草棒在地上写诗，写好后就用沙土乱其字迹。有人突然从后边抱住他，看他写的是什么内容，“皆孤臣去国之词”。
有关这类人的记载还有数不胜数，其真实姓名难以考证，说他们是建文遗臣则大体可信。这些人的行踪不时唤起人们对建文帝的回忆，以后的士大夫也不断将这类事笔之于书。值得注意的是，后人的有关记载大都受到了当时政治形势的影响，未免有些曲笔。
永乐年间，士大夫中都没有敢言建文出亡一事者。官书所记，大多是沿用建文死于火之说。当时的人本来知情，但碍于“国初杀气浑不除，越三十年还相屠”，人人噤若寒蝉，避之唯恐不及，越是知情人越不敢言。
明中期以后，文网渐疏，这件事已过去很久，统治者已没有建文或他的子孙复辟的担心，所以士大夫中说建文事的人多了起来。自正德以后，甚至不时有大臣上书，请对建文帝后人加封，为建文帝加庙号、谥号，经部议，未能实行。也就在当时，记载建文出亡一事的书陆续开始出现，其中影响最大的是史仲彬的《致身录》。万历年间，科臣欧阳调律将此书献于朝，谓得之于茅山道士之手。书中记载建文帝出亡经过，作者史仲彬亲自随行，是跟随建文帝逃亡的 22 人之一。
书前有焦竑的序，书后还有他儿子史晟的后记。此书流传到今，当时士大夫一时相信的很多。当时一些著名的文人大都持建文出亡一说，例如王世贞在《弇山堂
别集》中，郑晓在《吾学编》和《今言》中都持此说。
这种情况在清前期为之一变，尤其是在清初，否定建文出亡一说者成为主流。
像朱彝尊、王鸿绪等大文士都持此说。就是一直主张建文出亡说法的钱谦益也连连撰文，力辨《致身录》之伪，找出十条理由，证明它是后出的伪作。《明史》
成书于清前期，也以史仲彬“实未尝为侍书”为由，谓《致身录》为晚出，“附会不足信”。明眼人不难看出，这是因为建文出亡一事与朱三太子案颇为相同。
清初不时有人假冒朱三太子，以崇浈帝太子的身份密谋反清，给清初统治者带来诸多不稳定因素。人们假如谈论建文出亡一事，就颇有借古喻今之嫌。人们为迎合清初统治者的心意，要么避而不说，要么就说建文出亡一事为伪撰。
这种局面到清朝中期才有所变化。这时明朝灭亡很久，人们对朱三太子案一事早已淡忘，清朝的统治已稳固，人们才又敢于谈建文出亡一事。著名史学家赵翼就写过有关建文帝的诗，例如《金川门怀古》中即写道；“从亡芒履千山险，骈谬欧刀十族空。”“一领袈裟宵出窦，九江绮纨夜翻城。”从诗中可以看出，赵翼是相信建文出亡一说的。从士大夫的态度来看，多数同情建文帝，对明成祖多有微词。《儒林外史》的作者借邹吉甫的话说道：“本朝的天下要同孔夫子的周朝一样好的，就为出了个永乐爷，就弄坏了。”话虽说得狭义，但是反映了一般士大夫的倾向。
