美军攻占瓜岛之后，太平洋战区的军事行动出现了一个短暂的间隙。日美双方都利用这段时间密谋策划，酝酿新的攻势。
1943年6月初，尼米兹到旧金山与金上将举行例行会晤。两人讨论了发动中太平洋攻势的问题，他们都倾向于从吉尔伯特群岛而不是从马绍尔群岛向菲律宾推进。
接着，尼米兹在霍兰·史密斯将军陪同下，视察了南太平洋海区的情况，同哈尔西和他的参谋人员讨论了进攻新佐治亚的作战计划。
6月18日，尼米兹一行回到珍珠港。参谋长联席会议下达命令，要尼米兹在11月15日进攻马绍尔群岛。
为了这次战斗，参谋长联席会议配给尼米兹美军海军陆战第一师、第二师以及南太平洋的全部两栖作战舰只和大部海军部队。
这一计划立即招致麦克阿瑟的抗议，他认为这样部署兵力将瓦解西南太平洋战区的攻势，显然是把中太平洋作为主要进攻路线。
麦克阿瑟在给马歇尔的电报中建议说：“从全面的战略观点来看，我相信太平洋进攻行动的最有利路线应是从澳大利亚出发经新几内亚到棉兰老岛。”他认为，他的部队沿着新几内亚北部海岸进行两栖作战将绕过日军据点，并可得到地位非常重要的陆基航空兵的支援。而两条路线同时并进，其结果是将使目标和力量分散，扩大战争，增加伤亡。
尼米兹则认为，部队由舰载航空兵支援，可以迅速越过日军防御阵地，比岸基战斗机在其作战半径内支援陆军部队更有成效。向中太平洋推进，运输线则更短、更直接，既节省船只，又可威胁日军占领的全部岛屿，最后必将迫使日军在整个太平洋地区为防卫每一个阵地而分散兵力。
麦克阿瑟举反证说，日军在中途岛的失败，便是进攻防御坚固的岛屿必将付出惨重代价的明证。
马歇尔对此虽有同感，但考虑到诸种因素的制约作用，他没有公开支持麦克阿瑟，但同意让麦克阿瑟将军保留老部队陆战第一师，将其用于格洛斯特角登陆。
7月中旬，参谋长联席会议批准太平洋舰队的作战计划，但加进了一个错误的决定。他们命令尼米兹在攻占吉尔伯特群岛的同时，向日军新近占据的瑙鲁岛发动攻势。然而，两岛相距甚远，尼米兹不同意对如此分散的两个目标同时发起进攻。
当哈尔西的南太平洋部队于6月底开始发动中所罗门群岛的攻势时，尼米兹建议他越过日军重点设防的科隆班加拉岛，在远离通道、日军防御力量不强的韦拉拉韦拉岛登陆。这项建议极为有效，登陆部队几乎未遇到任何抵抗就登上了该岛。
8月15日，北太平洋部队也开始进攻基斯卡岛。为攻下该岛，盟军出动了近百艘舰艇运送29000名美军士兵和5300名加拿大士兵。在一阵猛烈的轰击后，美军部队乘坐登陆艇进入滩头阵地，最终占领了基斯卡岛。
9月25日，在珍珠港举行的海军军事会议上，集中讨论了夺取马绍尔群岛的作战计划，制订了“复苏行动”。
尼米兹迫切希望对吉尔伯特群岛发起进攻，这样就能把日军联合舰队从特鲁克基地引出来。尼米兹全面充实和修订了第五舰队的作战计划，使整个“复苏行动”计划更为系统和完善。
11月20日拂晓，所有参战部队均向着吉尔伯特群岛挺进。
吉尔伯特群岛位于马绍尔群岛东南、所罗门群岛东北，由16个珊瑚岛组成，其中以塔拉瓦岛最大，马金岛次之。塔拉瓦岛横跨赤道，介于美、澳两洲交通线上，战略地位十分重要。
太平洋战争爆发后，日军占据该岛，并在岛上修筑了坚固的防御工事。
至1943年11月，守岛日军总数为4836人。岛上，整个海滩布满混凝土制成的三角体、地雷、珊瑚石礁、蛇蝮式铁丝网等障碍物。障碍物后面是由100多个碉堡、机枪阵地、坦克固定火力点组成的海滩交叉火力网。
所有工事都构筑在地下，上面铺着厚达两米的沙石、柳木和波纹钢板，恰似一座壁垒森严的“活地狱”。驻岛部队司令官柴崎宣称：“美国人用100万人的兵力花100年的时间也拿不下塔拉瓦岛。”
然而，美军中，无论是尼米兹，还是其他战役指挥官对“活地狱”的防御状况都估计不足。美军伤亡惨重。
与此同时，美航空母舰编队也遭到了日军的空袭。日军一架鱼雷机击中“独立号”轻型航空母舰，并使其陷于瘫痪。然而，隐藏在特鲁克岛的日本联合舰队没有按照美国的意愿贸然出击。
尼米兹接受托尔斯将军的建议，给斯普鲁恩斯起草了一份“电报指示”，要他给航空母舰编队增加活动自由：“从目前情况看，在‘复苏行动’中对航空母舰编队限制过死。假如航空母舰长时间地继续局限在狭窄的海域里，被敌鱼雷击中的可能性将会增加。应保证航空母舰在执行任务中有更大的活动余地。”
这样，航空母舰执行保护滩头阵地的任务，不仅要有近距离支援，而且还要设法袭击日军舰队、基地等主要攻击目标。
最终，吉尔伯特战役以美军胜利而告终，但美方却付出了沉重的代价。海军损失1艘护航航空母舰，1艘航空母舰受重创，还损失了若干艘其他类型的舰只及90辆两栖坦克。美军在塔拉瓦岛共死亡1000余人，伤2100余人，在马金岛伤亡达500余人。
战役刚刚结束，美海军部长诺克斯就宣布说，塔拉瓦岛之战美军所遭受的重大伤亡，是美海军陆战队成立168年以来所不多见的。
尼米兹决定亲赴塔拉瓦岛视察，以了解这一战役惨重伤亡的具体情况。
此时大规模战役刚刚结束两天，斯普鲁恩斯劝他待清扫战场之后再去，因岛上尚有残留日军，机场还不能降落大飞机，尸体也尚未掩埋。尼米兹没有听从斯普鲁恩斯的劝告，在富纳富提岛视察后，转乘胡佛将军提供的海军陆战队的空投战斗机启程了。
尼米兹在斯普鲁恩斯和朱里安·史密斯将军的陪同下，视察了尸骨遍野的战场。在滩头阵地上，被打坏的两栖坦克中间，海军陆战队员的尸体还泡在水里。尼米兹为眼前的残酷景象而震惊，他轻声地说道：“这是我第一次闻到死亡的味道。”
返回珍珠港的途中，尼米兹给夫人写了一封信。信中写道：“我从未见过像塔拉瓦岛这样凄惨的地方。”
在这场令人不堪回首的视察结束时，尼米兹对斯普鲁恩斯说：“战役造成如此巨大的损失，前线指挥官无法承担责任。我担心美国公民们不会谅解我们。”
吉尔伯特群岛登陆战所造成的损失确使美国公众舆论一片哗然。太平洋舰队司令部成为人们指责和谩骂的对象。悲愤的阵亡人员家属甚至直接给尼米兹写信，对他进行抨击。一位失去儿子的母亲写道：“你在塔拉瓦岛上杀死了我的儿子。”
尼米兹的部下为此纷纷打抱不平。但尼米兹却坚持每信必看，并亲自回信表示哀悼。他说：“母亲失去儿子会痛苦的，应给她们以合适的安慰。至于我的进退荣辱，相信历史会给予公正的评价与选择。”
罗斯福总统得知尼米兹所承受的压力后，立即打电话给金上将：“告诉尼米兹放手作战，国内的事情由我去办。”在总统的干预下，这场风波渐趋平息。
尼米兹等人开始集中精力思考下一步进攻马绍尔群岛的作战计划。尼米兹原打算在马洛埃拉普环礁、沃特杰环礁以及夸贾林环礁同时实施登陆。前两个环礁是马绍尔群岛离珍珠港最近的两个日军基地，后一个环礁位于马绍尔群岛的中心，是日军司令部的所在地。
鉴于塔拉瓦战斗的惨痛教训，斯普鲁恩斯建议采取审慎的作战方案。他主张战役分两步走，首先攻占马洛埃拉普和沃特杰，然后利用两岛的轰炸机基地，对位于列岛中心的日军指挥部所在地夸贾林岛实施进攻。特纳和霍兰·史密斯都支持这一想法。
尼米兹肯定了两步进攻的建议，同意取消三管齐下的进攻方案，但他又设计了一个不同的方案，即绕过沃特杰和马洛埃拉普岛，直接进攻夸贾林岛。攻下夸贾林岛后，将能得到两个机场和一个第一流的锚地。
斯普鲁恩斯、特纳和史密斯都强烈反对尼米兹的意见。他们认为，夸贾林环礁一旦被美军占领，这个环礁就会变成在马洛埃拉普、沃特杰等地日军岸基航空兵的袭击目标。而且，日军还可依托这些基地来破坏夸贾林岛与珍珠港、吉尔伯特之间的交通线。
但尼米兹坚持自己的主张。电台接收的情报证实，尼米兹的决定是正确的。日军正在其他岛上加强工事，独独忽略了位于马绍尔群岛中心的夸贾林岛。显然，日军设想的是，外围的一个或几个岛屿将要受到攻击。
斯普鲁恩斯见无法改变尼米兹的决定，于是提出了一个新建议，在攻占夸贾林岛的同时，占领日军防御力量薄弱的马绍尔群岛中的马朱罗岛。这样，可在作战海域为舰队提供一个基地，并处于对夸贾林岛支援的范围之内。尼米兹同意了这一建议。
进攻马绍尔群岛的作战计划，代号为“燧发枪行动”，发起攻击的日期两度顺延，最后确定在1944年1月31日。
至2月7日，美军先后攻占了夸贾林环礁中的大小30余个岛屿。特纳将军的联合远征军取得了“燧发枪战役”的最后胜利。
早在攻克夸贾林岛之前，尼米兹就发报征求斯普鲁恩斯对继续挺进攻克埃尼威托克岛的意见。斯普鲁恩斯看到特纳和霍兰·史密斯准备充分，而且士气正旺，便回电报响应尼米兹的号令。
为了给新一轮战役助威，尼米兹于2月4日晚乘B-24型飞机“解放者号”离开珍珠港前往塔拉瓦岛，同斯普鲁恩斯、特纳等人商讨即将开始的进攻埃尼威托克岛的问题。
由于埃尼威托克岛离特鲁克岛仅669海里，美军第五十八特混舰队将分两路支援此次进攻战。1个特混大队在埃尼威托克岛附近进行直接支援，另外3个特混大队前去袭击特鲁克岛。美军希望对特鲁克岛的威胁，能迫使日军联合舰队出来迎战。
然而，美军未能实现尽早与日联合舰队决战的愿望。
山本五十六的继任者古贺峰一对美军的战略意图极为敏感，当他发现美军飞机对特鲁克的侦察行动后，便急令联合舰队撤离特鲁克，向西退至加罗林群岛的帕劳群岛。
2月17日，美军对埃尼威托克发起进攻。经过多日的空中轰炸，至21日，美军占领该岛。
埃尼威托克岛被攻占之后，参谋长联席会议立即电召太平洋战区的两员大将尼米兹和麦克阿瑟出席会议。但是，麦克阿瑟借故缺席，这使得诸位高官深感失望和不满。这实际上也使麦克阿瑟丧失了一定的信誉。
3月11日，参谋长联席会议确定了最后的战略方案：
批准了4月15日进攻霍兰蒂亚；尼米兹的部队6月15日进攻马里亚纳群岛；9月15日进攻帕劳群岛；11月15日开始支援麦克阿瑟部队进攻棉兰老岛。
可以说，这一方案带有折中性质，但基本上符合金和尼米兹的战略构想。当尼米兹回到珍珠港太平洋舰队总部时，令他惊讶的是，麦克阿瑟的一份电报放在了他的桌上。电文称：
我久有此意，向阁下略尽地主之谊。通过我们之间的私人会晤，我肯定将会大大增进双方司令部的紧密协作。因此，阁下如有时间来布里斯班做客，我将深为高兴，定予热诚欢迎。
这是一个非同寻常的讯号，它意味着麦克阿瑟将在一定程度上改变长期以来形成的两大军种间矛盾重重的关系。在此之前，尼米兹曾多次试图与麦克阿瑟会晤，但对方始终不断拒绝，而此次麦克阿瑟却主动发出了邀请。尼米兹知道事出有因：麦克阿瑟已经意识到由于自己的傲慢无礼，可能得罪了参谋长联席会议的高级官员，他担心自己的指挥权旁落海军之手。有关指挥权的讨论，一直是华盛顿争论中棘手而敏感的问题。参谋长联席会议最后决定采取审慎行事的态度，对作战指挥的界限维持现状。
尼米兹对麦克阿瑟争夺指挥权的做法当然是不满的。麦克阿瑟此时在雷伊泰海面拥有未投入战斗的舰艇221艘，他这样做完全是出于要控制力量的目的。尼米兹认为这种做法完全没有道理，是一种使任何人都感到愤慨的浪费，他有义务去减少这种浪费。
尼米兹认识到两个指挥部的协作，将有利于战事的进展，更早地带来和平。因此，尼米兹决定克制心中的怨愤，接受了麦克阿瑟的邀请。尼米兹在给麦克阿瑟的回电中说道：
对阁下热忱的邀请，我深为感谢。今晨我由华盛顿回来时读到此电，我将以莫大的荣幸在不远的未来获得阁下的款待。我们之间的会晤将使我们在未来战斗中获得最密切的协作。数天内，我将把可能动身的时间奉告给你。
为了这次会晤，尼米兹做了精心准备：从朋友那里弄到珍贵的兰花品种，打算送给麦克阿瑟夫人；派人到檀香山为小阿瑟买了印有夏威夷文的丝质运动衫，另外还买了几盒糖果。不到10天，尼米兹就动身了。
3月25日，尼米兹的水上飞机滑行到布里斯班的码头时，麦克阿瑟和他的参谋人员已经在此等候迎接。这多少令尼米兹感到有些惊讶。尼米兹一行下榻在华丽的伦南斯旅馆一套舒适的房间里，从这个旅馆经过广场就是昆士兰最高法院大楼。麦克阿瑟的副官向尼米兹呈上当晚在旅馆设宴招待的请柬，尼米兹及其副官拉马尔收下请柬，但坚持要在赴宴前先去麦克阿瑟的住处拜访。
这种外交礼仪是成功的。麦克阿瑟和夫人极为愉快地接受了尼米兹赠送的兰花。尼米兹提出要给小阿瑟赠送礼物时，麦克阿瑟说他的儿子已经睡觉了。
“将军，”麦克阿瑟夫人说，她总是这样称呼她的丈夫，“应该把他叫起来一会儿。”麦克阿瑟有些勉强地把孩子叫了起来，尼米兹把运动衣和一大盒糖果送给他。
第二天举行会议前，美国宪兵在伦南斯旅馆前的街上布置了严密的岗哨。会议在麦克阿瑟的办公室举行，两位将军保持正式礼节，由于彼此心存戒备，难免有距离感。但这种会晤还是有意义的。会晤顺利进行。接待是友好的，有关战备方面的决定是相互谅解的。尼米兹同意对霍兰蒂亚进攻战给予支援，但将分两步进行：
4月1日，第五十八特混舰队的快速航空母舰袭击帕劳群岛及加罗林群岛上的日军基地，然后返回马绍尔群岛补充给养。再于登陆当天驶往霍兰蒂亚加入战斗，但大型航空母舰须在登陆第二天即撤离，而留下8艘小型航空母舰提供近距离空中支援。
麦克阿瑟对这一计划表示满意，并许诺将出动轰炸机和P-38远程战斗机袭击附近的日军机场，以保证航空母舰的安全。双方商定，在霍兰蒂亚的登陆日期为4月22日。
当尼米兹即将离去时，参谋长联席会议要求两人共同制订一个抄近路快速向吕宋-台湾-中国大陆三角地带推进的补充作战计划。
麦克阿瑟大为恼火，说他不能抛下菲律宾不管，他对菲律宾人民负有神圣的义务，并讥讽说：“待在华盛顿的先生们不了解情况，从来没有听过枪声，却在那里炮制太平洋战争的战略。”
尼米兹插话说：“我理解你的心情，但我不同意你的看法。参谋长联席会议的成员们同你我一样，都在努力工作，并且想把工作做得更好。从内心讲，他们是值得钦佩的。”
尽管存在意见分歧，但尼米兹对这次会晤还是感到满意的。他在写给金的报告中说：“我和我的下属们在整个访问期间，受到麦克阿瑟真诚而周到的热情款待。接待是没有什么可挑剔的。会议自始至终都开得很好，很顺利。”尼米兹承认麦克阿瑟是一位杰出的人才，不过喜怒无常，有时突然会表现出与以往迥然不同的气质。
就个人而言，麦克阿瑟并无多少可以使尼米兹把他当做挚友的吸引力，但是尼米兹尊重这位军事领袖的才干。
