结核菌侵入人体后，是否发生结核病，主要取决于结核菌的数量、毒力与人体免疫力几个方面力量的对比，犹如两军作战，其胜负取决于双方力量的强弱较量。
如果侵入人体内的结核菌数量少、毒力弱，而人体的免疫力强，体内的大吞噬细胞（巨噬细胞）可以将结核菌完全吞噬消灭，这样也就不会发生结核病了，即使发生了，病情也较轻，容易康复；相反，如果吸入的结核菌数量多、毒力强，而人体的免疫力弱，不能将结核菌完全消灭，便容易发生结核病。
人的肺分左右两部分，左肺分上、下两叶，右肺分上、中、下三叶。人体首次感染结核菌所发生的结核病叫做原发性结核病。原发性结核病通常发生在右肺上叶底部、中叶或下叶上部，肺局部发生充血、水肿和白细胞浸润等病变。这种病变在病理学上称为渗出性炎症，而发生病变的部位叫做原发病灶。结核菌可以从原发灶通过淋巴管，到达肺门（我们将大支气管和大血管进入肺脏的部位称为肺门）淋巴结，引起淋巴管炎和淋巴结炎，这种哑铃状病灶称为原发综合征，是原发性肺结核的典型表现。原发灶和肺门淋巴结可发生结核病特有的干酪样坏死。因为结核病变的坏死部分呈灰白略带黄色，质地松脆，状似国外一种叫做干酪的食品，故称干酪样坏死。儿童肺结核多属原发性肺结核，边远山区初入城市的成年人也可发生原发性肺结核。
大多数原发性结核菌感染者在8～12周后便逐渐产生了免疫力，体内巨噬细胞增多，吞噬杀灭力增强，能把绝大多数结核菌吞噬杀灭，所以，绝大多数患者肺部的病灶可以逐渐自行吸收或钙化。但有一部分患者肺门淋巴结结核长期不愈，还可蔓延到附近的纵隔淋巴结，引起纵隔淋巴结结核。支气管旁的淋巴结因发生结核病变而肿大，肿大的淋巴结压迫支气管使支气管狭窄闭塞，肺组织不能充气而出现萎缩，这就叫做肺不张。肺部原发病灶，特别是肺门淋巴结内的结核菌，常常有少量会进入血液循环，从而把结核菌播散到身体的各个器官。由于人体自己产生了强大的免疫力，多数患者只在肺尖、骨、脑、肝、肾等处形成一些孤立的病灶，并可逐渐自行愈合。只有少数人因免疫力低弱，结核菌经血液循环传播，大量繁殖，从而可引起体内各种严重的结核病如粟粒型肺结核（病灶小如粟粒，满布两肺）、结核性脑膜炎、结核性胸膜炎等多个器官的结核病变。
再次感染结核菌所发生的结核病叫做继发性结核病。继发性结核病多数由内源性感染引起，少数由外源性感染引起。肺和其他器官的原发结核病灶虽然愈合了，病灶内的绝大多数结核菌逐渐死亡，但依然存在少数休眠的残余结核菌。这些结核菌可潜伏几年、十几年，甚至几十年，称为潜伏感染，等到人体免疫力降低时，又重新繁殖，引起结核病复发，这叫做内源性感染。机体再次吸入大量有毒的结核菌，也可引起结核病变，这叫做外源性感染。这两类结核病均称为继发性结核病。
继发性肺结核多数表现为浸润性肺结核，若摄X光胸片，会看到患者胸片上的病灶表现为云雾状阴影。此型肺结核多见于成年人，病变多在肺的上部，有的可形成空洞，或沿支气管向肺的其他部位播散。经过合理治疗，患者有90%以上甚至100%可以治愈，病灶完全消散吸收，或只留下硬结、纤维条索影或钙化灶。这些硬结、钙化和纤维条索影也是病灶愈合的形式。但如果这些患者不接受治疗，或治疗不彻底、不合理，肺部病灶便可形成慢性纤维空洞型肺结核（空洞壁反复纤维组织增生使空洞壁变厚、长期不能闭合）或肺毁损（由于纤维组织增生造成肺萎缩及功能丧失），从而使疾病长期不愈。继发性肺结核也可表现为胸膜炎、血行播散型肺结核。
