“正统”一词，不见于先秦儒家典籍，首先出现于汉代的《春秋公羊传》。《春秋》隐公元年首书：“春，王正月。”《公羊传》释曰：“何言乎‘王正月’？大一统也。”“王者受制正月，以统天下，令万物无不一一皆奉之以为始，故言大一统也。”是为“正统”意蕴之滥觞。正统观念的产生，带有着深刻时代烙印和丰富的历史内涵。它出现于汉代，是中国专制主义思想与儒家政治哲学中的名分观念相结合的产物。先秦时代，中央政权合法性的依据是“天命”，如武王克商，自称“我有周佑命，将天明威，敕殷命终于帝”。“惟时天罔食闻，厥惟废天命，降致罚，乃命尔祖成汤革夏，俊民甸四方。”当然，周人清醒地认识到，“天命”并非像商人所想象的那么可靠，它的转移与赋予还是依靠现实的政治措施，需给民以“德”，政权方有足够的合法性。这种观念一直延续至春秋，那时人们还认为“周德虽衰，天命未改”。可见，先秦时代人们是以天命来解释王朝传承的合法性依据的，正统观念尚未萌生。战国时，邹衍援用五行学说作为解释王朝传承现象的工具，“称引天地剖判以来，五德转移，治各有宜，而符应若兹”。“五德”即金、木、水、火、土“五行”，五行循环，周而复始，王朝的盛衰兴替亦依次而进行，在这里，“五德”中之某一“德”，即“五行”中之某一“行”，成为政权合法性的终极依据。汉武帝时，董仲舒在此基础上，又用天人感应学说加以改造，建构了新的历史哲学——“三统说”，王朝传承是有明显的统系的思想初步萌生了。“三统说”将王朝的传承兴替归结为白、赤、黑“三统”之循环。“三统说”可谓是“五德终始说”的简化，但以天道释人事，以神秘的自然力量来说明王朝递嬗的因素减少了，天人合一，客观的形上本体与伦理原则合一，以道德因素来解释王朝兴替的含义则大大增加了。作为董仲舒弟子的司马迁，尽管被后代理学家看来更接近“醇儒”的班固指责为“是非颇缪于圣人，论大道则先黄老而后六经，序游侠则退处士而进奸雄，述货殖则崇势利而羞贱贫”。然而太史公在阐释汉兴之前各王朝递嬗时，几乎完全同意董仲舒所阐发的“三统说”。他认为：“夏之政忠，忠之敝，小人以野，故殷人承之以敬。敬之敝，小人以鬼，故周人承之以文。文之敝，小人以皗，故救皗若以忠。三王之道若循环，终而复始。周秦之间，可谓文敝矣。秦政不改，反酷刑法，岂不缪乎？故汉兴，承敝易变，使人不倦，得天统矣。”夏、商、周三朝的文化特质分别为“忠”、“敬”、“文”，王朝的盛衰与文化的变迁紧密相关，但这种文化变化不是由低级阶段向高级阶段不断发展的历史进程，而只是救皗易弊的循环过程。刘歆作《三统历》，进一步阐发“五德终始说”，将秦排斥于合法的帝王世系之外，以汉朝直接承接周朝。刘歆援用五德说排列了五朝的统序与帝王的世系，至此，中国历史哲学中的正统思想正式萌生了。
正统史观萌生的初始阶段，被统治阶级大肆炒作，将其视为政治学说的意义远过于视其为历史哲学之意义。就在邹衍发明“五德终始说”不久，秦始皇便全面接过这种学说，“推始终五德之传，以周为火德，秦代周德，从所不胜。方今水德之始，改年始，朝贺皆自十月朔。衣服旄旌节旗皆上黑”。汉高祖斩蛇起义，“由所杀蛇白帝子，杀者赤帝子，故上赤”。“旗帜皆赤。”自以为承火德之运。这种做法，与其说是一种政治哲学之运思，不如说是为创立本朝合法性根据而构思的政治神话，用这种政治神话来确定自身政权的合法性。中国史学史上，将正统思想作为历史哲学的重要范畴运用于历史学著述的第一人当推班固。
班固全面地、创造性地发挥了刘向父子建构的五行相生，汉为尧后之说，以正统史观为依据，阐释了以西汉王朝为中心的中国历史，他明确提出，“汉继尧运，以建帝业”，批评太史公将汉初诸帝“编于百王之末，厕于秦、项之列”。认为汉王朝的缔造者是唐尧的后人，唐尧乃是被孔子称为“唯天为大，唯尧则之”的千古圣王，他将帝位禅于同样是圣王的虞舜，舜之后的合法传承次序是夏、商、周。周之后“天乃归功元首，将授汉刘”。故汉“盖以膺当天之正统，受克让之归运”。这就说明刘汉“皇家帝世，德臣列辟，功君百王，荣镜宇宙，尊无与抗”。从而将汉王朝的历史地位，提升至无与伦比的高度。为了突出汉家“膺当天之正统”的地位，班固大量地采用了当时谶纬之学的枉说，编造了“汉帝本系，出自唐帝”的政治神话，并以此认为“汉承尧后，德祚已盛，断蛇著符，旗帜上赤，协于火德，自然之应，得天统矣”。在这里，正统的标准就是通过谶纬的政治神话和“断蛇著符”等瑞应来证明天命之所在，以神秘的非理性的信仰和力量显示汉王朝的合法性和他人建号称王的僭伪性。因而，班固竭力贬损那些与西汉王朝前后相接而存在过的政权，他无视历史事实，坚执汉家承尧继周之说，将嬴秦与新莽政权均视为“亢龙绝气，非命之运，紫色皘声，馀分闰位”。陈涉之张楚与项羽之西楚地位更加低下，与王莽的新朝一样，不过是为“圣王之驱除云尔”。班固具有如此清晰的正统史观，与他对封建等级制度和君主集权专制制度的深切体认是分不开的，他非常认同孔子的“正名”思想，竭力充当等级制度与君主集权体制的辩护士。《汉书》史论，坚持以儒家经义为依归，其表、志、序言、纪、传、赞语，常引经义，尤以引用《论语》为最多，东汉仲长统称《汉书》“宗经矩圣”，实一语中的。班固不但颂扬和维护以汉王朝为代表的等级制度与中央集权专制体制，而且必然地颂扬和维护当时体现这种制度的统治思想——以儒家经典为形式，以阴阳灾异说和谶纬神学为内容的官方儒学，他自觉地运用这种理论去解释一些历史现象，为汉家帝王世系寻找合法性的依据。班固是中国史学史上将正统史观系统化、具体化并用以作为编撰史著指导思想的第一位史家，自此而始，正统意识开始由一种政治神话渐渐地转为历史学说。
东汉以后，中国历史进入了长达四百余年的分裂割据时代，频繁的王朝更替和众多的政权并立使得统治者迫切地需要为自己的政治统治出示合法性的证据，思想家们也出于不同的政治立场和思想观念，参与了正统问题的讨论。三国鼎立，孰为正统，这在三国时代便成为人们普遍关注的政治问题。当曹丕代汉之时，曹氏集团就极力渲染天命在魏。按照谶纬的政治神话，圣人受命而黄龙现，王者德化而白雉出，当时曹魏境内祯祥吉瑞纷纷出现，以证魏受汉禅乃上应天心，下合人意。魏臣许芝则搜罗谶纬条文，论证魏国有受命之符。曹丕称帝，按五德之序，三统之位制定了相应的礼乐、服色、数字等正统标志。蜀汉也是一样，一方面声讨曹丕窃居神器，一方面“考省灵图，启发谶纬”，表证天命在蜀。刘备称帝，以绍汉自名，沿袭两汉火德相应的色彩，以示正统。孙权效法曹、刘，编造天命符瑞，宣称“历数在躬”，以示正统所在。三国各争正统，指斥敌国为僭伪，尚为政治神话在现实政治斗争中之运演。自西晋陈寿撰《三国志》，三国正闰之争则成为史家不同的历史观之间的交锋。陈寿《三国志》，以曹魏为正统，蜀、吴君主则直呼其名，记事则各采本国年号系年，亦以魏之年号相统属。陈寿的正统史观，主要乃是为了迎合西晋王朝的政治需要，尚未形成系统的历史理论。东晋面临着与西晋迥异的现实环境，北部中国为少数民族政权交相控制，正统之争又成为新的时代课题。袁宏著《后汉记》，借东汉的历史来隐喻东晋王朝的合法性，提出“汉苟未亡，则魏不可取”的见解，实际上就是基于宗法血缘关系的准则，主张以蜀汉为正统，为东晋王朝曲折地寻找合法性的依据。习凿齿著《汉晋春秋》，大力发扬了《后汉记》的这种观点，事实上，习氏以蜀汉为正统，以晋继汉的理论主旨乃是为了尊崇东晋，而不是尊崇西晋。因为东汉亡而蜀汉以宗室之身份绍续正统于巴蜀与西晋亡而琅邪王以宗室之身份自立于江左情况非常相近。蜀汉之为正统，则东晋自然为正统，这反过来证明北方少数民族政权为僭伪无疑。不过，习凿齿的最大贡献并不在于为东晋政权找到了合法性的依据，而是在于第一次为“正统”概念提出了理论界说。他认为，“若以魏有王者之德，则其道不足；有靖乱之功，则孙、刘鼎立。道不足则不可谓制当年，当年不制于魏，则魏未曾为天下之主。王道不足于曹，则曹未始为一日之王矣”。在习氏看来，曹魏既不能一匡天下，是为无“功”，又未能德流海内，是为无“道”，“德不素积，义险薄冰”。这样，“功”、“道”、“德”、“义”应是构成“正统”的重要因素。习凿齿摆脱了谶纬神学主导下天命论的藩篱，将传统儒家思想中的伦理观念引入正统，这一点，至宋儒手中演化为判定历史上政权合法性与否的重要标志。
南北朝期间，南、北诸史攻讦之辞触目皆是，“南书谓北为‘索虏’，北书指南为‘岛夷’”。各以正统自居，指斥对方为僭伪。唐初李延寿撰《南史》、《北史》亦未能超越时代，尽管他一再宣称，其所著南北朝历史要贯通前后，不分正统，但毕竟没有扬弃正统观念之束缚。清人王鸣盛指出：“《南史》于永初元年末，书‘是岁魏明元皇帝泰常五年’。案《北史》帝纪不呼南朝诸帝为皇，亦不纪其改元，独详于此者，李延寿欲以北为正也。又景平元年之末，书‘是岁魏明元皇帝崩’，梁武帝纪天监十四年春正月丁巳，‘魏宣武景帝崩’，亦尊之也。《北史》帝纪南帝只书‘殂’，宋文帝纪元嘉二年之末书‘是岁赫连屈皅死’，此魏明帝所改，而《南史》遵用之，亦是尊魏；北伐南，各书皆称其姓名，南史则改称庙号，皆抑南尊北之意。”实际上《南史》、《北史》就是以北魏、北周、隋为正统，宋、齐、梁、陈及东魏、北齐为“偏据”。证据有三：一是宋、齐、梁、陈、东魏、北齐帝纪必系北魏、周、隋之年号；二是北魏、北周皇帝死，《南史》书为“崩”，南朝、东魏、北齐皇帝死，《北史》则只书为“殂”；三是北魏、北周、隋对南朝、东魏、北齐发动战争，《北史》书为“征伐”。李延寿正是以这种“春秋笔法”来表述其正统史观，体现了他对中国历史上大分裂时期北方政权合法性的认同，而这种认同则建基于对大一统政权的强烈肯认这种政治观念之上。中国历史上的统一与分裂是一个非常复杂的问题，中国的历史当然不应只囿于王朝的历史，更不应该只是汉族王朝的历史。对于今天的我们来说，应该站在中华民族的立场上看待历史上的一切政权和它们之间的关系，而不能局限于汉族的观念。李延寿在这里表达了一个很可贵的思想，那就是他没有仅仅从狭隘的民族主义的观点看待分裂时期北方少数民族政权的存在，并不过份重视血统关系，少数民族只要接受汉族文化，认同汉民族先进的典章制度，就可以成为大中华文明区域的一员。在他看来，统一的标准就是政治上的一致，而并不重视血统、思想宗教、社会习俗、语言文字等方面的一致性。而在宋儒眼中，后者恰恰是判定分裂时期孰为正统的重要标准。
中唐以后，儒学复兴运动开始蕴酿并逐渐趋于高涨，至北宋中期终于汇成一股强大的文化洪流。法国汉学家谢和耐称之为“复古主义思潮”，他认为“复古的远因乃是安禄山叛乱后的‘民族主义’反应，要回溯中国传统的生动泉源。自佛教兴起以来被人弃置的经典，隐含未明言的哲学，一旦将其提取出来就可以保证社会和谐与政治秩序”。儒家思想成为评判是非标准的历史哲学。依司马光之言，史学应视为“儒之一端”，儒者开始对萌生并成形于汉魏的正统理论进行清算。
晚唐的皇甫湜承认春秋公羊学的一统之说，将之视为判定正闰的标准，极力赞同大一统政权存在的必要性，认为“王者受命于天，作主于人，必大一统明所受，所以正天下之位，一天下之心”。又说：“舜传之尧，禹传之舜，以德禅也，桀放于汤，纣杀于武，以时合者也；秦灭二周兼六国，以力成者也；汉革秦社稷，以义取者也。故自尧以降，或以德，或以时，或以力，或以义，承受如贯，始终可明。”在他看来，只要能够确保大一统政权的建立，无论用什么手段，如“德”、“时”、“力”、“义”都可以。这种说法其实已突破了由习凿齿建立起来的儒家纲常名分观念判别正闰的单纯标准，大一统是如此的重要，以致于为了获得它而不计方式与手段，方式与手段也不能成为判定一个政权是否属于正统的标准。然而，在论及南北朝时代正统归属时，皇甫湜则肯定“晋之南渡，人物攸归，礼乐咸在，流风善政，史实存焉”。反观元魏，“斩伐之地，鸡犬无余，驱士女为肉篱，委之戕杀，指元冠为刍狗，呈其屠刈，种落繁炽，历年滋多。此而帝之，则天下之人有登山而饿，忍食其粟而立于朝哉？”皇甫湜归正统于东晋的理由是“礼乐咸在”；而以元魏处闰位，根据为“斩伐之地，鸡犬无余”和“指元冠为刍狗”。元魏的统治手段过于残暴，也不重视礼乐文化的价值。这样，他在判别大分裂时期正统地位的归属时，其实是运用了文化的标准，以文化程度的高低来决定正统的归属，这一点，对宋儒的正统观有一定程度的影响。
