朱元璋年轻时讨过饭，当过和尚，亲眼看到各地官吏贪赃枉法，欺压百姓，元朝朝廷放任不管，弄得民怨沸腾，到处揭竿而起。他深深懂得“官逼民反”的道理。他从元朝的灭亡中总结出一条经验，他说：“元朝因宽容放纵贪官污吏，把江山丢掉了，如今我得了天下，若不用严刑峻法便不足以矫正积弊！”
在朱元璋看来，平民求的是安居乐业，饱餐无疾，而知识分子的欲望就多得多，他们寒窗苦读，为的就是升官发财，光耀门楣，真正胸怀天下、刚正不阿的官吏是少之又少啊。所以，在明朝初年，朱元璋对政府的财政把控严谨，他以为掌控了各级政府的财政，就可避免官员们贪污。他惩治贪官有两大独特的方法：一是查处窝案，一是施行酷刑。
朱元璋规定，每年各府必须把财政收支账目上报给布政司，然后布政司上报给户部，一级一级上报，直到户部审核合格，同意报销，整个过程才算结束。如果万一有数字对不上，那整个报销册便作无效处理。各布政司还得重新填写，然后盖上原衙门的印章才能生效。各布政司离京城路途遥远，近的也有千里上下，一个来回就得几个月。
为了达到户部的要求，同时又能免去来回奔波，各布政司官吏在来京时身上都带着盖过官印的空白文册。万一有什么地方不合格，他们就在这些空白文册上随时填写改正。对于这种情况，户部也很清楚，在他们看来这样做双方都省了不少麻烦，合情合理。
洪武十五年（1382年），户部官员和地方官府相互勾结，先在空白报表上盖印，然后再私自填上不实的支出数额，以达到中饱私囊的目的。朱元璋得知此事后，即刻下令处死了各地衙门中掌印的所有长官；对副长官则杖刑一百，并发配边疆。朱元璋下诏，一切贪污案皆要根据线索逐层详查，直至将案情完全查清，把贪污者彻底肃清。
除了查处窝案，朱元璋惩治贪官的另一个特色便是施行“剥皮实草”等残酷的刑罚。实际上，在《大明律》中已有很多惩贪的规则，可朱元璋还是亲自编撰了《大诰》，并使其效力在《大明律》之上。
《大诰》里规定，凡是贪赃六十两银子以上的，都要被处以剥皮实草的刑罚。每个府、州、县及区所衙门左边的土地庙便是执行刑罚的地方，人们称之为“剥皮庙”或“皮场庙”。执行者将贪污的官吏押至那里后，先将犯官头颅砍下挂于旗杆上向众人展示；然后再将人皮剥下，用稻草蟮满；最后，将头颅放进皮场庙里，将人皮草人儿摆在衙门公座的一旁。
按照规定，新官吏上任的第一天要去皮场庙实地观看，并在里面休息一晚，以接受警示。此外，还有墨面文身、挑筋、挑膝盖、剁指、抽肠、割鼻子、阉割、凌迟、族诛等三十余种残酷的刑罚。到了后期，朱元璋发现贪官日益增多，便直接下诏，凡是贪污者，不管贪污多少、情节轻重，统统处死。
在惩治贪污方面，朱元璋向来声势猛烈、果敢迅速。
洪武十八年（1385年），御史余敏、丁廷举告发北平布政使司、按察使司官吏李或、赵全德等与户部侍郎郭桓及胡益、王道享等人勾结舞弊、吞盗官粮事件。朱元璋接到告发，下令逮捕他们，令法司拷讯。因事情牵连到礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦至德等，于是将赵瑁等人弃市。最后自六部左、右侍郎以下，郭桓等数百人都处以死刑，追赃粮七百万石。“犯人”的供词牵涉到各布政使司官吏，入狱被杀者又有几万人。追赃又牵涉了全国各地的许多大地主和中等以上的地主，地主们破产的不计其数。总的来说，郭桓的罪状有以下两个方面：
一是收受地方钱钞。郭桓等人在收受浙西地区的秋粮时，应合上仓450万石。但郭桓只上缴60万石上仓、钞80万锭入库，按照当时来计算，可抵两百万石，余有190万石未曾上仓，郭桓等人收受浙西等府钞50万贯，致使府、州、县官黄文通等通同刁顽共同作弊。
二是分受夏税秋粮，归己所有。应天等五府州县有数十万亩没官田地夏税秋粮，官吏张钦等通同作弊，并无一粒上仓，与郭桓等尽行分受。
总共算来，郭桓等人侵盗官粮约700万石。其所盗仓粮，“以军卫言之，三年所积卖空”。
案件定罪后，三吴一带、浙东西帅区的一些富豪名门多受牵连。其案件株连人之广，打击面之大，是朱元璋万万没有想到的。许多地主和官僚纷纷上告，表示不满和恐慌。他们当然不敢申诉买卖官粮这一严重犯法行为是应该的、合法的，而是指斥、攻击、告发处理这起案件的御史和法官，并说“朝廷罪人，玉石不分”。于是一时间舆论沸腾，情势严重。朱元璋也觉得这个矛盾如继续发展下去，对自己的统治十分不利，于是下诏分析郭桓等人的罪状，一面又将原审法官右审刑吴庸等人处以磔刑，以平息众怨。并下令：“朕诏有司除奸，顾复生奸扰吾民，今后有如此者遇赦不宥！”以此缓解同地主官僚的矛盾。
在治理贪污时，朱元璋更是从不避讳官高势大者和自己的亲眷，就算职位再高、与他的关系再亲近，他也绝对不会曲意纵容。
华云龙是开国元勋，只因为在北平私自占用了元朝丞相的居所，就被免了职；朱元璋的三女婿（即安庆公主的丈夫欧阳伦），不顾朝廷禁令私自倒卖茶叶且贪赃纳贿，他家的奴仆周保还指使地方官员从民间征调来数十辆车子，帮助其主子私自运送茶叶。后来此事被一个小官揭发，朱元璋执意依据国法处死了欧阳伦，杀死了周保，并下了一道通敕令，遣人给那个揭发此事的小官送去，称赞了他不畏权势的精神。
朱元璋为了彻底整治当时混乱的财务状况，用心总结经验教训，施行了一套新的管理方法。
其中，最重要的一条便是在做钱粮等财务记录时，把汉字里的数字“一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、百、千”分别改写成“壹、贰、叁、肆、伍、陆、柒、捌、玖、拾、陌、阡”。这项措施在封堵财务管理漏洞方面的确发挥了十分重要的作用，并且开创了中国历史上记录金额使用大写数字的先河。
后来，人们在现实生活中渐渐把“陌、阡”两个字改写成“佰、仟”。直到现在，这些金额大写字还被应用于财务往来中。
朱元璋除了严惩贪官外，还很重视嘉奖廉洁的官吏，以匡扶正气、压制邪佞。
清正廉洁的济宁知府方克勤对百姓的生活十分关心。某年夏季土地干旱，农民们正抓紧时间抗旱种庄稼，但当地的官军却要把农民征去修城，方克勤忙恳求中书省将此项徭役取消了。他在济宁为官三年，使得“户口增数倍，一郡饶足”，可他却生活得清寒贫苦、俭省朴实。他的一件布袍穿了十年都没换新的，而且一天仅一餐有肉。三年之后，方克勤人宫朝见皇帝，朱元璋为了表扬其廉洁，专门赐宴给他。
著名的秀才罗复仁是弘文馆的学士，一日，朱元璋微服出行时，看到罗复仁的住所很破旧，不禁慨叹道：“好秀才怎么能在这么破旧的房子里住呢？”即刻将一座新房子赐给了他。
历经二三十年的治理，明朝官场之风渐渐变好，地方官吏的作风和治绩日益清明，社会秩序逐渐稳定，经济也随之得到发展。
“空印案”和“郭桓案”这两起整治贪污的案件，在封建社会里，虽然说不能完全杜绝贪官污吏，但它对安定社会秩序、澄清吏治，毕竟起了一定作用，确实为贪赃枉法之人敲响了警钟。
但这两起大案打击面过大，也冤杀了不少好人，因为朱元璋定案时没有证据，只是凭自己的怀疑就定罪。近年来，有的学者认为，“空印案”纯属是个捕风捉影、定性错误的案件。
在案发的时候，湖广按察使佥事郑士元受到牵连，其弟郑士利曾上书为之鸣冤，朱元璋没有听其申诉，把他和郑士元都罚到江浦去做苦工。被处死的清官方克勤，就是后来建文朝大臣方孝孺的父亲，老百姓歌颂他是“我民父母”。前面提到的郑士元，不但刚直而且有才学。任职其间，荆、襄卫所军队掳掠妇女，官吏都不敢过问，他找到卫所军官，叫他们把掳掠的妇女全都释放。安陆有冤狱，他冒着触怒御史台的风险，替他们上书平反。这两位能干的清官，都因“空印案”被牵连而死。
