兰州，西北军政长官公署所在地，是国民党在西北的军事、政治中心。国立兽医学院成立后，国民党甘肃省党部要求学院成立国民党党部和三青团团部，建立“防奸保密小组”，盛彤笙以一个学者的清高和骨气，想方设法加以抵制，或采取拖延的办法，始终没有成立，这在蒋管区的机关学校中绝无仅有。
1948年5月，甘肃省戡乱建国动员委员会拟举办大规模讲演及论文比赛，通知国立兽医学院：“主旨侧重戡乱建国动员工作之宣传，提高青年政治认识，加强学术研究之兴趣，贵校为西北最高学府，群贤毕至，不乏专家，对此问题定多高见，请赐予卓见以资参考。”
盛彤笙在通知上批示：“查本院均为畜牧兽医人员，对于政治学术素无深刻研究，且课业繁忙，复以不克参加。”拒绝了这次演讲比赛。
甘肃省参议会也举办了一次戡乱建国讲演竞赛，指定国立兽医学院“派同学三十人参加并请各位教授莅会指导”，学院按照盛院长批示“本院在校受业学生仅九人，余在兰大授教，课业繁忙不克参加”，复函加以拒绝。国民政府教育部多次来电来函要求进行“戡乱救国动员宣传”，盛彤笙冷静应对，批示“阅存”，始终没有照办。
天之将明，其黑尤烈。1949年4月，原西北军政长官张治中将军参加国共和谈后，蒋介石面对国民党的溃败和颓势，将“青海王”马步芳当作挽救西北的一根“救命稻草”，任命其代理西北军政长官，7月又正式任命为军政长官。马家军素有虎狼之性，凶残野蛮。1936年，马家军对我被俘的红西路军战士不仅屠杀、活埋，有的还被割掉耳朵、鼻子，有的把肠子扯出来绕在树上。红5军军长董振堂、政治部主任杨克明、13师师长叶崇本的头颅被割下来，挂在高台县城楼示众。在马家军的大肆暴虐下，我两万一千多名西路军将士仅有少部分生还，其状惨不忍睹，骇人听闻。
为了做好抵抗人民解放军进军大西北的准备，马步芳在兰州实行法西斯统治，大搞白色恐怖，相继颁布了“戒严法”“紧急治罪法”“户口连保”“邮电检查”等近20部反动法令。在原国民党“军统”“中统”等特务机构的基础上，调进大批马系骨干分子，实施特务统治，一时间，古城兰州警笛长鸣、宪警遍街、特务如麻，一片血雨腥风。学校更是不堪其扰，不胜其忧，马步芳上任后不久，一面采取一些怀柔政策，命令甘肃田粮处，给在兰的四高校学生每人面粉46斤、银元6角，使他们不要闹事，企图稳定后方；一面建立“戡乱建国动员委员会”，派出特务、暗探潜入各高校，注意和监视学生的活动，搞得学校人人自危。盛彤笙携手兰大校长辛树职、西北师院院长易价、西北农专校长路葆清等，冷静应对，与之展开了惊心动魄的斗争。
5月间，刚刚代理西北军政长官的马步芳，提出要在国立兽医学院驻军，以抗拒兰州的解放。这可急坏了盛彤笙，一驻军，学校肯定要毁于战火，他叫上秦和生，跑到宁夏找西北军政副长官马鸿逵及宋希濂、董其武等其他一些西北军政要员，言明兽医学院系由蒋主席手令创立，且地方狭小，不宜驻军。通过从侧面迂回做了大量的工作，终于说动了马步芳及其子马继援，保住了兽医学院。
6月，马步芳效法徐州战役将机关工作人员及青年学生强征入伍的办法，以创办军事夏令营为幌子，妄图让几所大学的青年学生替他们充当炮灰。盛彤笙与其他三校领导分析后，觉得战局如此紧张，还搞什么军事夏令营，事出蹊跷，于是商议联合加以抵制。他们以躲避战火为由，将学生提前放假回家，只留少数人护校，使马步芳这一如意算盘随之落空。
8月初，马家军为死守兰州鼓舞士气，由西北长官公署政工处处长上官业佑出面牵头，组织“甘肃各界兰州战地服务团”，要求四大院校和和兰州图书馆、甘肃科学教育馆的教职员工参加，“动员一切人力物力，配合军事需要，支援前线”，其任务是宣传、慰劳、服务和医疗救护等，要求师生们上街大量张贴标语、漫画及宣传品，向社会募捐“慰劳品”“慰劳金”，救护伤病员和伤病马匹。六院校馆的负责人还是以学校放假为借口，没有发动和组织学生参加，将此事拖延了下来。
兰州解放前夕，盛彤笙和夫人邹东明经常在深夜收听延安的广播，了解时局的发展变化情况，以便采取应对措施。当收听到解放军总部一再广播，要求蒋管区各单位负责人和广大群众保护好工厂、机关、学校以待接管，特别指名“国立兽医学院院长盛彤笙先生，我们很快就要打过来，请你保护好学校”时，大家更坚定了保护好学校人员和财产的决心。当时，国民党省党部指令兽医学院成立应变委员会，由盛彤笙任主任，朱宣人为副主任。他们就利用这一组织，积极护校。一次，朱宣人、许绶泰、常英瑜、买永彬等聚集在盛彤笙家中，讨论如果万一在兰州城展开拉锯战，应采取什么态度时，总务长常英瑜坚定地说：“那我们就一边倒，倒向共产党。”这一向往光明、向往正义的表态，得到在场人员的一致赞同。
随着解放大西北的炮火声日益临近，兰州城内兵荒马乱，马步芳匪帮在作困兽犹斗的同时，疏散城内各学校机关，胁迫四校（兰大、西北师院、兽医学院、西北农专）两馆（兰州图书馆、甘肃科学教育馆）迁往河西。由于马步芳军队骑兵多，需要兽医为他们服务，对国立兽医学院更是垂涎三尺，马步芳以“紧急命令”通知兽医学院：
“查目前西北剿匪军事吃紧，为配合军事需求，所有中央驻兰机关学校应即尅日加紧疏散，借以加强战斗力量。兹指定该院迁往西宁”。
早已看清国民党及马家军总崩溃即在眼前的四校负责人，共同商议，不能为他们效劳殉葬，他们借口学校迁移须征得教育部的同意，设法拖延。于是和兰州图书馆、甘肃科学教育馆的负责人等，6家联名致电广州教育部，提出以下3条迁移条件：
“一、六单位以迁移同一地点为原则；
二、这些单位所有公物计有5800箱，需要一定的装箱准备时间；
三、师生员工加眷属共7130人，请求拨给搬迁费、建筑费、生活费30万银元。”
教育部自然难以答复他们的请求，搬迁时间也一拖再拖。马步芳当然不甘心就此罢休，后看青海难守，转而于8月15日又向国立兽医学院发出紧急命令：“一、兹改着该院随同兰州大学迁往武威；二、如不西迁，以军法论处。”由于不见行动，马步芳再次召集四院校负责人到其“长官公署”，胁迫他们立即迁往河西走廊，如不迁校，则必须在他们拟就的“反共宣言”“告四院校学生书”“致广州国民政府请求空运枪支弹药来兰的电报”等三个文件上签字，作为交换条件。对这几个清高自尊的大知识分子来说，是一次极为艰难的抉择。虽然他们心向光明，坚定不移地倒向共产党一边，但现在身陷虎狼之穴，面对穷凶极恶的马家军，处置稍有不慎，就有可能使学校和师生遭受灭顶之灾。四院校负责人经反复权衡，觉得这三个文件对他们起不到一根救命稻草的作用，却可以使四校负责人免遭杀身之祸，使数千名师生和家属免除了迁徙流离之苦，保持四院校完整地交给人民，遂在三个文件上签了字。正如他们所预料的那样，告四院校学生书中号召学生参加国民党军队，事实上并无一人应召；要求广州国民党政府空运枪支弹药来兰的电报，更无任何反应。
解放后，这些问题自然成为盛彤笙的历史问题，在以后的政治运动中多次被翻腾了出来，成为反党反人民的罪证，盛彤笙也在多次检讨中自责自己。其实，四校领导对这件事情的处置，在当时的情况和背景下，是一场艰苦卓绝的智慧较量，也是唯一正确的选择，这个时候保护师生的生命安全、保护人民财产免受损失是头等大事，任何冲动都可能带来灭顶之灾。柔能克刚，“飓风过后，伏草唯存。”盛彤笙当年和其他高校领导由于处置得当，将学校的人员和财产完整无损地交到了人民手中，才是他们最大的爱国爱民，也是他们作出的最大贡献。盛彤笙也认为自己“问心无愧，因为其最终结果是对人民有利，对党有利”。
