有自己的观点、有明确的目标、有面对困难的勇气和坚持到底的信心，在经历了苹果和SGI的失败后，李开复开始更加审慎地规划自己的职业生涯。1998年7月，李开复接受了微软的邀请，前往中国组建微软中国研究院。
微软决定在中国开设一个研究院的想法由来已久。但是有一个问题让他们无法开始——找不到合适的人。这个研究院的负责人应该与中国有关系，愿意去中国工作，还要是计算机领域的专家，有能力指导研究人员开展工作，同时又具备一定的管理能力。同时具备这些条件的人并不好找，因此微软就曾经想过，如果找不到合适的人，那么他们宁愿退而求其次，先把这个机构的规模缩小，甚至只让它具有象征意义，然后再慢慢做大，但这样做对微软来说又有着不小的风险，万一做不起来怎么办？这个问题一直困扰着微软，直到1998年春天李开复“自投罗网”。
1998年7月9日，微软公司正式宣布李开复博士加入微软。李开复在这一天说：“我现在相信微软研究院是实现我的梦想的地方。”许多人在之后解读李开复这句话的时候，往往会将其解读为李开复在职场上的飞跃：正是因为微软中国研究院的成功，使得李开复在两年后调回微软总部，成为微软历史上首位华人副总裁。但在笔者看来，李开复所指的梦想是一个未实现的“中国梦”，正是在这个“中国梦”的指引下，虽然大多数人对前往中国组建研究院的工作视为畏途，只有李开复甘之如饴，即使有再大的困难，他也要坚持下去。
果不其然，李开复在加入微软后的第一个星期就碰到了问题，那就是他找不到足够聪明又愿意和他一同去中国的人。李开复和雷德蒙微软研究院的多位华人同事进行了沟通，结果却发现愿意与他一同去中国的人很少，虽然他们都觉得在中国创办研究院意义很大，但习惯了美国平稳生活的他们似乎不太愿意跟着李开复去冒险。
另一个可能的原因是，中国研究院的待遇不够吸引人，虽然这个原因似乎不太说得出口。
李开复与当时在惠普做视频研究主任、后来成为微软亚洲工程院院长的张宏江有过一番对话。当时李开复告诉他，回到中国之后的工资待遇，第一年是美国水平，第二年砍掉一部分，第三年和中国国内的工资拉平。张宏江想都没想地就拒绝道：“开复，你听过哪一个公司减工资的？”李开复老实地说：“没有，但公司的政策就是这样。”张宏江坚持说：“如果这样，你不能指望从国外找人回来。”李开复又再度与微软进行沟通，此后微软中国研究院中那些从国外回来的人，都能拥有一个还算满意的薪金待遇，应当说与张宏江的这些谈话不无关联。
《古兰经》说，既然大山不会主动走过来靠近穆罕默德，穆罕默德就主动走过去靠近大山。李开复既然不能找到合适的人和他一起来中国，他立即选择了到中国去找合适的人。7月中旬，距离他加盟微软仅仅一个星期，李开复就离开美国来到了北京。值得欣慰的是，在雷德蒙，有两位同事愿意和他一同来中国创办研究院。一位是微软公司的软件检测工程师陈宏刚，另外一位是微软公司的研究员凌小宁。
此外，还有李开复在卡内基梅隆大学读博士时的两位师弟沈向洋博士和洪小文博士，他们在此之前都曾和李开复在苹果并肩战斗过，洪小文更是参与了李开复在大学的语音识别项目。对他们来说，李开复具有一种令人信任的个人魅力，但由于他们在总部都还有相应的研究项目，所以只好先选择从旁协助，为微软中国研究院的创建而奔走和运筹。
他们就是李开复来到中国组建研究院时“最初的追随者”，在他组建和管理微软中国研究院的两年里，这几个人给了李开复很大的帮助。
1998年，当李开复受命来到中国组建研究院时，当时的微软在中国受到严重的品牌冲击：它被猛烈指摘为垄断者和不愿了解中国规则的强硬主义者。有的媒体开始提出“信息安全的重要性”，对于微软要在中国建立研究院，有的报道直截了当地称“狼来了”，李开复等人与高校和科研院所的接触也被渲染成“抢人才”。微软在大学生中的印象也不太好，大家感觉微软比较霸道，总体上是一个负面形象。一些学生还通过在微软中国工作的同学和朋友了解到，微软的待遇、技术、环境，还有将来的发展，都没有什么了不起。不少同学听了都说，他们宁可去惠普或者国际商用机器公司。
为了改变学生们对微软研究院的看法，与竞争对手抢人才，保证研究院顺利挂牌，李开复和他的同伴们做了很多工作。他们讨论并解决的问题有：招聘问题、待遇问题、档案问题、社会保险问题、回国学者举家搬迁问题、外地学者进京户口问题、最优秀的人在哪里、受教育水平越高优秀人才的概率也就越大、大学生中最优秀的人是不是全都出国了、寻找并且雇佣比自己更聪明更有创造能力的人、中国的信息产业部、科技部、教育部、北京计算机领域的56家媒体、人事制度、户籍制度、档案制度、怎样感谢那些支持了研究院的中国官员、该为那些介绍毕业生来应聘的学校提供多少赞助……不一而足。而研究院定于当年11月挂牌，时间紧任务重，李开复等人只能加班再加班，忙得连轴转。
我们不妨看一下微软研究院挂牌之后第二天李开复的行程安排。这天早上他是在研究院里度过的；中午，他和微软负责研究的副总裁里克·雷斯特先到了中国科学院研究生院的大楼，会见了500名学生；然后在16点的时候进入清华大学，给360个学生进行演讲；到了傍晚六点，他们离开清华，马不停蹄地赶往隔壁的北京大学，那里有600个研究生怀揣着一大堆问题，在北大小礼堂里等待着他们解答。当这一场会见结束的时候，已经是晚上八点多。连续八个小时下来，李开复和里克·雷斯特忙得茶点未进，但当他们想到，在今天和他们见面的这群学生里，会有不少人或许因为这次见面从而改变对微软的看法，甚至有可能进入微软，他们依然都兴致盎然。
这样的场景，在李开复主持微软研究院的日子里曾多次出现。李开复一直重视与中国大学生的沟通，而校园演讲一直是李开复为微软造势和为研究院网罗人才的“杀手锏”。在往后的一年里，李开复先后与35000名大学生见面并且对他们发表演讲，在这些大学生心中成功地埋下了微软的种子。
研究院的招聘工作在紧张地进行着，几乎每天都会安排面试，少则四五人，多则八九人。到1998年的最后一周，向微软中国研究院提出申请的已经超过1000人。应聘人员的增加使得微软的工作人员也成了“空中飞人”。他们带着考卷，从北京到哈尔滨，从哈尔滨到西安，从西安到上海，从上海到武汉，不停地飞来飞去。到1999年1月，微软已经从应聘者中挑选了15～20名博士或准博士加盟研究院，有10人左右业已加盟微软。
在紧锣密鼓地对国内的佼佼者进行招聘的同时，微软中国研究院也没有放弃对海外人才的招揽。在李开复的努力下，1999年1月15日，对微软中国研究院可谓是双喜临门，在这一天，张亚勤和下定决心来到中国的沈向洋同机来到中国，正式加盟微软中国研究院。一个月后，发明和研制了世界上第一个高质量低成本的高清晰度电视解码器的李世鹏博士回来了；两个月后，为邓小平做电脑演示、被誉为“电脑娃娃”的李劲博士回来了；又过了一个月，毕业于美国纽约理工大学电气工程系的多媒体网络、无线通信和网络领域的专家朱文武博士回来了……人才的聚集效应开始在微软中国研究院显现。
一切都在往好的方向发展，李开复也开始在中国站稳脚跟。
