一 戴笠投入内战准备
1945年8月15日，日本裕仁天皇发表停战诏书，正式宣布无条件投降。经历了长达八年的艰苦抗战，中国人民终于打败了凶恶暴虐的日本侵略者。
在这八年的抗战过程中，中国共产党的力量日益壮大，逐渐成为一支不可战胜的力量。至1945年4月，由中共领导的解放区已经拥有了9550万人口，形成了19个大的解放区；由中共领导的抗日军队已经发展到了91万人，不脱产的民兵发展到220万人以上，所辖区域广大，人口众多，由于执行抗日民族政策，政治蓬勃向上，在全国影响巨大，形成了民之所归的趋势。因战乱而疲惫痛苦不堪的人们看到了和平、安定的曙光，向往和平、追求民主建国已经成为一股不可遏制的潮流。
在全国人民迫切要求废止国民党一党专政、成立民主联合政府的形势下，国民党统治集团却为了维护其一党独裁，于1945年5月5日至21日，在重庆召开中国国民党第六次全国代表大会，这次大会将动员全部力量准备发动反共反人民的内战、抢夺胜利果实作为中心议题之一。18日的大会上，蒋介石明确指出：“今天的中心工作，在于消灭共产党！日本是我们国外的敌人，中共是我们国内的敌人！只有消灭中共，才能完成我们的任务。”
跟随着蒋介石的步调，戴笠“反共”的意识此时也占到了上风，他认定沪宁地区是蒋政权的心腹地带，也是自己政治上的命根子，他冷静地认为：“抗战并未真的已经胜利，因为对付共产党比打日军更困难十倍百倍，所以不能说是已经胜利。就所负责任来说，只能说旧的告一段落，新的更困难，刚刚才开始。”
日本宣布无条件投降之后，正面战场上的国民党军队都偏处西南，大军在短期内集合开赴沦陷区受降无法实现。而沦陷区内，尚有拥有各种轻重武器的投降日军130多万，近百万的伪军力量也不可忽视，如何顺利完成接收以及防制中共就成为当时蒋介石及其政府的头等大事。而戴笠早在抗战胜利之前就已经为此而到处奔走。
1945年7月，戴笠同梅乐斯前往浙江淳安，与上海大亨杜月笙见面，商量抢占上海的办法。8月，他在乐平视察忠义救国军时遭到日军的追击，仓皇逃往昌化河桥镇。当晚，戴笠又遭到日本刺客的袭击，虚惊一场。9日，他去浙西行署杨家湾，时忠救军三纵队鲍步超部正在宁海与来犯之日军2000余人激战，付出了重大的牺牲，虽未收复县城，但给予日军重创，使之不敢再出城行动。当天传来了日本即将投降的消息，戴笠深夜致电忠义救国军调查室主任刘芳雄，要他利用和侵华总司令冈村宁次的同学关系，与冈村宁次交涉接收和反共事宜。戴命刘向日方代表今井武夫转达为防止共产党接收沪宁杭地区之意图，只要“能将京（指南京）沪杭地区保持得完完整整，移交中央军接收”，“不但他的战犯问题由我戴某人完全负责，我政府必将优予厚遇，不使他稍受委屈”。并强调说：“此事关系极为重要，我大军远离京沪，而陈毅、刘伯承两部重兵，则密迩京沪。倘冈村不计及战犯后果，不负责任，则共匪欲谋京沪，如探囊取物，只有利用你和今井的关系，才能使冈村对代表我讲的话，深信不疑。”25日刘芳雄在南京面见冈村宁次，转达了戴笠的意见，冈村听到可以不把他当战犯的优待十分意外，一时竟不敢相信，但随即表示“与国民政府紧密结成一体，断然对付中共”。他命令日军协助国民党进行反共作战，其后大量的日军残留部队被中共军队消灭在解放战争中，而在同时，包括冈村宁次在内的一大批双手沾满中国人民鲜血的日本战犯却因此逃脱了战争审判，甚至成了蒋介石的座上客。这真是一件丑闻。
8月10日，戴笠与梅乐斯又赶往淳安，电令毛人凤，对各地策反伪军共74万余人给予先遣军及其支队番号名义，同时任命汪伪政权第二号人物周佛海为先遣军总指挥，以周佛海税警团的武力为主体，负责维护京沪地区的治安，在其他正规军不能及时到达接收的地区，赋予在当地的伪军以番号，责成其维护当地治安及阻挡共产党武装。1945年8月14日，周佛海的地下电台传来重庆任命他为“京沪行动总指挥”的命令，这“使佛海一时陷于极度的兴奋”，“当局手段高明，竟使佛海束手待毙而不悟”。而军统派在周左右的程克祥与彭寿则被命为“京沪行动总指挥部”正副秘书长，后又委任为军统局调查汉奸财产的专员，主持他们的“劫收盛典”。而当时继汪精卫成为伪政权第一号大员的陈公博，也与军统局有了联系，他在后期任伪上海市长时，手下的伪“经济局长”就是郑介民派来的军统特务徐天深，陈也在家中架设了直通戴笠的电台，汪精卫死后，陈公博继任伪府“主席”，事先已向重庆报告，当日就曾得到了同意的复电。
同时，戴笠又派出3名骨干特务随杜月笙于8月29日回上海布置一切，任命杜月笙的大徒弟陆京士为“工人忠义救国军”的总指挥，并以京沪特派员的身份赶赴上海，力图重新插手控制上海的工人运动，并协助抢收财产，防止上海被中共占领。
接到日军无条件投降的消息之后，戴笠急调邓葆光、尚望等人去上海接收并改编伪军；为了防止顾祝同的三战区插手京沪，他向蒋介石力荐将其密友汤恩伯的部队从贵州空运至上海成立三方面军，负责上海接收。他还向蒋介石要求，指定军统负责处理全国各地的汉奸工作，希望利用蒋的手令撇开警察法院，抢夺逮捕、审判汉奸的权力，夺取汉奸财产，又达到包庇大批汉奸的目的。
戴笠下令“中美所”各部队挺进宁沪杭，维护城市秩序。他说：“忠救军之责任，在于光复上海与南京时，必先进入京沪；否则忠救军无前途，军统局亦必失色而受累。”因此，中美所参谋长李崇诗奉戴笠命于8月10日赶往淳安，与其及梅乐斯共商进军计划。决定：
（1）派忠义救国军温台指挥官郭履洲，率领所部及上海行动总队，和中美所第八班的第三个教导营集中浙江的海门，从海道北上浦东，进驻崇明，扼守上海前门，防堵苏北渡江南下的共军。
（2）派忠义救国军淞沪区指挥官阮清源，率领所部，由太湖沿岸挺进吴淞一带郊区，防堵共军向上海郊区的渗入，以固上海之侧背。
（3）派军统局京沪行动总队，并配忠义救国军之一部，挺进至南京近郊，监视中共之活动，并维护京沪铁路交通，防止共军破坏。
（4）派忠义救国军鄞杭区指挥官鲍步超，率部推进至杭州近郊设防。
（5）派“中美所”第七班副主任林超，率该班各教导营，经淳安推进至沪杭线，相机支援上海。
（6）派忠义救国军第一和第二纵队，仍遵照第三战区长官部的命令，防守天目山区，监视浙西残留共军活动，并相机支援杭州。
（7）派以娄剑如为指挥官的“中美所”第一班教导营编成的“中美所”直属第一支队，由李崇诗率领，挺进富阳与杭州之间的郊区。
（8）派忠义救国军第三纵队，向富阳和杭州挺进，作为中美所直属第一支队的后继兵力。
（9）派杭州行动总队，负责维护杭州铁路交通，防止共军破坏。
戴笠给忠救军下达的任务是：
（1）淞沪指挥部的部队，加第一纵队第一团警戒沪郊浦东。
（2）忠救军第一纵队（欠一团）、第二纵队，按三战区的命令，防守天目山，监视浙西中共部队。
（3）忠救军第三纵队，进驻富阳与杭州，作为中美所直属第一支队后备力量。
（4）“京沪行动总队”负责保护京沪铁路。
（5）“沪杭行动总队”负责保护沪杭铁路。
在华中方面，戴笠下令军统“浙鄂赣边区”唐新以军委会特派员名义，率该区行动总队及中美所第二期训练班学生，由修水进入武汉，以别动军二纵队驻汉口市郊担任警戒，等待接收；在福建方面：派中美所第六训练班副主任陈达元，率领该班各教导营，推进至漳厦地区；在山东方面，令“中美班”第三班副主任杨蔚为“华中先遣队司令”，率所部教导营先去徐州，与伪军联络。预定俟接管部队到达，即空运转往济南一带；在绥远方面，派景震泰率中美所第四班各教导营，协防包头。
8月18日，军委会批准了戴笠的上述进军计划。
二 战后“劫收”与“肃奸”
在抗战结束之前几周，收复城市和沿海地区国共两党的斗争就已经日趋激烈，忠义救国军在戴笠的指挥下，尽可能迅速地向沪宁杭地区移动，随时准备接收各大中城市。
但美国派驻中国战区参谋长魏德迈唯恐中美合作所美方人员公开卷入中国内战，曾命令梅乐斯不准中美合作所内任何美国人参加对共产党地区的军事行动。魏德迈的这个立场与美国政府的态度是一致的。但梅乐斯并未听从这项命令，仍然全力投入了战斗。8月12日，他给中美合作所的美方人员下电令说：“中美合作所的美方人员……应同他们指定的中国部队指挥官一起出发。全副武装并携带完备的无线电器材。不要把秘密泄露给你们的任何外界朋友。尽快把所有可用的武器和弹药交给‘忠义救国军’……并继续提供后勤支援。”8月16日，在日本投降后，梅乐斯又下达了中美合作所美方人员应帮助戴笠的命令。美方人员不仅从陆地帮助戴笠，还武装了一队帆船，从海上抢占港口城市。
在军统唆使策动下，淮阴伪军潘干丞、宁波伪军谢文达两部与中共军队作战，被歼；泌阳李端章、东莞陈孝强、豫北李英各部伪军也与中共军队作战，而驻雷州的伪军符永茂、东江的李潮等人则被国民党军所杀，许昌的李雨霖被活埋，广州的招桂章、顺德的李辅群被扣押，他们的这些下场都对军统利用伪军产生了负面影响，以至有大批伪军后来投向共产党一边。但从总体上来看，军统对伪军的拉拢与利用，在当时对国民党的“抢收”是有较大的作用的。
9月1日，戴笠飞赴上海，成立军统局东南办事处于杜美路70号杜月笙住所，助手有李崇诗、王新衡、龚仙舫、尚望、何龙庆、陈祖康，“双十节”当天戴笠在此举行了大型庆祝酒会。
接收之后，军统局还在中央信托局内设立了一个由邓宝光负责的“逆产（处理）组”，欲全面控制接收罚没敌伪财产事宜，不让别人染指。军统还任命汪伪社会部特派员、杜月笙的亲信陆京士为“工人忠义救国军”总指挥，协助抢收财产。而中统局则由化名“刘青白”的三人小组在亚尔培路设立了上海站，由嵇希中主持，因急于插手接收工作，与军统发生了较激烈的冲突。仅以袁殊的《新中国报》为例，在日本投降的8月15日晚上，该报便被中统接收；次日，上海市副市长吴绍澍又派人来接收，要改为《正义报》出版；第三天，驻军方面何民魂又派人来要改为《革新日报》；8天后，第三战区顾祝同又要改为《前线日报》，国民党中宣部所属《文汇报》奉其东南专员冯有真之命再来接收，最后，只有被几家瓜分了事。军统局方面为了与中统抢占房产，曾正式行文给“军事委员会委员长公署代表”蒋伯诚指斥他方“无权干预”军统的接收。由此可见当时争斗的激烈程度。除了“抢收”之外，两统又利用其在沦陷区的人员地域之便，在战后“劫收”工作中“先捞一把”。
国民党政府在战后对敌伪财产的接收工作中，无法控制各地官员的贪污勒索，以至各方“接收大员”横行无忌，为图私利，中饱私囊而置国法于不顾，不仅接收敌伪财产，收受汉奸贿赂，而且无限扩大范围，霸占人民资财，闹得鸡犬不宁，民怨沸腾，这在整个沦陷区已成为极普遍的现象。其中，中统与军统人员因其“近水楼台”之便，又拥有无限的权力，更可恐吓诈骗，贪污勒索之事举不胜举。除了如军统华北办事处处长马汉三利用接收贪污中饱，最后东窗事发等例子外，当时在军统局内借接收而大发横财者数不胜数，整个风气已是一团糟糕。而上海、北平、天津等大都市都是“重灾区”。
国民党特务组织在抗战胜利后的接收中，利用他们先入为主之便，充当了急先锋的角色。仅以上海为例，军统在上海劫收了多少敌伪及市民的财产，现已无法精确统计，但他们的贪腐行为在社会上造成了恶劣的影响，当时上海民间对进入城市的“忠义救国军”、“别动军”这些军统武装谑称为“穿山甲”。当时阮清源、郭履洲等忠救军各纵队、毛森总队等如饿虎入市，将汪伪“76号”特工总部的全部财产，以及各大小汉奸的私产席卷一空，继而扩大到各相关工厂企业、洋楼、银行、医院，他们最看重的还数汽车、洋房和金银珠宝古物，为达攫取目的甚至不惜敲诈绑票勒索，上海人为此惊呼“强盗坯来了”。
当时流传着这样一首民谣：“河里飘来的（乘轮船前往的），不如地里滚来的（附近坐汽车去的）；地里滚来的，不如天上飞来的（坐飞机去的）；天上飞来的，不如地下钻出来的（原来就在当地与汉奸打成一片的特务）；地下钻出来的，又不如坐着不动的（摇身一变的汉奸自劫自收来得更快）。”形象地将各方劫收人物的丑态描绘了出来。
这种状况当然已被最高当局所了解。8月30日，中国战区陆军总司令部副参谋长兼南京前进指挥所主任冷欣，在报告京沪接收工作致陆军总司令何应钦的电文中说：“南京秩序，已渐安定；惟仍大多数机构（特工分子）自立名义，强收房屋及机关，已设法查禁。”9月1日，芷江陆军总部电复：“据戴笠电称：‘忠义救国军阮清源，系去年12月，业经委座核准其所部八千人开抵上海近郊大漕河，已转饬静待本部命令，方能开入市内；又据报各方面在沪人员，多有轨外行动，请转电严令制止，等语。’查该忠义救国军非指定之受降部队，应转饬不可进入上海区；并对我各方面工作人员严令约束，特电遵照！”冷欣收电后直接去电戴笠：“近以日寇投降，我国军大部尚未开入陷区之前……抑且各杂色部队以及地方痞棍，亦皆闻风而起，甚有假借名义强占民居，妄缴枪械，绑架勒索，无所不为！以致京沪一带城市，内外秩序，顿遭破坏，造成极度恐慌现象，舆论沸腾，闾里骚然！若不迅予遏制，后患殊堪忧虑。兹拟恳请我兄遴派能以统率多方面之人员，克日前来震慑，借资维持地方秩序。”戴笠无奈之中，只好将被控最多的阮清源关押起来。
特务武装的“劫收”进而引起了蒋介石、宋子文等人的出面干预，说明其所作所为已实在过分。在蒋介石的命令下，戴笠无奈交出了一大批赃物。其后，军统局总务处长沈醉在清点总数时，尚保留有汪伪特工总部的全部财产，敌产东方渔业公司及40艘机动渔轮、一家大型锯木厂、一个三合板厂、日本东方经济研究所及其附属的东方图书馆等全部财产，日本海军在江湾新建的俱乐部全部财产，还有10多个仓库的物资与大量的建筑材料。就这些企业后来都归军统局所有，以其利润为军统局提供经费开支。
戴笠到沪不久的中秋节那天，请一些经过“策反”的汉奸头目及军统上海各单位组长以上人员到杜美路宴会，赴宴的500余人，几乎每人都乘坐自备小汽车前往，汽车停满了附近四条马路。戴笠看到这种场面，也大吃一惊。他为避免引起外界的议论，宣布命令，今后集会除少数负责人外，其他人所乘汽车一律不准停放在办事处附近。
军统干部们抢夺的洋房也为数不少。程克祥、彭寿一伙抢占了余庆路公寓、淮海路花园洋房两座及江苏路、五原路、长乐路等处的十数处高级住房；毛森将在法租界贝当路的公馆变成了自己的私产；忠救军第四大队长和副大队长占据了孙耀东愚园路和淮海路的花园洋房；阮清源则由上海市伪经济局的一名科长为他弄到了华山路600弄的一座洋房。这些无识之徒，只顾抢收，许多珍贵物品和资料毁于他们手中。新亚药厂是一家有相当规模的制药厂，其图书馆收藏的一批珍贵药书和制药方面的国外资料，就被他们在劫收中销毁。
下级胡作非为的根源在上面。戴笠本人在其中也是趁机中饱私囊。据军统局总务处长沈醉回忆说，戴笠“在接收到的财物中，他看中了什么新奇有趣的东西和古代文物字画，只要他用手指一下，便立刻为他所有。汉奸搜刮购进的各种进口奢侈日用品，都被他成批地接收过来”。还有些东西如福建建瓯、建阳之间的森林，贵州息烽的田产，还有长江、湘江里的轮船，好多东西连他的手下都不知道是怎么来的。他还曾因收受贿赂而私自放走日本战犯。1945年12月他到北平时，经军统华北特别通讯站北平情报组组长曲福乐从中拉线，与日本战犯远藤见面。远藤“把他在北平的两处房产（一处在翠花胡同×号，一处在弓弦胡同9号）全部送与戴笠，并特送一个鹿皮小袋，内装钻石数百粒，大的有五克拉。戴把此袋终日带在身边”。远藤为日本黑龙会头目，他得到戴笠指令天津军统组织对他“予以照顾，不得留难”的关照后，于1946年2月下旬从塘沽乘轮顺利脱逃。据唐纵日记记载：“雨农兄在时有黄金千余条（或两），美钞十余万元，此事曾告经国、宏涛，钱财均存张衮甫处。”这些资财的来历，不用细加追究就可明白了。
战后接收工作近于尾声时，迫于国内外的压力，蒋介石开始将失去利用价值的汉奸逐步捕交司法机关审判。而抓捕汉奸的工作因事关重大，又涉及重重内幕，蒋介石决定仍将其交由戴笠的军统来进行，这才能放心。
为此，戴笠在军统局内成立了“肃清汉奸案件处理委员会”，以叶翔之为主任委员（后沈维翰继任），并在各地成立了25个“肃奸分会”作为其执行机构，遍布各大省会及徐州、开封、安庆等地，甚至包括了由中国负责受降的越南等地。
当时上海的肃奸负责人是军统局上海区长兼上海市政府调查室主任王新衡。戴笠又派出高级督察代表他赴沪进行监察督导，由军统局编印了《汉奸调查专册》，准备进行追捕。
但戴笠为了运用这些汉奸，迟迟不采取行动，一些人所共知的大汉奸，除周佛海、任援道等一批伪军头目已由蒋介石、戴笠分别委派官职，公开加以包庇外，其他许多头面人物不仅继续逍遥法外，且气焰嚣张。在蒋介石放任的情况下，伪国民政府主席陈公博公然带着妻子、亲信、秘书等逃往日本。原维新政府头目、汪伪立法院长梁鸿志，历任伪南京市长、江苏省主席等职的大汉奸高冠吾等多人也隐名埋姓藏匿起来。
在全国舆论压力下，戴笠于9月下旬才开始行动，拘捕大汉奸。
1945年9月26日凌晨，南京军统人员逮捕了伪实业部长梅思平、伪教育部长李圣五、伪海军部长凌霄、伪军委员会总参谋长胡毓坤、伪最高法院院长张韬、伪宣传部长赵叔雍、伪建设部长傅式说、伪司法行政部长吴颂皋、伪立法院长温宗尧、伪清乡事务局长汪曼云、伪湖北省长杨揆一、伪国府委员项致庄等多人。27日，“京沪行动总指挥部”正副秘书长程克祥与彭寿在上海南市火车站附近烟贩拘留所成立了关押中小汉奸的看守所，“一般人犯，俯首就押”，少数逃走，“更有人找上门去自报曾在汪伪中任职，因名单中查无，竟遭拒之”。
由于蒋介石预定于12月11日要到北平视察，而北平的汉奸们还在逍遥法外。戴笠怕“肃奸”未行而出意外，急忙于12月初赶到北平，他决定采用诱捕的手段，以伪华北政务委员会经济总署督办汪时璟的名义发出宴请，于12月5日在兵马司1号汪公馆邀请王克敏、王荫泰、王揖唐、曹汝霖等华北巨奸集中赴宴，正当酒酣耳热之际，戴笠突然光临，宣布“入席诸位被捕，生活上已奉命作好安排，希望安心守法，听候国法之审理”。随即分别押送至炮局胡同监狱。接着在北平全城开展搜捕，至8日，先后逮捕了52人。与此同时，在天津也逮捕了数十人。16日，派少将参议周济用美国军用飞机将立了“功”的汪时璟连同逃到北平的蒙奸德王（德穆楚克栋鲁普）、李守信护送到重庆。对褚民谊、陈璧君等汉奸头目，也是采用诱捕的办法，先由戴笠以蒋介石的名义，致电褚民谊，请他陪同陈璧君赴重庆，“共商广东善后事宜”，随后派军统局广州站负责人郑鹤影将褚、陈诱骗至广州市郊软禁，11月初，以蒋介石接见为名，将他们骗往南京逮捕。
据戴笠声称，到10月中旬，各地捕获有汉奸罪嫌分子，已达4000人，所有通过政府通缉有案，与检举调查属实者，“已全部落网”。
对于身为汪伪政权的第一号汉奸的伪国民政府主席陈公博，蒋介石出于历史的旧怨，对他穷追不舍。虽然陈公博使出金蝉脱壳之计，明里散布其已自杀消息，暗中潜逃日本躲藏，但蒋介石以其对陈的了解，没有上当。他命令军统四处侦探，终于破译了陈公博自日本发回的有关财产处理的密电，得到其逃日之确证，向驻日美军进行了交涉，最后将其从日本追回，交付审判，因对他新仇旧恨并报，宣布处死。
对汪伪第二号汉奸周佛海，因其早已与军统勾结，胜利后协助国民党“守土有功”，且有交出税警团、上海保安部队及伪12军（12个团）等武装，并交出巨额资财等的“优良”表现，被蒋介石令军统保护起来。9月下旬肃奸开始时，戴笠便“劝告”周佛海电呈蒋介石“请准辞职”，把军队、警察权及伪中央储备银行的家当统统交与戴笠接收，计有伪“中储行”库存黄金502310两、白银7639445两、银币32万元、美钞550万美元、日钞923万日元、日本公债20亿日元以及大量股票与不动产等等，肥了军统。30日，戴笠亲自陪同周佛海、罗君强、丁默邨、杨惺华及伪中储银行总务处长马骥良等巨奸，由上海乘飞机到重庆，将周等幽禁于白公馆，供给优裕的生活，直到最后抵抗不住社会舆论的压力，才被迫付诸审判。周佛海在法庭上辩称他早已向渝方输诚，并要求军统局作证，但法院方面以他是汪伪首要以及在太平洋开战后才反正，有投机之嫌疑，又未办正式自首手续，仍判处其死刑。军统局在此关键时刻呈请蒋介石出面干预，并说明如坚持处罚，则周的家人威胁要公布蒋介石当年给他的亲笔赦免信，暴露蒋周之间的秘密。后经蒋介石侍从室主任、周的好友陈布雷的安排，在军统局毛人凤陪同下，周佛海之妻见到了蒋介石，她跪下求情，蒋介石对她说：“这几年，对东南的沦陷地带还亏了佛海，我是明白的。起来，安心回去罢，让他在里面安心休息个一二年，我一定会让他再归来的。”周妻听此如临大赦，向蒋叩了三个响头而去。于是，周佛海得到了蒋介石亲自下达的特赦救命书，继续在狱中享受优待。1946年3月，戴笠撞机暴死后，周佛海明白自己失去了保护伞，不禁发出“惊心旧友成新鬼，彻耳呼声变怨声”的叹息。1948年2月，因心脏病死于南京老虎监狱。
由于蒋介石集团在抗战期间与敌伪方面有各种形式的秘密勾结，胜利之后如何处理这些汉奸，特别是像陈公博、周佛海、丁默邨等的知名大汉奸，就成为他们最棘手的问题了。本来戴笠是想以“循政治途径解决”的方式来给他们中的一些人寻解脱，他说：“汉奸问题复杂……故汉奸问题之解决，政治尤重于法律。”他在到上海看守所视察时，曾对在押的汉奸唐寿民等表示：“抗战已经胜利，政府不为己甚。有些案子，将会不经法律程序，而以政治手段来解决。”这就是说，对某些汉奸的处理，将不以事实、法律为根据，而是以蒋介石集团的利益为定夺。故国民政府在1946年11月公布的《处理汉奸案件条例》中就规定“曾为协助抗战工作或有利于人民之行为证据确凿者，得减轻其刑”。但这些只是对蒋介石、戴笠“有用”者而言的，他们并不想也不可能包庇全部汉奸。对于那些无后台或蒋戴仇恨的汉奸，由戴笠亲自出马部署，采取翻脸不认账的态度给予清算，总计军统局在所谓肃奸中，在上海除陈公博、陈璧君等巨奸外，还逮捕了各类汉奸321名，在北平抓获269名，在全国共肃奸4692人（又说为5455人）。其中移交司法审判4291名，移送军法机关334名，交航委会处理24名，在押病故经法院检验备案43名。据说当时审判汉奸的原则是“只问职位，无关罪状”，量刑标准是：除南北汉奸政权首恶梁鸿志、王揖唐、陈公博死刑外，伪省长级原则上亦处死刑，部长级为无期徒刑，次长级为7—10年有期徒刑，局长级为3—5年，其余被诉人均处两年半徒刑，“以示薄惩”。
当时所谓的地下军统人员与被捕汉奸们真是真假难辨，有一个笑话说：在南京宁海路21号军统局看守所（原“76号”南京特工站），1945年11月开始收押汉奸，首任所长徐文祺，原是汪伪时期伪行政院秘书长周隆庠的“庶务科长”，因为号称“地下人员”而逃脱被捕仍任官职。他与大小汉奸都很熟悉，当陈璧君、诸民谊等押来时。徐去视察，以至有奸囚见到他时，竟招呼说：“老徐，怎么你倒先进来了？”一时问得他面红耳赤，“有些忸怩”，尴尬地回答：“我们不谈这些……”
军统局还在各地总计查封汉奸“逆产”1456户，发财无算，其中难免有许多公报私仇、巧取豪夺和误抓乱判等情况发生。在这段时间里，平民如被军统指为汉奸就意味着最恐怖的家破人亡。
三 蒋戴矛盾之端倪
抗战胜利前后，除了策应盟军在东南沿海登陆的计划和反共的步骤，戴笠还一心想扩大组织势力，甚至于萌发了依靠军统班底组建以他自己为中心的政治团体乃至政党的想法。在这迫切的愿望之下，高高在上的蒋介石在他眼中也变成自己往上晋升的工具。
（一）戴笠“坐大”后的野心
1944年夏，戴笠下令给贵州息烽集中营主任周养浩，要周把由自己亲自圈定的政治犯中他们认为博学多才的一些人组织起来，搞了一个“各种问题研究会”。这个研究会分为政治、经济、军事、教育四个小组，专门研究“开展本团体（指军统）政治工作方案”、“全国经济检查队工作方案”、“全国学制改革方案”等专项，明为工作研讨，实却明显超出了一般的“研究”范围，这点也暴露了戴笠的野心。
戴笠还在干部的使用和培养上预先做了准备，他把手下的得力干将都派出去，在国防部二厅、警察、稽查、税务等多个涉足的公开行业内兼任要职，一方面为特务工作打掩护，另一方面则是撒下大网，为未来的兼并掌握做好干部人事的准备。军统大将陈恭澍说：“军统局大部分干部出任公开职务，都是戴雨农先生有计划的安排，平津如此，其他地区亦大致相同。很显然，掌握全国的情治单位，是他的一个初步目标……那么他的下一个目标又何在呢？对于这个问题，大家都可以凭自己的了解与观察，任意去猜，笔者也不断地听说过：‘戴笠不死，如何如何’，那么究竟如何？想是不会再有答案了。”
其实从戴笠所接触和交往的人物来看，他的企图和努力方向还是有迹可寻的。
他计划中的首选目标是重建中国海军并掌握之，靠山就是美国海军部。
早在1945年6月9日抗战胜利前夕，美国海军金氏上将就曾向中国提出建议，希望在中美合作所结束之后成立新的合作业务和合作机构，协助国民政府建立新的海军，并命令梅乐斯积极进行。同月18日，梅乐斯即向蒋介石提出具体意见，请致函杜鲁门总统，先派代表团来华调查实际情况，然后具体筹划建立军港和海军学校，增加海军设备，增调船舰来华，建立陆战队，以及兼顾民用海运和商船事业等。梅乐斯表示，中美合作所训练的部队，将来可改编为海军陆战队。当时这项建议，被蒋介石所认可。8月27日，由宋子文向美国海军部部长佛雷斯特尔和金氏上将商请派考察团来华。
抗战胜利后，美国海军仍希望与中方继续合作，成立一新机构，“从事若干对中美两国共同安全有所裨益的业务，金上将曾准备帮助中国建立新海军”，指令梅乐斯继续为海军提供气象服务。梅乐斯认为“我们现在面临着最大的因素，是俄国。在战后，我们将比其他任何地方更需要从此一战区取得情报资料，军统局是最能供给我们所需一切情报资料的机构，我希望用我们的顾问性质的建议和通讯设备，来交换他们的情报服务，并且已和戴将军取得口头协议”。戴笠自然因此做上了当海军司令的美梦，指令军统局按照美方设想，欲将忠救军、别动队改编为海军陆战队，由美海军方面呈报杜鲁门总统批准。他以为有美国人的支持最后一定成功，他甚至对马汉三、文强等人说：“准备推荐李崇诗为海军陆战队司令，兵员由本局武装部队中抽拔，或在其他的方面抽调。”
然而，代表海军部门利益的梅乐斯从最初与戴笠合作开始，就面临着与美国战略情报局和其他军种尤其是与陆军之间的深刻矛盾。美方如果要充分展开与戴笠的关系，就不得不首先理顺梅乐斯与战略情报局的关系。1943年11月，美国战略情报局局长杜诺万将军接到关于海军活动的报告之后，提出希望由战略情报部门的一个正规的分支机构来代替海军代表团，海军部门则竭力反对这种强迫其部队撤离中国的企图。12月2日，杜诺万抵达重庆，与戴笠晤谈，商讨战略局与军统局有关战略性质的情报搜集、研究分析、心理战争等工作，并要求梅乐斯和戴笠都受美国战略情报局的统辖，被戴笠和梅乐斯拒绝后，随即解除了梅乐斯在战略情报局的职务。到1945年抗战胜利，美国陆军和中美合作所的关系还是没有出现任何转机。
与中国继续合作的计划受到了美国国务卿马歇尔及陆军上层人士的坚决反对，美方为了促进国共和谈，考虑到戴笠坚决的反共立场，有人主张“战后的在华情报组织，绝不可与戴某的组织发生任何关联”。最后，美国国务院及陆军部决议的处理原则是，除部分气象、通讯及情报工作外，中美所的其他各项工作必须尽早办理结束。1945年10月3日，中美合作所根据美国国务院、陆军部、海军部决议的原则，从事中美合作所的结束事宜。
11月，戴笠派毛人凤、潘其武与贝乐利、鲍民在重庆曾家岩招待所进行了细致的商讨，决定对别动军和忠义救国军的处理原则，拟俟新的美国驻华海军顾问团来华后，洽商改编其为中国海军陆战队或海军巡防队。
1946年3月，美国海军助华法案向国会提出，参众两院海军委员会决议对协助中国的海军将仅限于护航舰、驱逐舰等小型舰艇。在戴笠飞机失事前，为继续合作，双方仍在不断地接洽商谈。
当时除了海军，戴笠力图控制的又一项权利是警权，这也是戴笠多年来梦寐以求的。自1932年他兼任了杭州浙江警官学校政治特派员踏入警界之后，他就一直为之努力奋斗。1936年，他策动组织了“警察协进会”（后改称“中国警察学会”），提出方案，将杭州浙江警官学校与北平警官高等学校合并改组为中央警官学校，以蒋介石任名誉校长，戴任校务委员会主任委员。其后多年来他陆续派遣军统人员进入各省市警察系统，充任局长、分局长、稽查处长、侦缉队长等，运用警察力量辅助特务活动，在警察界有了一定的势力。抗战爆发后，戴笠曾又一次提出“要在这一时机统一全国的警察”，由复兴社特务处来完成，但因军统局的成立而未顾上，现在又到了一个历史的转折关头，戴笠再次想圆这个旧梦了。
对于戴笠夺取警权的野心，中央警官学校教育长李士珍倚仗他在警界的老资格和陈立夫“CC派”及陈诚的支持，进行了坚决的抵制。李士珍曾创立和领导了“中国警察学术研究会”和“中央警校同学会”，在警察界也有众多手下，具有很强的实力。他与戴笠明争暗斗，互不相让。
最后，在警察总署宣布成立时，蒋介石采取了折中的办法，让军统局唐纵当了署长，但没有将军统组织并入其中。而唐纵“因为我与他（戴）的作风配合不起来”，早就想离开军统和戴笠，所以在他掌握警察系统后，戴笠的“掌警”之梦实际上也就破灭了。
在争夺海军和警务权失败后，戴笠重新整理了思路，从自己掌握最有力的部门着手。
他对军统局的几个实力部分实行名义上的转移和精减，军队中的谍参系统，因郑介民将出任改组后的国防部第二厅中将副厅长，继续掌握在军统手里。另外，由于争取到何应钦的支持，陆军总司令部里添设了一个外事处，由戴笠推荐军统人员李汉元任处长，罗杰、王固磐、杨隆祜、谢力公、郭寿华等一批军统骨干分别担任各个战区长官司令部外事处处长。这样，军统在军队中的势力不仅没有削弱，反而扩大了。
对于军统辖下的忠义救国军、别动军等将近5万人的特务武装，军政部长陈诚极力主张将其改编遣散，彻底解决。戴笠对此极为愤慨，表示“愿与一搏”。但因抗战的结束，这些武装既不能继续保持战时的名义和编制，也不可能由军统局继续供给和管辖，戴笠便呈请蒋介石在交通部内成立交通警察总局，11月7日经蒋批准，戴笠派吉章简为总局长，马志超、徐志道为副总局长，将忠义救国军、别动军以及另一支交通巡察部队（9个步兵团，队长吉章简，人数71000）、“中美班”64个教导营共改编为18个交警总队，共计有官兵64420人。于1946年1月报军委会批准，派郭履洲、张国梁等人分任总队长。
交通警察总局于1946年3月1日正式成立，由吉章简任局长，马志超、徐志道任副局长，隶属于交通部，首先的任务就是协助国民党军开进东北接收，负责保护铁路、公路、航空、矿山等处的治安，与中共武装作战。
这样一来，这批特务武装名义上划归交通部主管，而实际上仍然掌握在戴笠及军统局手里，唐纵评述戴笠此举“乃雨农在政治斗争上又一成功也。彼能了解委员长之心理与迎合委员长之需要，故能逆转环境，转败 为胜”。
（二）蒋对戴之抑制及戴之应对
抗战胜利后，随着国共重庆和谈的开始，国内和平露出了一线曙光，人们向往和平民主安宁的生活，对国民党统治下的种种暴政表示了极端的不满与反对。当时在国统区掀起了一次针对国民党特务组织和特务政治的反对浪潮，社会舆论界发表了大量的文章，抨击两统的种种恶劣行径，要求当局撤销特务机构，停止迫害人民的特务活动。中国共产党和各民主党派全力支持人民的正义要求，就连国民党内的左派力量和对两统反感的人士，也加入了这一行列。
1945年8月16日，中共第18集团军总司令朱德给蒋介石发出电报，提出了立即废止一党专政，成立民主联合政府，罢免贪官污吏和一切反动分子，惩办汉奸，取消特务机关的要求。这些主张，代表了各界民众的心愿，立即得到了全国舆论的赞同和拥护。特别是其中“取消特务机关”的要求，是对国民党多年以来实行特务暴政的明确反对和抗议，这给蒋介石以巨大的压力。
当时的情况是，不仅中共、各民主党派、各界人士和全国舆论对国民党重用特务表示反对，国民党内许多派系也都对特务组织不满，除党内左派人士一贯反对外，蒋的一些亲信出于不同的目的，也很想借机削弱之，首当其冲的对象就是戴笠与军统局。这些人的原意并不是要取消特务组织，而是对戴笠飞扬跋扈的作为不能容忍，想看他倒霉运的笑话来解气。其中，掌握军队大权的陈诚很想把军统部分机构和人员吞并，充实和扩大他自己的军事特务系统；而“CC派”首领陈立夫，更是想趁机把军统搞垮，反过来扩大和加强中统；其他过去力行社的头目如邓文仪、康泽、贺衷寒等，都自以为搞过特务工作，不服于戴笠的发达，想夺取军统的统治权。对于这些情况，戴笠当然心知肚明，他知道这些年得罪了国民党内不少实权派，对他们联手对付自己的可能以及蒋介石是否能扛得住来自党内外的这些压力，的确心中无底。8月14日他曾对黄天迈说：“本局工作今后比抗战时期更为艰苦，委员长外，都将主张取消特务，也许改头换面委曲求全而不可得，如本局不存在，必成共产党的天下，且止本局之不幸，实国家之不幸。”
军统的走向带着许多不确定因素，也面临着重重困难，正如他们自己描述的那样：“抗战胜利了，戴先生的受谤程度也达到了高峰。”在此关头，最危险的其实还不是戴笠的政敌对他的攻击，而是来自于他的靠山蒋介石。
就蒋介石来说，如何合理地利用和控制手下是最重要的事情之一。他在登上权力顶峰后，防止别人对其地位的觊觎和对其权力的威胁，就是其时刻不忘的事情，而他的防备对象不仅仅限于他的政治对手如桂系、汪精卫等，甚至还包括了他所最宠信的“CC”、陈诚乃至军统的戴笠。
对戴笠及其军统组织，蒋介石是怀有十分复杂的感情的。他既要利用军统做一些不能见光的事，又不能不提防军统与戴笠坐大到他难以控制的地步。抗战胜利后国内外反对国民党特务统治的呼声高涨，蒋介石为求其统治的稳定，也开始主动考虑约束军统的办法。当时在美国方面乃至国民党内部都有人主张取消军统，理由是其“反共色彩太浓厚了，为促进今后（国共两党）和平协商，（军统）应当退出政坛”。蒋介石在内心虽然舍不得，但他却从中得到了启发，决定对军统与中统实行改组政策。他以为这是一个变其名保其实而又能约束之的好办法。
蒋介石的所想虽然还未出口，精明的戴笠已经从各方各面察觉到了局势的微妙变化。1945年12月下旬，他在北平巡视期间，在什锦花园原吴佩孚的公馆里，召集龚仙舫、马汉三、文强等军统大将开会，明白地说：“世界上哪朝代、哪个国家没有特务机关，人家越喊要取消便越显得重要。但是军统局这个名称有些臭了，组织也太庞大了，经费确也筹措不易，所以要化整为零，以合法化来堵人言可畏的口。凡事要为领袖分忧着想，我跟他三十年，是深知此道的。”他觉得这一劫很难再躲过去，于是他决定以退为进，采取“化整为零”策略，以保住实力为根本，达成将组织“合法化”而免今后再遇麻烦的目的。
1946年1月17日，借着政治协商会议召开的契机，蒋介石召见戴笠，神色严峻地对戴笠说：“今后政府将要改组，各党各派均将参加，军统局需要取消，你自己研究一办法，不用负责，而能实际控制这机关。”戴笠虽然心中早有准备，但蒋介石真正说出来后，戴笠仍是心中一凛。
1946年3月9日，戴笠为“肃奸”事再赴北平。当时他已从多方的情况判断中，感觉到了来自蒋介石的压力，对军统局和自己的前途有所失望。10日，他在怀仁堂主持“总理纪念周”，发表了一次充满气愤心情的演讲。他说：
我这次来北平，本来预备一个星期就走，可是来到以后，发现有许多重要事情要处理，如今已经两个星期，还不能离开。我们团体有×万×千人，在工作上有共同信守的原则，效忠国家，效忠领袖，坚定革命信念，确认革命立场，达到共同目的。这便是共同纲领。我个人承领袖耳提面命，担当抗建的重任，我自己所负的责任不容许我马虎，我们调查统计局的工作，是整个革命工作的重要一环，最近中央开六届二中全会，十几天来所表现的情况，未出我预料之外，表面看来对象是中苏问题、物资问题，另一方面，有极少数人是对调查统计局的问题，但我相信也有大部分人在支持调统局的问题，以为调统局抗战有功，无可毁灭。看来是毁誉参半的。今天我明白告诉各位同志：我们不怕外间以一时的不谅解言论，取消与否也无所谓。
有人叫要打倒我们（所谓特务），我不知道什么叫打倒，什么叫取消，我只怕我们的同志不进步，官僚腐化。如果这样，人家不打，自己也会倒的。所以我时刻所想的，是如何对得起先烈，如何保持光荣的历史，决没有想到别人如何打倒我。我个人无政治主张，一切唯有秉承委员长的旨意，埋头去做，国家才有出路，个人才有前途。
华北必须掌握几个城市，如北平、天津、济南、保定、石家庄、沧州。北平办事处，负平津督导全责，各单位应尊重系统，每个人都有其本身的责任，才能推进工作，才能进步。
我们同志，不是几万人，几十万人，而是几百几千万人……完成革命任务……要看我们有无牺牲决心，此种牺牲决心，不仅在捐躯效死，还要淡泊名利，功成不居。现在抗战虽胜利，而国家内部仍未安定……我们责任之艰巨，更十倍于往时，如果有人以抗战胜利，革命就算已经成功，就可以停止革命，这种人，如非愚昧，便是不了解国内外之情势，不明白革命道理。
在重庆未出发前（系二中全会前），有人告诉我，说某些人士，主张“取消军统局”，要我留意，叫我设法转圜。我便以一笑置之。每次全会都有人反对我们，照理我要在中央有所说明，但是每次（开）全会（时），我即离开中央，因为功过毁誉，为有识者所共见，不用我人多所解说，看看这次全会如何。去年领袖叫我当中委，我坚持不就，就是因为争权利不配做革命者。
及至一年以后，领袖告诉我，仍有人来攻击我。直到西安事变发生，有一位同志来问我：你负特务责任，委员长为何受此危险？必须向你清算。此是第二次（受质问）。现在共产党因为要找本党的缺点，也因为我们对党忠实，当着抗战胜利的时候，要打倒我们（所谓特务）。此种情形与当年是一样的……今天我告诉大家，本团体有不可磨灭的成绩，也有不可毁灭的基础。
军统局十几年来，以铁与血，苦斗不息，功过如何？社会公正人士，自有评鉴。吾人不须解释。我要告诉大家的是，真正的革命者，必不计较权利名位，没有军统局，我们亦要革命，决不放弃责任！
戴笠的这番讲话，其赌气申冤之情，溢于言表。12日，他又对郑介民表示“我可能不再干下去”，并煞有介事地将军统局死亡特工遗属的抚恤问题托由郑来处理。
但是话虽如此，要看着自己多年的心血化为乌有，戴笠始终心有不忍。除了发些牢骚，他仍在积极活动，希望事情能有转机。戴笠两次到北平，除处理平津地区的一些汉奸案件外，主要是为发动全面内战作准备，他要积极部署军统局在内战中的活动，用实际行动来让蒋介石改变主意。
当时戴笠对东北地区特别关注。他在日本投降前夕致毛人凤的电文中，就曾要求赶紧筹划军统局在东北接收和建立特务武装的问题。1945年底戴笠到北平时，成立了军统东北办事处，派文强为主任，陈旭东为副主任。他对文强、陈旭东布置任务时说：“收复东北这块新天地，本来是一件大喜事，恼火的是控制在苏联之手，要从虎口里夺肥肉，预料是一件难事，熊天翼（东北行营主任熊式辉）先生天真可笑，他想以政治外交手段把东北接收过来，事实上等于做梦，杜光亭（东北保安司令杜聿明）老大哥有胆识，硬打出来，势如破竹，锦州底定，证明政治外交没有武力做后盾，老毛子什么也不会买账的。”他一再叮嘱：“一定要精研熟读与苏俄签订的十年友好条约，全力协助光亭大哥顺利地接收东北。”
戴笠在北平期间，还部署了调忠义救国军北上、用接收的日伪海军小炮艇组建海上交通警察队、筹办北平特警班等几项具体事宜，并接待了美国海军柯克上将。
正当戴笠在北平活动之际，毛人凤发来蒋介石命他回渝参加一个会议的电报，在这份电文后面并有毛人凤化名“以炎”的一段附言：“重庆宣（铁吾）、李（士珍）、黄（珍吾）在捣鬼，谨防端锅，请亲自呈复。”这一消息引起戴笠的高度警惕。长期以来，李士珍、宣铁吾、黄珍吾等都与戴笠争权夺利，彼此交恶。戴笠意识到这一次会议上与对手相斗，结果非同小可，军统局和他自己的前途到了关键时刻。他按捺不住内心的恐慌和愤懑，急召文强为他代拟一份复蒋介石电，嘱其将曹丕逼曹植写的“七步诗”之意写入电文，借以试探蒋介石的态度。文强担心这样做会引起蒋的反感，戴笠愤愤地说：“李士珍与我斗了近二十年，以往无隙可乘，这次端锅是他落井下石的鬼主意，宣铁吾如果被他利用，两年前抢过我财政部缉私总署长的兼职，难道就不能抢我的军统局长一职？”他坚决表示：“决不能使李的诡计得逞，难道我白活了一辈子，容许其插手？如被这个阴阳怪气的东西吃掉，死也不会瞑目。”最后草拟了如下的电文发出：“重庆以炎兄亲译。校座钧鉴：电谕敬悉。本当遵谕返渝，因平津宁沪巨案尚待清理，本月中旬始能面聆教诲，敬乞示遵。生云天在望，惟命是从。讵料煮豆燃萁，相煎何急。生效忠钧座，敢云无一念之私。不得已而晋忠言，冒死陈词，伏乞明察，生戴笠。”
毛人凤接电后因担心语句刺激而没有立即转呈蒋介石。戴笠收不到复电，心急如焚，他预感到前景不妙，在与黄天迈共进早餐时，伤感地对黄说：“看情势军统局面临改组或撤销命运，我如不能去美国与美海军洽商今后合作，真要去西北垦荒了。”他又向黄天迈透露自己的估计说：“未来趋势，军统局必须改组。有四个可能方面：（一）紧缩为专管军事情报单位；（二）成立如美国中央情报局及联邦调查局两个单位；（三）成立警察总署，本局同志整编为正规警政人员；（四）与美海军部合作，成立海军部。委员长仍需要我们，究竟实施那一个方案，尚须考虑政治环境，由委员长亲自核定。”
戴笠见蒋介石尚不复电而许诺中旬到渝的时限已到，不能继续再等待了，他便计划于3月15日乘北平航空委员会为他准备的一架C-47型222号专机，经天津、济南、青岛飞上海，于18日赶到重庆。临离开北平之前，他还在告诫当地的军统人员说：“抗战胜利了，大家不要以为天下太平，国家没有事了。我是不怕共产党的，可是你们不是他们的对手，要是你们不留意，将来头给人家割去还不知道，所以对付共产党要特别留心。”说完，戴笠便匆匆上了飞机。谁也没有想到，这竟然成了戴笠对他们说的最后一句话。
四 坠机暴死之谜
戴笠自称随时都有可能死，因为他一年中的一半时间都在全国各地跑，遇到空袭、遇刺、车祸等的可能性都很大，可是他唯独没有想到最后出问题的是他乘坐的飞机。
戴笠于1946年3月15日由北平飞天津、济南，16日转往青岛。当晚，在其龙口路36号临时行馆会见了美海军第七舰队司令柯克上将，又会见梁若节，任命其为军统局青岛办事处主任、青岛站长。
3月16日，戴笠专机由济南飞往青岛。
17日11时，戴笠乘航委会222专机飞沪，当天天气不好，但戴笠急于在18日赶回重庆向蒋介石报告，摸清蒋对处理军统局问题的底细，并于19日参加重要会议，因此不顾一切地起飞了。
下午1时左右，飞机到达上海上空时，上海正下着倾盆暴雨，专机盘旋了一阵，不得降落，于是又转飞南京。在向南京机场发出了请求降落的消息后，这架专机彻底与地面失去了联络。
到了晚上，坐镇重庆军统局局本部的毛人凤坐不住了，以往戴笠从任何地方出发，到达另一个地点，都会先和毛人凤联系，时间不会超过两三个小时。这次，半天过去了，仍然没有戴笠的消息。
第二天一早，毛人凤急匆匆地来到蒋介石府邸报告。蒋介石一听是戴笠失了踪，立刻亲自打电话到航空委员会查询222号飞机的下落，得到的回答是曾经到过上海、南京上空，因大雨未能降落，之后便失去联系。
蒋介石一面令航委会出动飞机沿途搜寻，一面对毛人凤说可能是迫降到共产党占领的区域去了，所以才没有办法联络。他叫毛人凤立即回去准备，派一个将级大特务携带一部无线电、一个报务员、一个外科医生连同药品乘飞机到一些可能降落的解放区上空去寻找戴笠，如条件不许可降落，便跳伞下去营救戴笠，总之要不惜一切找到戴笠。
当毛人凤带着沈醉去向蒋介石复命的时候，蒋介石亲笔写了几行字：“无论何人，不许伤害戴笠。各军政机关、地方政府，如发现戴笠，应负责妥为护送出境。此令。蒋中正。”他把手令交给沈醉，吩咐他无论如何要把戴笠找到。当天，沈醉练习了三次跳伞，准备第二天一大早起飞寻找戴笠。
晚饭后，毛人凤接到了南京办事处处长李人士的长途电话，说17日有一军用飞机在南京附近坠毁，他正派人前往侦查，是否戴笠的座机现在还不能肯定。毛人凤马上又将这消息报告蒋介石。蒋介石听此，马上肯定就是这架飞机，说戴局长可能已遭不幸。
蒋介石当天在日记中写道：“（戴笠）不幸以气候恶劣竟在南京附近遇险身亡，殊为悲痛，此生虽多缺点，但其忠诚与热心实不愧革命信徒也。今焉则无矣。”随着国共内战的展开，蒋对戴笠的怀念也与日俱增，“雨农之丧实为革命之损失也”，“召见军统局干部：雨农之干部，大部皆比其他各机关为优秀也”。
戴笠暴死之后，蒋介石出于对以往戴笠鞍前马后效忠的追念，给予了他隆重的厚葬优遇。
1946年6月11日，国民政府发布褒扬令，追授戴笠陆军中将军衔，褒扬文曰：“故军事委员会调查统计局局长戴笠，智虑忠纯，谋勇兼备，早岁参加革命，屡濒于危……该故局长应予明令褒扬，着追赠陆军中将，准照集团军总司令阵亡例公葬，并交部从优议恤……此令。”
12日，国民政府在南京为戴笠举行了公祭，蒋介石不仅亲自出席，还赠送“碧血千秋”花圈一副，挽联称：“雄才冠群英，山河澄清仗汝迹；奇祸从天降，风云变幻痛予心”，且为其作祭文，历数其功绩，痛切呼道：“胡期一朝，殒此英贤；心伤天丧，五内俱煎！”“惟君之死，不可补偿”，无一不表达了蒋介石痛失戴笠的心情。
祭毕，蒋介石又亲自护送其灵柩至其为戴笠亲选的墓地钟山灵谷寺至公殿。国民党报纸报道为“南京万人空巷，痛哭戴将军”。
随后，蒋介石指示拨款创办以戴笠名字命名的“雨农中学”、“雨农医院”、“雨农图书馆”作纪念。戴氏亲属为此组成以戴藏宜为主任的“戴雨农将军纪念事业筹备处”负责筹备相关事宜，于10月6日正式开始办公。
1946年8月初，内战已经开始，7月才发生的李闻惨案使蒋介石又想起戴笠的好处来，他亲自到灵谷寺看戴笠灵柩。他和宋美龄进入灵堂，把草帽放在手上，凝视戴笠照片，好久都不作一声……
对于戴笠急于赶回重庆的原因，有多种说法：“一说党内若干人士，力主裁撤军统局，并另有一个七人小组，在幕后策动。另一说是有一二特殊有力人物，在抗战胜利不久，即要求蒋公疏远戴氏，准其出国考察。并传戴氏早已预料有‘鸟尽弓藏’之一日，从三十二年起，便在补习英文，准备必要时，赴国外定居。他要于十八日返渝，是因有一重要会议即将举行，他打算为军统局存废事，作最后之努力。揣测之言，无从证实。不过，当时在重庆，有人合谋排斥戴氏，毫无疑问。”戴笠之所以要冒险赶回，一天都不愿意耽搁，实在是此次见蒋与军统局的前途密切相关。
从最新公布的史料中得知，戴笠之死可能并非简单的坠机事件，而是与谋杀有关。在戴笠死后，戴笠的儿子也多次上书要求追查元凶。这件事的原委可以追溯到戴笠在北平的活动。
军统局的高级干部马汉三，时任北平肃奸委员会主任兼北平民政局局长。马汉三上任后，开始时曾雷厉风行，将各路汉奸一一抓捕，闹得北平官商界人人自危。但马汉三并不廉洁，曾有一被捕的巨商以18尊金罗汉买通马汉三，便得以无罪释放。戴笠虽不在北平，对马的所为却早已耳闻。
戴笠到北平后，在翻阅马汉三上交的汉奸名单时，却不见居住在此的著名汉奸金璧辉的名字，不由得大怒，在他追问之下，马汉三吓得大汗淋漓。其中确有隐情。
金璧辉就是抗战时期著名的日本间谍川岛芳子，在战争前后，她对中国犯下了滔天罪行。她出身清皇室，幼年被过继给日本浪人川岛，在养父的培养下长大后当了日本特务。她仇恨中国的共和政府，战前来华从事谍报工作，曾以色相勾搭上多名南京政府的高官，盗取了无数的情报，直接为日本侵华服务。战争中，她还组织了傀儡军队，协助日军作战。她以百变与残暴而闻名，在战争中犯下过许多罪恶。战争末期，她居住在北平，未及逃回日本。为逃避被捕，川岛芳子用许多书画古玩贿赂马汉三，于是逍遥法外。其中有一把宝剑，是1928年军阀孙殿英盗窃东陵时，在乾隆皇帝的棺木中得到的，据说此剑价值连城。当年孙殿英曾托马汉三转送给蒋介石，马汉三见“剑”起了私心，吞为己有。“七七”事变后，北平沦陷，马汉三在平津做地下情报工作，被日军逮捕，马汉三献“剑”给日军司令福田隆吉，得以释放出狱。福田又将剑转赠与其有特殊关系的川岛芳子。
马汉三此番失而复得宝剑，答应将川岛芳子以遣返日本人之名送回日本。
戴笠亲自审问了川岛芳子，将马汉三所受贿物查得一清二楚，于是下令马汉三把一切赃物上交国库，不然以贪污罪处死。
马汉三将一切赃物交出，那把宝剑也交给了戴笠，换得暂时免于责罚。但他以其在军统的经历，知道戴笠变化多端，深恐日后生变，为避免这次足以威胁到他生命的不测之祸，他决定先下手为强。当夜，他与机要秘书刘玉珠商量了对策，准备谋害戴笠。这一点，对于在军统局一手遮天的戴笠来说，是万万没想到的。
1946年3月16日，戴笠从北平飞抵青岛，面晤美军司令柯克上将，马汉三特意将刘玉珠安排在他身边，使戴笠的行动尽在掌握中。3月17日戴笠决定飞回南京，刘玉珠在戴笠没登机之前，对飞机做了一番“检查”，暗里安装了定时炸弹，预定在中午12点半飞机降落时爆炸，以制造事故假象。但戴笠提前一小时上了飞机，最后因南京、上海均下大雨不能降落，飞机多飞行一小时后爆炸撞山。
关于戴笠之死背后是否存在这场阴谋活动，目前还存在争论，申元在其《戴笠轶事》之《评〈戴笠坠机之谜〉》一文中，指出了1988年最先报道这场阴谋内幕的香港《广角镜》周刊第10期中所载《友人X君自日本来访揭开戴笠坠机之谜》文中若干错误，其中比较明确的理由是指出军统华北办事处长马汉三及其主任秘书刘玉珠在1946年2月被戴笠宣布撤销职务，因此无法制造阴谋。由于现藏台湾的国民党特务机构历史档案尚未开放，有关戴笠、毛人凤前后处理马汉三等人的原始材料无法看到，仅凭互相对立的两种坊间记载，我们尚不能遽下定论，但根据此事的前后经过和发生的因果关系来看，不能完全排除阴谋之说。
戴笠死后，军统局立即陷入了群龙无首的状态。经过一番明争暗斗的较量，局内领导权归由戴笠的“主任秘书”毛人凤掌握，实际主持局务。
据说，戴笠死后，马汉三将川岛芳子从牢中用人顶替放出，将一个假川岛芳子杀死在狱中，并违反规定，枪毙时打在脸部，使照片无法辨认，顶替的死者叫刘凤玲，其家属后来已供认。这些事证明案中有诈。
马汉三一案是军统局历史上最大的内部丑闻。毛人凤上台后，明知其中有鬼，却不便公开查办，但他对此犯上作乱之罪行决忍不下这口气，必定要制裁。他秘密商请郑介民去北平，要从种种线索追查下去。马汉三对郑大加贿赂，又送别墅又送古玩，毛人凤暗中都知道。
1947年军统“四一”大会期间，马汉三随人到毛人凤副局长“雍园”家中去作客，他带去一大皮包的珍珠送给毛，毛人凤虽当面抹不开面子收下了，但却很不高兴，事后便将原物托中国航空公司北平分公司经理王云荪退还给马汉三。毛人凤不是一个廉洁的人，他的“衙门口退财”之举，一是相较对郑介民的贿赂，这包珍珠不足挂齿，他嫌马汉三太小瞧他，不识相；二是因马汉三早晚要受处理，此刻收他的贿当然不明智。
后来，据军统局青岛站站长梁若节交代，刘玉珠在戴笠上飞机之前曾与他一起研究过爆炸的时间，梁若节当时是马汉三的部下，得了好处，也参与了这件事。在多方证据压力之下，马汉三最后不得不承认了暗杀戴笠的行为。1948年9月，马汉三、刘玉珠在北平被军统局扣押，随即以“贪污”罪名秘密枪毙。
关于这一点，我们在军统大特务陈恭澍的系列回忆录中。可得到一点旁证。碍于事件的极端秘密性，事隔几十年后，尽管陈恭澍在书中依然含糊其词，但却不能不明白地写到其间发生了一件不能明说的大事：
刘玉珠因何被扣押……概括地说，这要比私相授受枪支事严重得多！这位长官明白宣示，他对于多数人可以从宽处理，不过有少数人牵涉到“贪”案件，则非办不可，这件事情就这样决定了……这样说吧，这是一件近乎“派系之争”、“借题发挥”、“打击对手”、“挟嫌报复”、“杀鸡儆猴”的弄权事件！当时看看，可惊；事后想想，可怕；论其插鄙手段，可耻。全案的主角，也就是这部书里第一章提到过、住在煤渣胡同的那位马（汉三）先生。他的罪名是“贪污”，究竟贪图了什么不法之财，大家都不知道……同案的，就是刘玉珠了，为什么会把他们拴在一起，我还真的说不上来，不过，刘玉珠竟做了“陪葬者”倒是事实。
不管陈恭澍知不知道真实内幕，上述论证映出了“暗杀戴笠”全案的影子，这是无疑的。
戴笠死后，美国国内视之为中国和平民主绊脚石的人不禁庆幸，而美国海军军令部则欲派巡洋舰“哥伦布号”司令官梅乐斯来华致祭，被国务卿马歇尔阻止。马歇尔认为：如果对戴某，或其他的继任者给予任何帮助，或任何安慰；都会危害到他正在着手促成国共之间的微妙谈判的，因为戴某是中国最有名的反共人物。因此，“为了表示美国的中立态度，不准有任何的代表，代表美国去参加戴某的告别葬礼”。马歇尔不想因对戴笠的评价而影响他对国共内战的调停。
因此，美国海军部拟颁戴笠的奖章也终未发出。直到一年后，梅乐斯才得机来到南京给戴笠扫墓。1967年10月，他所著的《另一种战争》回忆录在美出版，在书中，梅乐斯为戴笠大鸣不平。
在马歇尔等的坚持下，“中美合作所”于1946年7月正式结束。
戴笠死了，蒋介石对他的防备自然消除。但蒋改组军统局已是势在必行之事。除戴笠外，军统局内也无人能够与蒋抗衡或用任何手段来促使他改变决定。威风一时的军统局终于走到了历史的尽头。
戴笠的一生，是为蒋介石的独裁统治鞍前马后效尽犬马之劳的一生，干了许许多多的坏事，在情报特工领域他依仗蒋介石给予的特权，横行无忌。但他面对来自国内外各方面的批评指责，却要给自己辩白粉饰，1945年3月3日，蒋介石在重庆检阅中美所9个直属单位及特警班，对戴笠大加赞许。在他死后多年，台湾发行的《戴雨农先生全集》中说：“戴笠领导军统局的工作和世界上其他国家的情报工作，有其不同的地方，更不借恐怖霸道的做法去压制他人，也不凭金钱利禄去诱致他人，而是以合乎‘王道’的手段，运用机智，达成工作任务。”看了这段文字，如联想起白公馆、渣滓洞的七十二种刑罚，射向杨杏佛、史量才的子弹，刺向小萝卜头的匕首以及军统历史上数不清的暴虐行为，读者们又能说什么呢？
五 逝后余波
戴笠死后，军统局的继任局长人选问题马上摆上了日程。当时能够考虑的人选有三人，就是军统局主任秘书郑介民、帮办唐纵和代理主任秘书毛人凤。
从郑、唐二人的资历和地位来看，他们不仅是军统局的元老，且都是蒋介石的亲信，与戴笠表面关系甚好。1945年5月，当国民党召开第六次全国代表大会时，蒋介石本意欲让戴笠当中央委员，戴却主动推荐郑介民、唐纵为候选人，结果郑当选为中央执行委员，唐当选为候补中央执行委员。而毛人凤的资历和地位都不如郑、唐，他虽早年进入黄埔军校潮州分校（军校第二期）学习，但因中途奔丧回里，中止了在黄埔的学业。但他却在此行中巧遇同学戴笠并介绍他去投考了黄埔，由此开始了戴的发迹历史，所以戴笠对毛人凤一直心怀感激。毛人凤后来在地方衙门担任股长、科长谋生，1934年，戴笠经多方打听后得知他的下落，立即叫到身边担任秘书等职，并步步重用，最后直到军统局代理主任秘书，因郑、唐二人平时在军令部和侍从室另有公务，在戴笠外出时，由毛人凤实际掌握处理全局事务，并向蒋介石汇报工作，给蒋留下了深刻印象，同时也在局内培养了他自己的班底，成为军统局实际领导人之一。
毛人凤是个善于心计的人，多年来也跟戴笠学到了不少东西，他一直跟在戴笠身后做具体工作，并没有太大野心，但自戴笠摔死后，他有想法了。依他的估计，蒋介石会在郑、唐二人中选一人继任局长，暂时轮不到自己。但郑平时在北平公务缠身，不能分暇兼顾军统局，而唐为人做事比较认真，且事必躬亲。比较之下，郑当局长，自己作主的权力还可保留，唐来则麻烦。于是1946年3月20日晚，毛人凤召集心腹商量后，正式向蒋介石提出由郑介民继任局长，理由是军统局主要干部们与郑关系好，对唐比较疏远。
3月23日，蒋介石决定由郑介民继任军统局局长，以唐纵、毛人凤为副局长，因郑不在南京，暂由唐纵代理局长一职。
3月25日，郑介民召集唐纵、毛人凤、副主任秘书张严佛等商议“军统局今后工作之转变问题”，决定“将部分军事部分可以公开者归并于军令部第二厅；其他方面可以公开者归并于内政部警察署，其中秘密部分缩小为一精干之秘密组织，军统局撤销”。会后，蒋介石召见了郑、唐、毛三人，在听取他们的意见后，“当即裁可，唯秘密组织之名称与系统另议”。
关于新改组成的秘密组织的名称问题，毛人凤与唐纵商量，向蒋建议改为“国防警察局”，但被蒋否决。但蒋一转念又决定将军统仍归属于新成立的国防部，毛人凤又建议称为“国防部调查统计局”，蒋介石再次表示“调查统计”的招牌在社会上的名声太坏，不能沿用。6月15日，蒋介石函示郑介民，就军统局今后的名称、编制、职责作出以下决定：
（一）该局撤销后可以情报厅保密局的名义组织秘密核心机构，今后之中心工作为对共产党之情报与斗争，其他关于政治、经济、社团各类情报及检举贪污不法等工作，则由该核心机构与各有关机关商酌办理；（二）该局原有之无线电讯业务，可交由国防部情报厅办理；特种化学研究及一般行动工作，可交由内政部警察总署担任，气象工作另案核示；（三）希即根据上列原则分别归并，并裁缩核心机构之内外勤人员数额，以节经费。
同时蒋介石确定新组织名称定为“国防部保密局”，以比较隐讳的意义使其更加神秘。6月7日，蒋介石对军统局干部的训话时说：“特务工作要做无名英雄，不求名利，不求闻达，不好虚荣，而要绝对秘密”，并说“组织问题在共产党看来就是神秘问题，对于神秘必须特别研究与运用”。
关于改组后的军统编制问题，当时，军统局人数除忠义救国军、别动军等武装已拨归交通警察总局外，仍有近5万人，其中有2万多属于军统局的在册编制人员，另2万多人则分别编制在一些公开单位。随着一些战时机关的撤销，安插在这些机关的军统人员也都回到军统，其经费开支就日益紧张了。1946年5月，郑介民与唐纵、毛人凤商量后，决定打破戴笠所定下的“只准进，不准出”的规定，对内外勤人员实行择优裁汰。其办法一是准许任何人请长假自谋工作，二是将一部分人员送往军官总队转业，或给予遣散。这一办法得到蒋介石的同意，并获准动用一部分没收汉奸的财物作为遣散费。按照汰弱留强的原则，经过整编，属于军统局的2.6万人中，裁去近2万人，留下来的一是抗战前参加组织的核心分子，二是由军统各训练班培训出来的基本人员，三是从组织中挑选出来的反共意志坚决，而又有专长的人员。
按照蒋介石“今后之中心工作为对共产党之情报与斗争”的指示精神，郑介民在6月上旬军统各部门负责人会议上，特别强调说：“今后军统的工作重点是和共产党作斗争，不是人多人少的问题，而且必须有精明强干的人才能担得起这项任务，所以宁可少些，但要精干一些，目标越小越好。”
新成立的国防部各厅局分别于1946年7月1日均已开张，而保密局因上述原因直到是年10月1日才正式出笼，由郑介民担任局长，毛人凤任副局长。局本部的机构设置，大体上沿用了军统的一套体制，内设局长办公室，情报、行动、人事、电讯、司法、经理、总务等7个处，以及督察室、总稽核室、预算室。除这些处室外，还有机要组、特种政治问题研究组、特种技术研究组。其外勤单位在各省市设站，按省市的大小及所处地位的重要性分为甲、乙、丙三类，分别配备人员和设备。保密局在国外还设有韩国、西贡、新加坡、曼谷、开罗、卡拉奇、菲律宾等多个站点。
这种换汤不换药的改组无法解决军统内部固有的问题。保密局成立后不到半年，局长郑介民与副局长毛人凤之间又展开了一轮新的权力恶斗。“郑介民先生倾向于‘特工正规化’、‘人事制度化’，但求自由发展，不想天下一把抓，所以在步调上比较保守……毛人凤先生则颇有意于继承戴先生之衣钵乃至发扬光大，岂奈内外在条件上都嫌不够，戴先生所有的毛先生只得两三分而已。至此‘军统精神’萎缩了不见了。”两强相斗的结果，最终毛人凤取胜，于1947年12月出任保密局局长，郑介民则专任为参加国共双方与美国人组成的监督调停内战的“军事调处执行部”“三人小组”内国民党的代表，基本退出了保密局。
随着“戴老板”的卒亡，显赫一时的国民党“军事委员会调查统计局”终于开始走上了“下坡路”，戴笠及其“军统局”的命运始终是与蒋介石“党国”的命运相一致的。不久之后，伴随着国民党政权的覆亡，“军统”在中国内地的历史活动亦宣告结束。
