唐贞观元年（627年）正月至五月，玄奘在长安大觉寺，除了加紧学习梵语外，全部时间都拖延在办理出国护照上。自他会见波顿以后，便与几个僧人联名写了一份申请，请求出国并办理西出边关的护照（当时称为“关所”）。等了好久，不见朝廷的批复下来，又写了几份申请，仍然毫无音讯。
这时唐高祖李渊已经退位，而太宗李世民登帝位还不到一年。边关常有突厥入侵，战事时紧时松，朝廷对西出边关的护照一概停止办理。听到这一消息，原来联名的几个同伴都打了退堂鼓，放弃了西行打算。玄奘无法领取护照，也没有办法再去劝说他的同伴，只好准备一个人秘密出国。
唐贞观元年（627年）九月，关中、关东、陇右、河南等地发生饥荒，李世民下诏，“僧俗人等可以四处随丰觅食”。趁着这个机会，玄奘夹在难民的队伍里，离开长安城，开始了西出边关的艰难历程。
他从长安出发，路遇一位天水僧人，名叫孝达，他在长安学经期满，欲回天水，玄奘与他结伴而行。到天水后，孝达回乡，玄奘在天水住了一宿，又随客商经兰州到达武威。
武威当时叫凉州，是河西走廊的一个大都市，居丝绸之路的咽喉之地。商业兴旺，都市繁华，长安与西域之间的客商往来频繁，络绎不绝。
玄奘在这个热闹的边疆重镇住了一个多月，当地寺院请他讲经说法，引来了许多听众。听众之中有不少西域商人和僧人，他们都称赞玄奘仪态俊雅，学问精湛。经他们传扬，玄奘的名字和才学很快传向西域诸国。由于在讲经法会上，法会住持僧人介绍玄奘时，无意中透露出玄奘准备出国的愿望，所以他未到西域诸国之前，大唐高僧欲到西天取经的消息已到处传扬开来。
正因为这个缘故，有人向凉州都督李大亮报告了。李大亮是一位刚正不阿的人，深得李世民信任。当时唐朝初得天下，为防止边患，严禁百姓出境。李大亮听说玄奘准备出境，便把玄奘传到都督府，追问情由，才知玄奘欲往天竺，没有得到朝廷获准，属于私越边境，于是逼令玄奘东还长安。
从李大亮都督府回到寺院，玄奘陷入进退两难境地。此时凉州寺院有一位年迈高僧，名叫慧威，十分赏识玄奘的才学和取经志向。他写了一封信，让玄奘带着去瓜州，见他的好友独孤达，请求帮助；又派两名高足慧琳与道整，暗中护送。情急之下，玄奘一行三人当晚离开了凉州城，一路上怕官府追捕，只好昼伏夜行。
瓜州在今甘肃省安西县东，距敦煌不远，是唐朝最西面的一个重镇。玄奘经张掖到瓜州后，慧琳与道整返回凉州，玄奘带着信去见独孤达。
独孤达时任瓜州刺史，曾与慧威同在凉州寺院习经多年，交情深厚，见过信后，对玄奘的西行并不留难，让玄奘住在自己的公寓，并向玄奘介绍了西行路线。
当时由瓜州往西域有南北两条路可走。南路是从瓜州南行，过敦煌出境，再经于阗（新疆和田县），西越葱岭入中亚细亚地区。北路是由瓜州北进伊吾（新疆哈密）、疏勒，越葱岭进入中亚细亚地区。独孤达对玄奘说：“走北路比较安全，现在商侣大都走北路。”玄奘听后决定从北路出境。
正在商议之时，瓜州州吏李昌来到独孤达公寓，拿出一道公文递给独孤达看。上面写着“有僧字玄奘，欲入西蕃；所在州县，宜严候捉”。原来是一张通缉令，是凉州都督府李大亮发出的。他听说玄奘离开凉州向西而去，并没有回长安，立即发出通缉令追捕。
李昌与独孤达这时心情十分紧张，商议后让玄奘赶快离开瓜州。李昌对玄奘说：“否则，凉州官吏追捕到此，我和刺史大人都无法为你遮掩了。”
当晚，玄奘离开刺史住所，到瓜州寺院暂住。他想寻一向导后便立即起程。
第二天一大早，玄奘随着寺院僧人做完功课，便到寺院门口踱来踱去，注意观察前来焚香礼佛的香客，意欲寻求西行同伴。
至中午时分，见一胡僧，西域僧人装束，身材魁梧，头戴毡帽，身系腰刀，前来礼佛。玄奘心中一动，待他礼佛完毕，请他到僧房说话。交谈之中，知他名叫石磐陀，是一个行脚僧人。他听到玄奘西行的意愿后，提出条件，请玄奘先收他为徒，然后护送玄奘西行取经。玄奘很高兴，立即在佛像前先为他受了“五戒”（不杀生，不偷盗，不邪淫，不妄语，不饮酒食肉），让石磐陀一一领受承诺，然后口念功德经收他为徒。石磐陀叩头致谢。礼毕，石磐陀在寺院门口购得一些果饼，返回僧房，与师父边吃边谈，约定第二天中午城西门口相见，一同起程。
第二天一早，玄奘匆匆买了一匹马，准备了一些衣物干粮，然后出城等候。中午到了，不见石磐陀到来，守城军士以奇疑的目光看着这位徘徊已久的出家人。玄奘怕节外生枝，往前走了一程，躲过守城军士的视线，坐下等候。黄昏时分，石磐陀带着一位牵着马的老翁来到城门外，与玄奘相见。石磐陀告诉玄奘，这位老翁是他的朋友，对西域的路极熟，曾去伊吾国（今新疆哈密，当时的境外）30余次，请他来出些主意。玄奘与老翁见礼之后，对老翁说：“贫僧欲往西天求取真经，无奈路途生疏，烦请老丈指点。”老翁对玄奘说：“我本是伊吾国人，来瓜州经商多年。瓜州北面50余里有条瓠卢河（即疏勒河），河的南岸就是玉门关，是去西域的必由之路。在玉门关外西北方向，有五座烽火台，均有官兵守望，盘查很严。各烽火台之间相隔百里，其间尽是沙漠荒丘，只有烽火台附近才有水草。过了烽火台，就是莫贺延碛（今甘肃安西与新疆哈密之间的大戈壁），古称流沙河。这流沙河方圆800里，上无飞鸟，下无走兽，遇到大风刮来，黄沙起浪，道路覆盖，成群结队的人也会迷失方向，茫茫无际的大沙漠，不知困死多少行人。在没有大风的情况下，行人一般都是以死人的白骨为西进的路标。西行的路太危险了，你还是多作考虑，勿轻自己的性命。”
玄奘回答说：“谢谢老丈指点。不过贫僧西行是在佛前发了誓的，不达目的，誓不回返。纵然死在半路，也不悔恨。”
老翁见玄奘态度坚决，知道劝阻已是无用，便指着他的坐骑——一匹又老又瘦的红马，对玄奘说：“如果你一定要西行，可乘我这匹老马。你不要小看它，它往返伊吾15次，知途健行，对你会有帮助的。”
玄奘感谢老翁真诚相助，遂与他换马，将自己的马匹赠给老翁。老翁走后，玄奘与石磐陀装束停当，立即起程，连夜赶路。三更时分，到达瓠卢河。
瓠卢河，水势湍急，深不可测。但只有3米多宽，岸旁恰有几棵梧桐树，石磐陀砍了些树木，搭成一座便桥，牵着马与师父安全过河。
过了河，玉门关的灯火依稀可见。玄奘与石磐陀躺在草地上休息，由于赶了50多里路，玄奘疲乏至极，躺下很快就睡着了。天上的星星暗淡下来，石磐陀却没有一丝睡意。他坐卧不宁，几次起身在草地上徘徊。临行前瓜州老翁的话使他忧心难眠。他想，玉门关外五烽，盘查严格，很难通过；其间只有烽火台附近才有水源，要取水就会被发现，假若不被抓获，也有渴死的危险。想到这里，石磐陀改变了主意，已有后悔之意。
临将拂晓，玄奘醒来，刚欲起身，石磐陀拔刀而起，眼露凶光，提着腰刀在玄奘面前犹豫徘徊。玄奘知他起了异心，也不惧怕，盘腿打坐，双手合十，眼睛直盯着他。相视很久，石磐陀下了几次狠心，但高高举起的腰刀却始终落不下来。他手软了，围着玄奘绕了两圈，突然把刀一扔，扑通一声跪倒在地，央告说：“师父，不是弟子起了歹意，实在是因为前面凶多吉少，风险太大了！只要有一处发现我们的行踪，我们的性命就完了。咱们还是回去吧！只求师父不要再往前走了，再走下去非送死不可！”
玄奘依旧镇定自若，盘膝跏趺，用平缓的语气说：“不受磨难，哪得真经？没有恒心，怎能成佛？你既然后悔了，现在返回瓜州还来得及，我绝不强留。”石磐陀道：“师父此去倘被捉住，供出我来，我家中还有妻儿老小怎么办？”玄奘道：“我可以起誓，假如不幸被捉，决不会供出你的姓名。你我师徒缘分已尽。我不怪你，你走吧！”石磐陀这才放心，拾起地上的刀，插入鞘中，然后向玄奘拜了三拜，策马返回瓜州。
石磐陀走后，天已大亮。玄奘骑着瓜州老翁赠送的老瘦红马，过了玉门关，向前行进80多里，远远望见一座烽火台，便是玉门关所辖五烽的第一烽，名叫白墩子。玄奘恐怕被守望的哨兵发现，隐伏在沙丘下，准备夜过烽火台。
夜幕降临，群星闪烁。玄奘小心翼翼地向烽火台跟前移动。至烽下，看到一池清水，他下了马，取出皮囊盛水。忽然一连串冷箭从头顶掠过，接着又是一箭射来，擦伤膝盖，伤势不重。玄奘拔出扎在裤腿上的箭杆扔掉，索性高喊：“我是大唐来的和尚，不要射我！”边喊边向烽火台靠近。
台上的哨兵开了门，点上灯笼，带他进去见校尉王祥。幸亏王祥是个信佛的人，问明情况后，对玄奘很尊敬。王祥考虑到西行路上艰难，表示愿意送玄奘到自己的老家敦煌去，在那里长住讲经。玄奘不肯答应，斩钉截铁地说：“我为了探求佛学真谛，才冒死出国。如果校尉不肯放我西行，我情愿领受刑罚，但绝不向东后退一步！”
玄奘西行的意志，感动了王祥。王祥留他住了一夜。第二天清晨，王祥让兵士牵出玄奘的马匹，归还于他，又送给他一些水和干粮，并亲自送玄奘到10里之外。王祥指着前方说道：“从这条路往西北，可以直达第四座烽火台。守台的校尉叫王伯陇，是我的本家，心地和善，你到那里说是我送你来的，他一定会帮助你。”听罢，玄奘洒泪辞别。
按照王祥的指点，玄奘绕过了第二烽（红柳园）和第三烽（大泉），到达第四烽（马莲井子）。赶了三天的路程，人困马乏，玄奘想取些水草暗中渡过第四烽，以免台上守兵留难。可是潜至烽下取水时，又被飞箭所阻。他知道已被发现，和上次一样，急忙大喊。守兵开门点灯，带他去和校尉王伯陇见面。他说明经过，受到王伯陇款待。第二天早上，王伯陇送他一大皮囊水和马料、干粮等，告诉他说：“第五座烽火台就在前面，名叫星星峡，守台校尉性情粗暴，恐有意外，但抄别条道路可绕过第五烽，直达野马泉，到那儿再取水吧。”
玄奘辞别王伯陇，向野马泉行进，由此进入800里沙碛的莫贺延碛。这莫贺延碛俗称流沙河，黄沙茫茫，一望无际。玄奘走了几天，迷失方向，找不到野马泉。困乏至极，下马歇息。取出皮囊刚准备喝水，不料一时失手，竟倒翻水袋，把一皮囊水倾覆在沙漠里。这是沙漠旅行无法补偿的损失，他懊丧极了。想回第四烽取水，便勒转马头，向东走了几里。心中又想到：“我当初立誓，若不到印度，决不向东后退一步。现在宁可西行而死，也决不东归而生。”于是，掉转方向，向西摸索前进。
800里戈壁沙漠，空旷寂静，渺无人烟，不知何处是个尽头。至于野马泉在什么方位，他弄不清楚。他只有一个目标：向西，向西，向西进发！只要还没有倒下。黑夜中的莫贺延碛，只有死人的白骨闪烁着磷光，好像天上的繁星。白天沙漠中的热风，裹挟黄沙，闷热难耐。走了4夜5天，玄奘滴水未沾。起初只是口干舌燥，喉咙疼痛，后来浑身燥热，呼吸困难，眼睛睁不开了，马也不能动弹了，人和马都昏昏沉沉倒卧在沙石上。
其实，经过4夜5天的向西挺进，距离沙漠中的绿洲——野马泉已经不远了，只是他没有发现而已。僵卧到半夜，昏死过去的玄奘又被一阵清风吹醒，马也能站立起来了。他振作精神，勉强走了一段路。这时他的坐骑，那匹瓜州老翁赠送的老瘦红马，忽然向另一方向跑去，像拼命一般，玄奘怎么都控制不住。跑了一段路，拐过一个沙丘，只见一片绿油油的草地，中间是一汪清泉，这就是野马泉。玄奘高兴极了，跳下马来，人和马都喝了个痛快，这才从死亡线上挣扎过来。
那老瘦红马喝够了水，把头伸过去碰撞玄奘。玄奘立起身来，感激地抱住马头，脸面与马面紧紧贴在一起。他惊异这老马的灵性，也庆幸两条生命的复苏。真是天无绝人之路，这绿茵茵的野马泉，不知给过多少行人的生命。
玄奘在野马泉整整睡了一天。第二天盛水取草，继续西进。两天后终于走完了800里戈壁沙漠中的最后一段路程，到达伊吾国境，即今天新疆哈密县境。
玄奘抵达伊吾，算是出了唐朝国境，当晚投宿玉佛寺。寺中有三位中国僧人，没有想到在这里能遇见大唐取经的高僧。其中最老的一位，在该寺住了30余年，还不曾见到一位中原僧人来寺。当他听说来者是大唐取经的高僧，衣服都来不及穿整齐，赤着脚出来迎接。一见面像见到亲人一般，抱着玄奘痛哭起来。他哽咽地说：“哪里会想到能在这里遇见故乡的人啊！”老和尚很快吩咐人给玄奘打扫净室，安排玄奘在寺中云水堂居住。
玄奘到达伊吾的消息传开，玉佛寺忽然热闹起来。城中百姓和佛门弟子，听说大唐和尚西行求法，路经此地，都前来参礼。伊吾国王亲自来到寺中，恭请玄奘移驾王宫居住。这是玄奘西行以来第一次在境外受到隆重礼遇。
住进伊吾国王宫以后，玄奘几个月来的紧张心情得到了放松，身心一阵轻松。他回想起离开长安以来的边关之行，险象环生，犹如梦幻一般。凉州传讯，连夜逃离；烽火台下，响箭逼人；沙漠失水，险些渴死。现在总算走出了国境，迈出了艰难的一步，真有几分劫后余生之感。前几天还是单人独骑在大漠中熬煎，哪里会想到如今能躺在宫殿里静养。他不由得想起了馈赠良马的瓜州老翁，想起了撕扯公文的瓜州州吏李昌，想起了大义放行的烽火台校尉王祥和王伯陇。他们还好吗？这人世间毕竟有真情和道义存在，毕竟还有伟大与渺小之分，这些人的义举难道仅仅是处于对佛门的虔诚吗？难道他们的义举不同样也是一种修行磨炼吗？想到这里，玄奘顿时觉得，修行的路子原来十分宽广，经书之外的世界则更大更广，而旅途中的危难、疲劳又算得了什么呢？玄奘明白了，几个月来的边关历险和生死荣辱，实在是一次灵魂的净化。西行，不是简单的旅行，也不只是信仰信念的检验，而更重要更本质的是精神境界的升华与磨炼。
