因当时海南岛及舟山群岛仍控制在国民党军队手中，“财务署”还向海南岛等地运送金银，大概是期望这部队还能坚持一阵子（至1950年5月2日，国民党军队撤离海南岛，16日，撤离舟山群岛）。事见1949年12月12日吴嵩庆日记：
“……洽定飞送海口华中、华南两区经费，计华中1万两，华南7800两。另与关部长洽妥，由央行拨金5000两，银圆24万元，以解决未兑支票问题。余派董司长（德成，与吴嵩庆同日回台）解往（海南岛），希望此行能了悬案也，定明日起飞。又洽妥运银圆机四架赴成都，定明日起飞二架，接回公教人员。”
运海南岛等地的金银，是由董德成押运的，总数据台湾“中央银行”档案为22222两（与吴嵩庆日记数字略差），是12月26日入账的（见图8.1，表8.5）。到12月14日，“空军认为（运款）赴滇都不可能”（吴嵩庆当天日记），国民党在大陆的军费支出，就此永远画上了句点，以后的黄金军费支出主要是台湾及离岛。
“国民政府”迁台后，蒋介石还是倚重吴嵩庆管军费；1950年1月6日，大溪档案就有“吴嵩庆呈蒋中正阎锡山请核示三十九年度军费概算”；1月8日蒋介石在日记中也这样写道：“朝课后，见吴嵩庆，研讨对军费总预算数目及筹备。”而台湾在1950年的最大宗支出就是军费，正是因为用大陆运台黄金在贴补（见表8.5），才免于被通货膨胀的洪流所冲毁。1950年6月25日，朝鲜战争爆发。从1951年起美国开始援助台湾，就补上了这个大缺口。
1950年2月25日吴嵩庆日记：
“军费审核小组谈话会记录，今后军费预算照下列规定办理：3月份军费总额仍为2777万元（银圆），除由台湾省政府在物质处理、爱国公债、防卫捐项下拨补1472万元外，其余1305万元（约合黄金14万两），先由国库拨发黄金10万两……4月份军费由国库拨发黄金10万两，5月份国库拨发黄金8万两，6月份起每月均由国库拨发黄金6万两，非有特殊原因，不予增减。”
刚到台湾，还是用黄金银圆计算军费，这里黄金一两折算银圆93块，如折算为新台币就是280元。蒋介石要吴嵩庆又继续管理了以后整整12年的台湾军费，直到1962年，期间经历了国共不断的沿海军事冲突，包括争夺海峡制空权与制海权以及几乎引起中美直接冲突的金门炮战。
有一天晚上，吴嵩庆做了一个很有意思的梦，详记在日记中：“昨晚冬至，夜得梦。在新建未漆之楼梯努力挣扎，爬上梯顶时已力竭气衰而醒。若此为预兆，则前途虽艰危可知，而成功亦可卜也。”他把梦写到日记里，相信这是一个预兆；这或许也是他一生的形象概括。
从1949年直到1962年，来台湾最初的12年，吴嵩庆还一直是担任“财务署署长”。中间（1950年4月）曾出任“军需署署长”兼管“经理署”，（1959年）升“联勤”副总司令兼“预算财务署署长”，总的还是管军费。像这样忠于职守，即使不升官也无怨言的官员堪称凤毛麟角，蒋介石实在找不出别的更可靠的人。
赴台后，蒋介石交给吴嵩庆的第一个任务便是核实军队人数，改革军中财务。因他总结大陆的失败，认为军人数目未核实、军需腐败是重要因素。初抵台湾时，经整编后的国民党军队人数，吴嵩庆记下1950年3月31日总统府军事会议上曾提到的，是空军82000人，海军43000人，陆军575000人，合计70万；而1月21日日记中则为80万，两个月即缩编了10万人。军队人数核实后，“财务署”即实行点名发饷，补给到团，进而补给到连、到个人。吴嵩庆此举立刻把大陆吃空缺的陋习从军中一扫而空，得到了广大国民党官兵的拥护，使国民党军队整顿收到预期的效果。
50年代，吴嵩庆又建立了给各部队发给特支费的制度，有效解决了军中一个难题；又筹设军中储蓄业务，成立“同袍储蓄会”，对于安定军心、提高士气起了很大作用，军中每人都受其惠。此外，在美国顾问建议及经济援助下，经中美双方核定，为70万大军增加每人每月肉鱼各一斤，提高了士兵福利待遇，振作了士气。因为吴嵩庆经常去访问部队，解决其随时发生的困难，因此当年在部队中有“财神爷”之称。
1964年8月吴嵩庆从军中退役，当时蒋经国给他三个工作让其选择：第一是农民银行总经理，其次是辅导会副主任委员，第三是亏负累累的唐荣钢铁公司（当年台湾最大的钢铁公司之一）。家人、亲友纷纷劝其选择薪水丰厚的农行总经理，他却最终选定早已“恶名昭彰”的唐荣。后来，他曾回忆道：“但调职前消息早已传播，亲友闻讯都来规劝，绝对不可以去管这一烂摊子。后来竟成为事实，心中未免有无限感慨；特呈请正式自军中退役，以示破釜沉舟义无反顾之意。”同时，他也拿“断”了军中的退休金，全部一次性领了新台币10万元（时值美金2500元），从此就与“国民政府”的一切退休金绝缘了。
从1964年到1976年，吴嵩庆在唐荣担任董事长，辛辛苦苦耕耘了12年。刚接手时，唐荣全部资产共6.5亿新台币，而负债总额已超过资产2000万元（6.7亿余元）；利息负担沉重，每月债款利息就达300万元以上，每月亏损高达500万元。他一面增资，一面处理闲置资产，接掌后不到半年就转亏为盈，增强了员工的工作信心。同时，他还扩大了规模，先后筹建了中兴钢铁厂、中兴合金钢厂，并扩建台北的唐荣机械厂与铸机厂。最后，唐荣钢铁公司在他手中起死回生，与1964年比较，由负债2000余万元，到1975年年底反而累积资金3.2亿元。钢锭产量由月产7000吨，提高到1.5万吨。此外，炼钢电炉和轧钢机，除旧换新外，更大幅增加。然而，令人不可置信的是，吴嵩庆在担任唐荣钢铁公司董事长的12年间，最初几年没拿薪金，唐荣公司也没替他买个人寿险，而且居然也没有退休金。而1976年3月他告别唐荣的时候，他的继任人却在不到一两年时间内，便卷入了某项贪腐舞弊案。
此外，吴嵩庆还创建了“中国钢铁贸易公司”，对台湾钢铁产品出口事业做出了很大贡献。吴嵩庆并筹建有“中国钢铁研究所”，研究钢铁工业发展前景和钢铁产品的生产技术，并多次参加国际钢铁协会及东南亚钢铁学会等组织的会议。吴嵩庆在台湾建设中，对钢铁产业做出了巨大贡献，因此获得了“台湾钢铁业元老”的称号。
1976年吴嵩庆75岁时，辞去唐荣钢铁公司董事长职务，转任私营万邦公司董事长，一直到1991年过世。此外，他于1979年创办了“大同老人福利基金会”，1981年成立了台北市“松柏之家”，为老人提供康乐教育休闲服务。在此之前（1958年），他还创办了台北近郊景美的沪江中学，现有一栋以他的名字命名的教学大楼“嵩庆楼”，巍然矗立于校园中。
1991年9月25日，吴嵩庆首次回镇海老家探亲，在返台当晚即去世，葬于台北东北面五指山上国民党军队公墓，享年90岁。当时的台湾当局为吴嵩庆颁发了褒扬状：
“除役陆军中将吴嵩庆，志虑忠纯，清廉耿介。壮游巴黎，学有专精，迭膺军政要职，夙昭令绩。于湖北省政府财政厅厅长，联勤财务，军需署署长及副总司令任内，建立制度，支应军需，协助建军备战，厥功至伟。大陆易色，抢运库存军实，稳定基地金融，应变有方，勋遒益懋；嗣后主持唐荣公司，创办沪江中学，致力国民外交，推展老人福利，亮节高风，允足矜式。兹闻溘逝，轸悼良深，应予明令褒扬，以彰忠荩。”
此褒扬状系前北大教育系主任、毛泽东“少年中国学会”的会员同志、吴嵩庆留法老同学吴俊升所写，由时任“总统”李登辉签发，可以看作是对吴嵩庆一生的盖棺论定了。此褒扬状既肯定了吴嵩庆在国民党军队建设及台湾经济建设中的重要作用，同时也以不可置辩的事实，证明了国民党曾经往台湾转运黄金银圆及外汇的历史。李登辉虽然否认国民党有黄金运台，但总应该还认得自己亲自签发的文件吧！
